Ashlocke ist es gelungen, die wertvolle Urne einer Herrscherin aus alten Zeiten zu stehlen, von der er sich ewiges Leben erhofft. Doch um Unsterblichkeit zu erlangen, braucht er auch zwei Kristalle, die auf geheimnisvollen Zauberformeln zu finden sind. Ashlocke konnte bisher jedoch nur die eine finden. Um endlich die zweite zu finden, erweckt er die seit Jahrhunderten tote Herrscherin wieder zum Leben. Als Adam und seine Leute davon erfahren, setzen sie alles daran, Ashlocke aufzuhalten.
Jesse wurde bei einem Einsatz kurzfristig einem Nervengas ausgesetzt, das seine Molekularstruktur schwer geschädigt hat. Adam kann ihn zwar halbwegs stabilisieren, aber jeder Einsatz seiner besonderen Fähigkeiten könnte Jesse so schwächen, dass er sich buchstäblich in Luft auflöst. Daher will das Team auf Jesse verzichten, als es versucht, Colonel Gaumont zu stoppen, der einen Rachefeldzug gegen die Regierung plant und ein Atomkraftwerk in die Luft sprengen will. Allerdings könnte das Team Jesses Fähigkeiten gut brauchen.
Durch ein Zeitportal will Ashlocke zurück ins Jahr 1978 reisen. Denn das Heilmittel gegen seine lebensbedrohliche Krankheit muss bereits in frühester Kindheit verabreicht werden. Shalimar und Brennan folgen ihm in die Vergangenheit. Doch die beiden können nicht verhindern, dass Ashlocke seine Eltern und den jungen Adam tötet. Das hat schreckliche Folgen für das Mutant-X-Team in der Gegenwart.
Shalimar und Brennan untersuchen eine Mordserie, für die offenbar ein außer Kontrolle geratener Mutant verantwortlich ist. Bei einem Kampf mit dem Wesen wird Shalimar verwundet. Jesse und Emma entdecken ein weiteres Opfer der Kreatur, das bald darauf selbst zu einem schrecklichen Wesen mutiert. Die Nachforschungen führen das Mutant-X-Team zu einem Mutanten, der von „Genom X“ mit einem gefährlichen Virus infiziert wurde.
Brennan und Shalimar werden von Ashlocke in eine Falle gelockt. Es gelingt ihm dabei, Shalimar unter seine Kontrolle zu bringen. Dadurch kann er sogar in das Sicherheitssystem der Mutant-X-Zentrale eindringen. Er droht Mutant X völlig zu vernichten, wenn Adam nicht bald ein Heilmittel gegen seine Krankheit findet.
Ein Flugzeug, mit einer von Adam entwickelten Waffe an Bord, stürzt in Kasachstan ab. Das Mutant-X-Team muss die Waffe so schnell wie möglich bergen, bevor sie in falsche Hände gerät. Denn sowohl skrupellose US-Militärs, als auch kasachische Rebellen haben es auf die Waffe abgesehen.
Als Brennan gerade auf dem Weg in die Mutant-X-Zentrale ist, trifft ihn ein Blitz und schleudert ihn in eine parallele Dimension. Er erwacht in einer unsichtbaren Stadt, die ihre Bewohner mit Hilfe eines Energiefeldes gefangen hält. Leider funktionieren Brennans Fähigkeiten hier nicht. So muss er sich auf seine Teamkollegen verlassen und hoffen, dass sie ihn bald finden.
Das Mutant-X-Team untersucht den mysteriösen Tod dreier Mutanten. Während das Team noch den Tatort untersucht, kehren die Killer zurück. Die Fähigkeiten der Muntant-X-Leute scheinen auf diese nicht die geringste Auswirkung zu haben. So gerät schließlich Shalimar in die Gewalt der Killer.
Adam wird Zeuge des Mordes an einem früheren Genom-X-Wissenschaftler. Kurz darauf nimmt der Killer einen weiteren ehemaligen Forscher ins Visier. Doch das Mutant-X-Team kann ihn rechtzeitig daran hindern. Dabei entdecken sie, dass der Killer ein Körperwechsler-Mutant ist, der einst an einem geheimen Forschungsprojekt von Genom X beteiligt war. Nun will er an den verantwortlichen Wissenschaftlern Rache üben.
Shalimar und Brennan spüren eine Biker-Bande auf, die einen Teilchenverzögerer gestohlen hat. Als Nikki, eine ehemalige Freundin der beiden, unerwartet am Ort des Geschehens auftaucht, wird Shalimar angeschossen. Nikki war einst Kandidatin für das Mutant-X-Team, doch Adam entschied sich schließlich gegen sie. Shalimar begegnet Nikki mit unverhohlenem Misstrauen. Nicht ohne Grund, wie sich bald herausstellt.
