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Der Auftakt der fünften und letzten Staffel beginnt mitten im Geschehen: Captain Michael Burnham klammert sich an ein außer Kontrolle geratenes Schiff, dessen Warpblase zu bersten droht. Eine Rückblende um vier Stunden führt zu einer Feier anlässlich des 1000-jährigen Bestehens der Föderation.
Kovich beauftragt Burnham mit einer geheimen „Roten Direktive“ – einem Auftrag, der selbst vor Admiral Vance verborgen bleibt: Von einem verlassenen romulanischen Schiff soll ein rätselhaftes Artefakt geborgen werden. Doch Burnhams Team stellt fest, dass die Plünderer Moll und L'ak ihnen zuvorgekommen sind und das Objekt – ein altes Tagebuch – bereits entwendet haben.
Bei der Verfolgung trifft Burnham auf Captain Rayner, einen seit 30 Jahren gedienten Sternenflotten-Veteranen, dessen schroffe, unkonventionelle Art immer wieder mit Burnhams Vorgehen kollidiert. Als die fliehenden Plünderer einen verheerenden Erdrutsch auslösen, müssen Rayners Schiff und die Discovery ihre Differenzen beiseitelegen und gemeinsam eine Siedlung vor der Katastrophe bewahren.
Am Ende enthüllt Kovich die Tragweite des Fundes: Das Tagebuch birgt Hinweise auf die Progenitoren – jene uralten Wesen, die einst humanoides Leben in der ganzen Galaxie ausgesät haben. Die in ihm verborgene Spur zu einer mächtigen Progenitoren-Technologie macht seine Bergung zur zentralen Aufgabe und legt den roten Faden für die finale Staffel.
Für Saru beginnt eine wehmütige Reise: Es ist seine letzte Mission als Erster Offizier der USS Discovery, bevor er seinen neuen Posten als Botschafter der Föderation antritt. Gemeinsam mit Captain Michael Burnham macht er sich auf den Weg zu einem scheinbar verlassenen Planeten, auf dem der nächste Hinweis auf das Vermächtnis der Progenitoren verborgen liegt – jener uralten Zivilisation, die vor Urzeiten das Erbgut unzähliger humanoider Völker in der Galaxis aussäte.
Bei der Föderation sorgt derweil Rayner für Aufsehen. Er muss sich vor einem Tribunal verantworten, weil er in der Vorepisode den Befehl gab, auf das Schiff der Schatzjäger Moll und L'ak zu feuern – ein Manöver, das eine Lawine auslöste, eine nahe Siedlung gefährdete und den Flüchtigen die Flucht ermöglichte. Burnham räumt vor dem Gremium ein, dass sie Rayners Vorgehen für einen schweren Fehler hält, der unnötig tausende Leben aufs Spiel gesetzt hat.
Auf dem Planeten führt die Spur Burnham und Saru zu einer alten promellianischen Grabstätte. Hinweise von Adira und Tilly ergeben, dass der Schatten der beiden Monde den Weg zu einer Säule weist, in die ein romulanisches Gedicht eingemeißelt ist. Saru entziffert die Zeilen, während das Team einer reaktivierten Verteidigungsanlage ausweichen muss, die den Ort mit einem Energiefeld schützt.
Es gelingt ihnen, die entscheidende Schlussstrophe unter der Säule zu bergen und sich zurück zur Discovery zu beamen, kurz bevor sich das Abwehrfeld wieder aufbaut. Der neue Baustein des Rätsels verweist auf das Volk der Trill als nächste Station der Suche.
Parallel spielt Cleveland Booker den Schatzjägern Moll und L'ak vor, auf ihrer Seite zu stehen, um sie auf eine falsche Fährte zu locken – und erkennt dabei, dass ihn eine persönliche Verbindung an die skrupellose Moll fesselt. Am Ende der Episode nimmt Saru Abschied von seinem Kommando, und Rayner tritt an seine Stelle als neuer Erster Offizier der Discovery.
Die Spur zur Technologie der Progenitoren führt Captain Burnham und ihre Crew auf den Trill-Heimatplaneten. Dort stoßen sie auf ein Fleckenmuster, das zu Jinaal Bix gehört – einem Symbionten-Wirt, der vor rund 800 Jahren lebte und ein Zeitgenosse der beteiligten Wissenschaftler war.
Ein Trill-Ritual erlaubt es, Jinaals Bewusstsein für begrenzte Zeit in einen anderen Körper zu übertragen. Dr. Culber stellt sich dafür zur Verfügung und wird so zur zentralen Figur dieses Abschnitts der Suche. Jinaal führt Burnham und Rayner zu einem Nest mit gefährlichen Kreaturen.
