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Ein Rückblick führt 18 Monate zurück: Nach dem Fund von El Dorado und der abenteuerlichen Rückkehr aus Südamerika kehren die Pogues mit rund neun Kilogramm Gold heim, das ihnen etwa 1,2 Millionen Dollar einbringt. Statt die Summe aufzuteilen, legen sie das Geld auf ein gemeinsames Konto und beschließen, JJs altes Grundstück von der Bank freizukaufen und daraus ein gemeinsames Zuhause zu machen.
Weil JJ bei der Versteigerung emotional wird, zahlt die Gruppe rund ein Drittel über Wert. Auf dem Anwesen richten sie einen Köder- und Angelladen samt Steg und ein Charterunternehmen ein und legen ihren letzten Goldklumpen im Wert von etwa 20.000 Dollar für die anstehende Grundsteuer beiseite. Pope eröffnet den Freunden jedoch, dass in sieben Tagen 13.000 Dollar fällig sind und kaum Rücklagen vorhanden sind.
JJ trifft eine leichtsinnige Entscheidung und setzt den letzten Goldklumpen auf sich selbst bei einem Dirtbike-Rennen namens The Enduro. Im Rennen liegen JJ und Rafe Kopf an Kopf, scheiden aber kurz vor der Ziellinie aus; Topper gewinnt. JJ verliert den Einsatz, und damit ist auch das Geld für die Steuer verloren.
Gerade als die Lage aussichtslos wirkt, ernten die Pogues Anerkennung für ihre Entdeckung: Archäologen haben die Höhle vermessen und die auf dem Sentinel verzeichnete Goldstadt bestätigt, und die Freunde werden öffentlich als Helden gefeiert. Das bringt ihnen eine Einladung auf das alte Anwesen von Wes Genrette ein, wo ihnen Chandler Groff die Geschichte von Captain Blackbeard erzählt. In Geldnot beschließt die Gruppe, sich auf die Suche nach Blackbeards Schatz zu machen.
Chandler Groff führt die Pogues in seine verfallene Villa und verriegelt die Tür. Dort erzählt ihnen Wes Genrette eine bizarre Geschichte über den Piraten Edward „Blackbeard“ Teach und dessen Frau Elizabeth: Ein Geist habe ihn heimgesucht, ein 300 Jahre alter Fluch töte seit Generationen seine Familie. Um ihn zu brechen, müsse die Gruppe ein Amulett von Blackbeards letztem Schiff, der Adventure, bergen, das vor Goat Island liegt. Wes bietet ihnen dafür 50.000 Dollar, 5.000 davon sofort.
Parallel verrät ein Piratenmuseum dem skrupellosen Lightner den genauen Ort von Blackbeards Schatz und baut ihn als Gegenspieler der Staffel auf. Rafe, der weiter mit dem Tod seines Vaters ringt, wird derweil von der ehrgeizigen Immobilienentwicklerin Hollis Robinson angesprochen, die ihn als Partner für die Bebauung von Goat Island gewinnen will.
Weil die Umwidmung ihres Grundstücks die Pogues zu vertreiben droht, brauchen sie dringend mehr Geld als die angebotene Anzahlung. Sie überreden das Küstenwache-Reservemitglied Boogie, ihnen im Tausch gegen JJs Motorrad die Position des gesunkenen Schiffs zu nennen. Am Strand von Goat Island wird eine Leiche mit einem seltsamen Dreieck-und-Dreizack-Zeichen am Handgelenk gefunden.
JJ und Kiara tauchen zum Wrack, doch dichter Nebel zieht auf und eine rivalisierende Gruppe taucht ebenfalls nach dem Amulett. Unter Wasser greift Lightner die beiden an; sie können ihn mit einer Harpune verletzen und entkommen. Kiaras Sauerstoff ist beschädigt, mit Mühe erreichen sie die Oberfläche – mit dem Amulett. Wegen der Taucherkrankheit müssen beide in einer Druckkammer behandelt werden.
Als die Gruppe das Amulett zu Wes zurückbringen will, ist dieser überraschend gestorben; nur Chandler lebt noch, und statt Wes treffen sie auf Sheriff Shoupe. Die Polizei vermutet ein Verbrechen und betrachtet die Pogues nun als Verdächtige.
Sheriff Shoupe verhört die Pogues einzeln zu Wes Genrettes Tod – ausgerechnet am verunreinigten Tatort. Die Gruppe bleibt ruhig, gibt Wes' Glauben an den Fluch zu, verschweigt aber das Amulett. Chandler Groff, sichtlich erschüttert, besteht auf dem Deal und fordert das Amulett, doch die Pogues misstrauen ihm und rücken es nicht heraus.
