Alfred und seine Freunde kehren als gefeierte Helden zur English League zurück, und Thomas Wayne und Martha Kane beschließen zu heiraten. Doch Salt bleibt ungerührt vom Verlust der Waffe: Die League hat nur eine Attrappe erbeutet, denn das echte Project Stormcloud liegt längst versteckt in London.
Alfreds Vater Arthur hatte davon gewusst und nur mitgespielt, um vor der Detonation noch einmal bei seiner Familie zu sein. Von Frau und Sohn zur Umkehr bewegt, verrät er den Ort der Bombe: Sie steckt im Sarg von Lord Harwood in jener Kirche, in der Salt seine Trauerrede hielt.
Alfred und Dave Boy eilen zur Kirche und geraten unter Beschuss, erhalten aber Hilfe von Gulliver Troy und Lucius Fox. Als Lucius die Bombe nicht mehr entschärfen kann, aktiviert Salt sie, während ihn Bet Sykes und ihre Schwester Peggy niederschlagen. Alfred will die Stormcloud-Kapsel schlucken, doch Troy opfert sich an seiner Stelle: Er läuft blau an und stirbt, dämmt so aber die Explosion ein.
Salt wird verhaftet, Frances Gaunt übernimmt die Führung der Organisation. Sechs Monate später tobt der Krieg zwischen der English League und der neuen New Raven Alliance weiter. Alfred, inzwischen Colonel, führt den Gegenangriff und bringt einen Verbündeten mit: den totgeglaubten, nun zum Super-Soldaten verwandelten Gulliver Troy.
