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Auf dem Planeten Shili verkündet der Togruta Nak-il Tano seinem Dorf die Geburt seiner Tochter Ahsoka. Ein Jahr später bricht ihre Mutter Pav-ti mit dem Kleinkind zu einem traditionellen Jagd-Ritual auf – trotz Nak-ils Einwand, der Brauch sei überholt. Die Dorfälteste Gantika segnet Mutter und Tochter vor dem Aufbruch in den Wald.
Im Wald lehrt Pav-ti ihre Tochter, alles Leben zu ehren. Bei der Jagd erlegt sie einen Kybuck; weil ihr Schuss das Tier nur verwundet, erlöst sie es mit dem Messer und spricht ein Gebet – für Ahsoka eine erste Begegnung mit dem natürlichen Übergang von Leben und Tod.
Beim Zerlegen der Beute werden sie von einem Raxshir überrascht, einer großen Säbelzahn-Raubkatze. Pav-ti stellt sich dem Tier mit Gewehr und Messer entgegen, wird aber niedergeschlagen. Die herbeieilenden Dorfbewohner können nicht verhindern, dass die Raubkatze das Kleinkind Ahsoka in den Wald verschleppt.
In ihrem Bau ist die verletzte Raubkatze zunächst feindselig, doch als die kleine Ahsoka ihr sanft die Schnauze berührt, hält das Tier inne. Wenig später kehrt der Raxshir zum Dorf zurück – mit Ahsoka wohlbehalten auf seinem Rücken. Die Katze senkt den Kopf, sodass Pav-ti ihre Tochter in die Arme nehmen kann, und zieht sich in den Wald zurück. Auf die Frage, wie das Kind überleben konnte, antwortet Gantika: Ahsoka sei eine Jedi.
Jedi-Meister Dooku und sein Padawan Qui-Gon Jinn landen mit einem Shuttle vor einem verarmten Dorf, um den entführten Sohn des Senators Dagonet zu befreien. Die Bewohner begegnen den Fremden feindselig und verschließen Türen und Fenster.
In einer Kantine erfahren die beiden, dass praktisch das ganze Dorf an der Entführung beteiligt ist. Die Dorfälteste gesteht die Tat: Dagonet habe sich durch seinen Dienst für die Republik auf Kosten seiner Leute bereichert und sie verkommen lassen. Der gut behandelte Sohn zeigt Verständnis für die Not der Menschen und schämt sich für das selbstsüchtige Verhalten seines Vaters.
Da erscheint Dagonet persönlich mit Soldaten, um seinen Sohn mit Gewalt zurückzuholen. Als er sich Dookus Aufforderung widersetzt und das Feuer auf die Dorfbewohner eröffnen lässt, sterben mehrere Zivilisten. Zornig würgt Dooku den Senator mit der Macht und schleudert Qui-Gon beiseite, der ihn aufhalten will.
Qui-Gon befreit unterdessen den Sohn aus seinen Fesseln, damit dieser eingreift. Enttäuscht stellt sich der Sohn seinem Vater entgegen, woraufhin Dooku von Dagonet ablässt. Der Sohn verspricht der Dorfältesten, sich künftig um ihr Volk zu kümmern. Dooku lobt Qui-Gons besonnenes Handeln, das viele Leben rettete, bleibt aber tief desillusioniert über die Korruption der Republik – ein früher Schritt auf seinem Weg zur dunklen Seite.
Die Jedi-Meister Mace Windu und Dooku reisen nach Raxus Secundus, um den Leichnam der getöteten Jedi-Meisterin Katri zum Tempel zu überführen. Dooku zweifelt an der Darstellung von Senator Larik, wonach Katri bei einem Hinterhalt umkam, und will den Fall näher untersuchen – gegen Windus Mahnung, sich ohne Auftrag des Rates nicht in lokale Konflikte einzumischen.
Am angeblichen Tatort im Wald finden sie keine Spuren eines Kampfes, und an Lariks Schiff fehlen jegliche Blaster-Einschläge. Dooku folgert, dass eine Jedi nur von jemandem überrascht werden kann, dem sie vertraut, und beschuldigt Larik. Ein nervöser Larik gibt zu, dass seine eigenen Wachen Katri töteten – und wird daraufhin von hinten erschossen.
Es kommt zum Gefecht gegen die Wachen und aus den Bäumen springende Kampfdroiden, das die beiden Jedi für sich entscheiden. Sie nehmen den älteren Wächter Semage gefangen. Er erklärt, sie hätten Larik als korrupten Senator entlarvt, der das Land von Raxus an Konzerne verkaufte, während er in Luxus auf Coruscant lebte; Katri hätten sie getötet, um Larik als Sprachrohr für ihre Anliegen im Senat zu erpressen.
Dooku bringt Semage im Gefängnis heimlich Verständnis entgegen und ermutigt ihn, nicht aufzugeben. Nach Katris Beisetzung im Jedi-Tempel erhält Windu – der sich strikt an die Vorschriften hielt – ihren frei gewordenen Sitz im Rat, während Dooku, der eigenmächtig eingriff, übergangen wird. Für Dooku ein weiterer Beleg dafür, wie blinder Regelgehorsam die Korruption der Republik deckt.
Im Jedi-Tempel auf Coruscant dringt Graf Dooku in einen gesperrten Bereich des Archivs ein, nutzt den Zugangscode von Meister Sifo-Dyas und löscht sämtliche Aufzeichnungen über den Planeten Kamino. Von der Bibliothekarin Jocasta Nu erfährt er, dass sein früherer Padawan Qui-Gon Jinn auf Tatooine gegen einen Sith-Lord gekämpft hat.
