Carter und Teal’c hoffen, dass die Alliierten des SG-1-Teams, die Asgard, das Wissen der Antiker aus O’Neills Gehirn löschen und ihn damit vor der ewigen Bewusstlosigkeit bewahren können. Bei dem Versuch, Kontakt zu ihnen aufzunehmen, wird Carter jedoch gefangen genommen. Dr. Weir und Daniel Jackson verhandeln währenddessen mit undurchsichtigen Fremden, die sich gerne mit ihnen gegen einen gemeinsamen Feind verbünden würden.
Teal’c kehrt ohne Sam zur Erde zurück, um O’Neill zu retten, bevor das Wissen der Antiker ihn tötet. Doch um eine Waffe zu bauen, die die Replikatoren vernichten kann, benötigt O’Neill genau dieses Wissen.
Die vermisste Sam erwacht unterdessen in Montana. Dort trifft sie auf ihren Freund Pete, glaubt aber, in einem Traum gefangen zu sein.
An Bord des Replikatorenschiffs muss Fifth mit ansehen, wie ein neuer Replikator mit Sams Aussehen geboren wird.
Da das SG-1-Team nur noch aus drei Personen besteht, bewirbt sich der russische Colonel Alexej Vaselov um einen Posten.
Nach einem Gespräch mit Daniel Jackson erkrankt er jedoch plötzlich. Als O’Neill ihn in Quarantäne bringen lassen will, rastet Daniel plötzlich aus.
Dr. Brightman findet bald den wahren Grund für Vaselovs Krankheit und Daniels unerklärliches Verhalten: Anubis.
Jack wird der Golfkriegsveteran und Ex-CIA-Mitarbeiter Mark Gilmor als Assistent zur Seite gestellt.
Doch der treibt ein doppeltes Spiel.
Zu allem Überfluss möchte der Präsident die Basis besuchen. Die gesamte Besatzung ist in heller Aufruhr. Doch einige Abgeordnete von Amra weigern sich zu gehen. Jack setzt alles daran, sie zur Abreise zu bewegen. Auch Camulus sorgt für Schwierigkeiten.
Daniel Jackson wird vom Rest des Teams getrennt und strandet verletzt auf einem fremden Planeten. Die Farmerin Leda gewährt ihm Unterschlupf, damit seine Verletzungen heilen können. Das SG-1-Team erfährt, dass die Bewohner des Planeten das Stargate vergöttern, und warnen sie vor der Gefahr, die von den Goa’uld ausgeht.
Der Fanatiker Soren zettelt unterdessen einen Bürgerkrieg zwischen dem Rand-Protektorat und der rivalisierenden kaledonischen Föderation an.
O’Neill wird von den Goa’uld getötet. Teal’c läuft daraufhin Amok und zerstört die Drohnen. Um in Zukunft besser auf einen Angriff der Goa’uld vorbereitet zu sein, verbessert Teal’c den Simulations-Stuhl.
Jackson will ihn bei der Kampf-Simulation unterstützen und bringt einen zweiten Stuhl samt Joystick an.
Im Verlauf des gefährlichen Spiels stehen sich Teal’c, Daniel, eine virtuelle Carter und ein virtueller O’Neill gegenüber.
Teal’c zieht nach Colorado Springs, wo er sich in seine neue Nachbarin Krista James verliebt. Doch er ahnt nicht, dass sie ein doppeltes Spiel spielt. Schließlich gerät er in den Verdacht, Kristas Freund ermordet zu haben. Daniel versucht, ihm in der schier aussichtslosen Lage zu helfen.
Samantha Carter erhält indessen von ihrem Freund Pete einen Heiratsantrag. Doch sie weiß nicht recht, wie sie darauf reagieren soll.
Der mächtige Großindustrielle Alec Colson hat etwas über das Stargate-Programm und die Existenz von Außerirdischen auf der Erde herausbekommen.
Nun droht er, mit seinem Wissen an die Öffentlichkeit zu gehen, und stellt der Regierung ein Ultimatum: Sollte sie innerhalb von 24 Stunden nicht selbst öffentlich die Karten auf den Tisch legen, wird Colson ihre Geheimnisse offenbaren.
Nun werden O’Neill und das SG-1-Team mit der schwierigen Aufgabe betraut, Colson umzustimmen. Als alle Überredungskunst nichts nutzt, muss das SG-1-Team zu drastischeren Mitteln greifen, um Colson anschaulich zu demonstrieren, warum er die Wahrheit besser für sich behalten sollte …
Unter ihrer Anführerin Ishta, einer stolzen Jaffa-Rebellin, planen die Hak’Tyl einen Großangriff auf die Goa’Uld. Vergeblich versucht das SG-1-Team Ishta und ihre Leute davon zu überzeugen, dass ihnen noch nicht genügend Krieger und Waffen zur Verfügung stehen, um erfolgreich gegen ihre Feinde vorgehen zu können.
