Clark ist bereit, sein Training bei Jor-El wieder aufzunehmen. Er möchte wissen, warum er im Gegensatz zu seiner Cousine Kara nicht fliegen kann. Jor-El eröffnet ihm, dass er immer noch zu sehr ein Mensch sei und sich von seinen Freunden lossagen muss. Als kurz darauf Chloe Clark bittet, mit dem Ring der Legion in die Vergangenheit zu reisen und so Jimmy zu retten, lehnt Clark ab. Lois kehrt von ihrem Ausflug in die Zukunft zurück, den sie mit dem Legion-Ring unternommen hat, kann sich aber an nichts mehr erinnern. Kurz nach ihr trifft eine unbekannte Kämpferin auf der Erde ein, die es auf Clark abgesehen hat. Sie besitzt dieselben Kräfte wie er und will ihn töten.
Nachdem er von einem Lastwagen angefahren wurde, wacht John Corben allein in einer verlassenen Wohnung als Mensch-Maschine mit einem Kryptonit-Herz auf. Corben erkennt, dass er nun über übermenschliche Kräfte verfügt, und macht sich auf, Rache an dem rot-blauen Fleck zu nehmen, den er für einen unverantwortlichen Selbstjustizler hält. Entgegen Clarks Wunsch verwickelt sich Lois in die Ermittlungen des rot-blauen Flecks und wird schließlich von Corben entführt.
Zod und seine Soldaten setzen einen Virus in die Luft frei, der Menschen in Zombies verwandelt. Der einzige Weg, ihn aufzuhalten, ist die Herstellung eines Gegenmittels aus dem Blut eines anderen Kryptoniers. Nachdem Lois infiziert ist, fleht Chloe Clark an, sein Blut zu spenden, um die Epidemie zu stoppen, auch wenn sie damit riskiert, ihn an Zod zu outen.
Tess zwingt Oliver, zu einer Queen-Industries-Gala zu kommen, um den Vorstand zu beruhigen, aber die Dinge gehen schief, als der Spielzeugmann mit einer Bombe und einem Plan zur Rache an Oliver auftaucht. Der Spielzeugmann sagt Oliver, dass er den Mord an Lex gestehen muss, sonst jagt er den Laden in die Luft. In der Zwischenzeit gibt Jor-El Clark als Teil seines Trainings die Fähigkeit, die Gedanken anderer Menschen zu hören.
Oliver wird unter Drogen gesetzt und von einer Frau namens Victoria AKA Roulette entführt, die Oliver erzählt, dass er in ein gefährliches Spiel verwickelt ist und um sein Leben kämpfen muss. Nachdem Victoria tot auftaucht und Oliver von der Polizei verhaftet wird, wendet er sich an Chloe und bittet sie um Hilfe. Unterdessen beschimpft Lois Clark, weil er ihr nichts von Olivers Selbstmordversuch erzählt hat.
Oliver versucht, einem jungen Straßenmädchen, Mia AKA Speedy, aus ihrem gefährlichen Leben herauszuhelfen, indem er ihr anbietet, sie zu trainieren, aber Mia legt ihn aufs Kreuz. Lois bittet Clark, ihr zu helfen, einen Job als Fernsehmoderator zu bekommen, aber die beiden sind schockiert, als der Sender sie als Team einstellen will.
Jor-El kommt auf mysteriöse Weise auf der Kent-Farm an, um nach seinem Sohn Kal-El zu suchen, trifft aber stattdessen auf Chloe. Davon überzeugt, dass "der Fleck" Jor-El ist, nimmt Zod Tess um Hilfe bei der Suche nach ihm an, um ihn zu zwingen, das Geheimnis seiner Kräfte zu enthüllen. Clark erkennt, dass Jor-El lebt und auf der Erde ist, und rast los, um ihn vor Zod zu finden.
Die Superhelden-Zwillinge Zan und Jayna tauchen in Metropolis auf. Sie sind ein großer Fan des „Flecks“ und wollen ihn bei seinen Heldentaten unterstützen. Doch den beiden fehlt es eindeutig an Erfahrung, und so enden ihre gutgemeinten Taten meist im Chaos. Als Chloe herausfindet, dass sie hinter den Taten stecken versucht sie Zan und Jayna klarzumachen, dass sie Clark mit ihren Aktionen mehr schaden als helfen.
