Ein Rückblick zeigt, wie Ellies hochschwangere Mutter Anna vor einem Infizierten in ein verlassenes Bauernhaus flieht. Während sie den Infizierten tötet, bringt sie Ellie zur Welt und wird dabei gebissen. Firefly-Anführerin Marlene trifft ein; Anna bittet sie, das Kind aufzunehmen und sie selbst zu töten, woraufhin Marlene Anna erschießt und Ellie mitnimmt.
In der Gegenwart erreichen Joel und Ellie Salt Lake City. Ellie ist nach den Ereignissen mit David zunächst verschlossen, doch die Begegnung mit einer Giraffe hellt ihre Stimmung auf. Joel schlägt vor, die Suche nach den Fireflies abzubrechen und nach Jackson zurückzukehren, doch Ellie will die Reise zu Ende bringen. Joel gesteht ihr, dass eine Narbe an seinem Kopf von einem Selbstmordversuch nach dem Tod seiner Tochter Sarah stammt.
Firefly-Wachen überwältigen die beiden. Im Krankenhaus erklärt Marlene Joel, dass Ellies Immunität auf eine Cordyceps-Mutation in ihrem Gehirn seit der Geburt zurückgeht; um ein Heilmittel zu gewinnen, müsste der Pilz operativ entfernt werden — was Ellies Tod bedeutet.
Joel weigert sich, Ellie zu opfern. Er tötet die Wachen und den Chefchirurgen, nimmt die bewusstlose Ellie an sich und erschießt Marlene im Parkhaus. Auf der Flucht nach Jackson belügt er Ellie, es gebe weitere Immune und die Fireflies hätten ihre Suche aufgegeben.