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Eine Rahmenhandlung eröffnet die Serie: Auf dem fernen Planeten Terminus nähern sich Kinder einem rätselhaften, schwebenden Objekt, dem „Vault“. Ein Junge namens Poly wird von dessen Kraftfeld ohnmächtig und von der Wärterin Salvor Hardin gerettet, die als Einzige unbeschadet an das Objekt herantreten kann. Dann springt die Handlung 35 Jahre zurück nach Trantor, ins Zentrum des Galaktischen Imperiums.
Die junge Mathematikerin Gaal Dornick verlässt ihren von religiösem Fanatismus und steigenden Meeren bedrohten Wasserplaneten Synnax, wo Wissenschaftler als Ketzer verfolgt und getötet werden. Eine Einladung des berühmten Mathematikers Hari Seldon rettet sie knapp vor der eigenen Hinrichtung und bringt sie nach Trantor, das von der Klon-Dynastie der „Brüder“ Dawn, Day und Dusk regiert wird.
In der kaiserlichen Bibliothek prüft Seldon Gaals Verstand. Seine als „Psychohistorik“ bezeichnete Vorhersagemathematik sagt den unaufhaltsamen Untergang des Imperiums voraus. Das Imperium hat Gaals Einreise nur zugelassen, um sie als Köder gegen Seldon einzusetzen; beide werden wegen Hochverrats und Destabilisierung des Reiches verhaftet.
Im Prozess bestätigt Gaal öffentlich Seldons Berechnungen: Dem Imperium drohten rund 30.000 Jahre Barbarei, die sich mit Seldons Plan — einer „Foundation“ zur Bewahrung allen Wissens in einer Encyclopedia Galactica — auf 1.000 Jahre verkürzen ließen. In einer Verhandlungspause übergibt ihr der Geheimagent Jerril den „Prime Radiant“, der Seldons Projektionen enthält.
Als das Todesurteil verkündet wird, zerreißen Selbstmordattentate den Weltraumaufzug von Trantor und stürzen das Reich ins Chaos; die Spuren weisen auf die Randwelten Anacreon und Thespis. Statt hingerichtet zu werden, verbannen die „Brüder“ Seldon und Gaal ins Exil auf den weit entfernten Planeten Terminus, wo sie die Foundation aufbauen sollen — genau das Ziel, auf das Seldon insgeheim von Anfang an hingearbeitet hatte.
Einige Monate nach dem Anschlag auf den Weltraumaufzug reist die rund 5.000 Mitglieder zählende Foundation auf einem langsamen Schiff zum fernen Planeten Terminus. Die Reise soll über vier Jahre dauern; Simulationen der rauen Kolonie sagen hohe Sterberaten voraus. Gaal Dornick und Raych, Hari Seldons Adoptivsohn, sind inzwischen ein Paar und erwarten sogar ein Kind.
Gegenüber Raych deutet Gaal an, dass Seldons Berechnungen noch nicht vollständig ausgearbeitet seien und sich das Gesamtbild grundlegend ändern könnte. Zwischen Hari und Raych wachsen unterdessen die Spannungen, als Hari beim gemeinsamen Essen von Raychs leiblichen Eltern erzählt und ihn dabei vor allen bloßstellt.
Auf Trantor sucht das Imperium weiter nach den Hintermännern der Anschläge. Ein Überfall auf ein Biohacking-Labor, aus dem die Sprengsätze stammten, bringt keine Klarheit. Brother Day ist überzeugt, dass die Randwelt Anacreon verantwortlich ist, während die anderen „Brüder“ vor vorschnellen Racheakten warnen.
Brother Dusk, von Zweifeln geplagt, befragt den Seher über Gaal und empfängt die Gesandten von Anacreon und Thespis einzeln. Beide beteuern ihre Unschuld und vermuten einen unbekannten Drahtzieher im Hintergrund. Brother Day lässt die unschuldigen Gesandten dennoch öffentlich hinrichten — ein Funke, der einen Krieg zu entfachen droht.
