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Zum Ende der Klonkriege kämpft die Eliteeinheit Clone Force 99 – Sergeant Hunter, der Techniker Tech, der Scharfschütze Crosshair, der bullige Wrecker und der Cyborg-Klon Echo – auf dem Planeten Kaller an der Seite der Jedi-Meisterin Depa Billaba und ihres Padawans Caleb Dume. Mit unkonventionellen Methoden schlagen die „fehlerhaften“ Klone eine Übermacht aus Kampfdroiden zurück und wenden das Gefecht.
Während Clone Force 99 weiterzieht, empfängt Klon-Captain Grey über ein Hologramm von Kanzler Palpatine den Befehl Order 66 und eröffnet das Feuer auf Depa Billaba. Die Meisterin schickt Caleb in die Flucht und wird von ihren eigenen Truppen getötet. Anders als die regulären Klone folgt allein Crosshair dem Befehl und versucht, den fliehenden Padawan zu erschießen; Hunter deckt Calebs Flucht und lässt ihn entkommen.
Zurück auf Kamino erfährt die Einheit, dass der Krieg vorbei ist, die Republik einem Imperium gewichen ist und General Grievous auf Utapau besiegt wurde. Die Klone begegnen Omega, einem jungen Mädchen und, wie sich herausstellt, dem fünften verbesserten Klon. Admiral Tarkin, der Klonen misstraut, lässt Clone Force 99 in einer Gefechtssimulation mit scharfer Munition testen – die Einheit besteht die Prüfung mit erbeuteter Droiden-Technik.
Als Loyalitätsprobe schickt Tarkin die Truppe nach Onderon, um angebliche Separatisten auszuschalten. Vor Ort entpuppen sich die „Aufständischen“ als Saw Gerrera mit Flüchtlingen und Kindern, die sich dem Imperium verweigern. Hunter bricht die Mission ab; eine Sonde Tarkins hat den Ungehorsam jedoch aufgezeichnet. Bei der Rückkehr werden die Klone als Verräter verhaftet, und Tarkin lässt Crosshairs Hemmchip verstärken.
Mit Omegas Hilfe brechen die Übrigen aus ihrer Zelle aus. Im Hangar stellt sich ihnen Crosshair, nun in dunkler imperialer Rüstung und ganz auf Linie des Imperiums. Im Feuergefecht wird Wrecker verwundet; Omega schießt Crosshair die Waffe aus der Hand, und die Einheit entkommt an Bord der Marauder ohne ihren früheren Kameraden. Auf der Flucht vor dem Imperium und dem nun feindlichen Crosshair setzt Hunter Kurs auf die Koordinaten J-19, wo die Klone einen alten Bekannten um Hilfe bitten wollen.
Die Bad Batch — Hunter, Echo, Wrecker und Tech — landet mit der jungen Omega auf dem Planeten Saleucami, um dort beim Klon-Deserteur Cut Lawquane unterzutauchen. Für Omega ist es das erste Mal, dass sie Sonnenlicht und freie Natur erlebt. Die Klone werden von Cut und seiner Twi'lek-Frau Suu sowie den Kindern Shaeeah und Jek herzlich empfangen. Cut berichtet, dass ihr gemeinsamer Freund Rex vorbeigekommen sei und von Verhaltensimplantaten gesprochen habe — Omega erkennt sofort, dass er die Hemmchips meint, die die regulären Klone loyal zum Imperium machten.
Cut warnt Hunter, dass ein Kind großzuziehen schwerer sei als gegen Droiden zu kämpfen, und dass er darauf nicht vorbereitet sei. Er selbst plant, mit seiner Familie offworld zu fliehen, denn auch auf Saleucami wird es gefährlich. In der Stadt zeigt sich die wachsende imperiale Präsenz: Das Imperium beschlagnahmt Schiffe und verlangt neuerdings sogenannte Chain-Codes für jede legale Reise. Hunter begreift, dass nicht nur Schiffe, sondern auch Menschen registriert werden — und Cut kann als gesuchter Deserteur keinen Code beantragen.
Beim Ballspiel mit den Lawquane-Kindern gerät Omega hinter den schützenden Zaun und wird von einem Nexu angegriffen. Suu verwundet die Kreatur mit einem Gewehrschuss vom Dach, Hunter greift mit dem Messer ein, und ein zweiter Schuss vertreibt das Tier. Erschüttert erkennt Hunter, dass Omega kein Soldat ist. Cut rät ihm, sanfter mit ihr umzugehen, und Hunter fasst den Entschluss, das Mädchen den Lawquanes mitzugeben, damit es ein echtes Zuhause bekommt.
