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Eine junge Frau namens Shanice – 2005 Anwältin und frischgebackene Mutter – wird auf dem Weg zur Arbeit von einem grünen Lichtblitz aus ihrem Wagen gerissen. Sie landet gemeinsam mit über 4.400 anderen Menschen auf Belle Isle in Detroit; sie alle sind über die vergangenen Jahrzehnte spurlos verschwunden, keinen Tag gealtert und ohne Erinnerung an das Geschehene wieder aufgetaucht.
Die Behörden bringen die Rückkehrer in einem Hotel unter. Bewährungshelferin Keisha Taylor – auf Empfehlung ihrer Freundin, der DHS-Agentin Jessica Tanner, hinzugezogen – und der einfühlsame Sozialarbeiter Jharrel sollen die Menschen befragen. Erst nach und nach begreifen die Rückkehrer, dass inzwischen das Jahr 2021 ist.
Shanice entkommt mithilfe der jugendlichen Mildred, die per Gedankenkraft eine Tür entriegelt, und sucht ihr altes Zuhause auf. Dort trifft sie ihre inzwischen 16-jährige Tochter Mariah wieder – doch ihr Mann Logan hat sie längst für verschwunden gehalten, neu geheiratet und wirft ihr vor, ihn einst mit einem Abschiedsbrief verlassen zu haben. Auf Keishas Betreiben wird Shanice in Handschellen abgeführt.
Unter den Rückkehrern zeigen sich übernatürliche Fähigkeiten: Bei Claudette schließen sich Wunden binnen Sekunden, und Mildred bewegt Gegenstände mit Gedanken. Der Arzt Andre beobachtet Claudettes Heilung mit Sorge darüber, was geschehe, wenn andere davon erführen.
Während ein Whistleblower die Existenz der Festgehaltenen öffentlich macht, gesteht Jharrel Keisha an der Bar, dass sein Bruder Manny in der Nacht seines Verschwindens ebenfalls ein grünes Licht sah – Manny ist jedoch nicht unter den Rückkehrern. Zum Schluss spricht der bis dahin stumme Junge Hayden Keisha an: Sie solle Jharrel ausrichten, dass es Manny gutgehe und dass es ihm leidtue.
Als Reaktion auf Shanices Flucht verschärft das DHS die Regeln im Hotel: Die Lieblingssnacks werden weggeschlossen, das Klavier entfernt, und alle Rückkehrer müssen fortan GPS-Fußfesseln tragen. Keisha und Jharrel verhören erneut Shanice, die jede Aussage verweigert und auf ihre Freiheit pocht. Auch Logan, Shanices Ehemann, kann sie nicht zum Reden bewegen; ihre Tochter Mariah lauscht heimlich und beschließt, ihre Mutter auf eigene Faust zu besuchen.
Die Rückkehrer erproben derweil ihre Kräfte. Claudette lässt sich von LaDonna einen Finger brechen, der binnen Sekunden verheilt. Mildred öffnet mit ihrer Telekinese das Snack-Gitter, und als ein Wärter die Teenager ertappt, entdeckt Noah, dass sein Gesang hypnotische Wirkung entfaltet – der Mann füllt sich wie benommen die Taschen mit Naschwerk.
In Rückblenden wird Revs Vergangenheit enthüllt: Vor seiner Entrückung liebte der Prediger heimlich die schwangere Darlene, gegen den Willen seiner streng religiösen Familie. Er warf schließlich der Kirche seines Vaters Machtmissbrauch vor und verkaufte einen wertvollen Ring, um mit Darlene ein neues Leben zu beginnen – doch bevor er ihr den Antrag machen konnte, wurde er ins Jahr 2021 versetzt.
Rev überzeugt Keisha, mit einer kleinen Gruppe nach Belle Isle zurückzukehren, in der Hoffnung, der Ort könnte alles rückgängig machen. Jharrel erhofft sich Hinweise auf seinen verschwundenen Bruder Manny. Vor Ort findet Rev den für Darlene bestimmten Ring wieder; Keisha teilt ihm mit, dass Darlene inzwischen einen Sohn geboren hat. Rev beschließt, seine Familie loszulassen – seine Versetzung deutet er als göttliche Berufung.
