Unter dem Einfluss von rotem Kryptonit verfolgt Clark ein kriminelles Leben in Metropolis, während seine Freunde und Eltern verzweifelt versuchen, ihn zu finden. Lex ist gezwungen, sich seinen persönlichen Dämonen auf einer einsamen Insel zu stellen, während Lionel ein Begräbnis für seinen mutmaßlich toten Sohn abhält. Und Jonathan Kent muss einen hohen Preis für die Macht zahlen, die notwendig ist, um seinen Sohn wieder nach Hause zu bringen.
Clark gibt den Ring und seine Auswirkungen lieber auf, als seinen Vater zu töten, und sowohl er als auch der gerettete Lex kehren nach Smallville zurück. Clark muss sich mit dem Verbrecherboss Morgan Edge auseinandersetzen, der ihm nach Smallville gefolgt ist, während Lex bestimmen muss, wer versucht hat, ihn töten zu lassen - Lionel oder Helen.
Clark entdeckt, dass jemand Menschen jagt, die von den Kryptonitgesteinen betroffen sind, und das nächste Ziel des Mörders ist Lex. Clark setzt seine Kräfte ein, um Lex zu retten, wird aber überrascht, als der Mörder seine Schwäche erkennt und ihn mit einer Kryptonitkugel erschießt.
Clark träumt, dass er von einem verängstigten jungen Mädchen verfolgt wird, das seine Hilfe braucht. Nachdem er jedoch entdeckt hat, dass sie eigentlich eine komatöse Nachbarin ist, die schon vor Jahren hätte aufwachen müssen, bittet er Lana um Hilfe, um die Wahrheit aufzudecken - was Lana in große Gefahr bringt. In der Zwischenzeit verlangt Lionel, dass Lex sich einer vollständigen psychologischen Untersuchung unterzieht, bevor er ihn einstellt.
Perry White, ein einst vielversprechender Journalist, dessen Karriere von Lionel Luthor zerstört wurde, kommt in Smallville an, auf der Suche nach außerirdischen Geschichten für eine Boulevard-Nachrichtensendung. Obwohl er ständig berauscht ist, glaubt Perry, er habe miterlebt, wie Clark seine außergewöhnliche Schnelligkeit einsetzt, und so schmiedet er einen gefährlichen Plan, um Clarks Superkräfte zu entlarven. Währenddessen erfährt Lex, dass Perry belastende Beweise für Lionels zwielichtige Vergangenheit hat.
Clark entdeckt, dass Jor-El vor vierzig Jahren auf der Erde war. Lanas Großonkel, der vor vierzig Jahren für den Mord an seiner Frau verurteilt wurde, zeigt ihr ein Bild des Mannes, von dem er glaubt, dass er wirklich ihre Tante getötet hat, und sie ist schockiert, als sie entdeckt, dass der Landstreicher genau wie Clark aussieht. Sicher, dass es sich bei dem Mann um Jor-El handelt, führt Clarks Untersuchung ihn zu einem kryptonischen Medaillon, das ihm erlaubt, Teile der Vergangenheit zu sehen - und das Leben, das Jor-El für ihn begann, lange bevor er auf der Erde ankam.
Clark ist misstrauisch, als Lana sich plötzlich zu einer Kommilitonin hingezogen fühlt und beginnt, sich aufsässig zu verhalten, was sie schließlich ins Gefängnis bringt. Clarks Verdacht bestätigt sich, als er entdeckt, dass Lanas neuer Freund über magnetische Kräfte verfügt, die Gegenstände bewegen und menschliche Emotionen verändern können, aber als er versucht, Lana aus dem paranormalen Griff zu befreien, der sie kontrolliert, versucht sie, ihn zu töten. In der Zwischenzeit entdeckt Lex, dass Chloe sich in Lionels Vergangenheit vertieft hat und versucht, sie dazu zu bringen, sich gegen seinen Vater zu verbünden.
Lex macht Morgan Edge ausfindig und bringt ihn dazu, schmutzige Geschäfte mit Lionel zuzugeben, aber bevor Lex es den Behörden melden kann, versucht jemand, ihn in der Villa zu töten. Kaum überlebt er, flieht Lex und bittet Clark um Hilfe. Als Clark jedoch in die Villa zurückkehrt, um Nachforschungen anzustellen, stellt er fest, dass alles in Ordnung ist, und beginnt sich zu fragen, ob es wirklich passiert ist, insbesondere nachdem Lionel verkündet hat, dass Lex einen psychotischen Zusammenbruch erlitten hat und in eine Anstalt eingewiesen werden muss.
Drei von Clarks ehemaligen Gegnern wenden sich an Lex, um ihn um Hilfe zu bitten, Clark ins Krankenhaus zu locken, nachdem sie erfahren haben, dass Lionel eine Elektroschocktherapie für Lex beantragt hat, um sein Gedächtnis zu löschen. Der Plan geht jedoch schief, als die Schurken ein Doppelspiel mit Lex treiben und Kryptonit verwenden, um Clarks Kräfte zu stehlen. In der Zwischenzeit trifft Lana im Krankenhaus einen mysteriösen Fremden.
Bei dem Versuch, einen Raubüberfall zu verhindern, wird Clark vorübergehend geblendet, als er seinen Hitzeblick abschießt, der durch ein Stück Kryptonit versehentlich in seine Augen zurückreflektiert wird und ihm bald klar wird, dass sein Körper ein Supergehör entwickelt hat, um seinen Sehverlust auszugleichen. Doch wie schon am Anfang mit seinen anderen Gaben, hat Clark seine neue Kraft nicht ganz unter Kontrolle.
