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Der Staffelauftakt knüpft an das Ende der ersten Staffel an: Joel schwört Ellie, dass seine Geschichte über die Fireflies der Wahrheit entspricht. Ellie zögert, ehe sie "Okay" sagt, und beide gehen weiter in Richtung der sicheren Siedlung Jackson. In Salt Lake City begraben die verbliebenen Fireflies ihre Toten aus dem Massaker im Krankenhaus. Abby drängt darauf, Joel aufzuspüren, lässt sich aber von Owen überreden, sich zunächst in Seattle neu zu sammeln – und schwört, Joel langsam zu töten.
Fünf Jahre später, Ende 2028, haben sich Joel und Ellie infolge von Joels Lüge zunehmend voneinander entfremdet. Beim Kampftraining weist Jesse Ellies Gegner an, sich zurückzuhalten – aus Furcht vor Joels aufbrausender Art. Ellie besteht jedoch auf Gleichbehandlung.
Auf Joels Bitte hin nimmt Tommy Ellie von der Patrouille, doch Ellie setzt sich durch und tritt ihren Einsatz an. Während sie mit ihrer engen Freundin Dina in einem verlassenen Supermarkt Infizierte ausräumt, wird sie von einer neuen Art Infizierter überrascht, die sich lautlos anschleicht und sie regelrecht jagt. Ellie tötet die Kreatur, nachdem diese sie gebissen hat – was ihr dank ihrer Immunität nichts anhaben kann – und meldet die Existenz des neuen Typs dem Rat von Jackson.
Während Joel und die übrigen Bewohner die verfallenen Gebäude Jacksons wieder aufbauen, drängt Maria ihn zu schnellerer Arbeit, um die wachsende Zahl an Flüchtlingen unterzubringen. Joel schlägt vor, keine weiteren aufzunehmen, woraufhin Maria ihn daran erinnert, dass auch er und Ellie einst als Flüchtlinge nach Jackson kamen. In seiner Sitzung bei der Psychotherapeutin Gail gesteht diese ihren Groll darüber, dass Joel ihren Mann Eugene getötet hat. Überwältigt von seinen Gefühlen gesteht Joel, dass er Ellie damals gerettet hat.
Auf einer Silvesterfeier tanzt Dina mit Ellie, und die beiden küssen sich – worauf der Barbesitzer Seth eine homophobe Beleidigung ausspricht. Joel geht auf Seth los, doch Ellie erklärt ihm, sie brauche seine Hilfe nicht, und er zieht sich zurück. Später sieht sie ihn auf seiner Veranda Gitarre spielen, spricht ihn jedoch nicht an. Unbemerkt von den Bewohnern dringen derweil Cordyceps-Ranken durch ein gebrochenes Rohr nach Jackson vor, während Abby und ihre Gefährten in der Nähe eintreffen und die Stadt aus der Ferne beobachten.
Die Folge beginnt mit einem Albtraum Abbys: Sie erlebt erneut den Moment, in dem sie als junge Frau die Leiche ihres Vaters im Operationssaal des Krankenhauses entdeckte. Sie erwacht in einer Lodge in der Nähe von Jackson. Ihre Gruppe – Owen, Nora, Mel und Manny – erkennt bei Tageslicht, dass Jackson eine große, gut befestigte und von Patrouillen gesicherte Stadt ist. Owen drängt darauf, die Mission aufzugeben und nach Seattle zurückzukehren, doch Abby übernimmt bei aufziehendem Schneesturm die erste Wache.
In Jackson wollte Ellie ihre Patrouille eigentlich mit Joel gehen, doch weil er sie ausschlafen ließ, zog er bereits früher mit Dina los. So bricht Ellie stattdessen mit Jesse zu ihrer Runde auf – ihr letztes richtiges Gespräch mit Joel bleibt der Streit auf der Silvesterfeier.
Eine riesige Horde Infizierter, die reglos unter dem Schnee der Berge ausharrte, erwacht und wälzt sich direkt auf Jackson zu. Die Stadt bereitet sich auf den Kampf ums Überleben vor. In der "Schlacht von Jackson" leisten die Bewohner erbitterten Widerstand: Tommy greift zum Flammenwerfer, ein gewaltiger Bloater durchbricht das Tor, und Tommy lockt das Ungetüm von Maria weg, die daraufhin Hunde auf die Angreifer hetzt. Am Ende überstehen Tommy und Maria die Schlacht.
