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Der Regen ist aus der Quarantänezone entkommen: Die Staffel öffnet mit einer panischen Evakuierung, bei der das Virus nun auch außerhalb der Mauer wütet. Drei Monate nach den Ereignissen der Vorstaffel hat sich Rasmus, von Albträumen geplagt und aus Angst vor seinen neuen Kräften, freiwillig in einer Glaszelle in Apollon eingeschlossen.
Sten, der nach dem Verrat seiner Schwester in Apollons Obhut kam, tröstet Rasmus und rät ihm, Simone zu vergessen. Rasmus jedoch verlangt, dass Sten sie zu ihm bringt. Simone ist unterdessen auf dem Weg zum Rand der Zone, um Hilfe zu holen, ohne die Nanokapseln der anderen platzen zu lassen.
Im Tunnel aktiviert Apollon die Abwehr, und Fie wird gefangen. Simone erreicht die Außenwelt, findet sie verseucht vor und kehrt zurück, wird jedoch ebenfalls von Apollon gefasst. Daniel und Luna beobachten alles und behalten Simone im Auge.
In Apollon wird Simone vor Rasmus gebracht und entschuldigt sich. Doch Rasmus offenbart, dass ihn das Virus außerhalb der Zone nicht kümmert: Wer sich wie er anpasse, könne überleben. Simone beharrt auf einem Heilmittel, was Rasmus erzürnt.
Während Simones Gruppe in Apollon eindringt, führt Simone einen der Freiwilligen zu Rasmus und provoziert ihn, bis das Virus aus ihm hervorbricht. Angewidert flieht sie erneut und wird auf einer Brücke gestellt. Statt auf ihren Bruder zu hören, stürzt sie sich von der Brücke; Martin wird gefangen genommen.
In seinen Quartieren entlädt der verzweifelte Rasmus eine gewaltige Virusflut. Schließlich erreicht Sarah Apollon und findet ihn schuldbeladen am Boden vor; die beiden finden Trost in den Armen des anderen.
Daniel findet die bewusstlose Simone am Flussufer und bringt sie zu sich und seiner Schwester Luna, die sie gesund pflegen. Da ihr Tracker im Wasser ausgefallen ist, kann Simones Gruppe sie nicht mehr orten. Daniel zeigt ihr, dass die beiden in einer virusfreien Oase leben.
In Apollon überzeugt Rasmus die wiederbelebte Sarah, sich Sten als lebender Beweis vorzustellen, dass sich das Virus übertragen lässt, ohne den Wirt zu töten. Stens klinische Fragen verunsichern Sarah. Martin, den man in einen See werfen wollte, erwacht, überwältigt die Wachen und kehrt nach Apollon zurück.
Patrick und Fie beziehen ihre Unterkunft; Fie zweifelt an Apollons Hilfe, während Patrick Simone für tot hält. Als Fie Sarahs Stimme hört, gibt sie sich zu erkennen und ist schockiert, sie lebend zu sehen. Sten nimmt die Biologin Fie unter seine Fittiche, und Martin wird abgeführt.
Luna offenbart Simone das Geheimnis der Oase: ein Fläschchen Nektar, dessen einziger Tropfen ganze Waldstücke vom Virus befreien kann. Rasmus lässt sich von Martin dessen Tracker geben, um Simones Tod zu bestätigen, und bietet ihm im Gegenzug das Leben an.
Sarah und Rasmus wollen die Kranken sehen, denen sie zu helfen glauben, und finden nur die Leichen jener, die Apollon beim Infektionsversuch nicht am Leben halten konnte. Wütend stellt Rasmus Sten zur Rede, der erklärt, die todkranken Testpersonen hätten eingewilligt und ohne ihn gebe es keine Heilung.
Aus Fies Beobachtung, dass ein Glas erst leer sein muss, bevor es gefüllt werden kann, leitet sie ab, dass das Immunsystem geschwächt sein muss, damit das Virus den Wirt nicht tötet. Rasmus will, dass Martin als Erster das Virus erhält. Simone wird beim Beobachten der Nektar-Ernte von Daniels Vater ertappt, der ihren Tod fordert; doch Daniel wendet sich gegen den Vater und lässt Simone entkommen.
