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Lyra und Will entdecken eine neue Welt. Das Ministerium reagiert auf die jüngsten Ereignisse.
Lyra und Will suchen in Oxford nach Antworten. Das Magisterium steht vor einer Entscheidung.
Lyra ignoriert den Rat ihres Alethiometers. Das hat gefährliche Konsequenzen.
Eine Rückblende erzählt die Ursprünge des Subtilen Messers und der Gilde vom Torre degli Angeli in Cittàgazze: Über Generationen stahlen die Träger des Messers Schätze aus fremden Welten – und rissen dabei die Spektren in ihre Welt, die den Menschen die Seele aussaugen. Lyra und Will beobachten den Turm der Engel und suchen einen Weg hinein.
In einer anderen Welt setzt John Parry – Wills totgeglaubter Vater, der als Schamane Jopari lebt – seine Beschwörung Lee Scoresbys mit dem Ring von Wills Mutter fort. Lee fährt den Jenissei hinauf, findet Parrys Dæmon und schließlich Parry selbst, der sich als der verschollene Forscher Stanislaus Grumman zu erkennen gibt. Er habe Lee gerufen, um mit dessen Hilfe das Subtile Messer – Æsahættr – zu finden und Lord Asriel zu bringen. In Oxford weist Mary Malone das Angebot Lord Boreals zurück, ihre Forschung zu finanzieren, und tritt über ihren Computer mit dem Staub in Kontakt, der sich als Engel zu erkennen gibt.
Lyra und Will gelangen schließlich in den Turm und treffen auf den greisen Messerträger Giacomo Paradisi. Kurz zuvor hat ihn der junge Tullio überfallen und das Subtile Messer geraubt. Im Kampf erobert Will das Messer zurück, verliert dabei aber die beiden äußeren Finger seiner rechten Hand. Paradisi erklärt Will zum neuen Träger und zeigt ihm, wie er mit dem Messer Fenster zwischen den Welten schneidet.
Nachdem Lyra und Will mit dem Messer aufgebrochen sind, vergiftet sich Paradisi, der ohne das Messer schutzlos ist, um den Spektren zu entgehen; die Spektren zehren derweil Tullios Seele auf. Unterdessen foltert Mrs. Coulter eine gefangene Hexe, um Lyras Aufenthaltsort und die Prophezeiung zu erfahren, wonach Lyra die zweite Eva sei, die einen zweiten Sündenfall herbeiführt. Boreal führt Coulter durch Cittàgazze in das andere Oxford, um Lyra zu finden, während Serafina Pekkala und Ruta Skadi die Magisteriums-Luftschiffe am Portal angreifen und hindurchreisen, um Lyra zu suchen.
Mrs. Coulter erreicht mit Lord Boreal das ‚andere‘ Oxford — eine Welt ohne Daemonen, in der die Menschen dem Konsum frönen. In Boreals Haus zeigt er ihr seine Sammlung von Antiquitäten; ungeduldig verlangt Coulter, das Alethiometer zu sehen. Boreal aber hat einen Plan: Überwachungskameras erfassen jeden Winkel des Hauses, sodass Lyra und Will geradewegs in eine Falle laufen könnten. Er will das Alethiometer gegen das Subtile Messer eintauschen.
In menschliche Kleidung gehüllt sucht Coulter die Wissenschaftlerin Mary Malone auf und gibt sich als Lyras Mutter aus. Als Mary sie nach ihrer Geschichte und ihren akademischen Leistungen befragt, verschwindet Coulter unvermittelt. Misstrauisch geworden findet Mary online keine Spur von ‚Marisa‘ und befragt ihren Dust-Computer, der sie anweist, ihre Reise bei Hornbeam zu beginnen, den Durchgang zu finden und den Jungen und das Mädchen zu retten.
Will und Lyra schmieden derweil einen Plan, um das Alethiometer zurückzuholen; mit dem Messer übt Will, gezieltere Fenster in Boreals Oxford zu schneiden. Vor dem Aufbruch stellen die Kinder aus Cittàgazze sie wegen Tullio zur Rede — jenes Jungen aus dem Turm, der nur noch ein Schatten seiner selbst ist —, und Will plagt die Schuld. Im Magisterium erfährt Kardinal MacPhail, dass die Hexen 24 seiner Männer getötet haben, und lässt Vater Graves wegen mangelnden Glaubens abführen.