Ishta will aber nicht mehr warten. Und ihr Hass auf den Gegner wird noch mehr geschürt, als der Systemlord Moloc den Heimatplaneten der Hak’Tyl annektieren lässt. Mit knapper Not gelingt den Rebellen die Flucht und sie finden Unterschlupf im Stargatecenter. Wutschnaubend sinnt Ishtar auf Rache und ruft zum Krieg gegen Moloc und die anderen Goa’Uld auf.
Doch schon wenig später gerät Ishta selbst in die Hände des grausamen Moloc. Jetzt ist Teal’C gefragt. Kann er die hitzköpfige Rebellin befreien?
Vor den Augen des erstaunten SG-1-Teams verschwindet plötzlich das Stargate! Alles deutet darauf hin, dass eine Gesellschaft namens „Trust“ das Sternentor in ihre Gewalt gebracht hat.
Der Trust hat es sich zum Ziel gesetzt, die Menschheit unter allen Umständen vor den Angriffen Außerirdischer zu bewahren. O’Neill und seine Leute finden heraus, dass der Trust das Stargate dazu benutzen will, einen Giftgasangriff auf die Goa’Uld zu starten. Dieses Gas würde jedoch auch die Jaffa töten. Teal’C, der sich wegen eines Jaffa-Treffens auf dem Planeten P3S-114 befindet, merkt, dass irgendetwas nicht stimmt, da er nicht mehr durch das Stargate auf die Erde zurückkehren kann.
Er ahnt jedoch nichts von der akuten Gefahr, in der er und die Jaffa schweben. Um sie zu retten, müssen Dr. Carter und das SG-1-Team versuchen, dem Trust das Sternentor wieder abzujagen.
Es existiert eine genaue Kopie von Sam Carter und diese erklärt dem SG-1-Team, dass ein Angriff von Fifth auf die Erde unmittelbar bevor stehe. Samantha Carter und das SG-1- Team beschließen ein Treffen mit der Replikantin zu organisieren, da sie der Schlüssel sein könnte, den Angriff abzuwehren. Sams Replikanten-Schwester erklärt Teal’C, dass sie seine Hilfe benötige, da sie zerstört werden möchte. Sam hat die Idee, ihren Replikanten auf dem Alpha Stützpunkt zu treffen und sie als Medium gegen Fifth einzusetzen. Während sich Fifths Raumschiff unaufhaltsam nähert, schicken die Asgard Sams Replikantin eine Antiker-Waffe, das einzige Mittel, um Replikanten wie Fifth zu zerstören. Doch können O’Neill und seine Kollegen der Replikantin wirklich vertrauen? Teal’C hat da große Zweifel.
Da man im SGC seit dem Weggang des Atlantis-Teams nichts mehr von ihm gehört hat, wird die Prometheus im Auftrag des Pentagon auf eine Expedition in die Pegasus-Galaxie geschickt. Obwohl O’Neill Daniel die Teilnahme untersagt, besteht General Hammond darauf, ihn mitzunehmen. Bereits vom Start weg verläuft die Expedition nicht nach Plan. Es geht ein Hilferuf von einem im All treibenden Schiff ein, der die Neugier von Hammond weckt. Hammond und die Crew der Prometheus haben es nun mit einem unangenehmen Gegner zu tun, der als Goa’Uld Supersoldat getarnten Kriegerin Vala. Während General Hammond und seine Mitstreiter plötzlich auf die defekte Alkesh gebeamt werden, bleibt Daniel auf dem Schiff zurück. Zwischen ihm und der attraktiven Kriegerin Vala bricht ein erbittertes Katz und Maus Spiel um die Kontrolle der Prometheus aus. Auf der Alkesh versucht der Rest der Crew derweil das Triebwerk wieder fit zu machen, um Daniel zu helfen.
Im SGC herrscht helle Aufregung: Es geht eine Meldung über einen bevorstehenden Überfall der Goa’Uld auf einen entfernten Planeten ein. Ihr Plan ist es, alle dort lebenden Menschen zu versklaven. Bei dem bedrohten Planeten handelt es sich ausgerechnet um den Himmelskörper, auf dem einst Colonel Maybourne ausgesetzt wurde. Teal’C, Daniel und Carter sollen ihn zurückbringen. Als sie dort eintreffen, staunen sie nicht schlecht, denn Maybourne ist inzwischen zum König aufgestiegen und nennt sich Arkhan. Vor geraumer Zeit ist ein Antiker mit einer Zeitkapsel auf dem Planeten gelandet und hat dort prophetische Schriftrollen hinterlassen. Dank seiner Fähigkeit, die Antikerschriften zu entziffern und so die Zukunft voraussagen zu können, verehren seine Untertanen Maybourne als König. Als Teal’C und seine Mitstreiter den Planeten erreichen, hat der Angriff der Goa’Uld bereits begonnen. Doch Teal’C entdeckt die Zeitkapsel der Antiker. Diese will er zusammen mit Maybourne gegen den feindlichen Systemlord einsetzen.