Tess entführt Lois, um herauszufinden, wohin Lois gegangen ist, nachdem sie wochenlang verschwunden war. Lois' Erinnerung an die Zukunft zeigt eine Metropole unter Zods Herrschaft und Clark machtlos unter der roten Sonne, während Chloe mit Oliver eine Widerstandsgruppe bildet. Nachdem er von diesen zukünftigen Ereignissen erfahren hat, trifft Clark eine wichtige Entscheidung bezüglich Zod.
Olivers Vergangenheit kehrt zurück und verfolgt ihn in Form von The Dark Archer, Olivers ehemaligem Lehrer, der sich an seiner Schülerin rächen will, indem er Lois und Chloe ins Visier nimmt. Oliver steht The Dark Archer gegenüber, nachdem sein ehemaliger Mentor Mia AKA "Speedy" entführt hat, aber er wird bis an sein Limit getrieben und Clark rast, um ihn davon abzuhalten, einen weiteren tödlichen Fehler zu begehen.
Ein Mann namens Sylvester Pemberton spürt Chloe auf und erzählt ihr, dass er von ihrem Team von Superhelden weiß und ihre Hilfe braucht. Bevor er jedoch erklären kann, wer er ist, wird er von Icicle angegriffen und getötet. Die Ermittlungen von Clark und Chloe führen Clark zum ehemaligen Hauptsitz der Justice Society of America, wo er sich mit Nelson AKA Dr. Fate, Carter Hall AKA Hawkman und Courtney AKA Star Girl trifft. Courtney fleht Hawkman und Dr. Fate an, ihr zu helfen, den Mörder zu fassen, der es auf ihre Gruppe abgesehen hat, aber sie zögern, ihre Pflichten als Superhelden wieder aufzunehmen. Clark, John Jones, Green Arrow und Chloe schließen sich zusammen, um der JSA zu helfen, Icicle aufzuhalten, bevor er ein weiteres Mitglied der Gruppe ermordet. In der Zwischenzeit erhält Lois ein Paket von einer mysteriösen Agentur namens Checkmate, die von Amanda Waller geleitet wird.
Clark trifft Zatanna auf einer Comic-Convention, auf die ihm erzählt, dass ihr Vater ein Exemplar des Comics "Warrior Angel" verzaubert hat und dieses magische Kräfte besitzt. Ein junger Mann namens Stephen stiehlt das Comicheft und entwickelt Superkräfte, verwandelt sich in Warrior Angel und rettet Chloe vor einem schrecklichen Unfall.
Es ist Valentinstag, und während Clark ein Date mit Lois hat, wird er unwissentlich von Edelstein-Kryptonit infiziert, das magische, wunscherfüllende Eigenschaften hat. Clark erwähnt Lois gegenüber, dass er sich wünscht, sie hätten eine traditionellere Beziehung, also verlässt Lois den Daily Planet, zieht bei Clark ein und beginnt mit der Planung ihrer Hochzeit. Da Clark sich seiner neuen Macht noch immer nicht bewusst ist, sagt er Chloe auch ganz beiläufig, dass er sich wünscht, sie würde mehr Zeit damit verbringen, auf ihn aufzupassen, und so nimmt sich eine infizierte Chloe seinen Wunsch zu Herzen und richtet ihr Augenmerk auf ein neues Ziel - Lois.
Bernard Chisholm, ein Arzt, der starb und von den Kandorianern wieder zum Leben erweckt wurde, damit sie an ihm experimentieren können, entkommt und entführt einige Kandorianer, um zu beweisen, dass Außerirdische auf die Erde eingedrungen sind. Bernard versucht, Lois dazu zu bringen, eine Geschichte zu schreiben, die seine Behauptung bestätigt, aber als Lois sich weigert, entführt er auch sie. In dem Bemühen, sein Volk zu retten, gibt sich Zod als Reporter des Daily Planet aus und deckt Bernards geheimes Labor auf. Clark erreicht das Labor gerade noch rechtzeitig, um zu sehen, wie Zod erschossen wird.