Um an gültige Chain-Codes zu kommen, lassen Tech und Echo die Marauder gezielt beschlagnahmen, dringen so in das Netzwerk des Raumhafens ein und fälschen die Codes. Omega schmuggelt die Datenscheiben zu den Wartenden, während Wrecker in ein Feuergefecht mit Klonsoldaten gerät. Hunter übergibt Omega einen fünften Code — für sie selbst, damit sie gemeinsam mit den Lawquanes fliehen kann. Der Entschluss trifft das Mädchen schwer, das doch bei der Bad Batch bleiben will.
Im ausbrechenden Chaos entscheidet sich Omega und läuft zur Bad Batch zurück; Hunter rettet sie vor einem Klonsoldaten. Die Lawquanes erreichen unterdessen ihr Shuttle und entkommen von Saleucami. Später sucht Omega Hunter auf und erinnert ihn daran, dass sie freiwillig mit ihnen von Kamino geflohen ist. Hunter gibt zu, dass er noch viel lernen muss, und erlaubt ihr zu bleiben — wenn dies der Ort sei, an dem sie sein wolle, dann bleibe sie.
Nach dem Gefecht auf Saleucami macht die beschädigte Marauder Probleme: Ein Kondensator ist defekt, das Schiff fällt aus dem Hyperraum und muss auf einem abgelegenen Mond notlanden, wo ein Sturm den Funkkontakt stört. Das einzige Ersatzteil an Bord erweist sich als Crosshairs zurückgelassenes Waffenkit – ein schmerzhafter Moment für das Team, das über den Verrat des Bruders und dessen möglicherweise schuldlosen Hemmchip streitet.
Als Echo und Tech den Kondensator tauschen wollen, stiehlt eine Kreatur das Bauteil: ein Ordo-Monddrache, der sich von reiner Energie ernährt. Hunter bricht auf, um es zurückzuholen, und lässt sich von Omega überreden, sie mitzunehmen. Unterwegs bringt er ihr das Spurenlesen bei und gesteht, dass er vor allem auf sich selbst wütend ist, weil er Crosshair zurückgelassen hat.
Auf Kamino lassen Gouverneur Tarkin und Vice Admiral Rampart den zum imperialen Soldaten umgeformten Crosshair medizinisch durchchecken. Rampart stellt die erste Elite-Einheit des Imperiums vor – vier rekrutierte Soldaten aus der ganzen Galaxis. Um deren Wert zu prüfen, befiehlt Tarkin einen Einsatz auf Onderon: Saw Gerreras Lager soll ausgelöscht werden, woran Clone Force 99 zuvor gescheitert war. Premierminister Lama Su verfolgt die Entwicklung mit wachsender Sorge.
Unter Crosshairs Kommando überwältigt die Elite-Einheit Gerreras Leute, doch Gerrera selbst ist bereits fort. Crosshair tötet eine Gefangene und will auch die verängstigten Zivilisten erschießen. Der Anführer der Rekruten, ES-01, widersetzt sich mit den Worten, sie seien Soldaten und kein Exekutionskommando. Crosshair erschießt ihn wegen Befehlsverweigerung – „Gute Soldaten befolgen Befehle“ – und lässt die Zivilisten hinrichten.
Omega folgt dem Drachen derweil in seinen Bau, findet den Kondensator und erkennt, dass das Tier nur die Energie ihrer Taschenlampe will; sie wirft die Lampe fort und entkommt mit dem Bauteil, nachdem sie zuvor den bewusstlosen Hunter mit dessen Atemmaske gerettet hat. Auf Kamino beraten Lama Su und Nala Se, dass Jango Fetts genetisches Material zerfällt und eine neue Quelle nötig wird – ein verhüllter Hinweis auf Omega. Zum Abschluss überrascht Wrecker Omega mit einem eigenen Zimmer im umgebauten Geschützstand und schenkt ihr seine Tooka-Puppe Lula; Hunter bestätigt ihr, dass sie zur Einheit gehört.
Auf der Flucht will sich der Bad Batch auf dem unbewohnten Idaflor verstecken, doch Treibstoff und Rationen gehen zur Neige – und die Signatur ihres Schiffs, der Marauder, steht inzwischen auf der Fahndungsliste des Imperiums. Tech schlägt vor, die Signatur zu manipulieren, wozu sie auf dem nächstgelegenen Planeten Pantora landen müssen.