Abby stürzt derweil einen verschneiten Hang hinab und landet inmitten eingefrorener Leichen, aus denen eine Horde Infizierter emporschnellt. In höchster Not wird sie ausgerechnet von Joel und Dina gerettet, die ihren Angreifer erschießen. Joel, durch seine Zeit mit Ellie milder geworden, bietet der Fremden an, sie zur Lodge ihrer Gruppe zu bringen.
In der Lodge überwältigt Abbys Gruppe Joel und Dina. Abby offenbart, dass der von Joel getötete Arzt ihr Vater war. Sie schießt Joel ins Bein und prügelt ihn anschließend brutal nieder. Ellie, die den beiden gefolgt ist, wird zu Boden gezwungen und muss den Tod Joels mit ansehen. Verzweifelt fleht sie ihn an aufzustehen und schwört Abby und ihrer Gruppe Rache.
Nach der Schlacht kehrt in Jackson eine bedrückte Ruhe ein. In den Schlussmomenten bringen Jesse, Dina und eine am Boden zerstörte Ellie Joels in ein Tuch gehüllten Leichnam hinter ihren Pferden zurück in die Stadt.
Die Folge setzt unmittelbar nach den erschütternden Ereignissen ein: Jackson liegt in Trauer, während Tommy in einem stillen Moment Joels Leichnam wäscht. Ellie erwacht im Krankenhaus und schreit vor Schmerz auf, als sie sich an Joels Tod erinnert.
Drei Monate später wird die Stadt allmählich wieder aufgebaut, und Ellie gilt als körperlich genesen. In einer psychologischen Sitzung mit Gail geht es um Joels Tod und um deren letzte gemeinsame Sitzung mit ihm, in der er sagte, er habe Ellie gerettet. Ellie behauptet, nicht zu wissen, worauf er sich bezog, und beteuert, seelisch wiederhergestellt zu sein. In Joels Haus trauert sie um ihn, bis Dina eintrifft und ihr mitteilt, dass die Mörder – Mitglieder der Washington Liberation Front (WLF) – ihren Stützpunkt in Seattle haben.
Bei einer Bürgerversammlung sprechen sich mehrere Einwohner dagegen aus, einen Trupp nach Seattle zu schicken. Seth fordert zornig, die Gruppe solle stattdessen Jackson und dessen Ruf verteidigen. Ellie verliest einen vorbereiteten Brief und wirbt dafür, den Trupp im Namen der Gerechtigkeit und nicht der Rache auszusenden. Der Rat lehnt den Antrag dennoch mehrheitlich ab.
Tommy sorgt sich im Gespräch mit Gail, Ellie könne außer Kontrolle geraten; Gail entgegnet, manche Menschen ließen sich nicht vor sich selbst und ihren Taten bewahren. Als Ellie sich anschickt, allein nach Seattle aufzubrechen, erklärt Dina, sie werde mitkommen. Seth versorgt die beiden heimlich mit einem Pferd und Proviant und hilft ihnen bei der leisen Abreise.
Am nächsten Morgen legt Ellie Kaffeebohnen auf Joels Grab. Auf dem Weg nach Seattle sprechen sie und Dina über ihren Kuss auf der Silvesterparty und behaupten, er habe nichts bedeutet; Dina erzählt außerdem von ihren Sorgen um Jesse. Vor der Stadt stoßen sie auf eine Gruppe getöteter Seraphiten – eine religiöse Gemeinschaft aus Seattle –, darunter ein junges Mädchen, die auf der Flucht gejagt worden waren; der Anblick lässt Dina sich übergeben. In Seattle angekommen, fällt ihnen das Fehlen von WLF-Kämpfern auf. Ohne dass die beiden es ahnen, marschiert derweil ein Konvoi aus Dutzenden WLF-Soldaten mit Panzerfahrzeugen durch die Straßen.
„Tag Eins“ verlagert die Handlung von Jackson nach Seattle und etabliert den Schauplatz für den weiteren Verlauf der Staffel. Eine Rückblende elf Jahre in die Vergangenheit stellt Sergeant Isaac Dixon vor, der sich gegen die FEDRA wendet und einer örtlichen Widerstandsbewegung anschließt – der Keimzelle der späteren WLF.