Die Freunde reinigen das Amulett mit Salpetersäure und entdecken im Inneren eine arabische Inschrift. Sarah und John B suchen einen alten Freund von John Bs Vater in einem islamischen Zentrum auf, der die Schrift als kufisch identifiziert – ein Rätsel von Blackbeard an Elizabeth. Als John B sich als direkter Nachfahre Blackbeards zu erkennen gibt, gerät der Mann in Aufruhr, nennt das Amulett verflucht und wirft die beiden hinaus.
Der bei der Bergung verletzte Lightner erholt sich im Krankenhaus und erkennt durch eine Krankenschwester, dass JJ und Kiara die nächtlichen Taucher waren. JJ und Kiara brechen aus der Druckkammer aus und stehlen Lightners Patientenakte, die sie zu einer Adresse in Downtown Pelican führt. Zugleich ergibt die Obduktion, dass Wes erwürgt wurde – dieselben Handabdrücke wie an der Leiche vom Strand. Es ist ein Mörder unterwegs.
In Downtown Pelican geben sich JJ und Kiara als Pärchen aus, lassen sich aber ablenken, sodass Lightner sie fast stellt. Pope belauscht ein Gespräch zwischen Lightner und einer „Captain“ genannten Frau über die „Blaue Krone“; Lightner weiß bereits vom Amulett und vom Boot der Pogues. Die Gruppe entkommt gerade noch.
Sarah recherchiert Elizabeths Verbindung nach Marokko und erfährt, dass die Blaue Krone ein rund 3.000 Jahre altes Artefakt ist, das einst Größen wie Julius Cäsar und Alexander der Große trugen; Blackbeard soll es gejagt haben, und das Amulett könnte der Schlüssel zu seinem Versteck sein. Unterdessen lässt sich die von Rafe gekränkte Sofia für 25.000 Dollar auf Hollis' Angebot ein, um Rafe zum Immobiliendeal zu bewegen. Am Dock wird Cleo von Lightner entführt und steht plötzlich Captain Terrance gegenüber.
Terrance und Lightner halten Cleo gefangen und täuschen der Gruppe mit ihrem Handy vor, sie sei auf „Pogue-Patrouille“. Sie wollen von ihr den Verbleib des Amuletts erfahren, doch Cleo schweigt. Erst als Lightner die Beherrschung verliert und sie würgt, greift der doppelt spielende Terrance ein und rettet sie; daraufhin verrät Cleo, dass die anderen das Amulett haben.
Am Strand tauchen Topper und seine Kook-Freunde auf und provozieren beim Surfen die Pogues, angeblich um den Streit zu begraben. Die Lage eskaliert, als die Kooks über frisch geschlüpfte Meeresschildkröten fahren und Ruthie eines der Tiere tötet. Kiara stellt Ruthie zur Rede, JJ bedroht Topper – und wird dabei gefilmt.
Während Sofia weiter versucht, Rafe für Hollis' Immobilienpläne zu gewinnen, gräbt Pope tiefer in das Rätsel des Amuletts. Er spricht mit Professor Sunn und besucht ein Blackbeard-Museum, wo er den Hinweis „Half-Moon“ findet und ihn mit der Half-Moon Battery in Charleston verknüpft.
Auf der Wache befragt Shoupe Chandler Groff, der sein Handy herausgibt, Wes' Fluch-Glauben erwähnt und die Jugendlichen belastet, indem er sagt, sie seien in Tatortnähe gewesen. Zugleich ruft Cleo Pope an und fleht ihn an, das Amulett zu bringen, um ihr Leben zu retten.
Pope erreicht Cleo gerade rechtzeitig, doch der ungeduldige Lightner erschießt Terrance, nimmt das Amulett an sich und flieht. Zurück im Haus versteckt die Gruppe Terrances Leiche – Pope hat buchstäblich Blut an den Händen –, als Shoupe erscheint, um mit JJ über den Strandvorfall zu sprechen. Pope eröffnet den Freunden, dass die Half-Moon Battery in Charleston liegt, wohin sie als Nächstes aufbrechen.
John B beschließt, Terrances Leiche verschwinden zu lassen. Während JJ Sheriff Shoupe draußen ablenkt, versteckt die Gruppe den Toten hinter dem Sofa. Shoupe hat das Video von JJs Drohung gegen Topper gesehen, erhebt aber keine Anklage, sondern bittet ihn um Hilfe: Er zeigt JJ Tatortfotos samt dem seltsamen Zeichen und fragt, wo die Freunde am Samstag waren. JJ lügt und behauptet, sie seien fischen gewesen.
