Colonel Cameron Mitchell muss erst einmal das SG-1-Team neu formieren, bevor sie sich auf eine neue Mission begeben können. Doch als die Diebin Vala in die Basis eindringt und zwingt Dr. Jackson, eine Antiker-Tafel für sie zu übersetzen, führt das zur Entdeckung einer geheimen Basis der Antiker auf der Erde. Bei der Erkundung des Höhlensystems stößt das SG-1-Team unter seinem neuen Anführer Cameron Mitchell auf ein rätselhaftes Schwert in einem Stein.
Daniel, Vala, Mitchell und Teal’C haben die Prüfungen der Antiker bestanden und den Schatz gefunden. Zwischen dem Gold entdecken sie ein Gerät der Antiker und nehmen es mit ins Stargate Center, um es zu untersuchen. Es scheint ein Gerät für intergalaktische Kommunikation zu sein. Aber als Dr. Lee es mit Hilfe der Kommunikationssteine, die O’Neill vor einer Weile gefunden hatte, in Gang setzt, brechen Daniel und Vala bewusstlos zusammen. Kurz darauf erwachen sie auf einem fernen Planeten in den Körpern eines alteranischen Ehepaares.
Daniel und Vala sind immer noch in einer fernen Galaxis und fremden Körpern gestrandet. Ein Priester der Ori transportiert sie zu einem Heiligtum dieser geheimnisvollen Lichtwesen. Wie sich herausstellt, halten die Ori sich für Götter und wollen die Bewohner der Milchstraße zum Glauben an ihre barbarische Religion bekehren.
Obwohl Daniel und Vala inzwischen von den Manschetten befreit sind, stellen sie schmerzhaft fest, dass sie noch immer durch ein Energiefeld miteinander verbunden sind. Der einzige, der wissen könnte, wie man diese Verbindung kappen kann, ist der Mann, dem Vala die Manschetten gestohlen hat. Doch als Daniel, Mitchell und Vala ihn um Hilfe bitten, verlangt er im Gegenzug die Halskette seiner Mutter zurück, die ihm Vala gestohlen hatte. Aber auch der jetzige Besitzer der Kette ist nicht gut auf Vala zu sprechen und verlangt ebenfalls eine Gegenleistung.
Auf Dutzenden Planeten haben die Prioren der Ori damit begonnen, ihren Glauben zu verkünden. Vala spricht mit Colonel Mitchell über diese neue Bedrohung und erwähnt dabei, dass sie gute Kontakte zu den Bewohnern von P8X-412 hat. SG-1 wird auf den Planeten entsandt, um eine Machtübernahme durch die Ori zu verhindern. Dort angekommen erfährt das Team zu seiner Verblüffung, dass die Bewohner von P8X-412 Vala als Göttin verehren: Ihr Körper beherbergte einst die Goa’uld Qetesh, die vor dem Fall der Systemlords den Planeten beherrschte. Vala will ihre falsche Identität als Göttin nutzen, um so die Bekehrungsversuche des Priors zunichte zu machen.
Ein Prior ist auf den Jaffa-Planeten Kallana gekommen. Doch die Jaffa sind von den Lehren, die ihnen der Prior im Buch des Ursprungs präsentiert hat, nicht überzeugt. Sie lehnen es ab, die Lichtwesen als Götter anzubeten. Daraufhin erzeugt der Prior ein Energiefeld, das sich um ihn und das nahe gelegene Stargate legt. Unterdessen erhält das SGC eine Nachricht von Nerus, einem nachrangigen Goa’uld, der lange Zeit Baal gedient hat. Er will die Menschen im Kampf gegen die Ori unterstützen und macht sie auf das Energiefeld um Kallana aufmerksam, das sich inzwischen weiter ausgebreitet hat.