An Bord des Terminus-Schiffs ertappt Gaal am Ende Raych dabei, wie er Hari Seldon ersticht. In Panik darüber, dass sie ihn gesehen hat, zerrt Raych sie durch die Gänge und stößt sie samt Tatwaffe in eine wassergefüllte Rettungskapsel, die er ins All schleudert. Das Schiff meldet Seldons Tod, während Gaals Kapsel durch ein Asteroidenfeld treibt — mit vielen offenen Fragen.
Ein Rückblick zeigt Cleon I., der vor der unfertigen Sternenbrücke an seinem Vermächtnis zweifelt und die Weitergabe seiner Macht vorbereitet. Neunzehn Jahre nach dem Anschlag auf die Sternenbrücke sinnt der sterbende Bruder Dämmerung über sein Erbe nach; Demerzel versichert ihm, dass sie nichts und niemanden vergesse und das Imperium stets in ihren Gedanken trage.
Die genetische Dynastie vollzieht ihre traditionelle Machtübergabe: Bruder Dämmerung tritt ins flackernde Licht und zerfällt zu Staub, während Bruder Morgen zu Bruder Tag aufrückt und ein neuer Bruder Morgen herangezüchtet wird. Siebzehn Jahre später zeigt sich der herangewachsene Cleon XIV. ganz anders als seine Vorgänger – zu Demerzels Sorge lässt er die geliebte Kunst seines Vorgängers zerstören.
Auf Terminus hat sich die Foundation längst eingerichtet. Um das Gewölbe, ein von einem lebensabweisenden „Nullfeld“ geschütztes Artefakt, ranken sich Mythen. Salvor Hardin, Kolonistin der zweiten Generation und Aufseherin von Terminus, ist die Einzige, die der Energie des Gewölbes standhält, während alle anderen ohnmächtig werden.
Salvor bemerkt, dass sich das Nullfeld ausdehnt, und ist überzeugt, dass das Gewölbe erwacht. In der Nacht verfolgt sie einen Eindringling; am nächsten Tag erkennt sie durch ein Teleskop anacreonische Kriegsschiffe am Himmel von Terminus. Da der Kontakt zum Imperium abbricht, bleiben der Kolonie nur wenige Stunden, um sich vorzubereiten.
Salvors Mutter zeigt ihr Hari Seldons in eine rotierende Kugel eingelassene Gleichung, die alles Geschehende erklären soll – doch beim Berühren gewinnt Salvor nichts daraus. Am Ende folgt Salvor erneut dem geheimnisvollen Kind in das gestrandete Schiff Deliverance und findet sich unversehens von einem anacreonischen Landungstrupp mit Pfeil und Bogen umzingelt.
Bruder Morgen stürzt sich aus dem Fenster seiner Gemächer im Kaiserpalast von Trantor, wird jedoch von der persönlichen Schutzaura aufgefangen, die jeden Kaiser umgibt. Eine Gärtnerin – Azura Odili – beobachtet den Sturz und flieht, als sie erkennt, wen sie vor sich hat. Zur selben Zeit unterbricht Demerzel das Beisammensein von Bruder Tag mit einer wichtigen Nachricht: Proxima Opal, das Oberhaupt der Luminismus-Religion, ist gestorben.
Anders als erwartet tritt nicht Zephyr Gilat die Nachfolge an – die Kandidatin Zephyr Halima gewinnt an Zuspruch. Sie wirbt für eine Rückkehr zum Primären Oktavo, einer vorimperialen Schrift, derzufolge die Seele nur an einen einzigen Körper gebunden ist. Diese Lehre stellt die Klon-Imperatoren indirekt als weniger als menschlich dar. Bruder Dämmerung, der Opal einst mit ins Amt gebracht hatte, entschließt sich, zur Trauerfeier zu reisen und vor dem Konklave zu sprechen.
