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Graham Hess hat nach dem Tod seiner Frau den Glauben an Gott verloren. Gemeinsam mit seinen Kindern und seinem Bruder Merrill lebt er auf einer Farm, die über viele Felder verfügt. Eines Tages werden Kornkreise in einem der Felder gefunden, mysteriöse Dinge häufen sich: So greift der Hund ohne Warnung die Kinder an. Eines nachts scheinen außerdem auch Fremde auf der Farm herumzulaufen. Doch nicht nur bei Graham spielen sich unheimliche Dinge ab. Auf dem gesamten Planeten sind Kornkreise aufgetaucht und die Menschen haben das Gefühl, dass etwas in der Luft liegt. Unerklärliche Situationen häufen sich. Graham und Merrill wollen es nicht glauben, jedoch verdichten sich die Anzeichen, dass sie es wirklich mit Außerirdischen zu tun haben. Doch falls dies wahr ist, kommen die galaktischen Besucher in Frieden oder nicht?
FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau...