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Schon als Junge entdeckt Clark Kent im ländlichen Smallville seine übermenschlichen Fähigkeiten, als er eine Frau und ihr Baby vor einem Autounfall bewahrt. Jahre später zieht er mit seinem besten Freund Jimmy Olsen, einem Fotografiestudenten mit einem Faible für Verschwörungstheorien, nach Metropolis, wo die beiden ein Praktikum bei der Zeitung Daily Planet antreten.
Der erfahrenen Praktikantin Lois Lane zugeteilt, werden Clark und Jimmy von ihr kurzerhand eingespannt, um den Diebstahl militärischer Technologie zu untersuchen. Eine Spur führt das Trio zu den Docks, wo Diebe gestohlene Kampfroboter verladen. Ihre Anführerin Leslie Willis setzt einen der Roboter auf die drei an.
Clark zieht sich unbemerkt zurück und kehrt verkleidet zurück, um die Maschinen zu zerstören, während Lois die restlichen Roboter deaktiviert. Trotz des Erfolgs weigert sich Chefredakteur Perry White, die Geschichte zu drucken – Jimmys verwackelte Fotos taugen nicht als Beweis für den neuen Superhelden, den Lois bereits „Superman“ nennt. Aus den drei Kollegen werden Freunde, und Lois lädt die beiden ein, ihr bei einem Exklusivinterview mit Superman zu helfen.
Während Lois hartnäckig der Spur des gestohlenen Roboters folgt, um Superman aufzuspüren, kehrt Clark nach Smallville zurück, um seine Herkunft zu erforschen. Er gräbt die Raumkapsel aus, die ihn einst zur Erde brachte, und aktiviert ein außerirdisches Hologramm. In Visionen sieht er einen fernen Planeten, der inmitten eines Raumkriegs zerstört wird. Zugleich erhält er einen außerirdischen Anzug, den seine Mutter Martha mit Gürtel und Shorts vervollständigt.
Unterdessen wird Leslie Willis von jener Organisation gejagt, der sie die Robotertechnik gestohlen hat: der Task Force X und ihrem Agenten Slade Wilson, genannt Deathstroke. Willis droht, Sprengsätze in der Kanalisation zu zünden. Als Lois und Jimmy unversehens in das Treffen platzen, entbrennt ein Gerangel um den Zünder. Willis’ elektrischer Kampfanzug hält Wilson stand, bis Superman eingreift und sie überwältigt.
Wilson beschädigt den Energiekristall des Anzugs, der Superman eine weitere Vision des Raumkriegs zeigt, woraufhin Superman ihn zerstört. Zwar überzeugen Jimmys nun scharfe Fotos Perry White, die Geschichte zu drucken, doch die Autorenzeile geht an unbeteiligte Reporter. Später wird Willis an einem geheimen Ort von Wilson gefoltert, der Informationen über Superman erpressen will.
Lois Lane will unbedingt ein Interview mit Superman führen, doch Clark steht vor dem Dilemma, ihr zu helfen, ohne seine geheime Identität preiszugeben. Im Daily Planet müssen sich die Praktikanten zudem gegen die etablierten Reporter des sogenannten Scoop Troop behaupten, die Chefredakteur Perry für ihre Superman-Story gelobt hat, darunter Steve Lombard, Cat Grant und Ron Troupe.
Parallel befreien Mist und sein Kumpan Rough House mithilfe von Technik, die sie von Willis erhalten haben, dessen Schwester Siobhan McDougal aus dem Gefängnis. Ausgestattet mit einem Helm, der verheerende Schallwellen erzeugt, wird sie zur Silver Banshee, und das Trio baut seine kleine Bande Intergang neu auf.
Gegen Clarks Bedenken geben sich die Praktikanten als Mitglieder des Scoop Troop aus, um Informationen zu sammeln, und stoßen auf einen Hinweis zum nächsten Coup von Intergang. Als die Bande die Metropolitan City Bank überfällt, gerät der Energiekristall ihrer Eiskanone außer Kontrolle und beginnt, die gesamte Umgebung einzufrieren.
Als Lois und Jimmy in Gefahr geraten, erwacht Supermans Hitzeblick: Er zerstört den Kristall und erhält dabei die Vision einer einfallenden Roboterarmee. Während Wilson sich als Sanitäter tarnt, um die überwältigten Intergang-Mitglieder heimlich abzuführen, willigt Superman schließlich in das Interview ein. Er gesteht Lois, dass er sich selbst noch nicht ganz versteht, aber fest entschlossen ist, Menschen zu retten. Zu Clarks Bedauern zweifelt Lois anschließend an Supermans Aufrichtigkeit.
Chefredakteur Perry White erteilt den drei Praktikanten ihren ersten echten Auftrag: die Berichterstattung über die glanzvolle AmazoTech-Gala des Tech-Milliardärs Dr. Anthony Ivo. Für Clark und Lois stellt sich dabei nebenbei die Frage, ob der gemeinsame Abend nicht eigentlich ein Date ist. Während Lois mit ihren bohrenden Fragen bei den Gästen aneckt, belauscht Clark einen hitzigen Streit zwischen Ivo und seinem Vorstandsvorsitzenden Curtis – der Aufsichtsrat will Ivo absetzen.
Als Ivo Clark bemerkt und von der Security hinauswerfen lässt, wobei dessen Jackett zerreißt, schmuggelt Lois ihn kurz darauf wieder ins Gebäude. Bei einem ruhigen Moment kommen sich die beiden näher, ehe sie einen geheimen Technikraum entdecken, der Ivo mit Willis und der Intergang in Verbindung bringt.
Ertappt und wütend führt Ivo seine neueste Erfindung vor: die Parasit-1.0-Rüstung. Er greift damit Curtis an, woraufhin Clark als Superman einschreitet, um ihn zu retten. Ivo sperrt die Gäste im Amazo-Panikraum ein, um ihnen vorzuführen, wie er Superman bezwingt. Der erkennt jedoch, dass die Rüstung die Energie seiner eigenen Angriffe absorbiert, und stellt kurzerhand das Kämpfen ein – während Lois und Jimmy den Panikraum deaktivieren. Ohne Energie zapft der Anzug schließlich Ivo selbst an und entstellt ihn durch seine Nebenwirkungen; Superman kann ihm die entkräftete Rüstung abnehmen.
Während Ivo von Sanitätern versorgt wird, kehren die Praktikanten zum Geheimraum zurück – der inzwischen leergeräumt ist. Lois wertet den Abend mit einem Kuss als Date. Später jedoch entdeckt sie in Clarks Mantel einen zerrissenen Zeitungsartikel über mysteriöse Wunder-Sichtungen in Kansas. Als sie ihre Indizien neu sortiert, zieht sie den entscheidenden Schluss: Clark und Superman sind ein und dieselbe Person.
Fest davon überzeugt, dass Clark Kent und Superman ein und dieselbe Person sind, will Lois Lane den Beweis erzwingen – notfalls, indem sie sich an Superman fesselt. Zugleich bittet Clark sie um Hilfe bei einer Story über gestohlene Militärtechnologie, die sich in Metropolis verbreitet, und über eine geheimnisvolle Gestalt, die jeden entführt, der diese Technik einsetzt.
Mit einem alten Einsatzscanner verfolgt Lois Superman, während er ein Verbrechen nach dem anderen vereitelt. Als er Heat Wave besiegt – einen weiteren durch die gestohlene Technik verstärkten Kriminellen – kommen sich die beiden erneut in die Quere. Heat Wave entkommt und hält Superman fälschlich für den Drahtzieher der Entführungen.
Superman bringt Lois in Sicherheit und stellt sich Heat Wave erneut. Dabei entpuppt sich der wahre Täter: ein gepanzerter Slade Wilson, unterstützt von Kampfrobotern. Als der Kampf Zivilisten gefährdet, befehlen Wilsons Vorgesetzte – ein namenloser General und Amanda Waller – den Rückzug, damit Superman die Passanten retten kann.
Schließlich stellt Lois Clark zur Rede und zwingt ihn, seine geheime Identität preiszugeben. Erschüttert und wütend zieht sie einen Schlussstrich unter das, was zwischen ihnen war. Unterdessen bricht Jimmy allein zu einem Campingausflug auf, um Bigfoot-Sichtungen nachzugehen – und wird prompt von einem riesigen Gorilla entführt.
