Nach dem Auftauchen zweier Fremder aus den Kälteschlafkapseln versucht Lt. Spencer Lane, William Trust — dem Erschaffer der Arks — bei der Eingewöhnung zu helfen. Dessen Frau Helena misstraut Lane und schlägt ihn bewusstlos. Lt. Sharon Garnet kann Lane nicht erreichen und lässt nach ihm suchen. Alicia zeigt derweil Aufnahmen von Ark Three, die belegen, dass das eigentlich noch in Produktion vermutete Ark Fifteen Ark Three angegriffen hat — auf dem Schiff prangt der Name Maddox statt Trust.
Ein Suchtrupp aus Felix, Alicia, Brice und Jelena durchkämmt das Schiff nach Lane. Kelly, die Überlebende von Ark Three, flirtet mit Angus und hält ihn davon ab, Alicia bei Nachforschungen über Ark Fifteen zu helfen. Eine Rückblende enthüllt, dass Trust von Evelyn Maddox aus seinem eigenen Unternehmen gedrängt wurde und Helena ihn betäubt an Bord von Ark One schmuggelte.
Als Lane gefunden ist, befragt Garnet ihn zu seiner Verbindung zu den Trusts; weil er das Verheimlichen ihrer Anwesenheit nicht befriedigend erklären kann, entzieht sie ihm den Leutnantsrang. William, den die Crew ablehnt, will sich nützlich machen und erfährt, dass Eva und Alicia den FTL-Antrieb an das Haupttriebwerk der Ark One anpassen.
Trust rät vom FTL-Sprung ab, doch Garnet gibt den Test frei. Der Sprung wirft die Crew in eine Zeitschleife, in der sie Momente von wenigen Minuten zuvor erneut erlebt und mehrere Versionen ihrer selbst sieht. William hilft Eva und Alicia, das FTL-Gerät wieder vom Haupttriebwerk zu trennen, woraufhin sich die Lage normalisiert.
Zum Schluss besucht William Cat Brandice in ihrem Quartier; es zeigt sich, dass beide auf der Erde eine Affäre hatten. Cat schwört William und dem geheimnisvollen „Juno-Projekt“ ihre Treue. Beim Verlassen des Quartiers trifft William auf Lane, der die Seiten gewechselt zu haben scheint und nicht länger bereit ist, hinter Garnet zurückzustehen.