In der Ro Station lassen Tech und Wrecker die Marauder warten. Der sullustanische Stationsleiter meldet den Bad Batch gegen Bezahlung an eine Kopfgeldjägerin: Fennec Shand, die beauftragt wurde, Omega lebend zu ergreifen. Während Tech und Wrecker am Schiff arbeiten, ziehen Hunter, Echo und Omega los, um Vorräte zu besorgen.
Die neugierige Omega, die zum ersten Mal eine fremde Welt erkundet, verliert den Anschluss und wird von Fennec Shand angesprochen. Hunter erkennt, dass die Kopfgeldjägerin es auf Omega abgesehen hat, und nimmt die Verfolgung quer durch die Stadt auf.
Es kommt zu einer Hatz über Speeder-Bikes und einen von Shand gekaperten Airspeeder. Hunter schießt dessen Triebwerke ab und fängt Omega in letzter Sekunde auf, als sie den Halt verliert; Shand kann sich mit einem Sprung auf die Straße retten. Zurück in der Ro Station meldet ein Droide, dass die Marauder wieder einsatzbereit ist.
Hunter und Omega erreichen den Hangar; nach abgeschlossenen Modifikationen startet der Bad Batch mit der Marauder und verlässt Pantora.
Auf dem Weg durch den Hyperraum grübelt die Bad Batch, warum eine Kopfgeldjägerin hinter Omega her ist. Um Antworten zu bekommen, steuern sie Ord Mantell an, wo Echo eine Informantin namens Cid kennt. Wrecker äußert Zweifel, ob man der schuppigen Trandoshanerin trauen kann, doch Echo erinnert daran, dass schon die Jedi mit ihr zusammengearbeitet haben.
In ihrem Etablissement macht Cid der Truppe ein Angebot: Sie will herausfinden, wer die Jägerin angeheuert hat – im Gegenzug soll die Bad Batch ein entführtes „Kind“ namens Muchi aus den Händen zygerrianischer Sklavenhändler befreien. Die Belohnung, die Cid dafür von Jabba dem Hutten erwartet, teilt man sich 70 zu 30 zu ihren Gunsten. Wrecker schlägt begeistert ein.
Die Spur führt in die Ruinen der alten Stadt von Ord Mantell, wo sich die Sklavenhändler unter Anführer Raney verschanzt haben. Während Wrecker zunehmend über Kopfschmerzen klagt, dringt das Team vor; Omega klettert unbemerkt durch die Anlage, um die konfiszierte Ausrüstung der Klone zu erspähen, als diese in die Gewalt der Zygerrianer geraten.
Beim Befreiungsschlag zeigt sich die Pointe des Auftrags: Muchi ist kein Kind, sondern ein junger Rancor. Mit der schieren Kraft des wütenden Tieres und dem Zusammenspiel der Truppe werden die Sklavenhändler überwältigt und Muchi in Sicherheit gebracht.
Zurück bei Cid wird Muchi an Bib Fortuna, die rechte Hand Jabbas, übergeben. Cid verrät Hunter, dass die Jägerin Fennec Shand heißt – neu im Geschäft, aber bereits als skrupellos und gerissen bekannt – und im Direktauftrag arbeitet. Wer sie beauftragt hat, bleibt offen. Cid zahlt Hunter seinen Anteil aus und stellt weitere bezahlte Aufträge in Aussicht.
Auf Ord Mantell übt Omega mit einem Energiebogen, ehe Cid der Klontruppe einen neuen Auftrag erteilt: Auf Corellia sollen sie aus einer Verschrottungsanlage einen separatistischen Taktikdroiden bergen, bevor sämtliche dieser Droiden unter der neuen imperialen Herrschaft eingeschmolzen werden. Der Kopf des Droiden birgt wertvolle taktische Daten.
Getarnt unter einem Frachtcontainer schleust sich die Bad Batch in die Fabrik von Coronet City ein. Im Inneren stellt sich heraus, dass nur noch ein intakter Taktikdroide existiert – dessen Kopf jedoch bereits abgetrennt auf einem Förderband liegt. Omega bemerkt einen Fremden, der sich den Kopf schnappt: Es sind die Schwestern Rafa und Trace Martez, die dasselbe Ziel verfolgen.
