Um Geld zu sparen, zieht Grampa Abe im Springfield Retirement Castle in ein kleineres Zimmer um. Beim Aussortieren seiner Habseligkeiten erbt Bart eine Kiste mit alten Kriegsandenken und verkauft sie im Militär-Antiquitätenladen an Herman – im Tausch gegen ein echtes Gehirn in einem Einmachglas.
An der Grundschule setzt Bart das Gehirn für einen aufwendigen Streich ein, der eine Massenübelkeit auslöst. Als Strafe schlägt Mrs. Peyton vor, dass Bart sich wie ein Elternteil um das Gehirn kümmern und – ähnlich dem Ei-Projekt im Hauswirtschaftsunterricht – ein Tagebuch darüber führen soll.
Zunächst will Bart nichts mit der Aufgabe zu tun haben und überlässt das Glas Homer. Als dieser bei Moe's das Gehirn versehentlich gegen ein Glas mit gekochten Eiern vertauscht, folgt Bart einer Spur von Hinweisen und rettet es in letzter Sekunde vor den Rabauken der Stadt, die es mit einem Böller sprengen wollten.
Nach und nach fasst Bart eine echte Zuneigung zu dem Gehirn, nennt es „Buddy", nimmt es überallhin mit und erhält für sein Tagebuch die Bestnote. Marge sorgt sich jedoch, dass die ganze Stadt ihren Sohn für einen Sonderling hält – als „Brain Boy".
Beim Höhepunkt hält Bart eine flammende Rede darüber, dass man ihn so akzeptieren solle, wie er ist. Da löst sich Hermans Etikett vom Glas und gibt preis, wem das Gehirn einst gehörte: einem Streber, mit dem Bart nichts gemein zu haben glaubt. Daraufhin trennt er sich von dem Gehirn und schickt es zu Professor Frink an die Universität von Springfield, während Marge der Stadt versichert, alles sei nur eine Phase gewesen. Es handelt sich um das Finale der 35. Staffel.