Die eigentliche Prüfung besteht darin, nicht zur Waffe zu greifen: Erst als die beiden auf Kommunikation statt auf Gewalt setzen, bestehen sie den Test. Jinaal wollte sehen, ob in ihnen „Güte" steckt – und gibt ihnen schließlich den nächsten Hinweis sowie ein weiteres Teil der Karte.
Parallel kehrt Adira nach Trill zurück und trifft Gray wieder. Zum Ende der Folge zeigt sich, dass Moll unbemerkt auf Trill eingedrungen ist und Adira ein winziges Ortungsgerät am Arm angebracht hat – was der Crew im weiteren Wettlauf um die Karte neue Probleme bereiten wird.
Am Ende der vorangegangenen Folge hat Moll der Discovery unbemerkt eine „Zeitspinne“ untergeschoben – ein Artefakt aus den Temporalen Kriegen, das Adira zugesteckt wurde. An Bord aktiviert sich das Gerät und schleudert das Schiff unkontrolliert durch verschiedene Abschnitte seiner eigenen Zeitlinie, während Moll und L’ak die Gelegenheit nutzen, um an den nächsten Hinweis der Schatzsuche zu gelangen.
Nur Captain Burnham, ihr Erster Offizier Rayner und Chefingenieur Stamets sind von den Zeitsprüngen ausgenommen und behalten ihr Bewusstsein. Gemeinsam versuchen sie, die Discovery zurück ins 32. Jahrhundert zu bringen, bevor Moll und L’ak ihren Vorsprung nutzen können.
Die drei springen durch markante Stationen der Schiffsgeschichte – vom Kampf gegen die künstliche Intelligenz Control bis zurück in die Bauphase der Discovery. Immer wieder muss Burnham frühere Versionen der Crew und sich selbst davon überzeugen, dass sie tatsächlich aus der Zukunft stammt.
In einer möglichen Zukunft zeigt sich, was auf dem Spiel steht: Die feindlichen Breen haben die Föderation ausgelöscht, weil Moll und L’ak die Technologie der Progenitoren in falsche Hände gegeben haben. Besonders schwer fällt es, das aufmüpfige Ich Michaels aus der Zeit kurz nach ihrer Meuterei zu überzeugen – eine Begegnung, die zugleich vor Augen führt, wie weit sich die Figur seit ihren Anfängen entwickelt hat.
Am Ende gelingt es dem Trio, die Zeitspinne zu neutralisieren und das Schiff zu stabilisieren. Der Zwischenfall macht jedoch deutlich, wie entschlossen Moll und L’ak vorgehen und wie knapp der Vorsprung im Wettlauf um das Erbe der Progenitoren inzwischen ist.
Auf der Jagd nach der uralten Technologie der Progenitoren verfolgt die U.S.S. Discovery das Schiff der Kurierin Moll und ihres Partners L'ak bis in eine anomalieartige Region außerdimensionalen Raums, in der der nächste Hinweis verborgen sein soll. Captain Michael Burnham und Cleveland Booker setzen mit einem Shuttle nach – doch die lebensfeindliche Umgebung zerstört sowohl das Shuttle als auch L'aks Schiff.
Alle vier stranden daraufhin an Bord eines altgedienten Wracks: der ISS Enterprise, einem Schiff aus dem Spiegeluniversum, das vor langer Zeit in den Normalraum übergewechselt ist. Der gesuchte Hinweis befindet sich ebenfalls an Bord. Burnhams Scan ortet Moll und L'ak in der Krankenstation – ein Feuergefecht bricht aus, und ein Fehlschuss löst eine automatische Abriegelung des Bereichs aus.
In einer Reihe von Rückblenden enthüllt die Folge die Vorgeschichte von Moll und L'ak. L'ak entpuppt sich als Breen – zum ersten Mal in der Geschichte von Star Trek ist ein Breen ohne Helm zu sehen – und zwar als verstoßener Neffe der Breen-Herrscherfamilie. Booker erfährt zudem, dass auf L'ak ein Erigah lastet, ein Breen-Blutkopfgeld. Parallel dazu zeigen die Erinnerungen, wie aus der Begegnung der beiden eine tiefe Verbundenheit wurde.
Um Rettung zu erwirken, nutzt Burnham den Traktorstrahl der Enterprise, um ein Notsignal an die Discovery zu senden. Commander Rayner, der seine erste Mission als Kommandant der Brückencrew meistert, findet einen Weg, die Öffnung zum außerdimensionalen Raum offen zu halten, sodass die ISS Enterprise hindurchfliegen kann. Der Hinweis wird gesichert – doch Moll und L'ak gelingt die Flucht.