Die sechste Folge knüpft direkt an den Bruch zwischen Lois und Clark aus der vorigen Episode an. Nachdem Lois von Clarks geheimer Identität erfahren hat, sieht es zunächst so aus, als würde sie kein Wort mehr mit ihm wechseln. Doch die beiden werden schnell wieder zusammengeworfen: Sie merken, dass sie Jimmys geplanten Campingausflug versäumt haben – und dass ihr Freund plötzlich auf keine Anrufe mehr reagiert.
Jimmy ist eigentlich auf der Suche nach Bigfoot losgezogen, stößt dabei aber auf etwas weitaus Größeres: eine stillgelegte Anlage des Project Cadmus, versteckt tief im Wald. Betrieben wird das geheime Labor von zwei verrückten Wissenschaftlern – dem hochintelligenten Gorilla Monsieur Mallah und dem Brain, einem menschlichen Gehirn in einem Roboterkörper. Die beiden arbeiten daran, im Labor die Energie eines Schwarzen Lochs nutzbar zu machen.
Als Lois und Clark eintreffen, um Jimmy zu retten, spitzt sich die Lage zu. Das Trio wird von Robotern angegriffen, die der Brain als O.M.A.C.s identifiziert – Kampfmaschinen der Task Force X. Zur Verteidigung der Anlage weckt Mallah zusätzlich seine Armee aus Mutanten. Zwischen Militärgeheimnissen, Roboterarmeen und der instabilen Schwarzloch-Technologie müssen sich Superman und seine Freunde durchschlagen.
Neben der Action steht die Freundschaft im Zentrum. Im Verlauf der Folge kommt heraus, dass Jimmy Clarks Geheimnis längst kannte – er hatte es für sich behalten, um zu warten, bis Clark selbst bereit war, darüber zu sprechen. Diese Offenbarung entschärft die Spannungen im Freundeskreis und bringt Lois und Clark nach ihrem Streit wieder ein Stück näher zusammen.
Clark will endlich ehrlich zu seinen Freunden sein und führt Lois und Jimmy zur geheimnisvollen Plattform unter der Farm seiner Eltern. Während Jimmy erkennt, dass es sich dabei um Teile eines Raumschiffs handelt, erfährt Lois von Clarks kryptonischer Herkunft — und er fasst den Mut, sie um ein erstes Date zu bitten.
Da taucht Mister Mxyzptlk auf, ein trickreicher Kobold aus dem Multiversum. Er gibt sich als interdimensionaler Friedenswächter aus, weiß längst, dass Clark Superman ist, und überlistet ihn, bei einem Raub in einem Museum auf der Erde-1 zu helfen. Zeitgleich werden Lois und Jimmy von der „Liga der Lois Lanes“ rekrutiert, die Mxyzptlk und Clark aufhalten will.
Lois wird misstrauisch, durchsucht die Akten der Liga und stößt auf das geschwärzte „Aktenstück X“. Als Mxyzptlk das Schiff der Liga kapert und sich seinen Hut und damit seine volle Macht zurückholt, stiftet er Chaos. Das Daily-Planet-Trio entwickelt daraufhin einen Plan: Superman lenkt ihn ab, Lois nimmt ihm den Hut ab und Jimmy überwältigt ihn.
Zwischen all dem gestehen sich Lois und Clark ihre Gefühle und teilen ihren ersten Kuss. Nachdem die Liga Mxyzptlk verhaftet hat, bringt Jimmys Gegenstück Jalana die Praktikanten heimlich zurück nach Erde-12. Später öffnet Lois das Aktenstück X und entdeckt Aufzeichnungen über bösartige Superman-Varianten aus anderen Universen sowie eine grüne Kristallprobe — Kryptonit, mit dem die Liga Superman verletzt hatte.
Superman entwickelt ein übermenschliches Gehör und nimmt plötzlich sämtliche Hilferufe in ganz Metropolis wahr. Weil er niemanden im Stich lassen will, ist er die ganze Nacht im Einsatz und läuft sich dabei völlig aus — übermüdet und geschwächt gerät der Held zunehmend an seine Grenzen.
Zeitgleich zwingt der General mit Schockhalsbändern Willis Stryker, die Intergang und Heat Wave dazu, gemeinsam mit Dr. Ivo an der Gefangennahme Supermans mitzuwirken. So formiert sich erstmals die Task Force X.
