Vor der Zerstörung von Krypton: Die Kriminellen General Zod, Ursa und Non überwältigen einen Sicherheitsbeamten an einem kristallinen Matrixtisch. Der General nimmt einen roten Kristallspitz vom Tisch und zerstört ihn, wodurch ein Donnerkrachen die Stadt erschüttert und eine Falle auslöst, die die drei Gesetzlosen einfängt. Der Akt des Verrats und andere Verbrechen führen dazu, dass Jor-El und der Krypton-Rat die drei in die Phantomzone verbannen.
Auf der Erde, in der Gegenwart, betritt Clark Kent das Daily Planet und spricht mit seinem Chef Perry White. Perry erklärt, dass eine Gruppe Terroristen Geiseln auf dem Eiffelturm in Paris festhält und droht, eine Wasserstoffbombe zu zünden. Lois Lane, Perrys Starreporterin, wurde bereits nach Paris geschickt, um die Geschichte zu recherchieren. Clark verwandelt sich in Superman und fliegt nach Paris.
Am Eiffelturm schleicht sich Lois an den Sicherheitskräften vorbei und versteckt sich im Aufzug. Als ein französisches Commando-Team sicherstellt, dass die Geiseln frei sind, und glaubt, die Bombe sei herausgenommen worden, schneiden sie den Strom ab und zerstören den Kettenantrieb. Der Aufzug stürzt ab, doch Superman rettet Lois und fliegt den Aufzug mit der Bombe ins All, wo diese explodiert.
Die Explosion beschädigt die Phantomzone und befreit die drei Kriminellen, die durch das gelbe Licht der Erde Superkräfte erhalten. Sie greifen Astronauten auf dem Mond und später in East Houston, Idaho, an, bevor sie im Weißen Haus den Präsidenten der USA zwingen, sich Zod (im Namen des gesamten Planeten) zu unterwerfen. Als der Präsident warnt, dass Superman sie aufhalten wird, fordert Zod Superman auf, vor ihm zu knien.
Vor Zods Ankunft werden Clark und Lois zu den Niagara Fällen geschickt. Lois verdächtigt, dass Clark Superman ist, und versucht, ihn zu enttarnen, indem sie in die Niagara-Schlucht springt. Clark rettet sie heimlich mit seinen Kräften. Später, in ihrem Hotelzimmer, greift er versehentlich ins Kaminfeuer, um seine Brille zu holen, ohne sich zu verbrennen. Lois zwingt ihn, sein Geheimnis zu gestehen.
Superman bringt Lois zur Festung der Einsamkeit am Nordpol und zeigt ihr seine Geschichte in den Energie-Kristallen der Festung. Eine holografische Projektion seiner Mutter, Lara, warnt ihn, aber er entschließt sich, seine Superkräfte aufzugeben, um mit Lois zusammen zu sein. Der Prozess zerstört viele der Kristalle, außer einem grünen Kristall, der weit entfernt liegt. Nachdem sie die Nacht zusammen verbracht haben, kehren sie auf herkömmlichen Wegen in bewohnte Gebiete zurück.
In einem abgelegenen Truck-Stop wird Clark von einem rüpelhaften Trucker geschlagen. Er erkennt, dass er als Mensch verletzlich ist, als er sein eigenes Blut sieht. Plötzlich sehen er und Lois eine Live-Übertragung von Zod, der Superman auffordert, sich zu zeigen und zu knien. Clark beschließt, zur Festung zurückzukehren, um seine Kräfte wiederzuerlangen. Der Weg dorthin ist beschwerlich, aber er findet den grünen Kristall und gibt nicht auf.
Lex Luthor, der mit Hilfe von Eve Teschmacher aus dem Gefängnis entkommen ist, findet die Festung und entdeckt die Verbindung zwischen Superman und Jor-El sowie General Zod. Luthor schließt sich den drei Kryptoniern an und führt sie zum Daily Planet, wo sie Lois entführen. Zod ahnt, dass jeder Angriff auf Lois Superman anlocken wird.
Superman, der seine Kräfte zurückerlangt hat, kämpft gegen die drei Kriminellen in Metropolis. Als Zod erkennt, dass Superman die Menschen beschützt, nutzt er diese Schwäche aus. Um Metropolis zu schützen, zieht sich Superman zurück. Zod erklärt seinen Sieg, doch Luthor verrät den Standort der Festung der Einsamkeit. Die Gruppe fliegt dorthin, nimmt Luthor und Lois mit.
In der Festung versucht Superman eine letzte Falle gegen Zod, scheitert aber und gibt den Kampf auf, um Lois’ Leben zu retten. Er täuscht die drei Kryptonier und überzeugt sie, dass die Transformation ihn zu einem Menschen macht. Als sie sich Superman gegenüber sicher fühlen, dreht er den Spieß um und verwandelt sie in normale Menschen, indem er die Maschinen der Festung richtig einstellt. Zod und seine Anhänger fallen in die Tiefe.
Superman bringt Luthor zu den Behörden und löscht Lois’ Erinnerung an die letzten Ereignisse, um seine geheime Identität zu schützen. Am Truck-Stop rächt er sich an dem Trucker, der ihn zuvor geschlagen hat. Superman repariert den Schaden, den Zod angerichtet hat, und verspricht dem Präsidenten, seinen Pflichten nie wieder zu entkommen.
Oliver Trebes