Auf Terminus wird Salvor Hardin von den Anacreoniern unter Phara gefangen genommen, die sich als Schrottsammler auf der Suche nach dem Navigationsmodul des Generationenschiffs ausgeben. Als Salvor sie durch den Sicherheitszaun führen soll, lenkt sie das Fahrzeug statt zum Turm zum Gewölbe. Unter dem Einfluss des Nullfelds verliert Phara das Bewusstsein, sodass Salvor sie gefangen nehmen und die Kolonie warnen kann. Bei der Vernehmung erkennt Salvor, dass Phara die Große Jägerin von Anacreon ist.
Auf Trantor lässt Bruder Morgen durch Schattenmeister Obrecht die Identität der Gärtnerin ermitteln und nähert sich der so enttarnten Azura im Garten an. Bruder Tag wiederum macht Bruder Dämmerung für religiösen Eifer, Aufstände auf Trantor und die Zerstörung einer Kommunikationsboje im Arcturus-Sektor verantwortlich – Zeichen, die Hari Seldons Vorhersagen zu bestätigen scheinen.
Gegen das Protokoll, das den primären Cleon auf dem Thronplaneten hält, bricht Bruder Tag selbst zur Trauerfeier Opals auf und weist Bruder Dämmerung an, auf Trantor zu bleiben. Vor der Abreise befiehlt Dämmerung dem Gesandten Dorwin, nach Terminus zu fliegen und die Foundation daran zu erinnern, dass sie weiterhin imperiale Bürger sind. Auf Terminus errichten die Anacreonier eine Flak-Kanone, um den Energieschild der Siedlung niederzuringen, während Phara aus der Gefangenschaft heraus offenbart, dass ihr Volk technologisch am Ende ist und nach dem Angriff des Imperiums ein neues Sternensystem sucht.
Ein Rückblick erzählt Gaals Herkunft auf dem größtenteils überfluteten Planeten Synnax, wo der Glaube der Erweckung herrscht und Wissen als Ketzerei verboten ist. Als Akolythin soll Gaal verbotene Aktivitäten an der Universität untersuchen und ertappt den Gelehrten Arren Sorn dabei, Bücher und Lehrmaterial zu retten. Sorn wird als Ketzer ertränkt; nachts taucht Gaal zu seinem Leichnam und birgt Kalles „Buch der Faltung“.
Gaal erkennt die Wahrheit in Sorns Worten – dass die Synnaxianer den Anstieg der Meere durch Raubbau selbst verursacht haben. Getrieben von ihrer Angst vor den steigenden Fluten löst sie eine komplexe mathematische Gleichung und nimmt trotz der Warnungen ihrer Eltern an einem Wettbewerb teil. Hari Seldon gratuliert ihr per Hologramm und lädt sie nach Trantor ein – ein Wendepunkt, der sie unwiderruflich von zu Hause fortführt.
In der Gegenwart erwacht Gaal aus ihrer Kryokammer an Bord eines Schiffs und erfährt, dass 34 Jahre vergangen sind und man das Jahr 12102 schreibt. Als sie Haris Tod recherchiert, erfährt sie, dass sein Ziehsohn Raych ihn getötet hat und sie selbst als Komplizin gilt. In Aufnahmen von Raychs Verhör und Hinrichtung beteuert dieser ihre Unschuld und hinterlässt ihr die Botschaft, das Rätsel weiter zu lösen.
Mithilfe der Schiffs-KI kartiert Gaal die Galaxis und erkennt, dass das Schiff Helicon ansteuert, Hari Seldons Heimatwelt, wo sie als vermeintliche Komplizin verhaftet würde. Am Ende sieht sie eine Blutlache und den schwer verwundeten, flackernden Hari – ohne dass klar wird, ob er lebt oder nur eine Erscheinung ist.