In der Redaktion trifft Lois auf ihr großes Vorbild, die Gotham-Gazette-Journalistin Vicki Vale. Die anfängliche Begeisterung weicht der Ernüchterung, als Vale eine einseitige Geschichte über Superman recherchiert und ihn als Bedrohung für die Stadt darstellt. Als der Held kurz darauf bei einer Rettungsaktion versehentlich einen Unfall auslöst, kippt die öffentliche Stimmung endgültig gegen ihn.
Superman erfährt, dass die Task Force X jemanden entführt hat, und bricht sofort zur Rettung auf — doch es ist ein Hinterhalt. Geschwächt hält er dem Angriff der versammelten Schurken zunächst stand, wird aber schließlich von Willis und Ivo mit einer verbesserten Parasiten-Rüstung überwältigt.
Der General hindert Ivo daran, Superman zu töten, weil er ihn verhören will. Lois und Jimmy eilen zum Schauplatz, kommen aber zu spät: Sie sehen nur noch, wie die Gruppe den bewusstlosen Superman fortschafft. Der erste Teil des Zweiteilers endet mit diesem Cliffhanger.
Rückblenden auf den sogenannten „Zero Day" zeigen, wie der General, Amanda Waller und ihre Truppen einst von einer außerirdischen Armee angegriffen wurden. Angeführt wurde sie von einer gepanzerten, Superman ähnlichen Gestalt mit dem Codenamen „Nemesis Omega". Ein rätselhaftes Ereignis zwang die Angreifer schließlich zum Rückzug und ließ ihre Technologie zurück.
In der Gegenwart verhört der General den gefangenen Superman, um mehr über den Zero Day zu erfahren. Dessen schmerzhafte, ratlose Reaktion lässt den General an einer Verbindung zweifeln. Waller hilft den Gefangenen heimlich zur Flucht, während die Newskid Legion Lois und Jimmy bei der Suche nach Superman unterstützt. Ein rachsüchtiger Ivo greift Superman an, befreit ihn dabei aber unbeabsichtigt.
Clark fürchtet, er sei zur Zerstörung der Erde geschickt worden, doch Lois überzeugt ihn vom Gegenteil. Als Ivo das Stromnetz anzapft und Metropolis verwüstet, rufen Lois und Jimmy über soziale Medien die Bürger auf, ihren Strom abzuschalten – das schwächt Ivo, sodass Superman ihn mit seiner neu erwachten Röntgensicht ausschalten kann. Während Superman und Lois einander ihre Liebe gestehen, findet Jimmy die geheimnisvolle „Akte X". Zugleich wird der General auf Anweisung von Checkmate abgesetzt und erhält von Waller die Omega-Kanone mit dem Befehl, Superman zu töten.
Das Staffelfinale spielt am Thanksgiving-Fest auf der Kent-Farm – doch aus dem Feiertag wird ein Kampf ums Überleben, als die Task Force X, Familiengeheimnisse und Kryptonit aufeinanderprallen. Clark plagt zunächst ein Albtraum, in dem der geheimnisvolle Kryptonier Nemesis Omega Lois und Jimmy tötet und die Erde verwüstet. Entsetzt erkennt Clark, dass Omega sein eigenes Gesicht trägt.
Beim Familientreffen macht Lois eine bittere Entdeckung: Ihr eigener Vater Sam Lane ist der ominöse General, von dem die ganze Zeit die Rede war. Clark erkennt in ihm sofort jenen Anführer wieder, der ihn zusammen mit der Task Force X gefangen genommen hatte.
Lois stellt ihren Vater zur Rede, weil er als General versucht hat, Superman zu töten. Sam beteuert, er wolle damit nur sie und alle anderen vor der drohenden Invasion schützen.
Da wird das Haus der Kents unvermittelt von einem kryptonischen Schiff angegriffen – kurz darauf droht eine ganze Flotte aufzutauchen. Superman rammt das Raumschiff und drängt es über die Wolkendecke, kämpft sich ins Innere und wird dort von weiteren kryptonischen Robotern attackiert. Die KI von Jor-El hilft ihm, die Maschinen zu zerstören.
Schließlich setzt Superman Kryptonit ein, um das Herz des Schiffes zu vernichten. Das Portal schließt sich, das Schiff wird in zwei Hälften gespalten – eine stürzt zurück zur Erde, während Superman in der anderen Hälfte gefangen bleibt und die Handlung auf einem dramatischen Cliffhanger endet.