Abseits der Haupthandlung öffnet sich Dr. Culber gegenüber Tilly und spricht über die einschneidende Erfahrung, die ihn zuletzt beschäftigt.
Die Suche nach der Technologie der Progenitoren führt die Discovery-Crew zum kargen Planeten Halem'no – einer Prä-Warp-Gesellschaft, deren fehlende Technik den Zugang zum nächsten Hinweis erschwert. Der gesuchte Hinweis, hinterlegt vom denobulanischen Wissenschaftler Dr. Hitoroshi Kreel, steckt in einem von fünf Wettertürmen, die die Denobulaner einst errichteten, um Regen auf die trockene Welt zu bringen.
Captain Michael Burnham und Sylvia Tilly schleusen sich undercover in die Bevölkerung ein und schließen sich einer religiösen Pilgerfahrt an – einem Ritual, mit dem die Halem'niten ihre Würdigkeit gegenüber ihren Göttern beweisen und um Regen bitten. Die Kultur verständigt sich neben ihrer Lautsprache über eine zweite, auf Pfeiftönen basierende Sprache, mit der sich große Entfernungen überbrücken lassen – die titelgebende „Pfeifsprache".
Was als kultureller Wettbewerb beginnt, entpuppt sich als tödlich: Weil die Türme zu versagen drohen, opfern sich die Auserwählten des Rituals im Inneren des Turms, um Regen herbeizuführen – eine Folge der denobulanischen Technik, die deren Erbauer nie vorhersehen konnten. Als das Ritual Tillys Leben bedroht, sieht sich Burnham gezwungen, die Oberste Direktive zu brechen. Ihr Eingreifen rettet sowohl Tilly als auch die Halem'niten vor dem sicheren Tod.
Tilly erkennt an Symbolen im Tempel, dass die Crew bislang den falschen Turm durchsucht hat. Aus dem Erlebten zieht sie den Schluss, dass Technologie eine gewaltige Verantwortung bedeutet – ein Gedanke, der Burnham mahnt, mit der Technologie der Progenitoren äußerst behutsam umzugehen. Nebenher sucht Culber das Gespräch mit Stamets, und Adira übernimmt eine Position auf der Brücke.
Mithilfe der entschlüsselten Bibliothekskarte gelangt Burnham an das letzte erhaltene Exemplar von „Labyrinths of the Mind", einem Text der betazoidischen Wissenschaftlerin Marina Derex, der den Weg zum finalen Hinweis auf den Standort der Progenitoren-Technologie weisen soll.
Das Buch selbst dient dabei nur als Behältnis für eine weitere Karte, die bei Berührung ein Programm startet und Michael in eine Gedankenwelt versetzt – eine innere Version der Eternal Gallery and Archive. Dort ist sie allein, bis auf eine von ihrem eigenen Verstand erschaffene Manifestation von Book. Während sie die abschließende Prüfung zu lösen versucht, erlöschen nach und nach die Lichter des Labyrinths; gehen alle aus, stirbt sie – und der Hinweis bliebe für immer verborgen.
Unterdessen zettelt Moll einen Umsturz an, um selbst an die Spitze des Breen-Imperiums zu treten. Als Primarch Ruhn vom Archiv die Herausgabe des nächsten Hinweises fordert, verweigert Hy'Rell dies und sperrt den Breen den Zugang zum Archiv auf unbestimmte Zeit.
Um das Eternal Archive zu retten, opfert Burnham den Hinweis auf den Schatz der Progenitoren. Nach bestandener Prüfung erfährt sie, dass ihr noch eine letzte Information fehlt, um die Technologie zu erlangen – ein Wissen, das bislang nur sie besitzt und das auf dem Bildschirm nicht ausgesprochen wird.
Nachdem Moll und die Breen eine geheimnisvolle Struktur erbeutet haben, die die Macht der Progenitoren birgt, muss Captain Burnham einen verdeckten Einsatz anführen, um sie zurückzuholen, bevor die Breen herausfinden, wie sie sich nutzen lässt.
Die Struktur liegt in einem Lagrange-Punkt zwischen zwei urzeitlichen Schwarzen Löchern und enthält ein interdimensionales Portal zu jenem Ort, an dem die fünf überlebenden Wissenschaftler des 24. Jahrhunderts die Technologie der Progenitoren versteckten.