Auf Terminus stehen sich Salvor, Hugo und die Anacreons gegenüber. Als ein imperiales Schiff eintrifft, keimt Hoffnung, doch die Anacreon-Jägerin bringt mit einer Vorrichtung das Energieschild zu Fall, und der Außenposten wird überrannt. Salvor rettet ihre gefangene Mutter, wird aber umzingelt. Das imperiale Schiff fordert die Kapitulation, wird jedoch von einer Kanone abgeschossen und stürzt brennend ab – Salvor bleibt fassungslos zurück.
Brother Day reist zum Salzpalast auf Maiden, dem heiligen Mond des luministischen Glaubens. Um die öffentliche Meinung zu gewinnen und die Herrschaft des Imperiums zu sichern, verspricht er zu Ehren von Zephyr Gilat ein mondweites Entsalzungssystem. Doch Zephyr Halima gewinnt mit einer eindringlichen Trauerrede auf Proxima Opal an Zuspruch, in der sie das imperiale Klonen verdeckt kritisiert.
Auf Trantor verliebt sich Brother Dawn in die Palastgärtnerin Azura Odili. Dabei offenbart er ein gefährliches Geheimnis: Anders als frühere Cleon-Klone weist er genetische Abweichungen auf, darunter eine Farbenblindheit.
Auf Terminus bergen die Anacreons Dorwin aus dem Wrack der Aegis und zwingen die Kolonisten, die Invictus zu reparieren – ein uraltes Kriegsschiff, das sie gegen das Imperium einsetzen wollen. Mit Hilfe der Kinder Gia und Poly kann Salvor entkommen und versucht, die anacreonischen Korvetten zu zerstören, um Phara festzusetzen. Während des Angriffs hat sie eine Vision: Hari Seldons Tod war Teil seines eigenen Plans, und die Rettungskapsel, die Gaal nutzte, war eigentlich für Raych bestimmt.
In ihrer Abwesenheit opfert sich Salvors Vater Abbas, um die Korvetten zu zerstören. Salvor und ihr Geliebter Hugo geraten in Pharas Gewalt; diese zwingt Salvor, Hugos Schiff, die Beggar, mit den Kolonisten an Bord zum Anthor-Gürtel zu steuern. Auf Maiden endet die Episode damit, dass Halima die Menge zum Gebet auf die Knie zwingt – nur Brother Day bleibt stehen.
Im Anthor-Gürtel spüren Salvor und die Anacreoner die Invictus auf – ein vor 700 Jahren verschollenes Sprungschiff, einst die mächtigste je gebaute Waffe, ein Weltenzerstörer. Beim Übersetzen zur Schleuse versagt Hugos Anzug, und er treibt hilflos ins All. An Bord erschießt die Jägerin Phara den imperialen Kommandanten, sobald er die Tür geöffnet hat; im Inneren treiben die toten Besatzungsmitglieder, und ein Leck hat die Atmosphäre gefrieren lassen.
Das Team erkennt, dass die Invictus seit Jahrhunderten in einem unkontrollierten Zyklus zufälliger Sprünge gefangen ist – so starb die Crew. Nur vier Stunden bleiben, um die Kontrolle zurückzugewinnen. Doch die Anacreoner wollen das Schiff gar nicht steuern, um zu fliehen: Ihr Plan ist ein Märtyreropfer – die Invictus mitten nach Trantor zu springen und so das Imperium auszulöschen.
Auf Trantor gerät Bruder Tag unter Druck: Zephyr Halima, zur Favoritin aufgestiegen, fordert offen das Ende der Klon-Dynastie. Tag zweifelt an Demerzels Loyalität und beschließt schließlich, selbst die Große Spirale zu gehen, um sich dem Urteil der Dreifaltigen Göttin zu stellen. Bruder Morgen kommt derweil Azura näher; er zeigt ihr die Ersatzklone und gesteht seine Furcht, ersetzt und getötet zu werden, sollte seine Andersartigkeit auffliegen – während ihn der misstrauische Bruder Abend beobachtet.
