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Die zweite Staffel setzt nahtlos an das Finale der ersten an: Das Lazarus-Team steckt weiterhin in einer sich wiederholenden Zeitschleife von drei Wochen fest. George ist überrascht, als Sarah zu Beginn der neuen Schleife auftaucht – dank ihrer Serum-Dosis erinnert auch sie sich nun an die Zeitsprünge, versteht das Geschehen aber noch nicht. Entgegen der Befürchtungen überlebt Shiv, und George offenbart Sarah, dass er durch die Zeit reisen kann.
George legt Wes gegenüber offen, was vorgefallen ist. Sie reagiert wütend und verbannt ihn aus dem Projekt – er soll dem Hauptquartier nicht einmal auf 100 Meilen nahekommen. Sarah dagegen darf bleiben, weil ihre Serum-Dosis sie ohnehin in der Schleife gefangen hält. Die entscheidende Spur führt ins Jahr 2012: Sechs Wissenschaftler haben damals eine neue Zeitmaschine gebaut – in genau jener Zeit, in die Janet zurückversetzt wurde.
Von den Ermittlungen ausgeschlossen, erhält George von Sarah heimlich die Akten der gesuchten Forscher. Ein Detail – maßgefertigte Graffiti-Sneaker – führt ihn nach Berlin zu Dr. Wheeler, weiter nach Marokko und schließlich auf einen Friedhof, wo sich herausstellt, dass Wheeler längst tot ist. Nach zahlreichen Schleifen kehrt George mit seinen Erkenntnissen zu Wes zurück und darf schließlich wieder mitarbeiten, zunächst nur im Innendienst.
Die weltweite Suche zeigt ein beunruhigendes Muster: Ein Wissenschaftler nach dem anderen wird tot aufgefunden – Dr. Li in Tokio, Dr. Samson in der Schweiz. George und Sarah dürfen schließlich in den Außeneinsatz. Zwischen den Missionen ringt George mit der Frage, ob er ein schlechter Mensch ist; ausgerechnet Sarah spricht ihm Trost zu und erklärt, warum er Reggie stets von hinten erschießt – um ihm den Anblick des Kommenden zu ersparen.
Als George und Sarah heimkehren, wartet Rebrov bereits auf sie. Er kann den Genfer Kontrollpunkt rechtzeitig erreichen, um Samson zu retten; dabei wird er angeschossen, schickt Samson aber in Sicherheit und informiert Wes. Rückblenden enthüllen, dass Wes tiefer verstrickt ist als gedacht: Sie saß im Publikum eines Vortrags von Dr. Gray über Zeitreisen und bewahrt in ihrer Schublade ein Buch mit demselben Emblem auf, das sich auf dem Ring eines der toten Forscher findet.
Dr. Samson wird zum Lazarus Project gebracht – er kennt die Organisation bereits, denn die Time Break Initiative nutzte einst Teile ihrer Ausrüstung, um ihre eigene Zeitmaschine zu bauen. Wes erklärt ihm die Zeitschleife, in der sie alle festsitzen, und die zweite Singularität, die Samson und sein Team ausgelöst haben.
In Rückblenden schildert der geschockte Samson die Ereignisse: Nach dem letzten Experiment wurden die Wissenschaftler noch in derselben Nacht ausgeflogen und in das Time-Break-Hauptquartier in der Schweiz gebracht, um das Werk von Dr. Gray zu vollenden. Innerhalb weniger Jahre ging man zu Live-Tests über – und erzeugte dabei ein Schwarzes Loch. Um das Desaster zu beheben, schickte die Initiative Janet in die Vergangenheit. Neu hinzugezogene Forscher wurden anschließend erschossen; Samson floh mit einigen Weggefährten in alle Welt, doch als lose Enden wurden auch sie nach und nach getötet. Weil Samson überlebt hat, kann er nun ihre Zeitmaschine bauen.
Parallel geht Sarahs innerer Konflikt um George weiter. Rückblenden zeigen ihre Perspektive: Weil sie ihm früher ihre Gefühle nie gestand, landete sie bei einem netten Fremden namens Cormac und wurde glücklich. Erst als George nach unzähligen Schleifendurchläufen beschließt, Sarah anzusprechen, verändert er diese Vergangenheit – und stürzt Sarah damit ins Chaos, die nun an den ungeliebten Michael gebunden ist.
