In der siebten Folge der ersten Staffel flieht die Klon-Spezialeinheit 99 mit einer gestohlenen Echse, die Omega „Ruby“ tauft, vor Rhokai-Jägern in den Hyperraum. Zurück auf Ord Mantell liefern sie das Tier bei ihrer Auftraggeberin Cid ab, erhalten jedoch nur einen Bruchteil der Bezahlung: Cid rechnet ihnen offene Schulden an und verlangt einen großen Coup.
In Cids Kantine gibt sich ein vermummter Fremder als der totgeglaubte Klon-Captain Rex zu erkennen. Er ist alarmiert, als er erfährt, dass die Bad Batch ihre Hemmchips – anders als er – noch nicht entfernt haben. Angesichts von Wreckers zunehmenden Kopfschmerzen warnt Rex, die Chips seien nach seiner Erfahrung mit der Order 66 unkontrollierbare tickende Zeitbomben, und bietet seine Hilfe an.
Die Einheit reist nach Bracca, einem von der Scrapper Guild kontrollierten Schiffsfriedhof, und schleicht sich in das Wrack eines alten Jedi-Kreuzers, dessen Medstation genutzt werden soll – dort ließ auch Rex einst seinen Chip entfernen. Auf dem Weg durch das Wrack greift ein Dianoga den ängstlichen Wrecker aus dem Wasser an, doch die Truppe kann ihn retten.
In der improvisierten Medstation übernimmt Wreckers Chip die Kontrolle, kurz bevor Tech ihn entfernen kann. Unter der Order 66 würgt Wrecker Tech, greift seine Kameraden an und jagt schließlich Omega, die er als Verräterin bezeichnet. Erst als er sie mit den Worten „Gute Soldaten befolgen Befehle“ bedroht, betäubt ihn der verletzte Rex von hinten.
Die Operation gelingt: Wrecker erwacht ohne Chip und entschuldigt sich zerknirscht bei Omega. Damit ist ein Chip entfernt, drei weitere stehen aus. Rex verabschiedet sich, um weiter für die verbliebenen Reste der Republik zu kämpfen, und sieht in der Einheit einen möglichen Verbündeten; Hunter will jedoch zuerst herausfinden, was für die Gruppe und für Omega das Beste ist.
Unbemerkt von den Klonen wird ihr Aufbruch von einem Spähtrupp der Scrapper Guild beobachtet, der umgehend das Imperium verständigen will.
