Der Auftakt der zweiten Staffel fängt die einstige Protostar-Crew im Vorbereitungsprogramm der Sternenflottenakademie ein: Rok-Tahk glänzt im Wissenschaftszweig und löst nebenbei das Tribble-Problem, Murf macht sich im Sicherheitsdienst einen Namen, Zero und Jankom Pog gewöhnen sich ans Akademieleben, während Dal den Unterricht eher als Schlaf-Veranstaltung empfindet. Eine Einladung von Admiral Janeway holt die Freunde zu einem besonderen Auslandssemester zusammen.
An Bord empfängt sie der EMH – der Doktor der alten Voyager – der die Jugendlichen einweist und den Stand der Dinge auffrischt. Prunkstück der Folge ist die neue USS Voyager-A (NCC-74656-A), ein Wissenschaftsschiff der Lamarr-Klasse unter Janeways Kommando, das bei der Ankunft im Raumdock ausgiebig vorgestellt wird – inklusive des Versprechens der Cetacean Ops, in denen die besten Navigatoren des Schiffs arbeiten.
In einem Gespräch erklärt Dal der noch nach Solum reisenden Gwyn, warum ihr Eingreifen in den Bürgerkrieg die Geschichte nicht einfach umschreiben wird. Kurz darauf stößt die neugierige Crew in einem unmarkierten Shuttlehangar auf ein getarntes Schiff: die Infinity, einen experimentellen Föderations-Kurier mit temporalem Schildemitter und einer Tarnvorrichtung, die eigentlich gegen den Vertrag von Algeron verstößt.
Janeways geheimer Plan
Aus dem Verborgenen belauschen die Jugendlichen – von Murf an der Decke festgehalten – Janeways Besprechung. Ihr Ziel: Chakotay retten, der im Exil rund 52 Jahre in der Zukunft festsitzt. Ein Wurmloch verbindet Gegenwart und Zukunft an einem festen Punkt, wobei beide Zeitebenen synchron laufen – eine vergehende Stunde hier bedeutet eine vergehende Stunde dort. Deshalb muss die Crew exakt 41 Stunden warten, damit das Paradoxon rund um die einst zurückgeschickte Protostar bestehen bleibt.
Aufzeichnungen enthüllen zudem Chakotays Schicksal: Nach dem Flug durch ein instabiles Wurmloch geriet er in die Gefangenschaft der Vau N’Akat, die die Protostar über Monate zu einer Waffe gegen die Föderation umbauten. Der erste Teil endet damit, dass die junge Crew um das gefährliche Vorhaben weiß – und die Weichen für ihr eigenes Abenteuer gestellt sind.