Im Gespräch mit Qui-Gon und Yaddle zeigt sich, dass Qui-Gon überzeugt ist, einem Sith begegnet zu sein, während der Rat zögert, die Warnung ernst zu nehmen. Dooku sieht sich in seinen jahrelangen Mahnungen vor einer kommenden Dunkelheit bestätigt. Qui-Gon lobt derweil die Fähigkeiten seines eigenen Schülers Obi-Wan Kenobi.
Wenig später erfährt Dooku, dass Qui-Gon in der Schlacht von Naboo durch Darth Maul gefallen ist. Statt zur Beerdigung zu reisen, fährt er in den Werks-Distrikt von Coruscant zum Versteck seines Sith-Meisters Darth Sidious. Yaddle, die Dookus Verhalten misstrauisch beobachtet, folgt ihm heimlich.
Dooku stellt Sidious zur Rede, weil dieser Qui-Gons Tod zugelassen habe; dabei offenbart sich das ganze Ausmaß seines Verrats – Sifo-Dyas, Kamino und die Klonarmee. Yaddle wird Zeugin des Gesprächs und stellt Sidious. Um seine Treue zu beweisen, soll Dooku Yaddle töten. Nach einem erbitterten Duell erschlägt er die Jedi-Meisterin schließlich und wird damit endgültig zum Sith-Lord Darth Tyranus.
Im Jedi-Tempel auf Coruscant trainiert Ahsoka Tano unter Meister Tera Sinube gegen Trainings-Remotes, die sie schnell und mühelos ausschaltet. Ihr Meister Anakin Skywalker kommt – wie so oft – zu spät und ist von der allzu einfachen Übung wenig beeindruckt. Er glaubt, dass Ahsoka gegen bloße Remotes ihr Potenzial nie ausschöpfen wird, und verspricht ihr eine echte Prüfung.
Anakin führt sie zu Captain Rex und mehreren Klonsoldaten der 501. Legion. Ahsoka soll gegen lebende, unberechenbare Gegner bestehen und lernen zu erspüren, wer zuerst feuert – denn wer sich gegen die Klone behauptet, hält auch jedem Droiden stand. Sie blockt die ersten Betäubungsschüsse, wird aber schließlich getroffen und ausgeschaltet.
Über den Verlauf des Klonkriegs setzt Anakin das harte Training an wechselnden Orten fort. Immer wieder wird Ahsoka betäubt, steht aber jedes Mal schneller wieder auf; Rex zweifelt zwischenzeitlich, ob man nicht aufhören sollte. Mit einem selbst gebauten Shoto-Lichtschwert und akrobatischen Sprüngen hält sie den Klonen der 501. schließlich immer länger stand.
Der eigentliche Sinn des Drills zeigt sich am Ende: An Bord eines schwer beschädigten Republik-Kreuzers während der Ausführung der Order 66 gehen Ahsoka und Rex einen Gang entlang. Rex setzt den Helm auf und richtet – scheinbar als Bewacher – die Waffe auf Ahsoka, ehe sie gemeinsam den Hangar betreten, in dem Truppen warten. Genau die im Training erlernten Fähigkeiten sollen ihr nun das Überleben sichern.
Auf Naboo versammeln sich in Theed Trauernde zur Beisetzung von Senatorin Padmé Amidala. In der Menge stehen die Senatoren Bail Organa und Mon Mothma, als Bail ein vertrautes Gesicht entdeckt: Ahsoka Tano, die einstige Padawan von Padmés heimlichem Ehemann Anakin Skywalker. Ahsoka verschwindet fast augenblicklich, doch Bail folgt ihr in eine Kolonnade des Königspalasts.
Bail versichert Ahsoka, sie hätte weder Anakin noch Padmé retten können, und drängt sie zur Flucht, als eine Klonpatrouille naht. Auf einem Balkon über den Klippen bietet er ihr ein Komlink für den Notfall an, doch sie lehnt zunächst ab – sie sei des Kämpfens müde. Während die Klonsoldaten Bail kontrollieren, verbirgt sich Ahsoka auf dem Dach; Bail streut in seine Antworten codierte Botschaften ein, die sie an ihre Pflicht erinnern. Anschließend kehrt Ahsoka zu ihrem wartenden Y-Wing zurück, wo Rex und der Droide R7-A7 sie erwarten.
Einige Zeit später arbeitet Ahsoka unter dem Namen „Ashla“ in einem abgelegenen Farmdorf. Als ein Droide zu viele Ballen auf einen Repulsorkarren lädt und diese auf eine junge Arbeiterin zu stürzen drohen, rettet Ahsoka sie mit der Macht. Die Schwester bemerkt den telekinetischen Eingriff, verspricht aber, das Geheimnis zu wahren. Ihr Bruder belauscht das Gespräch und meldet dem Imperium einen Jedi im Dorf, in der Hoffnung auf eine Belohnung.
Statt einer Belohnung schickt das Imperium einen Inquisitor, der die Siedlung niederbrennt und nur den Bruder und einen alten Mann als Gefangene übriglässt. Als Ahsoka und die Schwester zurückkehren, finden sie das Dorf in Flammen. Der Inquisitor will den Bruder hinrichten, doch Ahsoka rettet ihn mit der Macht und gibt sich als Jedi zu erkennen. Sie entwaffnet den Inquisitor, ergreift dessen rotierendes Doppelklingen-Lichtschwert und enthauptet ihn.
Da weitere imperiale Verstärkung droht, müssen die Überlebenden fliehen. Ahsoka kontaktiert Senator Organa, der mit der Tantive IV eintrifft und die Siedler an Bord nimmt. Ahsoka gibt Bail das Komlink zurück; er berichtet, dass sich die Lage in der Galaxis weiter verschärft hat, und fragt, ob sie bereit sei, in den Kampf zurückzukehren. Ahsoka hält inne – und nickt entschlossen.