Brennan trifft seine Exfreundin Becky wieder. Die ist im Besitz von brisanten Informationen über den Abgeordneten Foster und bittet ihn um Hilfe. Foster schreckt indessen vor nichts zurück, um die Unterlagen wiederzuerhalten und kidnappt den kleinen Sohn der beiden. Nun muss das gesamte Mutant-X-Team eingreifen und Brennan zur Seite stehen.
Das Mutant-X-Team jagt eine Bande von Öko-Terroristen, die Chemie-Fabriken in die Luft sprengen. Tyler, ein Mutant mit besonderen Wahrnehmungskräften, führt die Terroristen an. Emma gelingt es, eine geistige Verbindung zu ihm aufzubauen und ihn zu beeinflussen. Als Tyler daraufhin bei der Bande aussteigen will, zwingen ihn seine Komplizen, ein gefährliches Bakterium freizusetzen.
Adam muss seiner Exfreundin Christina helfen, die früher für „Genom X“ arbeitete. Sie leitete damals eine geheime Abteilung, die Mutanten zu skrupellosen Killern ausbildete. Einer ihrer Schüler war Maddox, ein gefährlicher, psychisch kranker Mutant. Ihm gelingt es, aus der Sicherheitsverwahrung, in die ihn Christina gebracht hat, zu entkommen. Nun will er sich an der Wissenschaftlerin rächen.
Ein Freund Brennans bricht aus dem Gefängnis aus und läuft Amok. Um herauszufinden, was ihn so verändert hat, schleichen sich Brennan und Jesse undercover in das Gefängnis ein. Sie finden heraus, dass einer der Aufseher den Häftlingen ein Serum spritzt, um ihre Aggressivität für illegale Boxkämpfe zu steigern. Und Brennen soll der nächste Anwärter für den Ring sein.
Blue Bolt, eine Eliteeinheit von Auftragskillern, ist hinter Adam her. Er will Shalimar in der Truppe einschleusen, um die Hintergründe des Auftrags zu erfahren. Doch dazu muss Shalimar erst einen Mord begehen, um ihre Loyalität gegenüber den Killern zu beweisen. Und es kommt noch dicker: Shalimars erster Auftrag lautet, Adam zu eliminieren.
Das Mutant-X-Team soll den Kronzeugen Vic, der im Prozess gegen den Mutanten Sam Raymond aussagen soll, beschützen. Als Vics Freundin von Raymonds Leuten entführt wird, will Vic sich Raymond auszuliefern. Doch das Mutant-X-Team hat einen anderen Plan: Adam und seine Leute wollen den Zeugen klonen.
Bei einem Treffen mit einem wichtigen Informanten wird Adam vor Shalimars Augen entführt. Er findet sich vor einem Tribunal wieder, das ihn anklagt, eine Rasse von Super-Mutanten geschaffen zu haben, die die Weltherrschaft an sich reißen will. Während Adam zum Tode verurteilt wird, startet das Mutant-X-Team eine Rettungsmission.
Das Mutant-X-Team jagt einen pyromanischen Mutanten und stößt auf sein letztes Opfer, den Feuerwehrmann Ray Larkin. Bevor er stirbt kann Emma noch ihre Gedanken mit seinen verschmelzen. Danach benimmt sie sich äußerst eigenartig.
Shalimar und Brennan gelingt es nicht die Entführung einer Senatorentochter zu verhindern. Adam stellt fest, dass Brennans Kräfte versagt haben, da sie unkontrolliert mutieren. Unterdessen findet der Rest des Mutant-X-Teams eine heiße Spur: Fletcher, der Sicherheitschef der Senatorin, scheint in die Entführung verwickelt zu sein.
Ivanov, ein Mitarbeiter des russischen Gegenstücks zu „Genom X“, hat sich die Kontrolle über den Geist des genialen Physikers Rydell verschafft. Der ist seitdem völlig verwirrt. Emma versucht mit Hilfe ihrer telepathischen Kräfte die Ursache dafür zu finden. Währenddessen wird Shalimar von Ivanov gefangen genommen. Mit ihrer Hilfe hofft er, Informationen über „Mutant X“ zu bekommen.
Ein Archäologenteam unter der Leitung von Dr. Luise Koby entdeckt ein menschenähnliches Wesen im Eis. Adam, der mit ihr befreundet ist, begibt sich mit dem Mutant-X-Team auf Korbys Schiff, um ihr bei den Untersuchungen zu helfen. Während der Fahrt erwacht die gefährliche Kreatur wieder zum Leben.
Bei einem Treffen mit einem Informanten wird das Mutant-X-Team von Mutanten angegriffen, die über unglaubliche Kräfte verfügen. Adam vermutet, dass dabei eine neue Art genetischer Forschung im Spiel ist. Eine Spur führt das Team zur Firma von Shalimars Vater Nicolas, der mit Eckhart zusammenarbeitet. Jesse und Shalimar entdecken dort ein geheimes Labor, in dem Eckhart maßgeschneiderte Mutanten herstellt.