Der mysteriöse Ex-Vizepräsident Kinsey kehrt zurück. Diesmal jedoch nicht als geheimnisvolles Mitglied des Trusts. Er gibt vor, ein anderer Mensch geworden zu sein. Er will O’Neill seine Hilfe anbieten, um den Trust zu diskreditieren. O’Neill traut der neuen Rolle Kinseys jedoch nicht. Um herauszufinden, was wirklich gespielt wird, arrangiert der SGC-Commander ein Treffen zwischen Kinsey und dem Trust. Zur Überraschung aller kehrt Kinsey von dem Treffen zurück – aber er hat sich in einen Goa’Uld verwandelt . Sein wirkliches Ziel ist die Zwietracht zwischen den Menschen weiter zu schüren. Er macht deshalb als nächstes in Moskau Station, um von dort aus gegen die amerikanische Regierung zu intrigieren. Gleichzeitig ist aber auch Daniel in Moskau. Der muss schnell handeln, denn die Goa’Uld haben die russische Regierung bereits unterwandert. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt – eine militärische Konfrontation der beiden Supermächte scheint unaufhaltsam.
Jack O’Neill wird zu Hause von einem Mann überfallen und mit einer Waffe bedroht. Der Angreifer entpuppt sich als Joe Spencer, ein Friseur aus Indiana. Er behauptet, Visionen zu haben, in denen er die Missionen des SG-1 Teams sieht. Vor sieben Jahren hätte er auf einem Flohmarkt einen seltsamen Stein entdeckt, der damals die erste dieser Visionen ausgelöst hätte. Anfangs habe er die SG-1-Abenteuer seiner Familie und seinen Kunden erzählt. Doch irgendwann hätten alle genug gehabt und sich nach und nach von ihm abgewendet. Seine Ehe sei zerbrochen und sein Friseurladen Pleite gegangen. Nun will Joe Gerechtigkeit.
Jacob informiert O’Neill darüber, dass die Replikatoren immer mächtiger werden. Sie greifen immer mehr Goa’Uld-Systemlords an, und falls sie diese besiegen sollten, würden sie schon bald die ganze Galaxie beherrschen. Da die Jaffa die Replikatoren als Strafe für ihren Widerstand betrachten, schließen sich viele von ihnen wieder den Goa’Uld an, weil diese das kleinere Übel seien. Während Teal’C und Bra’Tac versuchen die Jaffa umzustimmen, arbeiten Sam und Thor an einer Waffe gegen den übermächtigen Feind. Da bittet Ba’Al überraschend das Stargate Center um Hilfe im Kampf gegen die Replikatoren.
Von Ba’Al wissen O’Neill, Sam und Jacob, dass in den Tempelruinen von Dakara eine Waffe der Antiker versteckt ist, mit der man die Replikatoren vernichten kann. Da Replikator-Carter durch ihren Gefangenen Daniel aber ebenfalls von der Waffe weiß, entbrennt ein Wettlauf gegen die Zeit. Sam und Jacob finden die Waffe, doch um alle Replikatoren gleichzeitig zu vernichten, brauchen sie Ba’Als Hilfe. Indessen überfallen die Replikatoren das Stargate Center auf der Erde, und auch Daniel gerät in tödliche Gefahr.
Während sich seine Freunde im Stargate Center fragen, was aus Daniel geworden ist, wird dieser von Oma Desala erneut vor die Wahl gestellt, als Lichtwesen aufzusteigen oder zu sterben. Als Daniel auf einer alternativen Existenzebene darüber nachdenkt, wird ihm klar, dass Anubis die Heilige Stadt der Jaffa angreifen will. Zur selben Zeit überlegt Teal’C, ob er die Erde verlassen soll, um mit Bra’Tac weiter für die Freiheit der Jaffa zu kämpfen. Sam und Jack versuchen indessen, sich endlich über ihre Beziehung klar zu werden.
Daniel überredet das SG1-Team, 5000 Jahre in die Vergangenheit zu reisen, um sich ein ZPM zu holen. Es gelingt der Crew zwar, das begehrte Objekt an sich zu bringen. Aber dann verhindern Jaffa, dass das Team zu seinem Jumper zurückkehrt. Während SG-1 in der Vergangenheit festsitzt, werden 5000 Jahre später in einer leicht veränderten Realität ohne Stargate Jack, Daniel und Sam mit einem Video konfrontiert, das offenbar sehr alt ist und sie selbst zeigt. Ihre anderen Ichs fordern sie darin auf, nach einem Sternentor zu suchen.
Nachdem Sam und Daniel dank des Videos das Stargate entdeckt haben, macht sich die neue SG-Crew auf die Suche nach dem 5000 Jahre in der Vergangenheit verschollenen SG-1-Team. Aber gleich bei ihrer Ankunft wird die neue Crew von Apophis gefangen genommen. Während Daniel von Apophis gefoltert wird, versuchen die anderen, den Teal’C dieser Epoche als Verbündeten zu gewinnen. Mit Teal’Cs Hilfe gelingt ihnen schließlich die Flucht. Sam und Jack gehen voraus, um das Raumschiff für den Start vorzubereiten. Aber dort geraten sie in einen Hinterhalt der Goa’Uld.
