„Der Preis“ ist eine reine Rückblendenfolge, die die fünf Jahre zwischen dem Ende der ersten Staffel und den Ereignissen der zweiten füllt. Nahezu die gesamte Episode dreht sich um Joel und seine Beziehung zu Ellie – erzählt anhand mehrerer Geburtstage, die sie seit ihrer Ankunft in Jackson gefeiert hat.
Zum 15. Geburtstag baut Joel Ellie eine Gitarre, lässt bei Seth eine Torte backen und singt ihr das Lied „Future Days“ vor. Zum 16. – originalgetreu dem Videospiel nachempfunden – nimmt er sie mit in ein Museum und gibt sich alle Mühe, ihr eine Freude zu machen. Mit 17 hat sich Ellie verändert: Joel erwischt sie mit einem 19-jährigen Freund, der ihre vernarbte Bisswunde am Arm übertätowiert. Die wachsende Distanz zwischen den beiden wird spürbar.
Zu Ellies 19. Geburtstag darf sie Joel erstmals auf Patrouille begleiten. Obwohl er eine leichte Route wählt, werden sie zum Einsatz gerufen, als eine andere Gruppe auf Infizierte trifft. Dabei stellt sich heraus, dass Eugene gebissen wurde. Eugene fleht Joel an, ihn nach Jackson zurückkehren zu lassen, um sich von seiner Frau zu verabschieden – doch Joel erschießt ihn auf einer Klippe. Er belügt und manipuliert Ellie, schickt sie zu den Pferden, um Zeit zu gewinnen, und tötet Eugene in ihrer Abwesenheit. Den letzten Moment der Menschlichkeit, den Joel Eugene gewährt, bekommt Ellie nicht mit; als Joel über Eugenes Tod lügt, geht sie wütend davon – der Ursprung ihres Zerwürfnisses zu Beginn der zweiten Staffel.
Am Ende sitzt ein niedergeschlagener Joel mit der Gitarre da, die er Ellie geschenkt hat, als sie zu ihm kommt. Endlich bringt sie es über sich, ihn nach Salt Lake City zu fragen. Joel gesteht ihr die Wahrheit: Sie wäre gestorben, wäre das Heilmittel hergestellt worden. Er würde die Fireflies wieder töten, weil er sie liebt. Ellie erwidert, sie wisse nicht, ob sie ihm verzeihen könne – aber sie wolle es versuchen. Es ist, wie sich später zeigt, das letzte Gespräch der beiden vor Joels Tod.