Bei einem Gebet lässt Rev Noah „Hush Little Baby“ singen, woraufhin Jharrel und Keisha augenblicklich einschlafen. Rev offenbart den Rückkehrern, dass sie mit besonderen Gaben in die Gegenwart geholt wurden – Mildreds Telekinese und Noahs Gesangsmacht –, und dass er sie auf einer Mission anführen soll. Während er mit Mildreds Hilfe schwebt, bleibt Claudette misstrauisch. Zurück im Hotel findet Shanice ihre Tochter Mariah in ihrem Zimmer, und Jharrel entdeckt eine an die Wand gezeichnete Uhr – das alte Spiel mit seinem Bruder.
Der ehemalige Reality-Star LaDonna sieht im wachsenden Medieninteresse an den inhaftierten 4400 ihre Chance auf ein Comeback. Sie meldet sich als „Botschafterin“ der Gruppe, um im Gegenzug ihr beschlagnahmtes Handy zurückzubekommen. Zugleich zeigt sich ihre Fähigkeit: Was immer sie sich laut wünscht – ein Handy, Schmuck, Feuer –, erscheint.
Soraya spielt LaDonna den nie ausgestrahlten Pilotfilm ihrer Show vor. Das weckt eine Erinnerung: LaDonna stürzte gerade von einem Balkon, als das grüne Licht sie erfasste – auf der Flucht vor einem inszenierten Streit zwischen ihrer ehrgeizigen Mutter und ihrer Patin.
Dr. Andre, der in den 1920ern eine Klinik in Harlem führte, kümmert sich um Noah, der ihm anvertraut, transgender zu sein und dringend seine Medikamente zu brauchen. Andre reagiert mitfühlend und will ihm helfen – doch vor dem Pressetermin führen Wachen Noah auf Anweisung von Agent Tanner ab.
Jharrel, der weiter um seinen verschwundenen Bruder Manny ringt, soll beim Presseauftritt eine vorbereitete Erklärung verlesen, weicht aber ab und prangert die ungerechte Behandlung der 4400 an. Keisha wirft ihm vor, damit nur sein eigenes Gewissen zu erleichtern; dass er nicht entlassen wird, sorgt für Spannungen zwischen Keisha und ihrer Freundin.
Zur Feier des Tages richtet die Truppe Hayden zum 91. Geburtstag ein Fest aus; LaDonna entzündet mit ihrer Gabe eine Kerze auf einem Hummer, und Mildred küsst Hayden. Shanice versucht derweil, sich mit ihrer Tochter Mariah auszusöhnen: Beim Vorlesen ihres Abschiedsbriefs bricht Shanice in Tränen aus, und die beiden nähern sich wieder an.
In alten Lehrbüchern von Manny entdecken Andre und LaDonna eine in Computercode verfasste Notiz und vermuten eine Verbindung Mannys zu den 4400. Zum Schluss schickt LaDonna Mariah ein Video, das die Misshandlung der Gefangenen zeigt, und fordert sie auf, es zu veröffentlichen – was Mariah sofort tut.
Andre und LaDonna setzen ihre Untersuchung der Fähigkeiten der Gruppe fort und versuchen weiter, den Code zu entschlüsseln, den sie in einem Buch gefunden haben. Jharrel richtet Andre dafür einen abgetrennten Arbeitsplatz an der alten Hotelbar ein und rät ihm, sich unauffällig zu verhalten.
Der zunächst skeptische Hayden lässt sich schließlich von Andre untersuchen. Als Andre jedoch die ihre Kräfte testende Millie berührt, gerät sie in Panik und zerstört mehrere Flaschen sowie den Kronleuchter. Hayden reagiert wütend und wirft Andre vor, sich nur für seine Forschung zu interessieren. Claudette tröstet Hayden und mahnt, dass ihre Kräfte nicht auf alles eine Antwort seien.
