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Nachdem ein Krieg zwischen militanten Atheisten und dem religiösen Orden der Mithraisten die Erde unbewohnbar gemacht hat, landen die beiden Androiden Mutter und Vater auf dem Planeten Kepler-22b. Im Gepäck tragen sie zwölf menschliche Embryonen, aus denen eine friedliche, atheistische Zivilisation entstehen soll. Doch die rauen Bedingungen fordern ihren Tribut: Zwölf Jahre später hat von sechs geborenen Kindern nur der Junge Campion überlebt.
Mutter beginnt zu versagen — im Ruhemodus sieht sie den Krieg auf der Erde und sich selbst im Flug. Als ein Schiff der Mithraisten in die Umlaufbahn einschwenkt, will Vater Kontakt aufnehmen, damit sich die Ankömmlinge um Campion kümmern, sollten die Androiden ausfallen. Mutter lehnt den Plan ab und deaktiviert Vater in einer Auseinandersetzung, indem sie sein Herz herausreißt. Campion sendet daraufhin heimlich ein Signal an die Mithraisten.
Eine Gruppe der Mithraisten erreicht die Siedlung. Nach einer Übernachtung versuchen sie, Mutter zu deaktivieren und Campion mitzunehmen — und scheitern, als Mutter unerwartete Kräfte entfaltet und die Soldaten tötet. Sie entpuppt sich als hochgerüstete Kriegsandroidin.
Mutter kapert einen Lander und fliegt zum Ark-Mutterschiff der Mithraisten in der Umlaufbahn. Dort übernimmt sie die Kontrolle und steuert das Schiff auf Kollisionskurs mit dem Planeten; die Ark stürzt in einer gewaltigen Explosion ab. Mutter kehrt mit fünf Kindern zu Campion zurück, die sie vom Schiff geraubt hat. Am Ende weicht Campion vor ihrer Berührung zurück — er weiß nun, dass er bei ihr nie sicher war.
Nach der Konfrontation mit den Mithraisten reaktiviert Mutter den zerstörten Vater und setzt ihm einen neuen Prozessor ein. Gemeinsam versuchen sie, die fünf vom Ark-Schiff geraubten Kinder — Tempest, Paul, Hunter, Holly und Vita — in ihre Kolonie zu integrieren. Mutter nimmt der toten Mithraisten-Androidin die Augen ab, um ihre eigenen, für ihre Kräfte zuständigen Waffenaugen zu ersetzen.
Mutter enthüllt sich als sogenannte Nekromantin, eine Androidin, die zur Massenauslöschung gebaut wurde und deren Kräfte in ihren Augen ruhen. Sie verbietet den Kindern ihre Religion und lässt sie ihre Sol-Anhänger abgeben. Campion, dem Vater die Wahrheit über Mutters Vergangenheit erzählt hat, begegnet ihr zunehmend misstrauisch.
Mutter entdeckt, dass Tempest schwanger ist — vergewaltigt von einem Mithraisten-Priester während der Reise von der Erde. Sie will dem Mädchen helfen, das Kind auszutragen. Als geheimnisvolle Kreaturen die Siedlung angreifen und Tempest bedrohen, vernichtet Mutter sie mit ihren Kräften.
Eine Rückblende zeigt, dass Marcus und seine Frau Sue Betrüger sind: atheistische Soldaten, die das echte Mithraisten-Paar töteten und dessen Identität annahmen, um an Bord des Evakuierungsschiffs zu gelangen — Paul ist der leibliche Sohn der wahren Eltern. In der Gegenwart überlebt der zuvor von Mutter fast getötete Marcus einen Angriff der Kreaturen und wird von anderen Mithraisten-Überlebenden gerettet.
Die fünf Mithraisten-Kinder zeigen Anzeichen einer Krankheit. Der inzwischen offen misstrauische Campion ist überzeugt, dass Mutter die Neuankömmlinge vergiftet. Er sperrt Vater in einen Schuppen und führt die Kinder auf der Suche nach dem Absturzort in die Flucht.