George forscht derweil weiter. In den Akten von 2012 findet er weitere Hinweise auf Wes' Vertuschung: Der Feldagent Ross Keane wies damals Brandverletzungen am Arm auf – just als das Labor niederbrannte. Keane war Archies früherer Partner, die beiden hatten eine Affäre, bis Keane getötet wurde.
Für den Sprung zurück braucht Samson eine Formel für ein Neurotoxin, das die Testperson an Zeitreisen „glauben“ lässt. Im Keller des Time-Break-HQ finden sie den Shuttle, mit dem Subjekte zurückgeschickt wurden – auf dem Sitz liegt ein Foto von Janet und ihrer Tochter mit einem unbekannten Mann. Als George im Vollbild der Lage panisch Knöpfe drückt, springt das System an: Alarm, eine gewaltige Schockwelle. Zhang küsst Archie, dann werden alle an den Anfang der Schleife zurückgeworfen.
Im neuen Durchlauf verlässt Samson sein Haus früher und wird von Rebrov verfolgt. Im Gespräch wird klar, wie Janet gezwungen wurde, nach 2012 zu reisen – dorthin, wohin man ihre Tochter Becky geschickt hatte. Rebrov erfährt zudem, dass Zhang zum Team gehörte. Zum Schluss sitzt George in der U-Bahn plötzlich der erwachsenen Becky gegenüber: Sie beschützt ihn die ganze Zeit vor einem Agenten namens Bryson. Als Bryson George an der Rolltreppe stellt und ihm die Waffe entgegenhält, nennt er ihn böse – jemanden, den man aufhalten müsse, bevor er tue, was er „tun wird“.
Die Folge setzt am 1. Juli 2012 ein. In einer Therapiesitzung spricht der junge Shiv über einen wiederkehrenden Traum und über seine Gefühle für Janet, von der er glaubt, sie sei ihm zu gut. Zugleich berichtet Robin ihrem Vorgesetzten Wes, man habe womöglich in Dr. Gray jemanden gefunden, der die Checkpoints durchbrechen und echtes Zeitreisen ermöglichen könnte.
Aus Sicht des Teams von 2012 werden nun die Ereignisse aus Folge 4 neu beleuchtet: Shiv gelangt an Bord des rätselhaften Flugzeugs, findet dort Blutspuren und den in einem Spind versteckten Soldaten Erik Erikson – den „Dänen". Er soll herausfinden, wer sonst noch an Bord war. Wes ist überzeugt, dass die Maschine aus der Zukunft stammt und eine Zeitmaschine existiert.
Georges Gruppe quartiert sich statt im sicheren Haus im leerstehenden Elternhaus von George ein. Während Rebrov und Archie über die Moral ihres Eingriffs in die Vergangenheit streiten, kommen sich George und Sarah näher. Doch über die Kameraüberwachung entdecken Shiv und Greta die anrückenden Fahrzeuge – und Shiv nimmt den Rebrov von 2012 mit auf die Spur.
Das Team will die „Operation Mitternacht" durchkreuzen, um Janet und Becky rechtzeitig zu retten. Doch der Plan scheitert: Der Rebrov der Gegenwart wird von seinem 2012er-Ich getötet, im Labor bricht früher als erwartet ein Feuer aus, und im folgenden Feuergefecht sterben auf beiden Seiten fast alle Beteiligten. Ausgerechnet Bryson verhilft George, Dr. Samson und Sarah zur Flucht – wird dabei aber tödlich getroffen. Sterbend nennt er seinen wahren Namen: Bryson Wesley.
Damit ergibt Brysons Feindseligkeit gegenüber George plötzlich Sinn: Er ist Wes' Sohn. George beschließt, den jüngeren Bryson als Druckmittel zu nutzen, um Wes zum erneuten Zurückdrehen der Zeit zu zwingen. Shiv überbringt Janet und Ross die Nachricht von Rebrovs Tod, lehnt den kaltblütigen Tötungsauftrag aber ab. Von Ross erfährt er, dass sich eine zweite Janet im Labor befand.
Schließlich springt die Handlung zurück in den Juli 2012: Wes stellt die Uhr neu und behauptet, alles im Griff zu haben. Diesmal jedoch entscheidet sich Shiv, nicht zum Einsatz zu erscheinen, sondern ins Krankenhaus zu seiner Mutter zu fahren. Als das Flugzeug schließlich notlandet, wird es bereits vom Lazarus-Team des Jahres 2012 erwartet.