Vala ist seit dem Einsatz auf Kallana verschwunden und Mitchell kümmert sich wieder mehr um das SG-1-Team. Da taucht plötzlich mitten in Virginia ein Jaffa auf, der Opfer eines tödlichen Unfalls mit Fahrerflucht wird. Im SGC ermittelt man, dass der Jaffa Gerak, dem Anführer der neuen Jaffa-Nation, diente. Wieso er sich auf der Erde befand, ist rätselhaft. Mitchell und Teal’c reisen in die Jaffa-Hauptstadt auf Dakara, um Gerak persönlich zu treffen – aber der weigert sich, ihre Fragen zu beantworten. Nur die Jaffa-Anführerin Ka’lel zeigt sich aufgeschlossener und verrät den beiden, dass Ba’al unerkannt in den USA leben soll. Daniel und Sam sind unterdessen in Virginia einer Verschwörung von Firmen auf die Schliche gekommen, in die auch Ba’al verwickelt ist.
Sein Leben lang hat Teal’c Gerüchte über die Jaffa-Krieger von Sodan gehört, die vor 500 Jahren gegen den Systemlord Ishkur rebellierten und sich dann auf einen versteckten Planeten zurückzogen. Hier sollen sie noch immer in Frieden leben. Doch als das SG-1-Team den legendären Planeten entdeckt, bereitet man ihm dort keinen freundlichen Empfang: Die Gruppe gerät in einen Hinterhalt und Mitchell wird von den Sodanern verschleppt. Teal’c, Daniel und Sam gelingt es, mit einem gefangenen Jaffa zur Erde zurückzukehren. Mitchell kommt im verborgenen Lager der Sodaner wieder zu Bewusstsein. Seine Wunden sind versorgt worden – aber nur, weil er Blut der Sodaner vergossen hat. In wenigen Tagen soll er beim Kel Shak Lo, dem rituellen Kampf um Leben und Tod, gegen einen Sodaner antreten.
Das SG-1 Team findet auf einem unbekannten Planeten einen genetisch weiterentwickelten Goa’Uld-Mensch-Hybrid namens Khalek. Es stellt sich heraus, dass er einer der ersten Elitekrieger von Anubis war, der die Antiker besiegen sollte. Daniel vermutet, dass Khalek telekinetische Fähigkeiten und sogar die Heilkräfte der Antiker besitzen könnte. Jetzt muss SG-1 über die Zukunft des Kriegers entscheiden. Aber es fällt Mitchell und den anderen nicht leicht zu bestimmen, ob sie Khalek am Leben lassen können oder töten müssen, weil er ein zu großes Risiko darstellt.
Teal’C und Bra’Tac versuchen zu verhindern, dass Gerak den hohen Rat der Jaffa überredet, sich den Ori zu unterwerfen. Sam arbeitet indessen an einer Waffe, die SG-1 im Kampf gegen die Ori helfen soll. Da taucht plötzlich ein Junge im Center auf und behauptet, Orlin zu sein. Er sei nach drei Jahren zu Sam zurückgekehrt, um ihr bei der Waffe zu helfen. Aber er musste die Gestalt eines Kindes annehmen, weil dessen Gehirn eher die Kapazität habe, das Antiker-Wissen aufzunehmen. Doch bald wird klar, dass Orlin nicht viel Zeit bleibt. Zudem bricht plötzlich auch auf der Erde die von den Ori verbreitete Seuche aus.
Die Ori-Seuche verbreitet sich weiter auf der Erde – es bahnt sich eine globale Epidemie an. Carter und Orlin suchen getrennt voneinander nach einer Lösung, aber Orlin wird zunehmend schwächer: Das Wissen der Antiker in seinem menschlichen Körper zerstört nach und nach sein Gehirn. Auf Dakara wurde Gerak inzwischen zum Prior erklärt. Er ist bereit, seine gesamten Jaffa-Truppen den Ori zur Verfügung zu stellen. Teal’C und Bratac wollen um jeden Preis verhindern, dass die Jaffa noch einmal zu Dienern falscher Götter werden. Sie überzeugen ihre Gefolgsleute, eine Flotte zusammenzustellen und gegen Gerak zu rebellieren. Ihre Chancen stehen nicht gut, aber Teal’C hofft, dass Gerak schließlich doch noch die Ori betrügen wird, statt tausende Jaffa zu opfern. Daniel und Mitchell ist es inzwischen gelungen, die Sodan-Krieger auf ihre Seite zu ziehen.