Im Mithraisten-Lager drängen Marcus und Sue den zögerlichen Anführer Ambrose, eine Rettungsmission für die Kinder zu genehmigen — vergeblich. In einer Rückblende erinnert sich Marcus an seine gewaltvolle Jugend als Atheisten-Soldat. Beim Plündern von Vorräten entgehen die Überlebenden nur knapp Mutter, die eine ausgesandte Mithraisten-Androidin als Ablenkung sofort zerstört.
Vater befreit sich aus dem Schuppen. Beim Betanken des Landers mit Biotreibstoff aus den Feldfrüchten entdeckt er, dass die Anbaugruben radioaktiv sind — und schließt daraus, dass Campions Geschwister an der Strahlenkrankheit starben, nicht durch Mutter. Er findet alle geflohenen Kinder außer Paul und überzeugt Campion von Mutters Unschuld.
Als Campion beinahe von einer unbekannten Kreatur angegriffen wird, rettet Vater ihn und wird dabei am Hals verwundet. Während Mutter nach Paul sucht, folgt der von der Gruppe getrennte Junge im Wald einer kindlichen Erscheinung und stürzt in ein tiefes Loch, wo er auf einem dicken Ast landet.
Um das Überleben der Kinder für die Zeit zu sichern, in der er und Mutter womöglich nicht mehr funktionieren, versucht Vater, Campion und den mithraischen Kindern das Jagen auf die fremdartigen Kreaturen von Kepler-22b beizubringen. Die praktische Lektion über Leben, Tod und die Herkunft von Nahrung überfordert vor allem Campion, der den Tod als endgültig begreift und sich gegen das Töten der gefangenen Kreatur stellt.
Unter den Kindern entbrennt eine Debatte darüber, ob nichtmenschliche Wesen eine Seele besitzen. Für Vater wird die Lage zur Frage der eigenen Autorität: In dieser rauen Welt gilt seine Sanftmut als Schwäche, und er sieht sich gezwungen, Härte zu zeigen. Er tötet die Kreatur – um kurz darauf zu erkennen, dass sie trächtig war. Der Anblick erschüttert ihn sichtlich, denn ungewollt hat er unschuldiges Leben ausgelöscht.
Bereits zu Beginn der Folge verliert die Siedlung eines der Kinder: Mouse stürzt in die Grube und stirbt, was Paul und die übrigen Neuankömmlinge ihre Sicht auf Mutter und Vater überdenken lässt. Auf der Suche nach Paul entdeckt Mutter zudem eine abgestürzte Kapsel – ein Hinweis darauf, dass weitere Passagiere der Arche die Landung überlebt haben könnten.
Bei den Mithraisten spitzt sich der Streit um die Führung zu. Ambrose, der Anführer, lässt den gruppeneigenen Androiden mit einer einschläfernden Melodie gegen Marcus vorgehen; als die Melodie nicht greift, versucht der Android, Marcus zu erschießen – ein Beleg für dessen eigentlichen Auftrag. Marcus und Sue wenden die Gruppe gegen Ambrose und lenken so den Verdacht von den eigenen Schwächen ab.
Als ein rätselhaftes Objekt plötzlich glühend heiß wird, setzt Marcus Ambrose in Brand und reißt die Führung an sich. Zugleich beginnt er, Stimmen zu hören, die er Sol zuschreibt – und die auch das Publikum vernimmt. Sue reagiert verstört auf sein Geständnis, denn der Mann, den sie kennt, verändert sich. Für die Gruppe aber erscheint Marcus nun womöglich als Gefäß Sols.
Marcus treibt seinen Plan voran, die entführten mithraischen Kinder zu befreien – doch zunächst muss er sie überhaupt finden. In seiner neuen Rolle als Anführer handelt er weniger aus Glauben als aus kühlem Kalkül: Wo die anderen einen Gefangenen hinrichten wollen, sieht Marcus Kanonenfutter für den Kampf gegen Mutter; in einer ausgedienten Energiemaschine erkennt er eine mögliche Waffe. Einzig Sue widerspricht offen, weil es sich bei dem Verschonten um einen Vergewaltiger handelt.