Shanice und LaDonna versuchen, Andre aufzumuntern. Andre öffnet sich Shanice über seine Vergangenheit: Er heilte einst seine Freundin Cynthia mit seiner Bronchitis-Forschung, war aber emotional nie für sie da. Schließlich zeigt er ihr eine Erinnerung und outet sich ihr gegenüber als transgender. Shanice nimmt ihn ohne Zögern an, und die beiden küssen sich.
Nachdem LaDonnas geleaktes Video viral geht, wählen die Behörden zur Image-Pflege vier Rückkehrer für einen Tagesausflug aus: Isaiah, LaDonna, Shanice und Claudette. Isaiah und LaDonna gehen in die Bibliothek, wo LaDonna nach Büchern zum Code sucht und Isaiah über einen Bibliothekscomputer erfährt, dass seine Kirche von seinem Verschwinden profitierte und sein verstoßener Sohn sich öffentlich von ihm distanziert.
Shanice und Claudette besuchen mit Keisha Mrs. Grover. Als Claudette dort ihre Heilkräfte demonstriert, beobachtet Keisha dies heimlich und ist schockiert, verschweigt es aber ihrer Freundin Jessica. Jessica vermutet ihrerseits, dass die Tagespässe nur vergeben wurden, damit etwas schiefgeht und die Gruppe als Gefahr dasteht. Am Ende der Folge entdeckt Andre hinter einer verborgenen Tür der Bar einen geheimen Raum.
Keisha wird von der Trauer um ihre getötete Schwester Kenya verfolgt. Als deren Mörder anbietet, sich mit ihr und Kenyas Partner Tarik zu treffen, lehnt Keisha strikt ab und wirft Tarik vor, Kenyas Andenken zu verraten. Rückblenden zeigen, dass Kenya ihre Schwester stets ermutigte, Risiken einzugehen – Keisha aber ihren Traum vom eigenen Café zugunsten des Jobs als Bewährungshelferin aufgab und ihre Nichten kaum noch sieht.
Bei einem Treffen der 4400-Taskforce stellt Agent Tanner den Bundesbeauftragten Bill Green vor und kündigt Phase 2 an: die provisorische Freilassung der Rückkehrer, verbunden mit der Prüfung geeigneter Wohnungen und medizinischen Untersuchungen.
Shanice und Andre gehören zu den Glücklichen, die einen Tagesausflug machen dürfen; auf einer Pride-Feier kommen sie sich näher, wobei Andre nur um einen letzten gemeinsamen Tag bittet. Jharrel begleitet derweil Claudette bei der Wohnungssuche in Mannys Apartment.
In einer Bar beschimpft ein Mann Shanice und Claudette als „Freaks“ und greift Claudette an; sie wehrt sich, zerschlägt ihm ein Glas im Gesicht, und Keisha beobachtet, wie Claudettes blutende Schnittwunde sich vor ihren Augen von selbst schließt.
Erschüttert öffnet sich Keisha schließlich: Sie erzählt Jharrel von Claudettes Heilkraft, woraufhin beide sie mit dem „Gesang“ auf dem Belle-Isle-Video in Verbindung bringen. Jharrel übergibt Claudette den Schlüssel zu Mannys Wohnung und gesteht, von ihrer Gabe zu wissen. Hayden darf bei Shanice’ Familie bleiben, nachdem Logan sich zur Vormundschaft überreden lässt; Agent Tanner wird abgezogen und Green übernimmt das Hotel. Zum Schluss verkündet Hayden, Mildred aus dem Ypsi Med befreien zu wollen.
Die 4400 sollen einen Vertrag unterschreiben, um im Hotel als Zufluchtsort bleiben zu dürfen. Shanice liest das Dokument und erkennt, dass es faktisch die Grundlage für eine staatliche Vormundschaft legt, die den Behörden weitreichende Kontrolle über ihr Leben geben würde. Dass ausgerechnet Isaiah die Menschen zum Unterschreiben drängt, macht Keisha misstrauisch.
