Ark One nimmt Kontakt zur manövrierunfähig im All treibenden Ark Three auf, die auf keinen Funkspruch reagiert. Lieutenant James Brice fliegt mit dem Transporter zur Rückseite des Schiffs und stellt fest, dass es dieselben Beschädigungen aufweist wie einst die Ark One. Captain Sharon Garnet stellt ein Enterkommando zusammen: Brice, Spencer Lane, Eva Markovic, Felix Strickland, Sasha Novak und Jelena Griff setzen an Bord über.
Im Inneren finden sie überall die erstickten Leichen der Besatzung. Das Team teilt sich auf. Lane wird auf der Brücke aus dem System ausgesperrt, während Brice, Eva und Sasha entdecken, dass die Schlafkojen keine Kryokapseln enthalten, sondern große Mannschaftsquartiere. In den Kapitänsräumen gerät Sasha in eine Falle, als das System einen Biogefahren-Alarm auslöst, und wird erst im letzten Moment gerettet. Beim Scannen der Toten stößt Strickland auf seinen eigenen Ehemann Robert, der gar nicht an Bord hätte sein dürfen.
Lane findet mit Kelly Fowler eine Überlebende. Sie berichtet, dass zunächst zwölf Menschen überlebten, sich dann aber in zwei verfeindete Lager spalteten; von ihrer Seite blieben nur sie und ihr Freund Ross. Ross wird zur Ark One gebracht, stirbt dort jedoch an inneren Blutungen. Kelly enthüllt die Wahrheit: Nach dem Start perfektionierte die Milliardärin Evelyn Maddox einen Überlichtantrieb, mit dem die Arks nachgerüstet wurden. Die Ark Two verdampfte beim Sprung, die Ark Three wurde nach Proxima B umgeleitet, mit Angehörigen der Ark-One-Crew an Bord. Die Erde ist weit schneller unbewohnbar geworden als vorhergesagt.
Beim Sammeln von Waffen erfährt Strickland von Kelly, dass seine Tochter auf der Erde bei einem Aufstand ums Leben kam; überzeugt, dass Waffen im All nichts zu suchen haben, stößt er das Arsenal ins Vakuum, während Kelly heimlich eine Pistole behält. Die Ark Three wird ausgeschlachtet, um die Ark One zu versorgen. Als Eva den Maddox-Antrieb ausbauen will, löst sie eine Selbstzerstörung aus, die sie und Brice einschließt und nur mit fehlenden Override-Codes zu stoppen wäre. Lane rettet beide in letzter Sekunde: Er weckt heimlich William Trust aus dem Kälteschlaf, dessen Hintertür-Codes die Sequenz abbrechen. Zugleich finden Alicia Nevins und Angus Medford heraus, dass die Ark Three von der Ark Fifteen angegriffen wurde.