An Bord der Raven ringt Gaal mit Hari Seldons flackernder Projektion, einem unvollständigen Quantenbewusstsein, das sie durch Gespräche stabilisiert. Hari offenbart, dass er am Lethe-Syndrom litt und geistig verfallen wäre; deshalb plante er, sich vor der Ankunft auf Terminus zu opfern, um die Foundation durch einen Mythos zu einen. Raych wusste alles und hätte mit ihm fliehen sollen.
Doch Raych wollte Gaal nicht zurücklassen und änderte den Plan – Gaal war eigentlich nie für diese Reise vorgesehen, sondern sollte die Foundation auf Terminus führen. Während sich das Schiff Helicon und einem Trümmerfeld nähert, begreift Gaal, warum sie in der Mordnacht von ihrer Routine abwich: Sie kann drohendes Unheil spüren – und erkennt, dass sie die Zukunft vorausahnt.
In einer Rückblende erlebt die junge Phara Keaen auf ihrer Heimatwelt Anacreon, wie ein Orbitalbombardement alles zerstört. Als Große Jägerin will sie diese Katastrophe nun als Waffe gegen das Imperium wenden und die Invictus mitten nach Trantor lenken. Salvor und die Foundation-Mitglieder kämpfen unterdessen auf dem Sprungschiff um die Kontrolle über die Brücke.
Auf der Raven setzen Gaal Dornick und die digitalisierte Fassung Hari Seldons ihren Kurs nach Seldons Heimatwelt Helicon fort. Hari enthüllt seinen Plan, dort im Verborgenen eine zweite Foundation zu errichten. Wütend über Haris Verschwiegenheit zwingt Gaal ihn, sie in einer Kryokapsel gehen zu lassen; sie stellt einen 138 Jahre langen Kurs zurück zu ihrer Heimatwelt Synnax ein.
Bruder Tag begibt sich als erster Cleon auf die Wanderung durch die Große Spirale, eine quälende Wüstenpilgerreise. Ein Weggefährte hilft ihm zunächst, bricht unterwegs jedoch zusammen. Am Ende taucht Tag in einen Höhlenteich ein, um eine Vision zu empfangen.
Vor den Zephyrs berichtet Tag von einer Vision einer heiligen Blume mit drei Blütenblättern. Die Priesterinnen deuten dies als göttliches Zeichen, dass er eine Seele besitze; damit ist die Kandidatin Halima Ifa, die das imperiale Klonen kritisiert, entmachtet und Zephyr Gilats Aufstieg nach Proxima gesichert. Tag lässt seine Roboterhelferin Demerzel Halima daraufhin heimlich mit einem über Berührung übertragenen Gift ermorden.
Auf der Invictus gelangt Salvor zwar auf die Brücke und will das Schiff nach Terminus umlenken, doch Phara erschießt Lewis Pirenne, ehe die Invictus ins Ungewisse springt. Zum Schluss offenbart Tag gegenüber Demerzel, dass er in Wahrheit gar keine Vision hatte, sondern lediglich sein Wissen über die heilige Blume nutzte, um alle zu täuschen.
Der vorletzte Teil beginnt mit einer Rückblende: Die junge Salvor fragt ihren Vater auf Terminus nach dem Ursprung der Menschheit. Er verweist auf die Erde als Mythos und mahnt, Gewalt sei die letzte Zuflucht der Inkompetenten.
An Bord der Invictus hat Salvor den Sprung wach überstanden – unbeeindruckt wie schon beim Gewölbe. Das Schiff hat Terminus erreicht, weil sich Lewis opferte und sich mit der Maschine verband, um die Crew heimzubringen. Salvor springt im Raumanzug zu einem nahen Schiff, wo sie auf Hugo trifft. Beide küssen sich, doch während Hugo fliehen will, besteht Salvor darauf, Terminus zu retten – die Foundation braucht die Invictus.
Auf Trantor zeigt Brother Dusk dem farbenblinden Brother Dawn einen bewegten Wandteppich. Mit Azuras Sehhilfe erkennt Dawn das wahre Bild und begreift, dass Dusk ihn für defekt hält. Dawn flieht durch das Bewässerungssystem in die unteren Ebenen der Stadt und sieht zum ersten Mal das wahre, lebendige Trantor.
