Nach dem Angriff auf Rama-Tuts futuristischen Tempel dringen Magneto, Professor X und ihre Verbündeten in dessen Innerstes vor – ein Schiff, das sich als Ursprung der außerirdischen Technologie entpuppt. Rama-Tut, eine zeitreisende Variante von Kang dem Eroberer, stellt sich ihnen entgegen, und ein gewaltiger Kampf entbrennt. Trotz aller Bemühungen gelingt es den X-Men nicht, En Sabah Nur aufzuhalten: Er verschmilzt endgültig mit der celestischen Technologie und vollzieht damit seine Verwandlung zu Apocalypse.
Dabei stellt sich heraus, dass der Celestier Eson gezielt auf Nur eingewirkt hatte. Da die Celestier von der Vorstellung des Überlebens der Stärksten besessen sind, war Nurs Aufstieg zu Apocalypse von Anfang an vorgesehen – als Werkzeug, um Wesen auszulöschen, die sich nicht schnell genug weiterentwickeln. Auch Rama-Tuts wahre Identität wird enthüllt: Er ist Kang der Eroberer, der versucht hatte, die Zeitlinie zu kontrollieren, nun aber vor dem erstarkten Apocalypse fliehen muss.
Den entscheidenden Wendepunkt markiert Magneto: Er stellt sich Apocalypse' gewaltiger Gravitationswaffe allein entgegen und schwer gezeichnet gelingt es ihm, die Stadt vor der Zerstörung zu bewahren. Geschwächt von der Kraftanstrengung, hat er Apocalypse jedoch nichts mehr entgegenzusetzen: Dieser tötet ihn vor den Augen von Professor X. Zurück bleibt nur Magnetos Helm, den Charles in den Händen hält.
Ein Großteil der X-Men kehrt schließlich in die Gegenwart zurück – allerdings ohne Apocalypse aufgehalten zu haben, im Gegenteil: Ihr Eingreifen in der Vergangenheit hat seinen Aufstieg erst ermöglicht. In einer Szene nach dem Abspann trifft Wolverine auf Captain America und Black Widow, die ihm eine Akte mit der Aufschrift „Weapon X” übergeben und ihre Unterstützung anbieten.