SG-1 bricht zu einer diplomatischen Mission zum Planeten Galar auf, dessen Bewohner herausgefunden haben, wie das Gedächtnis von einer Person auf beliebige andere übertragen werden kann. Sie wissen aber nichts über Raumfahrt und so hofft die Erde, mit diesen Menschen Geschäfte machen zu können. Bei einer eindrucksvollen Demonstration der Gedächtnisübertragungstechnik lernt Mitchell Dr. Reya Varrick kennen, eine brillante und schöne Wissenschaftlerin, die das Projekt leitet. Mitchell wird von Reya in deren Apartment eingeladen und bei ein paar Drinks kommen die beiden sich näher. Etwas später wird Mitchell von galarischen Wächtern unsanft aus dem Schlaf gerissen. Dr. Varrick liegt tot neben ihm und an seinen Händen klebt Blut. Außerdem erinnert er sich lebhaft daran, sie getötet zu haben. Obwohl Mitchell die Tat gesteht, wollen Carter, Teal’C und Jackson ihm nicht glauben. Daniel vermutet vielmehr, dass der wahre Mörder die Erinnerung an den Mord in Mitchells Gehirn übertragen hat. Doch das zu beweisen scheint fast unmöglich – denn auf Galar ist keine Erinnerung, was sie zu sein scheint.
Das SG-1-Team kommt früher von einer Mission zurück als erwartet. Bei der Nachbesprechung erfährt General Landry zu seinem Erstaunen, dass sie einen anderen Planeten erforscht haben, als sie eigentlich sollten. In diesem Moment wird das Stargate erneut aktiviert – und ein zweites SG-1-Team kommt hindurch. Dr. Lam stellt fest, dass die Kopien von Mitchell, Carter, Daniel und Teal’c genetisch nicht von den Originalen zu unterscheiden sind. Also wer ist hier wer? Da die zweite Gruppe pünktlich und vom richtigen Planeten zurückgekehrt ist, glaubt Landry, dass dies das „echte“ SG-1 Team ist. Carter vermutet, dass das andere Team aus einer anderen, ähnlichen Realität stammt. Die beiden Gruppen tun sich zusammen, um gemeinsam eine astrophysikalische Lösung für ihr Problem zu finden. Die Zeit drängt, denn es treffen immer mehr SG-1-Teams ein und bevölkern die Basis.
Die Anführer der Jaffa beraten darüber, ob sie ihren Rat auflösen und so den Weg für demokratische Wahlen frei machen sollen. Bra’Tac und Teal’C sind zuversichtlich, eine starke Mehrheit für das Vorhaben gewonnen zu haben: Doch ein Jaffa-Anführer nach dem anderen entzieht ihnen die Unterstützung. Als schließlich sogar die überzeugten Demokraten Kal’Lel and Maz’Rai ihre Zustimmung verweigern, sind Bra’Tac und Teal’C endgültig überzeugt, dass jemand den Rat manipuliert. Sie beschließen, der Sache auf den Grund zu gehen – doch ihr im Verborgenen agierender Feind kommt ihnen zuvor. Teal’C wird entführt, und kurze Zeit später steht er einem alten Feind gegenüber: Baal, der mächtige ehemalige Systemlord, hat die Jaffa-Anführer einer Gehirnwäsche unterzogen und will sich von ihnen zum Herrscher der Jaffa-Nation ausrufen lassen.
