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Die Folge erklärt zunächst das Großvater-Paradoxon: Weil die Umbrella-Geschwister trotz des Todes ihrer Mütter noch leben, gerät die Zeitlinie außer Kontrolle. Immer stärkere Schockwellen lassen nun auch Menschen spurlos verschwinden; Luther wird Zeuge eines solchen Vorfalls und warnt die anderen.
Fünf verbündet sich mit Lila, um die beiden defekten Zeitreise-Koffer zu reparieren und die Ursache der Katastrophe zu finden. Klaus dringt derweil ins Sparrow-Hauptquartier ein, findet seinen gebrechlichen Vater Reginald vor – von den Sparrows entmündigt und mit Pillen ruhiggestellt – und freundet sich mit ihm an.
Viktor und Allison treffen sich mit den Sparrows Ben und Fei zu einem Austausch: Allison behauptet fälschlich, sie hielten Marcus gefangen, und verlangt im Gegenzug den Koffer. Doch Grace offenbart den Sparrows, dass Marcus von der Energiekugel verschlungen wurde – was den geplanten Tausch scheitern lässt.
Lila und Fünf gelingt es, einen Koffer zu reparieren, und sie springen in eine eisige Ödnis nahe der Kommission. Beim erneuten Zusammentreffen greifen die Sparrows die Umbrellas an; Stan setzt mit einem Molotowcocktail das Hotel in Brand. Da schreitet der rätselhafte Lester ein und tötet mit einem Energiestoß die Sparrows Jayme und Alphonso. Viktor erkennt in ihm Harlan – Sissys Sohn aus den 1960ern.
Ein Rückblick zeigt, wie Harlan und Sissy nach den Ereignissen von 1963 ständig auf der Flucht sind, weil Harlan seine Kräfte nicht kontrollieren kann. Nachdem er versehentlich sein Kaninchen tötet und in der Schule mit einem unkontrollierten Ausbruch weitere Kinder trifft, ziehen die beiden immer weiter. Als Sissy 1989 im Krankenhaus stirbt, entlädt sich Harlans Trauer in einem verheerenden Energieausbruch.
In der Gegenwart erreichen Fünf und Lila die Commission und finden sie durch die Folgen des Großvater-Paradoxons verwüstet vor; ein Großteil der Belegschaft, darunter Herb, ist tot. In einem paradoxsicheren Bunker entdecken sie einen greisen Mann in einer eisernen Lunge – eine uralte Version von Fünf und zugleich der Gründer der Commission. Er warnt seine jüngere Ausgabe eindringlich davor, die Welt zu retten, und stirbt. Fünf schneidet ihm ein rätselhaftes Tattoo von der Brust.
Im Hotel Obsidian erwacht Sloane neben den Leichen von Jayme und Alphonso und greift Luther an, weil sie ihn für den Verräter hält. Allison zwingt sie mit ihrer Fähigkeit zu verraten, wo der Koffer ist – und die Umbrellas erfahren, dass die Sparrows ihn nie hatten. Viktor folgt derweil Harlan, der seit der Rettung am See Menschen mit Kräften wie eine Stimmgabel wahrnehmen kann, ohne diese Gabe steuern zu können.
Während Klaus und Stan als Strafe das Hotel putzen, stoßen sie auf die verborgene White-Buffalo-Suite, in der Stan Klaus versehentlich mit einer Harpune erschießt. Die Umbrellas beschließen, Sloane den Sparrows zurückzugeben, doch Ben verlangt im Gegenzug die Herausgabe Harlans.
Am Ende entdeckt Harlan die Zeitungsausschnitte über die Mütter der Umbrella Academy und stellt Viktor zur Rede. Es zeigt sich: Harlans Energieausbruch beim Tod seiner Mutter hat alle Mütter getötet und damit das Großvater-Paradoxon ausgelöst.
Nach seinem Tod durch Stans Harpune erwacht Klaus in der Leere. Er durchschreitet ein Mausoleum, in dem eine jüngere Version seiner selbst mit Reginald sitzt, und erkennt, dass seine früheren vermeintlichen Nahtoderfahrungen tatsächlich echte Tode waren. Am Strand trifft er seine verstorbene Mutter Rachel, die ihm eröffnet, er sei bereits 56 Mal gestorben, und ihn ermutigt, nicht länger um sie zu trauern und ins Leben zurückzukehren.
Viktor stellt Harlan zur Rede, der die Wahrheit gesteht: Am Tag von Sissys Tod wollte er nach Viktor greifen, verband sich aber versehentlich mit den Müttern, die spürten, wie etwas in ihnen heranwuchs. Er konnte die Verbindung nicht mehr lösen und tötete sie. Danach verbarg er sich – bis er Viktors Kräfte erneut wahrnahm.
Fünf und Lila kehren aus der Commission zurück, doch ihr Koffer übersteht die Reise nicht. Sie erklären, dass das Großvater-Paradoxon einen Kugelblitz hervorgebracht hat, der das Universum unaufhaltsam auslöscht. Klaus verrät, dass dieser Kugelblitz die leuchtende Energiekugel im Keller der Academy ist. Diego findet unterdessen Klaus’ Leiche, die er und Stan im Teppich eingerollt fortschaffen – bis Klaus im Aufzug wieder zum Leben erwacht.