Jean und Kira lagern in den Wäldern, und Jean hat die Hoffnung aufgegeben – er hält Simone für tot, während Kira darauf drängt, Sten zu töten. Da bricht Daniel aus dem Wald und warnt, sein Vater sei hinter Simone her. Die Gruppe greift ein und befreit Simone in letzter Sekunde. Simone eröffnet den anderen, dass Daniels Gruppe ein Mittel gegen Apollon besitzt: den Blütenextrakt.
Simone führt vor, wie der Extrakt vom Virus verseuchtes Waldstück wieder ergrünen lässt, und fasst ihren Plan: Der Extrakt soll gegen Rasmus eingesetzt werden, denn Rasmus ist das Virus. An einem verlassenen Schwimmbad, der Quelle der Pflanze, gewinnen sie einige Ampullen des Extrakts, doch die Blüte reagiert heftig und schleudert messerscharfe Dornen – die Gruppe muss fliehen.
Zurück im Lager finden sie Daniels Vater mit einem Pfeil in der Schulter: Angreifer haben sie aufgespürt. Simone zieht den Pfeil heraus und versorgt die Wunde. Kira kehrt erschüttert zurück – sie hat einen der Angreifer erschossen und dabei erkannt, dass es Kinder waren. Später verschwindet Luna spurlos.
Bei Apollon zwingt Sten Rasmus, das Virus an der todkranken Patientin Olivia zu testen, und foltert dazu Sarah mit Feuer, um Rasmus gefügig zu machen. Rasmus setzt das Virus ein; Olivia stirbt zunächst, erwacht dann geheilt – es funktioniert. Rasmus täuscht Nebenwirkungen vor, befreit heimlich Patrick und Martin und schickt sie zu Sarah.
Sten beteuert, er liebe Rasmus wie einen Sohn, und will als Nächster das Virus erhalten, sobald sein Immunsystem geschwächt ist. Rasmus dreht den Spieß um: Als Sarah lebend erscheint, injiziert er Sten das Virus und tötet den Apollon-Anführer. Danach lässt sich Martin, der Simone für tot hält, von Rasmus das Virus geben – Patrick und Fie erreichen die Krankenstation zu spät, als Simones Tracker wieder anschlägt.
Simones Gruppe erfährt, dass die wilden Männer, die Luna entführt haben, in Wahrheit nur Nahrung wollen, und stellt einen Vorrat als Friedensangebot zusammen. Die Entführer entpuppen sich als eine große Gruppe Jugendlicher unter einem einzigen Erwachsenen, der auf die Fähigkeit der Blume hofft, das Virus fernzuhalten.
In Apollon erhält Martin von Rasmus das Virus und fühlt sich mit einem Mal voller Kraft und Gesundheit. Rasmus übernimmt die Führung Apollons, indem er Wissenschaftler tötet, die ihn infrage stellen. Fie und Patrick zweifeln, ob sie noch die Guten sind, und Martin entdeckt, dass verschwiegen wird, dass Simone lebt.
In einer Stadtruine sucht Simones Gruppe die Entführer. Um in deren Gebäude zu gelangen, bannen sie mit dem Nektar der Blume das Virus und bestätigen den Jugendlichen damit, dass sie ein Heilmittel besitzen. Bei einem vermeintlichen Friedensschluss lässt der Anführer Simone eine vergiftete Cola trinken und sperrt die Gruppe ein.
Rasmus bemerkt seltsame Risse auf seiner Haut, tut sie aber als unwichtig ab. Über Martins Augen kann er durch das Virus die Außenwelt beobachten und lässt mit Sarahs Hilfe fünf weitere Menschen infizieren. Martin bereut seine Infektion, seit er weiß, dass Simone lebt, und bricht auf, um sie zu finden.
Jean, der aus Höhenangst zurückgeblieben und deshalb nicht gefangen genommen worden war, befreit die Gruppe. Zurück bei der Blume finden sie ein Blutbad: Die Jugendlichen versuchten, den Nektar ohne Vorsicht zu ernten, und wurden von den tödlichen Dornengeschossen der Blume getötet. Der Anführer stirbt an seinen Verletzungen, und die Blume scheint dabei selbst einzugehen.
Daniels Vater macht Simone schwere Vorwürfe, alles ruiniert zu haben, und auch Kira mahnt sie, dass sich nicht jeder retten lässt. In der Nacht küsst Daniel Simone, beobachtet vom soeben eintreffenden Martin und, durch dessen Augen, auch von Rasmus. In Rückblenden werden Kiras Jugend in Indien und ihre unerfüllte Liebe zu Memo gezeigt.