Bei Azura angekommen, wird Dawn von ihr überwältigt: Alles war eine Falle. Nanobots werden in einen neuen Klon von Cleon I. übertragen – eine perfekte Kopie, die den defekten Dawn ersetzen und die Dynastie unterwandern soll. Der Klon gesteht, man habe Dawn nur einen Fluchtgrund geben wollen. Da stürmen Brother Dusk und seine Männer herein, töten alle einschließlich des Klons; Dusk verhüllt Azura, die er die ganze Zeit beschatten ließ, und überlässt Dawn dem Urteil von Brother Day.
Auf Terminus findet Salvor alle bewusstlos mit blutenden Nasen vor; das Kraftfeld um das Gewölbe hat sich ausgedehnt. Ihre Mutter hält den Prime Radiant, Hari Seldons Gerät. Salvor nimmt es, greift auf Gaals Erinnerungen zu und richtet es gegen das Gewölbe: Dessen schwarze Hülle löst sich in weißes Licht auf, Vögel steigen empor, das Feld erlischt und eine Tür entsteht.
Als Anacreoner, Foundation-Leute und thespische Soldaten zusammentreffen, taucht die totgeglaubte Phara auf und beschießt das Gewölbe ferngesteuert – bis Salvor sie mit einem Pfeil in den Hals tötet. Vor allen drei Völkern tritt schließlich Hari Seldon aus dem Gewölbe und erklärt, ihr Zusammenstehen gebe ihm Hoffnung, dass sie es schaffen könnten.
Auf Terminus tritt ein digitaler Avatar von Hari Seldon aus dem Vault und enthüllt den wahren Grund für die jahrhundertelange Feindschaft zwischen Anacreon und Thespis: ein Komplott Cleons II., um die Königreiche der Äußeren Zone in Schach zu halten. Hari ruft Anacreons, Thespins und die Menschen von Terminus dazu auf, ihren alten Hass beiseitezulegen und sich gegen das Galaktische Imperium zu verbünden.
Hari offenbart, dass der eigentliche Zweck der Foundation nie das Bewahren von Wissen war, sondern das von Menschen. Ein Plan entsteht: Die Verbündeten bringen das Kriegsschiff Invictus fort, damit das Imperium Terminus für ausgelöscht hält und ihnen Zeit zum Wachsen bleibt. Salvor Hardin erfährt von Hari, dass ihre Visionen nicht von ihm stammen – ein Hinweis, dass ihr Schicksal jenseits von Terminus liegt.
Auf Trantor stellt Brother Day den jungen Brother Dawn zur Rede, dessen Erbgut heimlich verändert wurde und der damit kein echter Cleon mehr ist. Ohne Days Erlaubnis bricht die Roboterfrau Demerzel dem jungen Klon das Genick und erklärt, sie sei vor allem dem Imperium treu. Day erkennt daraufhin, dass die Korruption der Genetischen Dynastie viel weiter reicht: Schon Cleon I. war verändert, weshalb auch Day und Brother Dusk unreine Kopien sein könnten.
In seinem Zorn zerschlägt Day die Glaskammer des Originals, während Demerzel in innerer Aufwühlung ihre menschliche Gesichtshaut abstreift und ihr Roboterantlitz enthüllt. Salvor erfährt von ihrer Mutter, dass sie aus den Embryonen von Gaal Dornick und Raych hervorging und deren Erinnerungen in sich trägt – und bricht auf, um Gaal zu finden.
Rund 138 Jahre später endet Gaals Kälteschlaf, und ihr Kryopod erreicht ihren Heimatplaneten Synnax. Sie findet ihr Volk verschwunden, entdeckt aber unter der Wasseroberfläche ein gesunkenes Schiff und darin einen Kryopod. Sie öffnet ihn und bringt Salvor an die Oberfläche – die Tochter, von deren Existenz sie nichts wusste.