Rafe unterschreibt den Vertrag mit Hollis, weist ihre Avancen aber zurück und behauptet, er tue es für sich und Sofia – ohne zu ahnen, dass Sofia längst hinter seinem Rücken mit Hollis paktiert. Die Pogues setzen unterdessen die Schatzsuche fort und brechen nach Charleston auf. Terrances Leiche transportieren sie als Austernsäcke getarnt an der Polizei vorbei und versenken sie schließlich im Meer.
Im Bunkhaus erhält JJ einen rätselhaften Brief von Wes, überbracht von einem Mann aus Goat Island. Er hinterlässt seinen Freunden nur eine Notiz und sucht seinen Vater Luke auf, um den Brief zu entschlüsseln, in dem von einem „Albatross“ die Rede ist.
In Charleston folgen John B, Sarah, Pope und Cleo den Spuren Blackbeards zu einer Kirche mit einem „Nordstern“-Kirchenfenster und einer Krypta unter dem Altar. Sarah und Pope steigen hinab, werden aber in einer verborgenen Kammer eingeschlossen, die sich langsam mit Wasser füllt. Lightner und seine Anführerin, die Captain, gelangen mit dem Amulett über ein Scheingrab in die Katakomben, bergen aus einem Sarg eine Schriftrolle – einen Schlüssel zu Blackbeards Schatz – und versperren den Ausgang, wodurch Pope und Sarah gefangen bleiben.
Draußen kämpft Cleo gegen Lightner, der sie würgt, bis die Captain aus Furcht vor der Polizei den Rückzug befiehlt; John B lässt die beiden ziehen, um weiteres Blutvergießen zu vermeiden. Auf dem Festland steigen JJ und Luke auf einen Leuchtturm, wo Luke ein doppeltes Geheimnis lüftet: Die „Albatross“ ist das Boot, auf dem JJs leibliche Mutter Larissa Genrette starb – und nicht Luke, sondern Chandler Groff ist JJs biologischer Vater, was JJ zum wahren Erben von Goat Island macht. Groff wiederum steckt mit Hollis unter einer Decke.
JJ ringt mit der Enthüllung seiner Herkunft: Luke erklärt ihm, dass er der Sohn von Larissa Genrette und dem wohlhabenden Chandler Groff ist, den Groff einst zur Aufzucht an Luke gab. Verstört und ohne Luke ausreden zu lassen, geht JJ nach Hause, erzählt Kiara die Geschichte, hält sie für einen weiteren Betrug und bittet sie, den anderen nichts zu sagen.
John B und Cleo befreien derweil Pope und Sarah aus dem gefluteten Steingrab. Zurück bei der Gruppe wird klar, dass sie gegen die Umwidmung juristischen Beistand brauchen. Sarah wendet sich an Rafe, der Hilfe verweigert, aber andeutet, dass Rose Erbschaftsgeld – und Wheezie – zurückhält; Sarah misstraut ihm und lehnt ab.
Während Groff und Hollis auf Goat Island ihre Pläne schmieden, stimmt der Stadtrat ohne Aussprache über die Umwidmung ab. John Bs Rede zur Verteidigung des Grundstücks bleibt wirkungslos – Luke hat JJ und dessen Freunde für seine Amnestie verraten.
Aus Frust entfacht JJ in der Stadt Chaos, das in Plünderungen umschlägt. Er schlägt einen Polizisten nieder und flieht; als seine Freunde ihn in die Enge treiben und zur Aufgabe bewegen wollen, weigert er sich – er werde nicht aufhören, gegen jene zu kämpfen, die ihm alles genommen haben. JJ läuft davon, und Pope schlägt einen Beamten nieder, der auf JJ zielte, und wird verhaftet.
JJ flüchtet zu Groffs Anwesen, um ihn zur Rede zu stellen. Dort besiegeln Groff und Rafe gerade einen Deal: Rafe unterschreibt – misstrauisch, aber ahnungslos, dass er getäuscht wird – die Dokumente, genau in dem Moment, als JJ eintrifft.
JJ fragt Groff nach Wes' Brief; Groff kritisiert Lukes Erziehung und erzählt, sein eigener Sohn sei ertrunken, die Leiche nie gefunden worden. Zunächst leugnet er, JJs Vater zu sein. Als Lightner und Dalia mit ihren Söldnern eintreffen, um Groff zu fassen, drückt er JJ eine Waffe in die Hand, und beide fliehen durch das Anwesen zum Dock – zur Albatross, dem Boot, auf dem Larissa angeblich ertrank. Mitten in der Flucht gesteht Groff, dass er JJs Vater ist, doch Lightner nimmt beide gefangen.