Jared Kane, den Daniel Jackson im Krieg zwischen dem Rand-Protektorat und der Kaledonischen Föderation auf Tegalus kennen gelernt hat, trifft durch das Stargate ein. Er hat beunruhigende Nachrichten für Daniel: Mit Hilfe eines Priors der Ori hat das Rand-Protektorat eine große Satellitenwaffe gebaut. Der Anführer der Rand, Präsident Nadal, hat den Kaledoniern fünf Tage Bedenkzeit gegeben, um entweder aufzugeben oder zu sterben. Jared hat sich durch das Stargate geschlichen, um Hilfe zu holen und den drohenden Völkermord zu verhindern. Im Gepäck hat er auch erste Entwürfe für die Satellitenwaffe. Während Daniel die Rand-Regierung kontaktiert, um ihnen die Augen über die wahre Natur der Ori zu öffnen, beschäftigen sich Mitchell und Carter, die wenig Vertrauen in die Diplomatie haben, mit den Zeichnungen, die Jared mitgebracht hat. Falls Daniels Plan misslingen sollte, wollen sie mit der Prometheus nach Tegalus fliegen und die Waffe im Orbit zerstören.
Während der Untersuchung einer extrem abhängig machenden Substanz namens Kassa, die überall in den Galaxien verkauft wird, gelangt SG-1 auf den Planeten P6G-462. Es ist ein vornehmlich landwirtschaftlich geprägter Planet, auf dem auch der Drogenhandel floriert. Mitchell hat dort ein Treffen mit Worrel, einem skrupellosen Kassa-Händler der Luzianischen Allianz, arrangiert. Daniel, Carter und Teal’c verbergen sich, während Mitchell den interessierten Käufer spielt, aber Worrel schöpft Verdacht. Kurze Zeit später muss die SG-1-Crew zurück zum Stargate flüchten, da Worrels Bande sie verfolgt. Als sie beim Stargate eintreffen, verschwindet dieses jedoch plötzlich.
SG-1 muss auf Befehl des Pentagons den Diplomaten Richard Woolsey und drei Repräsentanten anderer Staaten auf einer Tour zum Gamma-Stützpunkt begleiten. Auf diesem außerirdischen Stützpunkt treffen die britischen, französischen und chinesischen Diplomaten auf Wissenschaftler, die dort außerirdische Käfer untersuchen. Die Insekten könnten nach Meinung der Forscher von den Prioren geschaffen worden sein. Einer der untersuchten Käfer bricht aus dem Laborraum aus und tötet einen Wissenschaftler. Die restlichen Käfer vermehren sich in der darauf folgenden Zeit rasend schnell und übernehmen den Torraum.
Nach einer langen arbeitsreichen Nacht an einer Antiker-Maschine, die im englischen Glastonbury gefunden wurde, scheint Carter endlich das Rätsel um das Gerät entschlüsselt zu haben. Im Beisein von Mitchell aktiviert sie den Startmechanismus und beide landen auf einmal in einer anderen Dimension. Unsichtbar und machtlos müssen sie zusehen, wie ihre Freunde versuchen herauszufinden, wohin sie verschwunden sind. Ein Notruf der Krieger von Sodan unterbricht Teal’c und Daniel bei der Suche nach Carter und Mitchell. Zusammen mit SG-12 bricht Teal’c zum Heimatplaneten der Sodaner auf, wo ein brutales Massaker stattgefunden hat. Der Anführer der Sodaner, Haikon, ringt mit dem Tod, während er erklärt, was passiert ist. Ein Prior der Ori hat einen Sodaner, Volnek, in einen wahnsinnigen Killer verwandelt. Unsichtbar durch das Armband der Sodaner hat Volnek seine Kameraden abgeschlachtet und ist immer noch unterwegs auf der Suche nach weiteren Opfern.
Vala taucht in Daniels Körper beim Stargatekommando auf. Sie erzählt von einem geplanten Kreuzzug der Ori gegen die Ungläubigen im Universum. Die Ori wollen durch ein Superstargate in die Milchstraße eindringen. Ein intergalaktischer Heiliger Krieg scheint unausweichlich.
Der heilige Krieg zwischen den Menschen und den Ori scheint unausweichlich. Die Übermacht der Ori könnte nur durch die geheimnisvolle Waffe des Zauberers Merlin gebrochen werden, die sich der Legende nach in Camelot befinden soll.