Claudette lebt sich in der von Jharrel besorgten Wohnung ein und nimmt einen Aushilfsjob an einer Bar an, wo ein feindseliger Kollege sie und die übrigen 4400 als Freaks beschimpft. Als sie zahlreiche 4400 in die Bar holt und der Kollege ausfallend wird, entlässt der Besitzer ihn und befördert Claudette zur Barkeeperin. Rückblenden zeigen, dass Claudette einst mit einem Prediger und Aktivisten verheiratet war, der ihr — als Frau — das Wortführen verwehrte, während sie selbst entschlosseneres Handeln forderte. Zwischen ihr und Jharrel bahnt sich eine Romanze an, die in einem Kuss mündet.
Shanice nähert sich Andre wieder an, als sie merkt, dass er krank ist. Nach einem Sturz verletzt Andre versehentlich einen Wachmann — und stellt fest, dass sich sein Leiden bessert, sobald er es durch Berührung an einen anderen weitergibt. Ein Test mit Claudette bestätigt diese Fähigkeit. Andre und Shanice kommen sich näher.
Keisha und Jessica geraten aneinander, weil Jessica verschwiegen hat, dass die Blutwerte der 4400 nicht menschlich sind; Jessica beendet die Beziehung. Soraya nutzt die Gelegenheit und kommt Keisha näher, besteht aber darauf, dass es kein bloßer Trostakt sein soll. Zugleich bittet LaDonna Soraya, ihr einen nicht rückverfolgbaren Rechner zu bauen, um die Ypsi-Med-Akten einzusehen. Hin- und hergerissen zwischen dem Reality-TV-Wunsch ihrer Mutter und dem Leben bei ihrem Vater entscheidet sich LaDonna schließlich für die Familie: Sie hinterlässt Andre ein Video mit einer Anleitung zu den Akten und nimmt unter Tränen Abschied.
Die Regierung will den 4400 mit einem öffentlichen Event ein freundliches Gesicht geben und wählt die Familie Kaminski als Vorzeige-Patchworkfamilie für ein Live-Interview mit der TV-Moderatorin Gladys Keller. Shanice hält dem Reverend vor, dass Bill Green ihn benutzt, um den übrigen 4400 über die Vormundschaftsverträge Rechte zu entziehen – und dass die Regierung von ihren Kräften weiß.
In Rückblenden wird gezeigt, wie sehr Logan an Shanices Verschwinden zerbrach und wie Mrs. Grover ihn und die kleine Mariah auffing. Bei einem Trauer-Treffen wendet sich die Gruppe gegen ihn, als sie erfährt, dass seine totgeglaubte Frau zu den 4400 gehört; Keisha ermutigt ihn dennoch, am Event teilzunehmen.
Logan gesteht Shanice, dass ein Teil von ihm nie wieder heil wurde. Auf ihre Frage nach einer zweiten Chance bittet er um einen klaren Schnitt: Er will sich auf seine Familie konzentrieren, Shanice aber in Mariahs Leben lassen. Als sie ihn berührt, sieht sie seinen Schmerz – und nimmt ihren Ehering ab. Beim Interview spricht Logan nur über den positiven Einfluss des Jungen Hayden, ohne Shanice.
Beim Event taucht ein Mann mit Feuerkräften auf, den die Regierung aus der Klinik freiließ, damit er seine Fähigkeiten öffentlich zeigt. Shanice und Jharrel durchschauen den Plan: Ein Zwischenfall soll die Vormundschaft auslösen. Der Reverend gibt im Live-Interview vor, die 4400 seien geschützt, gesteht Shanice danach aber seinen Irrtum ein.
