Lichtjahre voneinander entfernt müssen die Mitglieder von SG-1 gleich zwei drohenden Katastrophen entgegentreten: Ein Energieschub im Stargate droht, die Erde zu zerstören. Und Teal'c muss bei seiner Heimkehr entdecken, dass eine Frau tot und sein Sohn ihm fremd geworden ist - und dass sein Planet angegriffen wird...
Während Teal'c und sein Sohn kämpfen, um die Erde zu retten, bringt O'Neill mit dem neuen Raumgleiter X302 das Stargate von der Erde fort. In den Tiefen des Alls könnte es gefahrenlos explodieren. Wie aber soll SG-1 weiter seine Mission erfüllen, wenn das Tor zerstört ist?
Das SG-1-Team untersucht ein verlassenes Goa'uld-Mutterschiff im Orbit der Erde. Während der Bergungsarbeiten greifen Saboteure an und das Schiff stürzt ins Meer. O'Neill und seine Crew sitzen in der Falle - und die Zeit wird knapp!
Im ewigen Eis der Antarktis wird der tiefgefrorene Körper einer Außerirdischen entdeckt. 50 Millionen Jahre alt, könnte sie der Rasse angehören, die das Stargate erfunden hat. Doch als das SG-1-Team sie wiederbelebt muss es eine schreckliche Entdeckung machen.
Carter, Teal'c und Jonas gehen dem Verschwinden eines Stammzellenforschers nach. Sie finden heraus, dass die Bewohner von dessen Heimatstadt nachts von Goa'uld kontrolliert werden. Sind Carter, Teal'c und Jonas die nächsten Opfer?
Ein Systemlord der Goa'uld hält O'Neill gefangen. Unter der Folter soll er Informationen über die Tok'ra verraten. Da taucht plötzlich Daniel Jackson auf um O'Neill zu helfen. Inzwischen beeilt sich auch SG-1 ihn zu retten, bevor es zu spät ist.
Jonas gerät in einen Konflikt, als ein Professor von seinem Heimatplaneten SG-1 um Hilfe bittet: Das Team soll einen Putsch gegen die Regierung der Kelownaner unterstützen, da sonst ein Bürgerkrieg droht. Kann SG-1 den Krieg verhindern, ohne sich selbst in Gefahr zu bringen?
Zwei weltfremde Wissenschaftler werden Zeugen, wie SG-1 von den Goa'uld entführt wird. Trotz anderslautender Befehle versuchen sie, das Team zu retten. SG-1 verfolgt unterdessen seine eigenen Pläne, in denen ein Spion der Tok'ra eine wichtige Rolle spielt.
Nach einem Angriff der Goa'uld suchen Tok'ra Zuflucht in einem SG-1 Crew Alpha-Camp, in dem rebellische Jaffa leben. Der Jahrhunderte alte Streit zwischen den beiden Rassen droht zu eskalieren, als ein unsichtbarer Attentäter das Camp ins Chaos stürzt. Kann O'Neill das Blutvergiesen beenden und verhindern, dass der Angreifer mit den Koordinaten des Alpha-Camps entkommt?
SG-1 besucht den Planeten Pangar. Er wird von Menschen bewohnt, die mit Hilfe eines von ihnen entwickelten Medikaments ihr Immunsystem perfektioniert haben. Könnte SG-1 herausfinden, wie das Heilmittel hergestellt wird, wäre das vielleicht der Schlüssel, um die Ursprünge der Tok'ra zu verstehen!
Abtrünnige Agenten der NSA entführen das geheime Raumschiff X303 mit Carter und Jonas an Bord. Sie fordern, dass Adrian Conrad an Bord gebracht wird, der sein Goa'uld-Wissen dazu nutzt, sich mit der X303 Lichtjahre von der Erde zu entfernen. O'Neill und Teal'c unternehmen einen Rettungsversuch, ohne zu wissen, ob sie je zurückkehren können.
SG-1 hat sich in der Weite des Alls verloren, als Thor und die Asgard zu ihrer Rettung eilen. Sie bitten nun ihrerseits O'Neill um Hilfe im Kampf gegen die Replikatoren, die ihren Heimatplaneten überrannt haben. Überzeugt, dass sie auch die Erde angreifen werden, wenn man sie nicht aufhält, entschließt sich O'Neill zu einer gewagten Mission: Er will die Replikatoren ein für alle mal stoppen.