In der Gegenwart verhört Isaac einen gefangenen Seraphiten, um etwas über deren nächsten Schritt zu erfahren. Als der Mann selbst unter Folter schweigt, erschießt Isaac ihn kaltblütig – ein Vorgeschmack auf die Härte des Konflikts zwischen der WLF und den Seraphiten.
Ellie und Dina erkunden derweil das verlassene Seattle. In einem Plattenladen spielt Ellie auf einer Gitarre eine schwermütige Version von „Take On Me“ für Dina – ein seltener zärtlicher Moment inmitten ihrer Rachemission.
Als die beiden von Infizierten angegriffen werden, wird Ellie gebissen, während sie Dina schützt. So erfährt Dina die Wahrheit: Ellie ist immun. Im Gegenzug vertraut Dina ihr an, dass sie schwanger ist – das Kind stammt von Jesse. Zum Schluss fangen die beiden über Funk WLF-Gespräche auf, die Noras Aufenthaltsort preisgeben und sie Abby einen Schritt näher bringen.
Die Folge beginnt mit der Aussage von Sergeant Park über das Krankenhaus der Stadt. Ihr Sohn Leon hatte sich im Keller mit dem Cordyceps-Pilz infiziert, woraufhin sie die schwere Entscheidung traf, die Infizierten dort einzuschließen. Weil die WLF das Krankenhaus als Ressource nicht verlieren will, beschließt die Führung, den Kellerzugang zu versperren und sich auf die oberen Etagen zu beschränken.
Am zweiten Tag in Seattle fängt Dina den Funkverkehr der WLF ab und trianguliert das Signal, während Ellie den Generator im Untergeschoss in Gang bringt. Dina findet eine Route zum Krankenhaus, die jedoch durch ein großes, von Infizierten wimmelndes Gebäude führt. Unterwegs stoßen die beiden auf einen Haufen Leichen und die an die Wand geschmierte Botschaft „Feel her love“ – das Werk der Seraphiten.
Im Inneren des Gebäudes geraten Ellie und Dina an eine Gruppe verständiger Infizierter. In höchster Not rettet sie Jesse, der gemeinsam mit Tommy aus Jackson angereist ist; die beiden hatten die im Theater zurückgelassene Triangulationskarte gefunden. Weil WLF-Soldaten das Gebäude umstellen, muss die Gruppe fliehen.
Im Park geraten sie zwischen die Fronten: Die Seraphiten opfern einen gefangenen Soldaten im Namen ihrer Gottheit. Dina wird von einem Pfeil getroffen. Während Ellie die Kultisten von den anderen weglockt, gelingt Dina und Jesse die Flucht aus dem Wald. Ellie entkommt einem Soldaten samt Spürhund und schleicht sich allein ins Krankenhaus.
Dort steht Ellie schließlich Nora gegenüber. Nora entkommt zunächst und ruft um Hilfe, doch der Fahrstuhl bringt sie hinab auf Ebene B2 – jenen sporenverseuchten Kellerbereich, der zu Beginn der Folge versiegelt wurde. Ellie stellt sie und erfährt, dass Abbys Vater jener Arzt war, den Joel einst tötete. Während Ellie mit einem Rohr auf Nora einschlägt, um Abbys Aufenthaltsort zu erpressen, blendet die Folge zum Schluss in eine Rückblende: Joel betritt Ellies Zimmer.
„Der Preis“ ist eine reine Rückblendenfolge, die die fünf Jahre zwischen dem Ende der ersten Staffel und den Ereignissen der zweiten füllt. Nahezu die gesamte Episode dreht sich um Joel und seine Beziehung zu Ellie – erzählt anhand mehrerer Geburtstage, die sie seit ihrer Ankunft in Jackson gefeiert hat.
Zum 15. Geburtstag baut Joel Ellie eine Gitarre, lässt bei Seth eine Torte backen und singt ihr das Lied „Future Days“ vor. Zum 16. – originalgetreu dem Videospiel nachempfunden – nimmt er sie mit in ein Museum und gibt sich alle Mühe, ihr eine Freude zu machen. Mit 17 hat sich Ellie verändert: Joel erwischt sie mit einem 19-jährigen Freund, der ihre vernarbte Bisswunde am Arm übertätowiert. Die wachsende Distanz zwischen den beiden wird spürbar.