Ein ausgelöster Sicherheitsalarm sperrt beide Gruppen in der Anlage ein, und Polizeidroiden eröffnen das Feuer. Im Gefecht schlägt sich Wrecker den Kopf an und erleidet heftige Schmerzen – erste Anzeichen seines sich regenden Hemmchips. Omega gerät mit dem Bein auf ein Förderband Richtung Schmelzofen, kann aber im letzten Moment gerettet werden.
Notgedrungen schließen sich Klone und Schmugglerinnen zusammen: Über den umprogrammierten Droidenkopf reaktivieren sie die stillgelegten Kampfdroiden, die sich nun gegen die Polizeidroiden wenden. Im Durcheinander gelingt die Flucht an Bord des Schiffs der Martez-Schwestern, auch wenn der Droidenkopf dabei zerstört wird.
Zum Abschied übergibt Hunter Rafa heimlich einen Datenstab mit den zuvor kopierten taktischen Daten – für „die richtige Sache“. Rafa meldet sich anschließend bei einem geheimnisvollen Kontakt und berichtet, sie habe die Informationen mithilfe einer abtrünnigen Klontruppe erlangt und wisse nun, wo diese zu finden sei.
In der siebten Folge der ersten Staffel flieht die Klon-Spezialeinheit 99 mit einer gestohlenen Echse, die Omega „Ruby“ tauft, vor Rhokai-Jägern in den Hyperraum. Zurück auf Ord Mantell liefern sie das Tier bei ihrer Auftraggeberin Cid ab, erhalten jedoch nur einen Bruchteil der Bezahlung: Cid rechnet ihnen offene Schulden an und verlangt einen großen Coup.
In Cids Kantine gibt sich ein vermummter Fremder als der totgeglaubte Klon-Captain Rex zu erkennen. Er ist alarmiert, als er erfährt, dass die Bad Batch ihre Hemmchips – anders als er – noch nicht entfernt haben. Angesichts von Wreckers zunehmenden Kopfschmerzen warnt Rex, die Chips seien nach seiner Erfahrung mit der Order 66 unkontrollierbare tickende Zeitbomben, und bietet seine Hilfe an.
Die Einheit reist nach Bracca, einem von der Scrapper Guild kontrollierten Schiffsfriedhof, und schleicht sich in das Wrack eines alten Jedi-Kreuzers, dessen Medstation genutzt werden soll – dort ließ auch Rex einst seinen Chip entfernen. Auf dem Weg durch das Wrack greift ein Dianoga den ängstlichen Wrecker aus dem Wasser an, doch die Truppe kann ihn retten.
In der improvisierten Medstation übernimmt Wreckers Chip die Kontrolle, kurz bevor Tech ihn entfernen kann. Unter der Order 66 würgt Wrecker Tech, greift seine Kameraden an und jagt schließlich Omega, die er als Verräterin bezeichnet. Erst als er sie mit den Worten „Gute Soldaten befolgen Befehle“ bedroht, betäubt ihn der verletzte Rex von hinten.
Die Operation gelingt: Wrecker erwacht ohne Chip und entschuldigt sich zerknirscht bei Omega. Damit ist ein Chip entfernt, drei weitere stehen aus. Rex verabschiedet sich, um weiter für die verbliebenen Reste der Republik zu kämpfen, und sieht in der Einheit einen möglichen Verbündeten; Hunter will jedoch zuerst herausfinden, was für die Gruppe und für Omega das Beste ist.
Unbemerkt von den Klonen wird ihr Aufbruch von einem Spähtrupp der Scrapper Guild beobachtet, der umgehend das Imperium verständigen will.
Auf Kamino meldet Crosshair Admiral Rampart und Premierminister Lama Su, dass Schrottsammler auf Bracca einen Energiestoß an einem Jedi-Kreuzer registriert haben – ein Hinweis auf die Kloneinheit 99. Lama Su will die wertvollen Klone lebend zurück, doch Rampart befiehlt Crosshair, sie zu töten. Aus Sorge, das Mädchen Omega könnte nicht sicher zurückkehren, heuert Lama Su zusätzlich einen Kopfgeldjäger an.
Auf Bracca durchsuchen die Bad Batch das Wrack des Kreuzers; Wrecker bringt Omega bei, Sprengsätze zu entschärfen. Drei Schrottsammler beobachten die Gruppe und verraten ihren Aufenthaltsort an das Imperium.