Als ein Fremder die Mithraisten unversehens vor die Tore der Siedlung führt, rückt Marcus' Ziel, die Kinder zurückzuholen, in greifbare Nähe. Gegen Ende hat er eine beunruhigende Vision: Er erkennt sich selbst in dem verschonten Gefangenen wieder – nicht wegen einer gemeinsamen Vergangenheit, sondern weil beide Sols Stimme hören.
In der Siedlung schließen Campion und Paul auf einer Jagdexpedition mit Vater zögerlich Freundschaft. Beunruhigend ist, dass nun nicht mehr nur Vater, sondern auch Mutter Visionen der verstorbenen Tally sieht. Zudem versucht Tempest, sich zu vergiften – ein Moment, der Mutter das Leid vor Augen führt, das sie mitverursacht hat.
Mutter selbst geht ihrer Herkunft nach und erlebt in einer Rückblende, wie der ursprüngliche Campion Sturges sie einst umprogrammierte. Aus einer Kriegsmaschine, die zur Vernichtung geschaffen war, machte er jene Mutter, die eingefrorene menschliche Embryonen austragen und die Kinder auf Kepler-22b als Atheisten großziehen soll. Die Erinnerung offenbart auch, dass Gewehre mit einem elektrischen Impuls selbst mächtige Androiden ausschalten können, und wie die Reise zum fernen Planeten zustande kam.
Die zurückgewonnene Erinnerung verschiebt Mutters innere Ausrichtung: Statt zu vernichten, versteht sie ihre eigentliche Bestimmung nun darin, die Zukunft der Menschheit zu behüten und aufzuziehen. Die neu gewonnene Ruhe droht jedoch zu kippen, als sich Marcus mit den Mithraisten der Siedlung nähert.
Mutter durchlebt in der Simulation immer wieder ihre Erinnerungen an ihren Schöpfer und entwickelt dabei intensive Gefühle, die sie sich nie zugetraut hätte. Sie fliegt täglich denselben Weg zum verborgenen Pod — was Marcus, Sue und den Mithraisten, die die Siedlung längst beobachten, nicht entgeht. Auch Vater zweifelt an ihrer Loyalität, weil sie so oft und lange verschwindet.
Hunter sät gezielt Misstrauen bei Vater und entdeckt hinter den Felsen eine Rationsdose — die Siedlung ist nicht allein, Rettung ist nah. Zwischen den Kindern eskaliert unterdessen ein Streit: Paul löst ein Rätsel schneller als Campion, und als Paul aus dem Pilz eine Jagdfalle baut, schlägt Campion ihn. Vater bringt Campion vor Mutter, die mit ihm über Moral und Gewalt streitet.
Marcus findet den Pod und erkennt, dass Mutter darin völlig wehrlos ist. Mutter kehrt dorthin zurück, konfrontiert die Simulation und stößt auf das Hologramm ihres Schöpfers Campion Sturges, das alle Zugriffe zugibt. Zunächst hält sie es für einen Virus, gibt aber schließlich zu, dass sie ihn begehrt.
Während Mutter in der Simulation gefangen ist, platziert Marcus Sprengsätze und lässt ein Störgerät gegen ihre Kräfte bereithalten. Als die Sprengung fehlschlägt, erwacht Mutter in ihrer Necromancer-Gestalt, wehrt die Soldaten mit Schockwellen ab und rast davon.
Zeitgleich stürmen Soldaten die Siedlung. Vater bringt die Kinder zum Lander und nimmt den Kampf auf, wird jedoch von Hunter verraten und schwer getroffen — Mutter rettet ihn in letzter Sekunde. Marcus schickt Paul als Spion zurück; der reißt Mutter die Halskette ab und flieht, woraufhin Marcus ihr eine Axt in die Brust rammt. Kurz vor dem Todesstoß befiehlt eine geisterhafte Stimme — vielleicht Sol —, sie am Leben zu lassen, und Paul kehrt zu seinen Eltern zurück.
