1963, neun Jahre nach der letzten Rückblende: Ex-Präsident Dwight D. Eisenhower wird von Richard Nixon auf Präsident John F. Kennedy angesprochen, der von den außerirdischen Geheimnissen erfahren könnte. Die beiden übergeben Kennedy eine vertrauliche Akte – samt dem Vertrag, den Eisenhower 1954 mit den Aliens schloss: jährlich 5.000 entführte Amerikaner gegen fortschrittliche Technologie.
Kennedy ist entsetzt und vertraut sich Marilyn Monroe an, die ihn drängt, die Wahrheit öffentlich zu machen – genau das, was Eisenhower und Nixon fürchten. Kurz darauf erfährt Eisenhower per Fernsehen von Kennedys Ermordung. Seine Frau Mamie beruhigt ihn, es sei ein Akt des Patriotismus, und fragt ihn, warum er den Vertrag überhaupt geschlossen habe, wenn er sich seiner so schäme.
Eine weitere Rückblende ins Jahr 1954 zeigt die Verhandlung: Die außerirdische Maria bietet dem Militär Technologie an – Radartarnung und dreifach schnellere Elektronik, um die Russen im Wettlauf ins All zu schlagen. Ihr Heimatplanet sterbe, deshalb kommen sie zur Erde; die Entführungen dienen der Erforschung von Viren und Giften, gegen die sie noch machtlos sind. Danach lassen die Aliens Marias Kopf explodieren.
Eisenhower eilt zu der gefangen gehaltenen, schwangeren Amelia Earhart und findet sie tot vor – ihr monströses Neugeborenes hat alle im Raum getötet. Trotz Widerspruchs greift Eisenhower selbst zur Waffe und erschießt die Kreatur.
Mamie drängt ihren Mann zum Vertrag; hinter seinem Rücken weiht sie Nixon ein und stachelt ihn an, sich einzumischen, wenn er je Präsident werden wolle. Als Eisenhower begreift, dass Mamie sein Geheimnis verraten hat, stellt er sie zu Hause zur Rede – und erkennt, dass das außerirdische Wesen, das zuvor in Maria steckte, nun in seiner Frau lebt.
In der Gegenwart spüren Kendall, Jamie, Cal und Troy die nahende Geburt. Bei Jamies Frauenärztin zeigt ein Ultraschall zwei Herzschläge; als die Panik erfasste Ärztin flieht, wird sie von Männern in Schwarz erschossen, die vier Studenten werden verschleppt. Kendall erwacht schwebend in einem weißen Raum, wo eine maskierte Frau namens Theta erklärt, sie seien auserwählt, die Zukunft zu retten – nicht die der Erde. Als Troy aufbegehrt und nach der Entbindung fragt, nimmt Theta ihre Maske ab und offenbart ihre wahre außerirdische Gestalt.