Bei Dalia erklärt Groff, die Söldner stammten aus Nordafrika und verdächtigten ihn des Verrats. Die Spukgeschichten und Verschwörungen habe er erfunden. Er entschuldigt sich bei JJ dafür, ihn nach Larissas Tod im Stich gelassen zu haben, und will nun das Familienerbe – die Blaue Krone – zurückholen und die zerbrochene Beziehung kitten.
Pope wird auf Bewährung gestellt und darf seine Freunde nicht sehen; er muss sich zwischen den Marines und einem Prozess entscheiden. Frustriert verbringt er die Zeit lieber mit Cleo. Kiara ahnt, wo JJ steckt, und entdeckt dabei Sarahs positiven Schwangerschaftstest; Sarah vertraut sich ihr an. John B stellt Topper zur Rede, der ihn als „dreckigen Plünderer“ verhöhnt.
Auf Goat Island patrouillieren Lightners Söldner mit Booten. Dalia enthüllt Groffs Vergangenheit: Sie half ihm einst aus einem Gefängnis in Tanger, woraufhin er das Logbuch des Captains stahl und einen Verfolger tötete – jene Leiche, die Shoupe in den Dünen fand. Prompt versucht Groff, JJ diesen Mord anzuhängen, kurz bevor Lightner die beiden töten will.
John B schleudert einen Molotowcocktail, der zunächst versehentlich das eigene Boot trifft; ein zweiter Wurf setzt das gegnerische Schiff in Brand. Im Chaos gelingt der Gruppe die Wiedervereinigung und die Flucht per Boot, unter dem Feuer der Wachen. Dabei erbeuten sie die Karte zur Blauen Krone.
Als die Pogues die neue Karte studieren, taucht Groff auf und erklärt sie: Die Mogador-Schriftrolle führe zur legendären Blauen Krone, doch die Söldner der Lupine Corsairs seien ebenfalls hinter dem Schatz her. Groff erzählt vom Piraten Murad und von Elizabeth Teach, Blackbeards Frau, die einen verborgenen Gewölbeschatz in der marokkanischen Wüste vermutete. Die Linse, mit der sich die Karte lesen lässt, liege in Larissa Genrettes Grab.
Während Popes Vater ihn drängt, zu den Marines zu gehen und Cleo wegzuschicken, entscheidet Pope sich im letzten Moment dagegen und bleibt bei Cleo. Sarah gesteht John B ihre Schwangerschaft und ihre Ängste; er sichert ihr zu, dass sie es gemeinsam durchstehen, während sie sich auf die Reise nach Marokko vorbereiten.
JJ und Groff holen die Linse aus Larissas Gruft, doch Groff sperrt JJ in der Gruft ein, ruft den Sheriff und nimmt die Linse an sich. Anschließend dringt er in Poguelandia ein, um die Karte zu stehlen; als Kiara ihn stellt, schlägt er sie bewusstlos und sperrt sie in einen Kühlschrank.
Groff sucht Hollis auf, um Rafes Geld an sich zu bringen. Als sie sich widersetzt, tötet er sie, nimmt das Geld und ihre Yachtschlüssel und schiebt JJ den Mord unter, indem er die Waffe im Wagen der Pogues versteckt. Derweil wollen Sarah und John B heiraten, doch das Gericht ist wegen der Aufruhrschäden geschlossen; die Kooks jagen die Pogues, bis Pope sie rettet.
Groff holt JJ schließlich ab, und auf hoher See kommt es zum Streit: JJ beschuldigt ihn, Larissa getötet zu haben, woraufhin Groff mit dem Schiff davonfährt und JJ allein auf See zurücklässt. Die Pogues retten ihn. Groff wiederum steuert das Schiff der Lupine Corsairs an und übergibt ihnen die Schriftrolle und die Linse.
Groff meldet Hollis als vermisst; die Polizei findet sie ermordet, und Groff schiebt die Tat JJ und den Pogues zu. Sheriff Shoupe aber durchschaut die Täuschung, ordnet Ermittlungen an und stößt auf Groffs Vorstrafen. Als die Pogues erfahren, dass JJ zur Fahndung ausgeschrieben ist, beschließen sie, nach Marokko zu reisen, um die Blaue Krone zu holen und Groff zu stoppen.
Ein erster Versuch, ein hochseetaugliches Schiff zu stehlen, scheitert in einem chaotischen Schusswechsel mit den Deputys, bei dem Mike Carrera eingreift und das Pogue-Boot leck geht. Rafe, der ihren Plan belauscht hat, tauscht sein Boot gegen ein Hochsee-Schiff, um sie abzufangen, und macht Sofia einen Heiratsantrag, den sie trotz ihrer Verstrickung mit Hollis annimmt.
Shoupe will JJ und Pope festnehmen, weiß aber insgeheim, dass Groff der wahre Täter ist. Rafe legt ihm einen Deal vor: Groff sei für mehrere Morde verantwortlich, auch für Hollis und die Leiche in den Dünen. Shoupe lässt die Pogues und Rafe daraufhin nach Marokko ziehen, um Groff zu fassen. Vor der Abreise schlägt JJ den misstrauisch beäugten Rafe nieder, und sie sperren ihn tagelang gefesselt in der Bordtoilette ein.
An Bord verrät John B seinem Freund, dass Sarah schwanger ist, und bittet ihn, Pate zu werden. Der angetrunkene JJ entgegnet, John B werde ein ebenso schlechter Vater sein wie ihre eigenen Väter – ein Satz, der ihre Freundschaft schwer belastet. In Marokko verbündet sich Groff erneut mit den Lupine Corsairs und verspricht, die Pogues in eine Falle zu locken.
Auf hoher See gerät das Schiff in einen gewaltigen Sturm. Eine riesige Welle wirft John B vom Ruder, das Boot verliert die Kontrolle; Kiara befreit den gefesselten Rafe, damit er nicht ertrinkt. Als eine Welle Sarah über Bord spült, springt JJ ihr hinterher – beide scheinen zu ertrinken. Die übrigen Pogues stranden an Marokkos Küste und fürchten das Schlimmste, bis JJ und Sarah einen Tag später lebend angespült werden; John B und JJ versöhnen sich mit einer Umarmung.
John B und Sarah verkünden der Gruppe endgültig ihre bevorstehende Elternschaft, nachdem JJ es versehentlich ausplaudert. Dann ziehen die Pogues durch die Wüste nach Essaouira, um Groff aufzuspüren und die Schriftrolle zurückzuholen, die zur legendären Blauen Krone führen soll. Auf dem Markt stehlen sie Äpfel gegen Sarahs Übelkeit und lösen eine Verfolgungsjagd aus; Cleo besorgt Verkleidungen, doch Rafe wird von der Gruppe getrennt.
John B und Sarah schleichen sich auf Groffs Boot, finden statt der Schriftrolle nur Fotos davon, sichern aber eine wichtige Linse und entkommen knapp einem Söldner. Sie erfahren, dass ihr Ziel Agapenta heißt. Rafe kauft mit dem gestohlenen Geld Vorräte und ein Telefon, spürt Groffs Hotel auf und rettet ihn vor den Lupine Corsairs – und flieht mit ihm und der Schriftrolle.
Als Groff Rafe von Sofias Verrat erzählt, übernimmt dessen Gier: Rafe stößt Groff in einen Brunnen. Die Pogues erreichen später denselben Brunnen und finden den flehenden Groff. JJ stellt ihm nur einen Krug Wasser hin und lässt seinen Vater kalt zurück, ohne ihn zu retten.
In Agapenta treffen die Pogues auf Dalia und ihre Söldner. Ein erbitterter Kampf entbrennt; Sarah lenkt die Söldner ab, damit Rafe entkommen kann, doch die Gruppe muss sich trennen. Während Pope und Cleo die Söldner aufhalten, versöhnen sich Rafe und Sarah: Sie erzählt ihm die Wahrheit über den Tod ihres Vaters.
John B, Sarah und Rafe entschlüsseln eine arabische Inschrift auf der Karte, die sie zu antiken Ruinen führt, während ein Sandsturm aufzieht. JJ erklimmt eine Statue und birgt die Blaue Krone, doch Dalia lauert im Hinterhalt. Pope erschießt Lightner, und im Chaos wird die Gruppe auseinandergerissen.
Ein schwer verletzter Groff hat sich aus dem Brunnen befreit und nimmt Kiara als Geisel. JJ übergibt ihm die Blaue Krone im Tausch gegen Kiara, doch Groff ersticht JJ aus Rache dafür, dass dieser ihn zurückließ. JJ gesteht Kiara sterbend seine Liebe, während sie ihn in den Armen hält. Die Pogues betten JJ in Agapenta zur Ruhe und erfahren, dass Groff mit der Krone nach Lissabon fliehen will – Kiara schwört Rache und stellt damit die Weichen für die finale Staffel.