Während Rasmus zunehmend schwächer wird, treffen Martin und Simone wieder aufeinander und beginnen den langen Rückweg nach Apollon. Martin versucht Simone zu überzeugen, dass Rasmus sich geändert habe und sie wieder eine Gruppe sein könnten. Simone jedoch gerät in Panik, sobald vom Virus die Rede ist.
In Apollon verschlechtert sich Rasmus' Zustand: Immer mehr Risse überziehen seinen Körper, doch er leugnet jedes Problem. Sarah pflegt ihn treu und bittet Fie, ihn zu untersuchen. Fie vermutet, dass ihn das Infizieren anderer selbst auszehrt und sein Virus schwächt.
Martin hinterlässt unbeabsichtigt eine Spur virusverseuchter Pflanzen, ein Zeichen, dass er selbst infiziert ist. Er verheimlicht es und lässt sich von Simone versprechen, ihn zu lieben, egal was komme. Simone erkennt schließlich, dass ein einziges Fläschchen Nektar die Menschheit nicht retten kann, und beschließt, mit Martin nach Apollon zurückzukehren.
Fie warnt, dass das Virus in Rasmus mutiert und langsamer wird, sodass er womöglich niemanden mehr infizieren kann. Als Rasmus erfährt, dass Fie sich Sarah anvertraut hat, zwingt er Fie, sich selbst infizieren zu lassen, und sperrt Sarah in einen Raum, damit sie ihn nicht aufhält.
Im Wald offenbart Martin Simone, dass Sarah dank des Virus noch lebt. Statt seine Angst zu erkennen, treibt Simone ihn mit Spott in die Enge, bis das Virus aus ihm hervorbricht. Um sie nicht anzugreifen, trinkt Martin den ungetesteten Nektar; dieser tötet das Virus in ihm und ihn selbst.
Meilen entfernt spürt Rasmus Martins Tod und entfesselt vor Wut eine Flut des Virus. Er ruft die Infizierten dazu auf, Martins Tod an Simone zu rächen. Patrick belauscht dies, befreit die zur Infektion vorbereitete Fie und flieht mit ihr.
Simone und Daniel bringen Martins Leichnam zur Bestattung zurück. Unbemerkt schießt das Virus, das Martin hinterlassen hat, in die tote Blume und erweckt sie wieder zum Leben. Während Simone trauert, rüstet sich Rasmus mit seinen Infizierten und Apollon-Soldaten zum Krieg, um Simone zu töten.
Die aus Apollon geflohenen Fie und Patrick stoßen zu Simones Gruppe. Als Patrick von Martins Tod erfährt, ist er am Boden zerstört, und Simone schwört erneut, ihren Bruder zu töten. Fie steht unterdessen kurz vor der Geburt.
Da die Blume noch keinen neuen Nektar gebildet hat, geben Daniel und sein Vater ihren letzten Vorrat her, den Kira in eine Kugel füllt. Weil nur Rasmus das Virus verbreiten kann, würde seine Tötung die Gefahr bannen. Rasmus, dessen Gesundheit weiter verfällt, gibt Simone und seinen Gegnern die Schuld daran.
Sarah fleht Rasmus vergeblich an, von seinem Weg abzulassen; er verstößt sie und behauptet, nichts mehr für sie zu empfinden. Daraufhin rettet Sarah Patrick und Daniels Vater vor den Soldaten. Als Kira einen von Rasmus vorgeschickten Untergebenen erschießt, spürt Rasmus dessen Tod über den viralen Schwarmgeist und lässt seine Leute angreifen.
Rasmus stellt Simone. Sie ist bereit zu sterben, solange die Blume unversehrt bleibt, doch Rasmus wollte nur, dass alle zusammen sind. Sarah kommt zu ihm, und gemeinsam, des Lebens müde, senden sie ihr Virus in die Blume. Diese leuchtet blau und explodiert in einem gewaltigen Ausbruch, der das Virus aus allen Infizierten in der Nähe reißt und sie tötet, auch Rasmus und Sarah, die in den Armen des anderen sterben, während Ranken sie überwuchern.
Fie bringt ihr Kind wohlbehalten zur Welt. Der Tod der Blume hat das Virus auf dem gesamten Planeten geheilt, und Simone schwört, die Menschheit zu Ehren ihres Bruders Rasmus wieder aufzubauen.