Der Staffelauftakt knüpft an das Ende der ersten Staffel an: Joel schwört Ellie, dass seine Geschichte über die Fireflies der Wahrheit entspricht. Ellie zögert, ehe sie "Okay" sagt, und beide gehen weiter in Richtung der sicheren Siedlung Jackson. In Salt Lake City begraben die verbliebenen Fireflies ihre Toten aus dem Massaker im Krankenhaus. Abby drängt darauf, Joel aufzuspüren, lässt sich aber von Owen überreden, sich zunächst in Seattle neu zu sammeln – und schwört, Joel langsam zu töten.
Fünf Jahre später, Ende 2028, haben sich Joel und Ellie infolge von Joels Lüge zunehmend voneinander entfremdet. Beim Kampftraining weist Jesse Ellies Gegner an, sich zurückzuhalten – aus Furcht vor Joels aufbrausender Art. Ellie besteht jedoch auf Gleichbehandlung.
Auf Joels Bitte hin nimmt Tommy Ellie von der Patrouille, doch Ellie setzt sich durch und tritt ihren Einsatz an. Während sie mit ihrer engen Freundin Dina in einem verlassenen Supermarkt Infizierte ausräumt, wird sie von einer neuen Art Infizierter überrascht, die sich lautlos anschleicht und sie regelrecht jagt. Ellie tötet die Kreatur, nachdem diese sie gebissen hat – was ihr dank ihrer Immunität nichts anhaben kann – und meldet die Existenz des neuen Typs dem Rat von Jackson.
Während Joel und die übrigen Bewohner die verfallenen Gebäude Jacksons wieder aufbauen, drängt Maria ihn zu schnellerer Arbeit, um die wachsende Zahl an Flüchtlingen unterzubringen. Joel schlägt vor, keine weiteren aufzunehmen, woraufhin Maria ihn daran erinnert, dass auch er und Ellie einst als Flüchtlinge nach Jackson kamen. In seiner Sitzung bei der Psychotherapeutin Gail gesteht diese ihren Groll darüber, dass Joel ihren Mann Eugene getötet hat. Überwältigt von seinen Gefühlen gesteht Joel, dass er Ellie damals gerettet hat.
Auf einer Silvesterfeier tanzt Dina mit Ellie, und die beiden küssen sich – worauf der Barbesitzer Seth eine homophobe Beleidigung ausspricht. Joel geht auf Seth los, doch Ellie erklärt ihm, sie brauche seine Hilfe nicht, und er zieht sich zurück. Später sieht sie ihn auf seiner Veranda Gitarre spielen, spricht ihn jedoch nicht an. Unbemerkt von den Bewohnern dringen derweil Cordyceps-Ranken durch ein gebrochenes Rohr nach Jackson vor, während Abby und ihre Gefährten in der Nähe eintreffen und die Stadt aus der Ferne beobachten.