Mildred, außer sich auf der Suche nach ihrer Schwester, stürmt Bills Büro und schleudert ihn mit ihren Kräften aus dem Fenster – vor aller Augen. Der Reverend hält sie zurück, bevor sie ihn töten kann, und drängt sie zur Flucht. Der Vorfall macht die Kräfte der 4400 öffentlich. Während Panik ausbricht, tröstet Logan den verängstigten Hayden, und Andre und Shanice tanzen ein letztes Mal, ehe sie sich der ungewissen Zukunft stellen.
48 Stunden nachdem Mildred Bell Agent Greene telekinetisch aus einem Hotelfenster geschleudert hat, sind die Kräfte der 4400 öffentlich, und die Stimmung kippt gegen sie. Da eine gesetzliche Handhabe zur Festnahme fehlt, löst Agentin Jessica Tanner die Vormundschaften aus: Die Betroffenen werden medizinisch untersucht und überwacht. Jharrel hält die Enthüllung für Tanners Plan und wird von ihr gefeuert.
Andre bittet Soraya, die am Bau von LaDonnas Rechner beteiligt war, um Hilfe beim Zugriff auf die Ypsi-Med-Dateien. Sie stoßen auf angeordnete Blutproben, die im Blut der 4400 nach einer Substanz namens ZMT suchen. Im Park heilt Andre den gestürzten Wachmann Steve mit seiner Kraft – ein Passant meldet es der neuen Hotline, wodurch Steve selbst ins Visier gerät und sich wütend von Andre abwendet.
Shanice will die Vormundschaften stoppen und schlägt vor, das Hotel zu einem echten religiösen Zufluchtsort zu erklären. Der Reverend Isaiah zweifelt jedoch an sich, seit er entdeckt hat, dass er anderen ihre Kräfte nehmen kann. Shanice sieht darin ein Geschenk und bittet ihn, ihr die als Bürde empfundene Fähigkeit zu nehmen – er willigt ein und löscht ihre Kraft.
Trotz Tanners Spott reichen sie den Antrag auf Flüchtlingsstatus ein – und haben Erfolg: Die Behörden ziehen aus dem Hotel ab. Doch der vermeintliche Sieg ist eine Falle; man setzt darauf, dass sich die 4400 in falscher Sicherheit wiegen und die aufgehetzte Öffentlichkeit sie von selbst zur Strecke bringt. Zugleich verrät Soraya die Gruppe und übergibt Tanner die gestohlenen Ypsi-Med-Dateien.
Keisha erkennt, dass Jharrel recht hatte, und kündigt ihren Dienst bei Tanner. Jharrel entschlüsselt Mannys Uhren-Chiffre bis zu einem Exemplar von A Wrinkle in Time, wird aber wegen Diebstahls von Regierungseigentum verhaftet – jemand hat ihn hereingelegt. Im Krankenhaus eröffnet Tanner dem verletzten Greene, dass ihnen der gewährte Zufluchtsstatus nun die Handhabe für Verhaftungen liefert.
Im Bois Blanc liegen die Nerven blank, und die Regierung versetzt den 4400 einen weiteren Schlag: Der Strom im Hotel wird gezielt gekappt. Jharrel wird derweil in einem Haftzentrum von Agentin Jessica Tanner verhört, die ihm den Diebstahl von Akten vorwirft – angeblich im Auftrag seines verschwundenen Bruders Manny. Jharrel beteuert seine Unwissenheit und erkennt, dass die Behörde Manny gar nicht in Gewahrsam hat.
Rückblenden zeigen die angespannte Beziehung der Brüder: Manny stand unter Hausarrest, hatte sich das Tattoo mit dem Namen des verhassten Vaters überstechen lassen und arbeitete an einem geheimen Projekt über den Goldenen Schnitt und den „Raum zwischen den Räumen“. Kurz bevor er verschwand, blitzte vor seinem Fenster ein grünes Licht auf – er wurde zu einem der 4400.