Clark und Lana verüben unabhängig voneinander Attentate auf ihre Freundin Chloe. Beide hatten vor ihren Amokläufen mysteriöse E-Mails von einem Absender namens ‚Brainwave‘ erhalten. Offenbar versucht jemand, ihre Gedanken zu manipulieren. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche danach wer und was dahinter steckt.
Clark entdeckt, dass sein Schulkamerad Jordan die Zukunft vorhersehen kann, ist aber entsetzt, als Jordan ihm erzählt, dass er Lana in den nächsten Tagen in einem Feuer sterben "sieht". Unterdessen untersucht Chloe, misstrauisch gegenüber seinem Verhalten, Adams Hintergrund und entdeckt einige beunruhigende Neuigkeiten.
Nachdem Pete sich weigert, ein Straßenrennen zu veranstalten, bedrohen die Schläger, die es veranstalten, sein Leben, also bittet er Clark, seine Kräfte einzusetzen, um sie zu stoppen. Wütend darüber, dass Pete sich selbst in diese Lage bringen würde, muss Clark einen Weg finden, Pete zu retten und sein Geheimnis trotzdem zu schützen. In der Zwischenzeit beginnt Jonathan unter den Folgen seines Deals mit Jor-El zu leiden.
Clark findet heraus, dass seine Mitschülerin Alicia ebenfalls übernatürliche Kräfte besitzt. Schwer beeindruckt von einander, verlieben sich die beiden und werden ein Paar.
Während sein Vater auf die Operation wartet, freundet sich Clark mit einem kleinen Jungen an, Garrett, dessen Bruder Vince gerade an Leberversagen gestorben ist. Doch alle sind schockiert, als Vince lebendig und scheinbar wohlauf auftaucht - bis seine Leber wieder zu versagen beginnt. In dem verzweifelten Versuch, seinen Bruder am Leben zu erhalten, schnallt sich Garrett eine Kryptonit-Bombe um und verlangt, dass Vince Jonathans Leber erhält, sonst jagt er das Gebäude in die Luft.
Clark erhält einen panischen Anruf von Lana und hört einen Schuss, bevor die Leitung tot ist, aber als er im Talon ankommt, stellt er fassungslos fest, dass sie am Leben und wohlauf ist. Clark erkennt, dass der Anruf vom nächsten Tag kam und dass Adam derjenige ist, der Lana erschießen wird.
Als Jonathan beginnt, sich seltsam zu verhalten, glaubt Clark, dass Jor-El Jonathan Botschaften durch den Schlüssel sendet und die Ursache für den Rückzug seines Vaters aus der Familie ist. Clark geht hinunter zu den Höhlen, um seinen biologischen Vater zu konfrontieren, aber Lionel erwischt ihn dort und beginnt, die Stücke zusammenzusetzen und führt ihn direkt zu Dr. Swann. Als sich die beiden Milliardäre gegenüberstehen, wird ein Geschäft abgeschlossen und Lionels wahre Motive werden enthüllt.
Als Chloe versehentlich ein mysteriöses Krypto-Gas einatmet, entdeckt sie, dass es wie ein Wahrheitsserum für jeden wirkt, der mit ihr in Kontakt kommt, und beschließt, ihre neue Macht auszunutzen, indem sie zu den Kents geht, um Clarks Geheimnis herauszufinden. Ihre neue Macht hat jedoch fatale Folgen, und Clark muss ein Gegenmittel finden, bevor sie die Wahrheit über ihn herausfindet oder, schlimmer noch, stirbt.
Im Glauben, dass Schlüsselinformationen über die Vergangenheit seines Vaters verloren gingen, als sein Gedächtnis gelöscht wurde, beschließt Lex, an einem Versuchsprogramm mit Dr. Garner teilzunehmen, um die Informationen wiederzuerlangen, damit er seinen Vater dem FBI ausliefern kann. Da er weiß, dass Lex sein Geheimnis entdecken wird, wenn er sein Gedächtnis wiedererlangt, versucht Clark, ihn aufzuhalten, wird aber von Lionel und dem Arzt gefangen genommen und der gleichen radikalen Behandlung ausgesetzt, damit Lionel das Geheimnis von Clarks Vergangenheit lösen kann.
Jeremiah Holdsclaw, ein junger Kiwatche-Indianer, stiehlt ein mythisches Messer aus den Höhlen des Stammes und erhält ähnliche Superkräfte wie Clark. Jeremiah glaubt, er sei die Erfüllung der alten Prophezeiung Namans, "des Mannes, der von den Sternen fiel". Er macht sich auf den Weg, Lionel mit dem Messer zu töten, und Clark muss ihn aufhalten, ohne sein eigenes Geheimnis preiszugeben.
Clark beschließt, Lana sein Geheimnis zu verraten, damit sie endlich zusammen sein können. Währenddessen entführt und foltert ein fehlgeleiteter FBI-Agent Pete, um ihn zur Enthüllung von Clarks Geheimnis zu zwingen. Außerdem gerät Lex in Panik, nachdem das FBI ihm 24 Stunden Zeit gegeben hat, um Informationen über seinen Vater herauszugeben, oder er muss mit Gefängnisstrafe rechnen, aber Hilfe kommt von einer unerwarteten Quelle.
Kara, ein wunderschönes Mädchen mit Superkräften vom Krypton, verführt Clark dazu, sich seinem Vater anzuschließen und sich seinem Schicksal zu stellen. Clark wird nach Petes Abreise ohne Unterstützung zurückgelassen, als Jonathan die Abmachung, die er mit Jor-El getroffen hat, offenbart. Gleichzeitig nehmen Clarks Beziehungen zu Lex und Lana unerwartete Wendungen, so dass er sich außer Kara an niemanden mehr wenden kann.
