Die Suche nach der Technologie der Progenitoren führt die Discovery-Crew zum kargen Planeten Halem'no – einer Prä-Warp-Gesellschaft, deren fehlende Technik den Zugang zum nächsten Hinweis erschwert. Der gesuchte Hinweis, hinterlegt vom denobulanischen Wissenschaftler Dr. Hitoroshi Kreel, steckt in einem von fünf Wettertürmen, die die Denobulaner einst errichteten, um Regen auf die trockene Welt zu bringen.
Captain Michael Burnham und Sylvia Tilly schleusen sich undercover in die Bevölkerung ein und schließen sich einer religiösen Pilgerfahrt an – einem Ritual, mit dem die Halem'niten ihre Würdigkeit gegenüber ihren Göttern beweisen und um Regen bitten. Die Kultur verständigt sich neben ihrer Lautsprache über eine zweite, auf Pfeiftönen basierende Sprache, mit der sich große Entfernungen überbrücken lassen – die titelgebende „Pfeifsprache".
Was als kultureller Wettbewerb beginnt, entpuppt sich als tödlich: Weil die Türme zu versagen drohen, opfern sich die Auserwählten des Rituals im Inneren des Turms, um Regen herbeizuführen – eine Folge der denobulanischen Technik, die deren Erbauer nie vorhersehen konnten. Als das Ritual Tillys Leben bedroht, sieht sich Burnham gezwungen, die Oberste Direktive zu brechen. Ihr Eingreifen rettet sowohl Tilly als auch die Halem'niten vor dem sicheren Tod.
Tilly erkennt an Symbolen im Tempel, dass die Crew bislang den falschen Turm durchsucht hat. Aus dem Erlebten zieht sie den Schluss, dass Technologie eine gewaltige Verantwortung bedeutet – ein Gedanke, der Burnham mahnt, mit der Technologie der Progenitoren äußerst behutsam umzugehen. Nebenher sucht Culber das Gespräch mit Stamets, und Adira übernimmt eine Position auf der Brücke.