Die Doppelagentin Soraya schmuggelt Jharrel heimlich ein Exemplar von „Eine Falte in der Zeit“ zu, in dem die Wörter „white“ und „would“ eingekreist sind. Schließlich lässt Tanner ihn gehen. Jharrel entschlüsselt den Code: „white wood“ ergibt auf Französisch „Bois Blanc“, und ein zusätzlicher Zeiger auf der Uhr des Buchcovers verweist auf die Zimmernummer 437. Dort findet er Manny wieder – der nun die Fähigkeit hat, sich unsichtbar zu machen.
Claudette nimmt die flüchtige Mildred während eines Sturms bei sich auf. Mildred gesteht, dass der „Rev“ ihr die Kräfte genommen hat; ein Haarschnitt löst bei ihr Panik aus, doch Claudette beruhigt sie, stellt eigenes Tränengas her und hängt ein Plakat mit Mildreds Gesicht und dem Motto „Embrace Your Power“ auf. Beim Stromausfall stecken Keisha und der Rev im Aufzug fest: Keisha hilft ihm durch eine Panikattacke, erfährt aber von seiner Ablehnung des eigenen schwulen Sohnes und lässt ihn ihre Enttäuschung spüren.
Shanice und Andre kommen sich näher; Mariah reagiert gelassen auf ihre Beziehung und gesteht ihrerseits ein Schwärmen für Mildred. Am Ende zeigt sich, dass eine mysteriöse Firma namens BHN den 4400 eine hohe Spende zukommen lässt – und das Bois Blanc kauft.
Während einer Hochzeitsfeier im Bois-Blanc-Hotel stürmt Logan herein: Reverend „Rev“ sei erstochen worden – doch als die anderen eintreffen, ist die Leiche verschwunden, nur das blutige Messer bleibt zurück. Mildred, deren telekinetische Kräfte gerade zurückgekehrt sind, sichert die Waffe. Etliche der 4400, allen voran Ji-Yeun und Hayden, verdächtigen Mildred wegen ihrer gewalttätigen Vergangenheit.
In Rückblenden wird Mildreds Kindheit gezeigt: Von der Mutter verlassen, wuchsen sie und ihre ältere Schwester Millicent in einer sektenartigen Kommune unter dem manipulativen Anführer Caleb auf – einer Gemeinschaft, aus der sie schließlich nicht mehr entkamen.
Die früheren Sicherheitsleute um Ken und Steve verwüsten Claudettes Bar und hinterlassen einen Umschlag mit einem lila Armband. Mildred erkennt, dass die Protestierenden der 44orum ihre Schwester in ihrer Gewalt haben. Gemeinsam mit LaDonna schleicht sie sich ins Protestlager, findet Millicent – wird aber überwältigt und gefesselt. Millicent ist keine Geisel, sondern selbst überzeugtes Mitglied der 44orum und will Mildred aus dem „Kult“ der 4400 „befreien“.
Shanice dringt in Logans Erinnerung ein und entdeckt hinter der Tatszene einen Blitz grünen Lichts – ein Hinweis, dass die Entführungslichter zurück sein könnten; sie und Andre beschließen, das zunächst geheim zu halten. Claudette stellt aus Mannys Anhängern eine Rettungstruppe zusammen und befreit Mildred und LaDonna. Jharrel und Keisha stellen den unsichtbaren Manny: Er gesteht, den Rev getötet zu haben, weil dieser Kräfte neutralisieren konnte und die 4400 für das Kommende stark bleiben müssten. Wohin die Leiche verschwand, weiß aber auch er nicht.
Manny warnt, ein Video der 44orum rufe zum Sturm auf das Hotel auf. Andre steigt verkleidet in einen Van, der ihm Antworten verspricht. Als der Mob das Bois Blanc angreift und ein Mülleimer durch die Glastür kracht, offenbart Manny Jharrel schließlich sein Geheimnis: Das grüne Licht habe ihn zunächst ins Jahr 2062 gebracht – aus der Zukunft sei er nach 2021 zurückgekehrt, um die Dinge in Ordnung zu bringen.