Crosshair rückt mit seiner Elitetruppe an, um die abtrünnigen Klone auszulöschen, und lockt sie in tödliche Fallen. Auf der Flucht zu ihrem Schiff, der Marauder, versuchen die Klone, durch das Ionentriebwerk des Kreuzers zu entkommen.
Crosshair schließt sie ein und lässt das Triebwerk zünden; mit geborgenen Sprengladungen sprengen sie sich den Weg frei. Die Zündung lenkt die Ionenflamme jedoch auf Crosshair selbst, der dabei schwer verbrannt wird.
Kaum entkommen, stellt sich Hunter und Omega der aus den Klonkriegen bekannte Kopfgeldjäger Cad Bane mit seinem Droiden Todo 360. Bane streckt Hunter mit mehreren Schüssen nieder und betäubt Omega, um sie zu entführen – er ist der Ersatzplan der Kaminoaner.
Der Rest der Einheit erreicht die beiden, trägt den verwundeten Hunter an Bord der Marauder und entkommt. Hunter macht klar, dass sie Omega finden müssen. Unterdessen lässt sich der verbrannte Crosshair für die weitere Jagd an Bord einer Shuttle bringen.
Auf der Flucht vor dem abtrünnigen Crosshair springt die Bad Batch mit ihrem Schiff, der Marauder, in den Hyperraum — schweren Herzens, denn Omega ist zu diesem Zeitpunkt bereits in der Gewalt des Kopfgeldjägers Cad Bane. An Bord von Banes Schiff Justifier erwacht das Mädchen in einer Arrestzelle. Bane macht ihr klar, dass niemand kommen werde, und bringt sie zu einer stillgelegten kaminoanischen Anlage auf Bora Vio, wo er sie übergeben soll.
Während die Bad Batch Bane verfolgt, deckt Tech den Grund für die Entführung auf: Omega ist eine unveränderte Klonkopie von Jango Fett und damit die einzige verbliebene Quelle für frisches genetisches Material der Kaminoaner. Premierminister Lama Su hat das Kopfgeld ausgesetzt; nach der Entnahme ihres Erbguts soll Omega beseitigt werden. Die Wissenschaftlerin Nala Se, die dem Mädchen zugetan ist, widersetzt sich diesem Befehl im Stillen.
An Bord der Justifier überlistet Omega Banes ramponierten Serviceroboter Todo 360, indem sie ihm bei der Reparatur seiner Beine hilft und ihn anschließend abschaltet. Sie findet ihr Komgerät wieder und sendet ein Signal an die Bad Batch, doch Bane schnappt sie erneut und zerstört das Gerät.
Am Übergabeort taucht die von Nala Se entsandte Söldnerin Fennec Shand auf. Sie tötet die kaminoanische Abgesandte Taun We und fordert Omega für sich. Zwischen Shand und Bane bricht ein Kampf aus, in dessen Verlauf Omega entkommt: Sie erreicht einen Flugpod und startet damit ins Freie. Als der Pod den Treibstoff verliert, fängt die Marauder sie in letzter Sekunde auf.
Sicher an Bord erfährt Omega von Hunter, dass sie wertvoller ist als alle anderen Klone. Nala Se teilt Shand mit, dass Omega in Sicherheit sei, solange sie nicht in Lama Sus Hände falle. Omega fürchtet, weiter zur Zielscheibe von Kopfgeldjägern zu werden, doch Hunter verspricht ihr, dass sie nicht nach Kamino zurückkehren muss.
Das Galaktische Imperium hat Raxus besetzt, die einstige Hauptwelt der Separatisten. Bei einer Ansprache in Raxulon verkündet die imperiale Offizierin Captain Bragg eine Ausgangssperre und ruft den ehemaligen Senator Avi Singh auf die Bühne, damit er öffentlich Loyalität bekundet. Nach innerem Ringen erklärt Singh stattdessen, dass er die imperiale Besatzung nicht länger dulden könne. Bragg lässt ihn daraufhin verhaften; sein Protokolldroide GS-8 entkommt im Tumult und ruft auf Singhs Anweisung Cid um Hilfe.
Auf Ord Mantell halten sich die Bad Batch bedeckt, da Kopfgeldjäger hinter Omega her sind. Cid überträgt ihnen den Auftrag, Singh aus der Gefangenschaft zu befreien. Hunter zögert, weil Raxus das frühere Zentrum der Separatisten war, willigt aber ein und lässt Omega – zu deren Verdruss – in Cids Obhut zurück. Während die Truppe aufbricht, teilt Cid Omega zunächst zu Putzdiensten ein.