Clark und Lois machen sich auf zu einem ruhigen, romantischen Ausflug aus der Stadt, aber ihre Pläne werden durchkreuzt, als sie Chloe und Oliver in ihrem Bed & Breakfast Inn treffen. Der unangenehme Moment der Paare wird durch die Ankunft der Silbernen Todesfee unterbrochen, die Clark und Oliver ins Visier nimmt. Währenddessen tritt Tess mit Zod mit einem überraschenden Ergebnis an.
Tess kreiert einen ausgeklügelten Schwindel, um Green Arrow zu entführen, und liefert ihn an Amanda Waller aus, die ihm sagt, dass die Regierung ihn für den Dienst an seinem Land rekrutiert. Green Arrow entkommt jedoch, bevor sie seine Identität aufdecken können. Nachdem Oliver Clark und Chloe auf den neuesten Stand gebracht hat, ermitteln die drei, und Clark ist überrascht, dass John Jones auch die Entführung von Oliver untersucht. Clark spürt, dass John ihm Informationen vorenthält. Oliver und Clark sind schockiert, als Tess enthüllt, dass Amanda hinter etwas namens "Wachturm" her ist. Waller droht, Chloe zu töten, es sei denn, Clark gibt ihr die Namen und Aufenthaltsorte der übrigen Mitglieder der Justice League.
Zod gibt sich weiterhin als "Der Fleck" aus und bittet Lois, eines von Tess' geheimen Labors zu untersuchen. Eine Explosion bringt das Labor ins Wanken, und Lois wird von John Corben gerettet, der Gegenstand mehrerer Experimente war. Während er die Explosion untersucht, wird Clark rotem Kryptonit ausgesetzt. Und der infizierte Clark bringt Zod in die Festung. Tess bittet Chloe um Hilfe, und sie schicken Corben hinein, um Clark daran zu hindern, all seine Geheimnisse preiszugeben.
Lois untersucht die vorzeitige Haftentlassung des Ex-Bezirksstaatsanwalts Raymond Sacks, aber er bedroht sie mit einer Waffe, wenn sie damit konfrontiert wird. Der Fleck rettet sie, wird aber von einem Lieferjungen gefilmt, der das Foto an Sacks verkaufen will. Lois und Clark versuchen jeweils, die Lieferung des Fotos zu vereiteln und treffen auf Maxwell Lord, einen wohlhabenden Tycoon und Schachmatt-Agenten, der versucht, die Identität des Flecks herauszufinden, um ihn zu eliminieren. In der Zwischenzeit lüftet Chloe Zods Geheimnis.
Maxwell Lord, auch der schwarze König genannt und Mitglied von „Checkmate“, will mit Hilfe von Sacks herausbekommen, wer sich hinter dem „Fleck“ verbirgt. Sein erklärtes Ziel ist es, alle Außerirdischen auf der Welt zu eliminieren. Sacks liefert ihm also verschiedene Personen, die den „Fleck“ bereits gesehen haben – unter anderem auch Lois.
Sehr zur Überraschung von Clark kehrt Martha Kent mit ihrem neuen Freund Perry White im Schlepptau nach Smallville zurück. Lois und Perry merken, dass sie beide an derselben Story über die Rote Königin arbeiten, und beschließen, sich zusammenzutun, was sie letztlich in ernste Gefahr bringt. Chloe hilft Clark bei der Suche nach dem Buch des Rao, das ihrer Meinung nach Informationen darüber enthält, wie man Zod und seine Armee aufhalten kann.
Zod möchte nach wie vor in dem Besitz des Buches von Rao gelangen. Erneut nimmt er Kontakt mit Lois auf, indem er sich als der Fleck ausgibt. Chloes Heldenteam schwärmt in alle Richtungen aus, doch dann bricht das ganze Satellitensystem zusammen. Glücklicherweise hatte Oliver rechtzeitig einen neuen Satelliten in den Himmel geschickt, der jetzt nur noch aktiviert werden muss. Doch die Kontrollanlage wird schwer bewacht. Clark erkennt, dass der Konflikt gegen Zod nur dann friedlich beigelegt werden kann, wenn er mit Hilfe des Buches von Rao alle Kandorianer, sich selbst eingeschlossen, auf einen anderen Planeten transportiert. Die Kandorianer, die an Zod zu zweifeln beginnen, sind bereit, mit Clark die Erde zu verlassen. Es kommt zum entscheidenden Kampf zwischen Zod und Clark.