SG-1 kehrt von einer Mission mit einem geheimnisvollen Apparat zurück. Er befähigt Menschen, monströse Lebewesen zu sehen, die in einer Parallelwelt existieren und deshalb keine Gefahr darstellen. Als dieser Effekt aber auch auf Zivilisten außerhalb der Basis übergreift, müssen O'Neill und das SG-1-Team eine Lösung finden, um eine Massenpanik zu verhindern.
Senator Kinsey, der für das Präsidentenamt kandidiert, wird Ziel eines Attentatsversuchs. Eine Videoaufzeichnung zeigt O'Neill beim Verlassen des Gebäudes, aus dem die Schüsse abgegeben wurden. Carter, Teal'c und Jonas versuchen, seine Unschuld zu beweisen. Eine Spur führt zur geheimen Area 51
Colonel Maybourne behauptet, die Stargate-Koordinaten für einen Planeten zu besitzen, auf dem es ein geheimes Lager von Alien-Technologie gibt. Als Gegenleistung für sein Wissen verlangt er eine Amnestie für seine Verbrechen. Doch Maybourne treibt wieder ein doppeltes Spiel und manövriert sich und O'Neill in eine pardiesisch schöne Falle.
SG-1 entdeckt, dass Nyerti, eine der Goa'uld, Experimente an den Bewohnern eines unerforschten Planeten vornimmt. Um den perfekten menschlichen Goa'uld-Wirt zu schaffen, manipuliert sie deren DNS. Bei dem Versuch, sie zu stoppen, wird das SG-1-Team gefangen. Droht ihnen nun das selbe Schicksal wie den Bewohner des Planeten?
General Hammond und das Pentagon werden von den Regierungen der Welt gedrängt, die Existenz des Sternentors offen zu legen. Zugleich schürt Senator Kinsey Ängste vor einer zu starken Kontrolle des Stargate-Programms durch das US-Militär. Er schlägt vor General Hammond abzulösen und das Programm der Zivilbehörde NID zu übertragen.
Auf einem fremden Planeten entdeckt Kommando SG-1 ein abgestürztes Raumschiff mit drei menschlichen Überlebenden. Sie behaupten, fortwährend von feindlichen Aliens angegriffen zu werden. Als Carter ihnen hilft, den Bordcomputer zu reparieren, stellt sie fest, dass die Gestrandeten ein Geheimnis hüten - und vielleicht nicht das sind was sie vorgeben.
Teal'c scheint auf mysteriöse Weise den Bezug zur Realität zu verlieren. Er wird von Visionen einer parallelen Existenz geplagt, in der er ein gewöhnlicher Mensch ist. Da seine geistige Verwirrung immer weiter zunimmt, muss er sich auf die Hilfe seines alten Freundes Daniel Jackson verlassen. Denn nur er kann ihm vielleicht helfen, die Grenze zwischen Traum und Wirlichkeit zu erkennen.
Kommando SG-1 begleitet die X303 "Prometheus" auf ihrem Jungfernflug in die Tiefen des Alls. Doch durch eine technische Panne fällt das Schiff aus dem Hyperraum, so dass es keine Möglichkeit mehr gibt, mit ihm zur Erde zurück zu kehren. Die einzige Chance dazu bietet ein nahegelegener Planet, auf dem es ein Sternentor geben könnte. O'Neill aber hat Schwierigkeiten, dessen Bewohner davon zu überzeugen, dass man in friedlicher Absicht kommt.
Bei einer Routine-Mission stößt SG-1 auf eine Zivilisation, die danach lechzt, aus den Klauen eines Goa'uld befreit zu werden. Während des Aufenthalts auf dem Planeten erkrankt Jonas und wird vom aktiven Dienst befreit. Seine geheimnisvolle Krankheit entpuppt sich als Hirntumor, dieser verleiht ihm aber die unglaubliche Fähigkeit, kurze Blicke in die unmittelbare Zukunft zu werfen - eine Zukunft, in der O'Neill und SG-1 direkt in eine Falle tappen!
Daniel Jackson erscheint O'Neill und warnt ihn, dass der Goa'uld Anubis das Auge des Ra lokalisiert hat. Das sagenumworbene Objekt, das ungeheure Macht verleiht, ist irgendwo auf Abydos verborgen. Mit Daniels Hilfe finden es O'Neill und SG-1 vor Anubis. Der Goa'uld aber ist entschlossen, das Auge an sich zu bringen und droht damit, den ganzen Planeten zu vernichten, wenn Daniel und SG-1 es ihm nicht übergeben.
