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Mark wird befördert, um ein Team von Mitarbeitern zu leiten, deren Erinnerungen an die Arbeit und ihr Privatleben chirurgisch getrennt wurden.
Das Team schult Helly, die neue Kollegin, in der Macrodata- Verfeinerung. Mark nimmt sich einen Tag frei, um sich mit einem mysteriösen ehemaligen Kollegen zu treffen.
Mark nimmt das Team mit auf einen Ausflug, doch Helly rebelliert noch immer.
Irving macht bei der Arbeit eine faszinierende Entdeckung. Helly will unbedingt ihr Outie treffen. Mark setzt sich mit dem Verlust seiner Frau auseinander.
Irving und Dylan stellen Burt zur Rede. Das Team begibt sich in die Gänge.
Das Team geht ein Bündnis ein und verärgert damit Cobel.
Mark und das Team muss sich mit neuen, von Cobel veranlassten Sicherheitsmaßnahmen stellen.
In der vorletzten Folge der Staffel sieht man erstmals Irvings Outie: Er lebt allein und malt zwanghaft immer dasselbe Bild eines dunklen Flurs mit einer Tür und einem umgekehrten roten Dreieck – jener Flur, der sich als Eingang zur „Testetage“ von Lumon entpuppt und den Irving im Büro als schwarze Substanz halluziniert.
Im Büro erreicht Helly 100 Prozent ihrer Datei, womit das MDR-Team knapp die Quartalsquote erfüllt. Cobel plant eine „Waffel-Party“ als Belohnung und eine letzte Wellness-Sitzung zwischen Mark und Ms. Casey. In der Sitzung erfährt Mark, dass Ms. Casey „ausgemustert“ wird; enttäuscht beobachtet Cobel, dass sich Mark und Ms. Casey nicht als Eheleute erkennen, und lässt sie auf die Testetage bringen.
Während der Feier stellt Natalie Cobel zur Rede: Sie hat dem Vorstand Hellys Selbstmordversuch verschwiegen und sich als „Mrs. Selvig“ an Marks Outie herangemacht. Cobel wird gefeuert; Milchick eskortiert die aufgebrachte Frau aus dem Gebäude. Das nutzt das MDR-Team, um seinen Plan zu starten. Bevor der Fahrstuhl sie trennt, küsst Helly Mark aus Angst, sie könnten sich draußen nie wiederfinden.
Dylans „Waffel-Party“ entpuppt sich als verstörendes Ritual: Mit einer Kier-Eagan-Maske sitzt er in einer Nachbildung von Kiers Schlafzimmer, während maskierte Tänzerinnen einen Tanz aufführen. Dylan bricht ab und verbarrikadiert sich im Sicherheitsraum, um Mark, Helly und Irving nach Anleitung zu überwachen.
Zu Hause schwört die gefeuerte Cobel ihrer Kier-Verehrung ab und zerstört ihren Schrein im Keller. Als Marks Outie sie in diesem Zustand sieht, nimmt er sie mit zu Rickens Buchlesung, wo er ihr anvertraut, dass er bei Lumon kündigen will. Zeitgleich aktiviert Dylan das Überstundenkontingent – und weckt die Innies von Mark, Irving und Helly in der Außenwelt.
Im Staffelfinale löst Dylan im Sicherheitsraum die sogenannte Überstunden-Schaltung (Overtime Contingency) aus und hält dafür verkrampft zwei Schalter gleichzeitig gedrückt. Dadurch erwachen die Innies von Mark, Irving und Helly für kurze Zeit in den Körpern ihrer Outies in der Außenwelt – und nutzen das Zeitfenster, um herauszufinden, wer sie draußen wirklich sind.
Mark kommt auf der Lesungsparty von Ricken zu sich, während er ausgerechnet Cobel umarmt. Er erfährt, dass er eine Schwester hat, lernt Devon zum ersten Mal bewusst kennen und begreift, dass Ricken sein Schwager ist und dessen Buch – das Mark heimlich bei der Arbeit gelesen hat – hier vorgestellt wird. Von Ricken hört er, dass sein Outie sich nach dem Tod seiner Frau Gemma für die Severance-Prozedur entschieden hat. Als Cobel ihn zu seiner „großen Lebensveränderung“ ausfragt, verrät sich Mark, indem er sie mit „Ms. Cobel“ anspricht – und macht ihr damit klar, dass die Überstunden-Schaltung aktiv ist.
Irving erwacht malend in seiner Wohnung und entdeckt in einer Truhe mit Andenken aus der Navy-Zeit seines Vaters ein Geheimfach. Dort zeigt sich, dass sein Outie seit Langem Informationen über severte Lumon-Mitarbeiter sammelt, darunter Burt, dessen Haus auf einer Karte markiert ist. Irving fährt zu Burt – und findet ihn dort mit einem anderen Mann zusammenlebend; erschüttert steigt er dennoch aus und hämmert rufend an dessen Tür.
Helly stellt auf einer Lumon-Gala fest, dass ihr Outie in Wahrheit Helena Eagan ist, Erbin der Lumon-Gründerfamilie, und dass sie sich nur als PR-Aktion hat severn lassen, um die Prozedur gesellschaftsfähig zu machen. Auf der Damentoilette begegnet ihr ihr Vater Jame Eagan, Lumons amtierender Vorstandsvorsitzender, der ihr für die Zustimmung dankt und andeutet, Lumon wolle letztlich die gesamte Menschheit severn.
Bevor Cobel sie aufhalten kann, tritt Helly als ihr Innie ans Rednerpult und entlarvt vor dem Publikum die Severance-Prozedur als Qual, ehe Natalie sie zu Boden reißt. Mark kann sich unterdessen Devon anvertrauen, die statt der vermutlich von Lumon kontrollierten Polizei die Presse einschalten will. Auf einem Hochzeitsfoto erkennt Mark seine tot geglaubte Frau Gemma als die Betriebsberaterin Ms. Casey und stürzt rufend zu Devon: „Sie lebt!“ Im selben Moment bricht Milchick in den Sicherheitsraum ein und überwältigt Dylan – die Überstunden-Schaltung endet abrupt und mit ihr die Staffel.