Bei den Sparrows streiten Fei und Ben über das weitere Vorgehen: Fei will mit den Umbrellas zusammenarbeiten, weil weltweit Menschen verschwinden, während Ben zunächst Harlan bestrafen will. An der Hotelbar beziffert Fünf die verbleibende Zeit auf vier bis fünf Tage und spricht von einer nüchternen Abwägung – dem namensgebenden „kindest cut“. Verzweifelt zwingt Allison Luther mit ihrer Fähigkeit zu einem Kuss.
Später ertappt Allison Viktor dabei, wie er Harlan aus dem Hotel schmuggelt, um dessen Kräfte zurückzunehmen und ihn zu retten; sie hilft ihm dabei. Klaus erkennt derweil das Tattoo von Fünfs alter Version als Zeichen der Bikergang Mothers of Agony. Fünf sucht deren Bar auf und findet dort ausgerechnet Pogo.
In einem Rückblick ins Jahr 2014 entlässt Reginald Hargreeves seinen langjährigen Berater Pogo, nachdem die beiden über die harte Ausbildung der Sparrow Academy in Streit geraten sind. In der Gegenwart klärt Pogo Number Five darüber auf, dass die Symbole auf dessen Tätowierung mit „Project Oblivion“ zusammenhängen – einer Himmelfahrtsmission, für die Reginald die Sparrows abgerichtet hat. Um ihn davon abzuhalten, halten die Sparrows ihn ruhiggestellt. Da Klaus ihn wieder nüchtern gemacht hat, dürfte Reginald das Vorhaben nun neu aufnehmen. Um die Zeitschleife zu schließen, lässt Five sich von Pogo das Tattoo stechen.
Klaus stellt Reginald zur Rede und will wissen, warum dieser ihn in der ursprünglichen Zeitlinie immer wieder getötet hat. Um es herauszufinden, tötet Reginald ihn durch einen Stromschlag – im Wissen, dass Klaus unsterblich ist und zurückkehrt.
Diego und Lila entdecken hinter der Wand der Weißer-Büffel-Suite einen geheimen Gang, der in eine verlassene Spiegelversion des Hotels führt: das Hotel Oblivion. Dort gesteht Lila, dass Stan gar nicht ihr gemeinsamer Sohn ist. Ein Wächter greift sie an und trennt Diego zwei Finger ab. Zurück im Hotel Obsidian werden sie Zeuge, wie eine plötzliche Kugelblitz-Welle Stan auslöscht.
In einem Diner gelingt es Viktor und Harlan nach mehreren Versuchen, Harlans Kräfte auf Viktor zurückzuübertragen. Während Viktor erschöpft ruht, verrät Harlan Allison beiläufig, dass er es war, der die Mütter der Hargreeves getötet und damit den Kugelblitz ausgelöst hat. Außer sich vor Wut tötet Allison ihn und übergibt seinen Leichnam den Sparrows, die inzwischen Luther als ihre neue Number One gewonnen haben.
Nach dem Tod der Handler reist Lila zum Fall der Berliner Mauer 1989, wo sie einen von der Handler heimlich hinterlegten Koffer findet. Sie schließt sich einer Punkband um eine Frau namens Trudy an und spannt deren Sohn Stan für ihren Plan ein, Diego mit einem vorgetäuschten gemeinsamen Sohn hinters Licht zu führen.
Reginald tötet Klaus wiederholt, um dessen Wiederbelebung zu beschleunigen, und nimmt ihn mit auf einen Friedhof, wo Klaus endlich lernt, seine Kräfte gezielt einzusetzen.
Sparrows und Umbrellas legen ihre Rivalität bei, um gemeinsam gegen den Kugelblitz vorzugehen. Allison zeigt keinerlei Reue über die Tötung Harlans und offenbart, dass dieser alle ihre Mütter getötet hat; sie macht Viktor für ihre Verluste verantwortlich. Lila, Sloane, Christopher und Viktor bündeln ihre Kräfte und schließen den Kugelblitz in Christopher ein. Als Grace die Gruppe mit einem Flammenwerfer angreift, sieht sich Five gezwungen, sie zu töten.
Die beiden Akademien feiern ihren Sieg. Luther macht Sloane einen Heiratsantrag, den sie annimmt, während Lila Diego eröffnet, dass sie schwanger ist und Stan nur vorgeschoben hat, um Diegos Eignung als Vater zu prüfen. Während Five den trauernden Viktor tröstet, explodiert Christopher plötzlich und öffnet den Kugelblitz erneut – Fei und Christopher kommen ums Leben, und die Akademie wird zerstört.
In einem Rückblick ins Jahr 1918 beginnt Reginald mit dem Bau des Hotels Obsidian. Bei der Eröffnung schickt er mehrere bewaffnete Soldaten durch den geheimen Gang der Weißer-Büffel-Suite – sie werden allesamt getötet.
