Nach der Folterung von Nora kehrt Ellie ins Theater zurück und gesteht Dina, was sie herausgefunden hat: Joel hat in Salt Lake City die Fireflies niedergemetzelt – darunter Abbys Vater –, um Ellie zu retten. Die verstörte Dina will daraufhin nach Hause zurück.
An ihrem dritten Tag in Seattle brechen Ellie und Jesse auf, um Tommy zu finden, und geraten über Ellies Selbstsucht aneinander. Jesse hindert sie daran einzugreifen, als WLF-Soldaten einen jungen Serafiten überfallen. Er erfährt, dass Dina sein Kind erwartet, und erzählt von einer Frau, mit der er nach Mexiko hätte gehen können, aus Loyalität zur Gemeinschaft aber blieb. Als Ellie ein Aquarium entdeckt, wird ihr klar, dass Abby sich dort aufhält. Jesse gesteht wütend, gegen den Rachefeldzug gestimmt zu haben, um die Gemeinschaft zu schützen; er sucht weiter nach Tommy, während Ellie zum Aquarium aufbricht.
Unterdessen bereitet WLF-Anführer Isaac den Angriff auf die Insel der Serafiten vor. Das Verschwinden von Abbys Gruppe beunruhigt ihn, denn Abby soll einmal seine Nachfolge antreten.
Auf dem Weg wird Ellie von einer riesigen Welle erfasst und an der Insel der Serafiten angespült, wo man sie gefangen nimmt. Die WLF-Invasion lenkt die Serafiten ab, und Ellie entkommt. Im Aquarium stellt sie Abbys Freunde Owen und Mel und verlangt Abbys Aufenthaltsort. Als Owen zu einer versteckten Waffe greift, erschießt Ellie ihn – die Kugel trifft auch die schwangere Mel am Hals. Mel fleht Ellie an, ihr Baby per Kaiserschnitt zu retten, doch Ellie ist zu geschockt, ehe Mel stirbt. Tommy und Jesse bringen die aufgelöste Ellie zurück ins Theater.
Zurück im Theater versöhnt sich Ellie mit Jesse und will endlich nach Hause. Ein Tumult lockt beide ins Foyer – wo Abby Jesse aus nächster Nähe erschießt. Sie ist gekommen, um ihre Freunde zu rächen, und hält Tommy in Schach. Ellie ergibt sich und fleht um Tommys Leben; sie gesteht Abby, ihre Freunde getötet zu haben, und dass sie diejenige ist, für die Joel Abbys Vater tötete. Abby hält ihr entgegen, sie habe ihre Chance zu leben vertan, richtet die Waffe auf Ellie – und ein Schuss fällt.
Dann springt die Erzählung drei Tage zurück: zur WLF-Basis in einem ehemaligen Sportstadion, wo Manny Abby weckt, weil Isaac beide zu sich gerufen hat. Damit endet die Staffel auf einem Cliffhanger und kündigt an, die Geschichte in der dritten Staffel aus Abbys Perspektive weiterzuerzählen.