Über Raxus werden die Klone von V-Wing-Jägern abgefangen, kommen aber mit Cids Freigabecodes durch und treffen im Wald auf GS-8. Echo misstraut dem Auftrag für einen Separatisten, doch Hunter besteht darauf, die Politik beiseitezulassen. Sie infiltrieren Singhs Residenz, schalten die Wachen und die Überwachung aus. Auf Ord Mantell entdeckt derweil Cid Omegas Talent für das Strategiespiel Dejarik und lässt sie – gegen einen von Omega auf 60 Prozent hochgehandelten Anteil – für das Haus spielen.
In der Residenz will Bragg den standhaften Singh mit einem IT-O-Verhördroiden brechen. Bevor der Droide zustechen kann, stürmen die Bad Batch den Raum, betäuben die Imperialen und befreien Singh. Auf der Flucht kapern sie einen AT-TE-Läufer und liefern sich ein Gefecht mit weiteren Läufern. GS-8 streckt mit Singhs kostbarer Vase einen Klonsoldaten nieder. Auf Singhs Rat lenken sie den Läufer in eine Gasse, sprengen eine Mauer zu einem unterirdischen Gang und entkommen, während die Imperialen nur den leeren Läufer vorfinden. Singh will seine Leute nicht im Stich lassen, folgt aber Echos Rat, um an einem anderen Tag weiterzukämpfen.
Zurück auf Ord Mantell finden die Klone eine Menge um die Dejarik-Meisterin Omega versammelt, die gerade eine Partie gewinnt. Hunter ist verärgert, dass dies das Gegenteil von Unauffälligkeit ist, doch Cid verteidigt Omega: Sie hat genug Geld gewonnen, um die Schulden der Truppe zu tilgen. Zum Abschluss fordert Hunter Omega zu einer letzten Partie heraus – gewinnt sie, muss sie bei künftigen Einsätzen nicht mehr zurückbleiben.
In Lessu verkündet Senator Orn Free Taa eine imperiale Doonium-Raffinerie und ruft die Twi'lek auf, ihre Waffen abzugeben. General Cham Syndulla stellt sich aus Friedenswillen öffentlich hinter das Imperium, während sein Leutnant Gobi Glie den Klonen misstraut.
Heimlich schickt Glie Chams Tochter Hera samt Droide Chopper zum Ausspähen der Raffinerie, doch Klone erwischen die beiden. Anschließend nimmt Glie Hera auf einen Flug mit, um Waffen zu beschaffen; dabei treffen sie die Bad Batch, die Blaster und Detonatoren liefern, und Hera freundet sich mit Omega an.
Crosshair markiert Glies Schiff mit einem Peilsender und lässt Glie, seine Begleiterin und Hera auf dem Rückflug wegen Schmuggels verhaften. Senator Taa deutet Heras Beteiligung als Beweis für einen Aufstand Chams; ohne Prozess werden die Gefangenen für schuldig erklärt.
Cham, Eleni und weitere Freiheitskämpfer überfallen den Gefangenenkonvoi und befreien Hera. Cham hält Taa mit dem Blaster in Schach; auf ein verdecktes Signal Ramparts schießt Crosshair dem Senator ein Lekku ab, was als Attentatsversuch inszeniert wird.
Imperiale Verstärkung trifft ein: Cham, Eleni und Glie werden wegen des angeblichen Attentats verhaftet, während Hera mit Chopper im Landspeeder durch die Schlucht entkommt. Rampart befiehlt Howzer, sie aufzuspüren – die Folge endet mit Heras traurigem Blick zurück.
Nach ihrer Flucht kontaktiert Hera Syndulla die Bad Batch über Omegas Notkanal und bittet um Hilfe: Ihre Eltern Cham und Eleni sitzen in Lessu in imperialer Haft. Hunter hält den Einsatz zunächst für zu riskant, doch Omega überzeugt ihn.
Beim Auskundschaften wird die Gruppe von einer Sonde entdeckt und verliert das Überraschungsmoment. Hera und Omega entwerfen dennoch einen Plan: Ein Angriff auf die Doonium-Raffinerie soll imperiale Truppen aus dem Kapitol abziehen, während Hunter und Echo die Gefangenen befreien.
