Zum Auftakt der dritten Staffel steht Captain Carol Freeman vor einem Starfleet-Tribunal: Ihr wird vorgeworfen, im Pakled-System eine Bombe in der Hauptstadt gezündet und den Planeten zerstört zu haben. Auf der Erde erträgt ihre Tochter, Fähnrich Beckett Mariner, die Berichterstattung kaum. Ihr Vater, Admiral Alonzo Freeman, drängt sie, dem System zu vertrauen, doch Mariner ist überzeugt, dass Starfleet ihre Mutter fallen lässt, weil diese nur ein unbedeutendes Schiff der California-Klasse kommandiert.
Entschlossen, selbst Beweise zu beschaffen, holt Mariner ihre Freunde zusammen. Fähnrich Brad Boimler, der auf dem Rosinen-Weinberg seiner Familie festsitzt, sagt sofort zu; seine penibel geführten persönlichen Logbücher könnten Freeman entlasten. D'Vana Tendi und Sam Rutherford stoßen dazu, und Rutherford kennt die Koordinaten des eingezogenen Schiffs. Weil ein Schwarm leuchtender Weltraum-Lebewesen den Transporter blockiert, weichen sie auf einen Freizeitpark im historischen Bozeman aus und kapern dort einen nachgebauten Phoenix, mit dem sie die USS Cerritos erreichen.
An Bord sichern sie Boimlers Logbücher, die den Betrug belegen. Mariner geht jedoch weiter: Sie will die Cerritos stehlen und die Klingonen aufspüren, die den Pakleds die Bombe verkauft haben sollen. Ihre Freunde stellen sich dagegen; Boimler programmiert das Shuttle so um, dass es zur Cerritos zurückkehrt statt zur Erde, was in einer Bruchlandung endet. Als die Sicherheitskräfte von Starfleet auf das unbefugt gestartete Schiff aufmerksam werden, rettet Tendi die Lage mit der Behauptung, man untersuche wissenschaftlich die Fortpflanzung der leuchtenden Lebewesen.
Dann taucht Captain Freeman selbst auf und deckt die Ensigns. Der Prozess war eine Finte: Während das Tribunal lief, überführte ein Sonderteam unter Captain Morgan Bateson einen Datenfälscher, und eine Gedankenverschmelzung durch Tuvok enthüllte, dass die Pakleds ihre eigene Hauptstadt gesprengt und Freeman hereingelegt hatten, um sich auf einen rohstoffreicheren Planeten umsiedeln zu lassen. Mariners gesamte Aktion war umsonst. Wegen ihres anhaltenden Ungehorsams stellen ihre Eltern sie unter die direkte Aufsicht von Commander Jack Ransom, der nur auf einen Grund wartet, sie aus der Sternenflotte zu entlassen.