Bei Sonnenuntergang schlägt die Stunde des Coups: Während Lyra Boreal an der Tür ablenkt, öffnet Will ein Fenster in den Keller. Doch Coulters Daemon schnappt sich das Alethiometer und überrascht den Jungen. Lyra stößt im Keller auf ihre Mutter; die Daemonen der beiden gehen aufeinander los, während Will und Boreal kämpfen. Schließlich erobert Will Alethiometer und Messer zurück, öffnet ein Fenster und flieht mit Lyra.
Während Boreal und Coulter ihre Wunden lecken, überlegen Will und Lyra, wie sie zu Wills Vater gelangen. Mary Malone gibt sich unterdessen als Mrs. Coulter aus, findet den Durchgang und tritt nach Cittàgazze über — wo freilich die Spektren lauern, was neues Unheil erahnen lässt.
Lyra und Will fliehen mit Hilfe der Hexe Serafina Pekkala und ihres Klans aus ihrem Café-Versteck, um Wills Vater zu suchen. Zuvor greifen Angelica und Paola mit einer Bande verwilderter Kinder an, um den Tod ihres von den Spektren verschlungenen Bruders zu rächen; die Hexen retten die beiden in letzter Sekunde und bringen sie in die Berge.
Das Alethiometer weist Lyra und Will unbeirrt an, Wills Vater zu finden – und verrät, dass er sich in derselben Welt aufhält. Tatsächlich schweben John Parry, genannt Jopari, und Lee Scoresby in Scoresbys Ballon über Cittàgazze. Von Zeppelinen des Magisteriums verfolgt, beschwört Jopari einen Sturm herauf und bringt mehrere Luftschiffe zum Absturz, doch am Ende wird der Ballon getroffen und stürzt in die Wälder.
Mary Malone erkundet die verlassene Stadt, von einem unsichtbaren Engel vor den Spektren geschützt. Sie trifft auf Angelica und Paola; deren Bitte um Zuwendung rührt sie so sehr, dass sie sich bereit erklärt, die Kinder zu den Erwachsenen zu bringen.
Auch Mrs Coulter und Lord Boreal erreichen Cittàgazze. Während Boreal sich fürchtet, tritt Coulter den Spektren entgegen und entdeckt, dass sie die Wesen beherrschen kann, indem sie ihre eigene Menschlichkeit unterdrückt. Beim vermeintlichen Siegestrunk vergiftet sie Boreal, der sie als Ebenbürtige ansah, und sieht ihm kalt beim Sterben zu.
In Lyras Welt liest Fra Pavel dem Kardinal MacPhail aus dem Alethiometer: Lyra ist Gegenstand einer Prophezeiung – sie soll die neue Eva sein, die Mutter aller, die Ursache allen Falls. Für das Magisterium ist das Ketzerei, und MacPhail fasst den Entschluss, Lyra um jeden Preis auszulöschen.
Während Lyra, Will und die Hexen weiterziehen, schickt Serafina Pekkala zwei Hexen als Kundschafterinnen voraus. Ruta Skadi belauscht auf einer Klippe sogenannte Klippengeister, die von einem bevorstehenden Krieg sprechen, den Lord Asriel ohne den Æsahættr – das Magische Messer – nicht gewinnen kann.
In Cittàgazze foltert Mrs Coulter eine gefangene Hexe, um Lyras Aufenthaltsort und die Prophezeiung zu erfahren: Lyra sei die zweite Eva, die einen zweiten Sündenfall herbeiführe. Mary Malone sucht derweil weiter nach Lyra, nachdem Angelica und Paola sie am Lager der Erwachsenen zurücklassen.
Von Soldaten des Magisteriums verfolgt, hält Lee Scoresby die Angreifer auf und drängt John Parry zur Flucht. Tödlich verwundet ruft Lee mit einem Wolkenkiefernzweig nach Serafina, stirbt jedoch, bevor sie eintrifft. Parry findet zu Will und drängt ihn, seine Bestimmung als Träger des Messers zu erfüllen. Auch Parry wird erschossen; sterbend sagt er Will, die Engel würden ihn zu Asriel führen.
In einer öden Welt sichern die Engel Lord Asriel ihre Unterstützung im kommenden Krieg gegen die Autorität zu. Mrs Coulter entführt Lyra: An Bord eines Schiffs gelobt sie, das offenbar betäubte und in einer Truhe eingesperrte Mädchen zu beschützen. In einer Szene nach dem Abspann rufen Roger und Lyra an einem unbekannten Ort nacheinander.