In der Gegenwart, während der Großteil des Universums bereits ausgelöscht ist, suchen die Umbrellas gemeinsam mit Ben und Sloane im Hotel Obsidian Zuflucht. Luther und Sloane verkünden ihre Verlobung und Hochzeit, als Klaus und Reginald im Hotel eintreffen. Bei Luthers Junggesellenabschied, zu dem ein verbitterter Ben nicht eingeladen ist, bringt Klaus Reginald bei, ein besserer Vater zu sein. Sloane stellt Ben wegen seiner mürrischen Haltung zur Rede.
Reginald beherzigt Klaus’ Rat und hält bei der Hochzeitsfeier eine überraschend bewegende Rede. Viktor versucht, sich mit Allison auszusöhnen, doch sie weigert sich, ihm zu verzeihen. Im Innenhof sitzt die Gruppe beisammen, und Luther bemerkt, dass er endlich die Familie hat, von der er immer geträumt hat.
Als der betrunkene Five durch die Flure des Hotels torkelt, belauscht er, wie Reginald in der Weißer-Büffel-Suite mit jemandem einen Handel abschließt.
Ein Rückblick offenbart, was Luther während seiner Zeit auf dem Mond bewachte: Hinter einem Sperrzaun hielt Reginald seine für tot geglaubte Frau Abigail Hargreeves in einer Kryo-Kammer verborgen – Luther schützte sie, ohne es zu wissen.
In der Gegenwart beruft Reginald eine Familienversammlung ein und erklärt, dass er das Hotel Obsidian um ein Portal zum Hotel Oblivion herum errichtet hat. Die Antwort auf die Rettung des Universums liege im Spiegelhotel; dazu müssten sieben Personen sieben Glocken läuten, die ein Wächter bewacht. Allison, Klaus, Lila und Ben stimmen für Reginalds Plan, doch Diego, Viktor, Luther, Sloane und Five überstimmen sie und wollen bleiben.
Allison entschuldigt sich bei Luther und Viktor, doch Viktor hält das für Manipulation. Five erinnert sich, dass es Allison war, die in der Nacht zuvor mit Reginald einen Handel geschlossen hat. Luther trifft Reginald in der Weißer-Büffel-Suite, wo dieser sich für seine frühere Behandlung der Familie entschuldigt – und Luther dann kurzerhand ermordet und die Tat dem Wächter anlastet.
Als der Kugelblitz das Hotel zu verschlingen beginnt, fliehen die Geschwister und Reginald durch den geheimen Gang ins Hotel Oblivion. Reginald jedoch lässt Klaus zurück, den er für eine zu große Belastung hält. Um sicherzustellen, dass er ins Jenseits gelangt, stürzt sich Klaus in das Horn des weißen Büffels und stirbt.
Viktor, Diego, Allison, Five, Lila, Ben, Sloane und Reginald gelangen durch den geheimen Gang ins Hotel Oblivion, wo Reginald fälschlich behauptet, der Kugelblitz habe Klaus verschlungen. In der Lobby eröffnet Five Viktor seinen Verdacht, dass Allison in Reginalds Plan verstrickt ist. Als sich die Geschwister aufteilen, um das Hotel zu durchsuchen, beschwört Reginald drei Wächter herauf, die sie angreifen.
Unter Fives Druck gesteht Allison, dass sie einen Handel mit Reginald eingegangen ist, am Tod von Luther und Klaus aber keinen Anteil habe. Five, Ben und Sloane strecken gemeinsam einen der Wächter nieder, Viktor und Lila töten einen weiteren. Im Jenseits überredet Luther den zögernden Klaus zur Rückkehr ins Leben; zurückgekehrt entlarvt Klaus Reginalds Verrat.
Five entdeckt das Zeichen der Sieben Glocken auf dem Lobbyboden, doch der letzte Wächter trennt ihm den Arm ab und verletzt Klaus schwer. Klaus beschwört Luther als Geist herauf, der zurückschlägt und sich kurz mit Sloane wiedervereint. Nachdem Klaus zurück ins Leben findet, treten die Geschwister auf die Sieben Sterne und töten so den letzten Wächter. Reginald entzieht den Geschwistern ihre Kräfte, um den Reset-Knopf aufzuladen. Als Allison erkennt, dass dieser Vorgang sie tötet, erschlägt sie Reginald und drückt den Knopf, was den Kugelblitz vernichtet und das Universum wiederherstellt.
Im zurückgesetzten Universum ist Allison mit Claire und dem hier lebenden Raymond vereint. Die übrigen Geschwister stellen fest, dass das Hotel Obsidian zu einer Gedenkstätte geworden ist, Luther wieder ein normaler Mensch ist und Five sowie Diego ihre Gliedmaßen zurückhaben. Sloane jedoch ist verschwunden, und alle haben ihre Kräfte verloren. Während sich die Geschwister trennen, blickt ein wiederhergestellter Reginald an der Seite der ebenfalls zurückgekehrten Abigail über die Stadt.