Während des Angriffs infiltriert Chopper die Raffinerie, um die Autokanonen abzuschalten, wird aber gefasst. Hera und Omega stehlen ein imperiales Shuttle; Hera fliegt zum ersten Mal, zerstört die Steuerkonsole und legt so die Geschütze lahm. Hunter und Echo befreien unterdessen Cham, Eleni und die übrigen Freiheitskämpfer.
Crosshair durchschaut die Ablenkung und stellt am Ausgang eine Falle. Captain Howzer, loyal zu Cham, warnt die Fliehenden jedoch heimlich. Die Gruppe entkommt mit einem Privatshuttle; Howzer stellt sich offen gegen die Unterdrückung der Twi'lek und wird mit sechs Klonen, die sich ihm anschließen, verhaftet.
Auf Ord Mantell sammeln sich Bad Batch und Syndullas; Hunter lehnt jede Bezahlung ab, und Hera verabschiedet sich von Omega. Vizeadmiral Rampart erkennt, dass er die Bad Batch unterschätzt hat, und erteilt Crosshair die Erlaubnis, sie zu jagen.
Der ehemalige Klon-Captain Rex kontaktiert die Bad Batch und bittet um Hilfe: Von dem abgelegenen Außenrand-Planeten Daro hat ihn ein Notruf des Klonkommandos Gregor erreicht, den er selbst nicht bergen kann. Die Söldnertruppe zögert – der Planet gilt als unbesiedelt, und eigentlich sind sie für die Informantin Cid unterwegs –, doch auf Omegas Drängen hin folgt Hunter dem Signal.
Zeitgleich läuft auf Kamino eine imperiale Operation an. Vice-Admiral Rampart lässt sämtliche verfügbaren Klone mobilisieren, während Premierminister Lama Su erfährt, dass das Imperium alle Verträge mit den Kaminoanern gekündigt hat. Aus Furcht, das Imperium werde die Kloner beseitigen, weist er Chefwissenschaftlerin Nala Se an, die wichtigsten Kräfte für eine heimliche Flucht zusammenzuziehen.
Auf Daro spürt die Bad Batch Gregors Bake auf und stößt auf eine in einen Berg gegrabene, schwer befestigte imperiale Basis. Hunter, Tech und Echo dringen über einen Aufzugsschacht ein, während Omega und Wrecker im Marauder in Bereitschaft bleiben. Im Inneren entdecken sie, dass hier keine Klone mehr ausgebildet werden, sondern rekrutierte TK-Soldaten in neuer Rüstung – die künftigen Sturmtruppen, die die Klonarmee ersetzen sollen. In Zellenblock 25 befreien sie Gregor.
Ein von Tech ausgelöster Klon-Code schlägt fehl und alarmiert die Basis. In einem Feuergefecht kämpfen sich die Bad Batch und Gregor zu den Reaktorschächten durch; Gregor erklärt, dass die neuen Rekruten zwar weniger geübt, aber endlos nachschubfähig seien und dem Imperium Treue schwören. Über einen Abluftschacht signalisieren sie dem Marauder einen Abholpunkt.
Beim Ausbruch wird der Marauder von V-Wing-Jägern angegriffen; Omega hält mit der Energie des Droiden Gonky die Schilde aufrecht, sodass Tech den Berg umkreisen kann. Echo schafft den Sprung an Bord, doch Hunter verliert den Halt und stürzt den Hang hinab in den Wald. Um seine Truppe nicht zu opfern, befiehlt er den anderen zu fliehen und lässt sich von Sturmtruppen und imperialen Kommandos gefangen nehmen. Der Marauder entkommt in den Hyperraum.
Auf Kamino stellt Rampart Lama Su zur Rede: Nala Se werde das Imperium als Wissenschaftlerin weiter nutzen, für den Premierminister aber habe es keine Verwendung – Lama Su wird wegen Verrats verhaftet. Auf Daro sitzt Hunter derweil in einer Zelle, wo ihn ausgerechnet sein früherer Kamerad Crosshair empfängt, der auf die ganze Squad gehofft hatte.
Crosshair hält Hunter gefangen und nutzt dessen Kommunikator, um die übrige Bad Batch nach Kamino zu locken. Hunter warnt, dass seine Kameraden die Falle erkennen werden – doch Crosshair ist sicher, dass sie trotzdem kommen.
