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Als die NASA einen Asteroiden von der Größe des Bundesstaates Texas entdeckt, der sich auf Kollisionskurs mit der Erde befindet und diese in voraussichtlich 18 Tagen erreichen wird, scheint es nur eine Möglichkeit zu geben, die drohende Apokalypse zu verhindern und das Überleben der Menschheit zu sichern. Ein Team, bestehend aus erfahrenen Astronauten und dem weltbesten Bohrteam, wird nach einem kurzen Spezialtraining ins All gesandt, um den riesigen Felsen vor seinem Zusammenstoß mit der Erde mit Hilfe eines nuklearen Sprengkopfes zu zerstören.
Seit Anbeginn der Föderation stand die Erste Direktive fest: keine Expedition der Sternenflotte darf in die natürliche Entwicklung anderer Zivilisationen eingreifen. Aber jetzt wird Picard mit Befehlen konfrontiert, die dieses Gebot untergraben.
Im Mai 1998 besucht der junge Amateurastronom Leo Biederman (Elijah Wood) in Virginia eine „Sternenparty”. Dort entdeckt er ein unbekanntes Objekt am Nachthimmel. Er sendet ein Bild davon an den Astronomen Dr. Marcus Wolf, der erkennt, dass es sich um einen Kometen handelt, der auf Kollisionskurs mit der Erde ist. Auf dem Weg, um Alarm zu schlagen, stirbt Wolf bei einem Autounfall.
Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.
Nachdem er sich nach Beendigung des Kalten Krieges nach Yukon zurückgezogen hatte, wird der Agent Nick Fury von der Geheimbehörde S.H.I.E.L.D. reaktiviert. Er soll die Nachkommen der terroristischen Organisation Hydra unter der Führung des deutschen Baron von Stucker und seiner Tochter Viper aufhalten, die einen tödlichen Virus freisetzen und die amerikanische Bevölkerung auslöschen wollen. Doch das soll Nick Fury um jeden Preis verhindern.