Zu Ellies 19. Geburtstag darf sie Joel erstmals auf Patrouille begleiten. Obwohl er eine leichte Route wählt, werden sie zum Einsatz gerufen, als eine andere Gruppe auf Infizierte trifft. Dabei stellt sich heraus, dass Eugene gebissen wurde. Eugene fleht Joel an, ihn nach Jackson zurückkehren zu lassen, um sich von seiner Frau zu verabschieden – doch Joel erschießt ihn auf einer Klippe. Er belügt und manipuliert Ellie, schickt sie zu den Pferden, um Zeit zu gewinnen, und tötet Eugene in ihrer Abwesenheit. Den letzten Moment der Menschlichkeit, den Joel Eugene gewährt, bekommt Ellie nicht mit; als Joel über Eugenes Tod lügt, geht sie wütend davon – der Ursprung ihres Zerwürfnisses zu Beginn der zweiten Staffel.
Am Ende sitzt ein niedergeschlagener Joel mit der Gitarre da, die er Ellie geschenkt hat, als sie zu ihm kommt. Endlich bringt sie es über sich, ihn nach Salt Lake City zu fragen. Joel gesteht ihr die Wahrheit: Sie wäre gestorben, wäre das Heilmittel hergestellt worden. Er würde die Fireflies wieder töten, weil er sie liebt. Ellie erwidert, sie wisse nicht, ob sie ihm verzeihen könne – aber sie wolle es versuchen. Es ist, wie sich später zeigt, das letzte Gespräch der beiden vor Joels Tod.
Nach der Folterung von Nora kehrt Ellie ins Theater zurück und gesteht Dina, was sie herausgefunden hat: Joel hat in Salt Lake City die Fireflies niedergemetzelt – darunter Abbys Vater –, um Ellie zu retten. Die verstörte Dina will daraufhin nach Hause zurück.
An ihrem dritten Tag in Seattle brechen Ellie und Jesse auf, um Tommy zu finden, und geraten über Ellies Selbstsucht aneinander. Jesse hindert sie daran einzugreifen, als WLF-Soldaten einen jungen Serafiten überfallen. Er erfährt, dass Dina sein Kind erwartet, und erzählt von einer Frau, mit der er nach Mexiko hätte gehen können, aus Loyalität zur Gemeinschaft aber blieb. Als Ellie ein Aquarium entdeckt, wird ihr klar, dass Abby sich dort aufhält. Jesse gesteht wütend, gegen den Rachefeldzug gestimmt zu haben, um die Gemeinschaft zu schützen; er sucht weiter nach Tommy, während Ellie zum Aquarium aufbricht.
Unterdessen bereitet WLF-Anführer Isaac den Angriff auf die Insel der Serafiten vor. Das Verschwinden von Abbys Gruppe beunruhigt ihn, denn Abby soll einmal seine Nachfolge antreten.
Auf dem Weg wird Ellie von einer riesigen Welle erfasst und an der Insel der Serafiten angespült, wo man sie gefangen nimmt. Die WLF-Invasion lenkt die Serafiten ab, und Ellie entkommt. Im Aquarium stellt sie Abbys Freunde Owen und Mel und verlangt Abbys Aufenthaltsort. Als Owen zu einer versteckten Waffe greift, erschießt Ellie ihn – die Kugel trifft auch die schwangere Mel am Hals. Mel fleht Ellie an, ihr Baby per Kaiserschnitt zu retten, doch Ellie ist zu geschockt, ehe Mel stirbt. Tommy und Jesse bringen die aufgelöste Ellie zurück ins Theater.
Zurück im Theater versöhnt sich Ellie mit Jesse und will endlich nach Hause. Ein Tumult lockt beide ins Foyer – wo Abby Jesse aus nächster Nähe erschießt. Sie ist gekommen, um ihre Freunde zu rächen, und hält Tommy in Schach. Ellie ergibt sich und fleht um Tommys Leben; sie gesteht Abby, ihre Freunde getötet zu haben, und dass sie diejenige ist, für die Joel Abbys Vater tötete. Abby hält ihr entgegen, sie habe ihre Chance zu leben vertan, richtet die Waffe auf Ellie – und ein Schuss fällt.
Dann springt die Erzählung drei Tage zurück: zur WLF-Basis in einem ehemaligen Sportstadion, wo Manny Abby weckt, weil Isaac beide zu sich gerufen hat. Damit endet die Staffel auf einem Cliffhanger und kündigt an, die Geschichte in der dritten Staffel aus Abbys Perspektive weiterzuerzählen.