Während Echo, Tech, Wrecker und Omega die Marauder auf Ord Mantell reparieren, brechen sie zur weitgehend verlassenen Klonstadt Tipoca City auf, aus der das Imperium alle wichtigen Kräfte abgezogen hat. Omega führt das Team durch einen versteckten Zugang in Nala Ses geheimes Labor, ihren eigenen Entstehungsort, wo sie auf den freundlichen Droiden AZI-3 treffen.
Bei Hunter angekommen, bietet dieser Crosshair an, ihm den Inhibitor-Chip zu entfernen. Doch Crosshair offenbart, dass sein Chip längst entfernt wurde: Er dient dem Imperium aus freien Stücken und wirbt darum, dass sich die Bad Batch ihm anschließt. Als seine Elite-Truppen den Befehl verweigern, schaltet Crosshair sie mithilfe von Spiegeln selbst aus – und kämpft an der Seite seiner alten Einheit gegen anrückende Trainingsdroiden.
Über Funk meldet ES-02, dass Crosshair die Lage verloren habe. Vize-Admiral Rampart zieht daraufhin auf Tarkins Befehl alle verbliebenen Kräfte ab und überlässt die Klone ihrem Schicksal. Hunter betäubt Crosshair, bevor dieser schießen kann, nimmt ihn aber dennoch mit.
Als drei Venator-Sternenzerstörer über Tipoca City aufziehen, fliehen die Klone mit AZI-3 durch die Gänge. Rampart gibt den Befehl zum Bombardement: Die Bad Batch wird von den Einschlägen zurück ins Gebäude getrieben, während Tipoca City in den Ozeanen Kaminos versinkt.
Vizeadmiral Edmon Rampart lässt Tipoca City aus dem Orbit mit drei Sternenzerstörern der Venator-Klasse beschießen. Während die Klonstadt unter dem Feuer zusammenbricht und ins Meer sinkt, fliehen Hunter, Wrecker, Echo, Tech und Omega gemeinsam mit dem Medizindroiden AZI-3 und dem bewusstlosen Crosshair in die tieferen Ebenen der Anlage. Eine Druckwelle reißt die Gruppe auseinander, und eine defekte Schottür trennt Omega vom Rest.
In der überfluteten Kammer reaktiviert sich AZI-3 und kümmert sich um Omega. Sie findet den unter Trümmern eingeklemmten Crosshair, kann ihn allein aber nicht befreien; erst als sie das Geröll mit einem Schuss löst und Wrecker die Schottür von der anderen Seite aufstemmt, kommt er frei. Rampart erhält unterdessen im Orbit die Meldung, dass sämtliche kaminoanischen Einrichtungen zerstört und im Meer versunken sind, und befiehlt den Sternenzerstörern, sich mit dem Rest der imperialen Flotte zu treffen.
Als das Wrack auf dem Meeresgrund zur Ruhe kommt, arbeitet sich die Gruppe zu der Röhre vor, die zu ihrem Schiff, der Marauder, führt, findet den Zugang jedoch beschädigt. Im Tunnel greift ein riesiges Meeresungeheuer, ein gepanzerter Kamoradon, die Truppe an. AZI-3 leitet die Energie der Anlage um und vertreibt die Kreatur mit einem Stromstoß, als sie in die Röhre beißt.
Weil der direkte Weg versperrt ist, schlägt Crosshair vor, dass AZI-3 die Gruppe in Laborkapseln zur Oberfläche steigen lässt. Dabei geht dem Droiden die Energie aus: Er durchtrennt Omegas Kapsel, damit sie aufsteigen kann, sinkt selbst aber in die Tiefe. Omega verlässt ihre Kapsel, um AZI-3 nicht zurückzulassen, und wäre dabei beinahe ertrunken. Crosshair fängt beide mit einem Enterhaken und zieht sie an die Oberfläche.
An der Marauder angekommen, entscheidet sich Crosshair gegen die Rückkehr zur Truppe. In einer kurzen Ansprache erklärt er, dem Imperium treu zu bleiben, auch nachdem Rampart ihn dem Tod überlassen hatte. Omega hält ihm entgegen, dass er weiterhin ihr Bruder sei, doch er bleibt auf Kamino zurück. Parallel wird die kaminoanische Wissenschaftlerin Nala Se in eine imperiale Einrichtung auf dem Berg Tantiss gebracht, wo das Imperium ihr Klon-Fachwissen für eigene Pläne nutzen will.