Im Kern ist die Folge ein Raubzug an Bord eines Breen-Dreadnoughts. Das Außenteam tarnt sich in replizierten Breen-Uniformen, um sich unentdeckt über das Schiff zu bewegen, und versucht, die „Macht der Schöpfung" selbst aus den Händen der Breen zu entwenden. Aus Sorge, Moll könnte das Rätsel auch ohne den entscheidenden Hinweis lösen, folgt Burnham ihr in das interdimensionale Portal.
Das Ende der Episode bereitet die finale Auseinandersetzung mit dem Breen-Imperium auf militärischer wie diplomatischer Ebene vor: Saru kehrt zurück, um mit dem Breen-Imperium zu verhandeln, und legt damit den Grundstein für das Finale.
Das Serienfinale der fünften Staffel führt Captain Michael Burnham tief in das Portal der Progenitoren, einen Ort, an dem die gewohnten Gesetze von Raum, Zeit und Schwerkraft nicht gelten. Nachdem sie in eine wirbelsturmartige Umgebung gestürzt ist, trifft sie auf Moll, die noch immer verzweifelt nach einer Möglichkeit sucht, ihren getöteten Geliebten L'ak wiederzuerwecken. Nach einem ausgedehnten, die Schwerkraft ignorierenden Kampf schließen die beiden Frauen einen Waffenstillstand und machen sich gemeinsam auf die Suche nach der Technologie.
Burnham erkennt, dass es im Portal Bereiche „negativen Raums" gibt, und öffnet über eine solche Stelle den wahren Weg zur Technologie. An einem Steinmonument, das die Wissenschaftler des 24. Jahrhunderts für einen gefallenen Kollegen errichtet hatten, schlägt Moll erneut zu und versucht, die Technologie allein an sich zu bringen – wodurch sie sich selbst in Gefahr bringt und den Raum um das Portal instabil werden lässt.
Währenddessen verteidigt die Discovery sich gegen die Breen. Commander Rayner vernichtet die angreifenden Jäger, indem er ein Plasmafeld nahe der Schwarzen Löcher zündet, während Cleveland Booker und Doktor Hugh Culber mit einem Shuttle ausrücken, um das Portal davor zu bewahren, in ein Schwarzes Loch zu stürzen. Um das wiedererstarkte Breen-Schlachtschiff auszuschalten, nutzen Paul Stamets und Adira Tal den Sporenantrieb der Discovery, um das feindliche Schiff bis zur Galaktischen Barriere zu versetzen.
Im Zentrum des Portals löst Burnham ein Rätsel aus neun Dreiecken und tritt einer Progenitorin gegenüber – oder zumindest deren Abbild, denn die Progenitoren starben vor Milliarden Jahren aus. Diese enthüllt eine überraschende Wahrheit: Die Progenitoren haben das Leben in der Galaxis nicht selbst erschaffen, sondern es bereits vorgefunden und weiterentwickelt. Wer die Progenitoren erschuf, bleibt offen. Burnham erhält die Wahl, was mit der Technologie geschehen soll.
Nachdem Book und Culber Burnham und die verletzte Moll aus dem Portal gerettet haben und Saru gemeinsam mit Nhan Tahals Flotte mit einem unbewaffneten Shuttle zum Umkehren bewegen konnte, trifft Burnham ihre Entscheidung: Sie lässt die Technologie in den Ereignishorizont eines Schwarzen Lochs schießen. Ihre Begründung lautet, dass die Galaxis des 32. Jahrhunderts mit ihrer „unendlichen Vielfalt in unendlichen Kombinationen" diese Macht nicht mehr benötigt. Es folgen die Hochzeit von Saru und T'Rina sowie die Wiederannäherung von Book und Burnham.
Zurück im Föderations-Hauptquartier gibt sich Doktor Kovich Burnham gegenüber endlich zu erkennen: Er ist Agent Daniels, der zeitreisende Agent von der USS Enterprise, bekannt aus der Serie Enterprise. Sämtliche Aufzeichnungen über die Technologie der Progenitoren werden gelöscht.
In einer Sequenz, die Jahrzehnte später spielt, hat sich Burnham mit Book auf Sanctuary Four zur Ruhe gesetzt. Als Admiral begleitet sie ihren erwachsenen Sohn zum Föderations-Hauptquartier, wo er sein eigenes Kommando übernimmt. Eine letzte Aufgabe führt sie an Bord der Discovery: Sie bringt das Schiff samt der künstlichen Intelligenz Zora zu weit entfernten Koordinaten, wo Zora auf ein „craft" warten soll – eine direkte Verbindung zur Short-Trek-Episode „Calypso". Ein letztes Mal setzt sich Burnham in ihren Kommandosessel, sieht in Gedanken ihre alte Crew versammelt und verabschiedet sich von der Discovery.