Die vorletzte Folge der Staffel setzt im Nachgang zu Dr. Grays Labor ein: Der mit Janet zurückgeschickte Bryson erliegt seinen Verletzungen, während seine jüngere Version zum Lazarus-Projekt gebracht wird. Ross erstattet Wes Bericht, verschweigt ihr aber die zweite Janet im Labor. Unterdessen lässt Wes kaltblütig Robin töten – den Vater des jungen Bryson.
George und Sarah schleusen sich mit Hilfe von Dr. Samson, der sich als Wachmann ausgibt, in das Lazarus-Projekt ein. Bewaffnet und zu drastischen Mitteln entschlossen, dringen sie bis in Wes’ Büro vor und konfrontieren sie mit beiden Bryson-Versionen zugleich.
Doch Wes bleibt unnachgiebig: Unter Tränen beharrt sie darauf, dass Zeitreisen kein Mittel seien, um das eigene Leben zu retten, sondern einzig der Aufrechterhaltung der Ordnung dienten. Als unerwartet Sicherheitskräfte zu einem Debriefing erscheinen, hält Samson sie rund eine halbe Stunde in Schach, während die Lage im Büro eskaliert.
In dieser Zuspitzung offenbart George eine dunkle Seite: Statt den jungen Bryson zu erschießen, prügelt er mit dem Telefonhörer auf ihn ein – ein Moment, der Sarahs Bild von ihm erschüttert. Sarah schickt George zu Samson und bleibt allein mit Wes zurück.
Schließlich verhandelt Sarah: Sie verrät Wes den letzten noch lebenden Schüler von Dr. Gray – Samson. Das genügt Wes, um einen „Code Black“ auszurufen und die Zeit zurückzudrehen. Die Crew findet sich daraufhin erneut im Flugzeug der Zeitmaschine wieder, kurz vor der Landung am 1. Juli 2012.
Das Staffelfinale setzt in Wes' Büro ein: Sarah ist allein, während draußen Schüsse fallen. Sie hat insgeheim einen Deal mit Wes geschlossen, woraufhin die Zeit zurückgesetzt wird – diesmal jedoch mit anderem Verlauf. Archie überwältigt Rebrov und schaltet The Dane aus, verschont ihn aber; dabei wird die Zeitmaschine zerstört, was eine Rückkehr scheinbar unmöglich macht.
Nach dem Reset erinnern sich einige Beteiligte, darunter Sarah und Bryson. Sarah erfährt von The Dane, was für ihre Mission nötig ist: Alles muss vernichtet werden – alle sechs Disciples getötet und die Maschine gesprengt. Während sich die verbliebenen Gruppen zusammenfinden und die Überlebenden des Lazarus-Projekts von 2012 ein klärendes Gespräch über Becky, Janet und die Zeitmaschine erzwingen, verfolgt Sarah heimlich ihren eigenen Plan.
Im Labor gesteht Sarah George ihre Liebe, macht ihm aber klar, dass dies das Ende ist. Bei einem Angriff auf das Gebäude platziert sie einen Sprengsatz an der Zeitmaschine; die Janet von 2012 reißt den Sprengkörper an sich und stirbt bei der Explosion. Sarah greift zu Plan B, erschießt Dr. Gray und die übrigen Wissenschaftler und tötet schließlich auch diese Janet. Die beiden Beckys können entkommen, wobei die ältere Rache schwört, bevor Sarah die Maschine endgültig zerstört.
George ist entsetzt über Sarahs Tat und richtet sogar eine Waffe auf sie, bringt es aber nicht über sich abzudrücken – Sarah entkommt. Samson findet an Bord des Flugzeugs das Bauteil, mit dem sich die Zeit erneut zurücksetzen lässt. Rebrov bleibt zurück, um Becky zu schützen, während Archie bei einer Verfolgungsjagd tödlich verunglückt und die anderen zum Flugzeug fliehen.
Am Flugzeug lässt der zunächst feindselige Shiv George und die beiden Beckys ziehen – »bring sie nach Hause«. The Dane steuert die Maschine, George setzt das Bauteil ein, die Systeme fahren hoch und die Gruppe erreicht 2024. Sie kommen mit vielen Verlusten durch. Zum Abschluss findet George im Lazarus-Projekt Sarah auf Wes' Platz sitzen: Sie hat bereits auf ihn gewartet.