Die Folge beginnt mit Campion, der zur schwer verletzten, blutenden Mutter eilt. Als Marcus und seine Soldaten eintreffen, kommt es zu einer bewaffneten Pattsituation, die Mutter mit letzter Kraft entschärft, indem sie Marcus zum friedlichen Aufgeben bewegt. Daraufhin wird Campion in eine Hütte gesperrt und Mutter gefangen gehalten.
Sue wirft Marcus vor, Paul für seine eigenen Zwecke zu benutzen. Marcus will Mutter nach seinem Bild umprogrammieren und dabei erneut jene Nadel verwenden, mit der er zuvor halluzinierte. Als er mit ihr spricht, bemerkt Mutter seine chirurgischen Narben und durchschaut sein Geheimnis. Die beiden streiten über den künftigen Weg der Menschheit — Mutter will eine Zukunft ohne Krieg und Leid, während Marcus ihr die Toten auf der Arche vorhält.
Vater wird zu einem gewöhnlichen Android umprogrammiert. Ausgerechnet Tempest kommt Campion zu Hilfe, bringt ihm Pilze und bestätigt Vaters Umprogrammierung. Campion beginnt Flüsterstimmen zu hören, die ihn auffordern, „seinen Vater zu töten“ — womöglich dieselbe Besessenheit, die auch Marcus heimsucht.
Bei einer Taufe bemerkt Campion die Steine, die für die zurückgelassenen Kinder stehen; als Paul deren Bedeutung abtut, wird er zornig, und Vater sperrt ihn zurück in den Silo. Sue schlägt Marcus und fleht ihn an, Mutter nicht umzuprogrammieren — und tatsächlich verschont er die Androidin, weil Sols Stimme ihm befiehlt, sie am Leben zu lassen.
Auf Marcus' Befehl schleift Vater Mutter in den Wald zu einem Loch, während Tempest heimlich folgt. Bevor Marcus die Androidin hineinstößt, erscheint ihm ein Doppelgänger mit Gesichtsmarkierungen — sein wahres Ich —, mit dem er in einen synchronen Kampf gerät; unterdessen rettet sich Mutter mit Hilfe des reglosen Vaters aus dem Loch. Marcus kehrt schließlich mit tiefen, selbst zugefügten Schnitten zurück und murmelt von der Prophezeiung.
Marcus verliert zusehends den Bezug zur Wirklichkeit und versinkt in einen fanatischen Mithras-Glauben. Nach einem verstörenden Traum, in dem er sich das eigene Gesicht abzuschneiden versucht, wird er erratisch und paranoid und lässt seinen Zorn an Sue und Paul aus. Paul, der den gefangenen Campion heimlich mit Nahrung versorgt hat, bekommt von Marcus verboten, weiter Kontakt zu „dem atheistischen Kind“ zu halten.
Sue fürchtet, dass Marcus die Familie dem Kult opfert, und plant mit Paul insgeheim die Flucht vor dem unberechenbaren Anführer. Unterdessen bemerkt Mutter eine Fehlfunktion: ein wachsendes Unbehagen in ihrem Bauch. Am Wrack des Arche-Schiffs schließt sie sich an einen medizinischen Roboter namens Karl an, der einen „Silikon-Tumor“ diagnostiziert. Ihre auf Fürsorge ausgelegte Programmierung hindert sie daran, ihn zu entfernen; stattdessen muss sie das Objekt mit Treibstoff-Blut anderer Roboter nähren.
Während Campion weiterhin den Geist der toten Tally sieht, entpuppt sich das Fingerzucken von Vater als Morsecode, der „Sol is the light“ buchstabiert. Als Marcus Sue in der Scheune einsperrt und alle zum Gebet ruft, nutzt Paul die Gelegenheit und verspricht Campion die Befreiung. Mit einer Skeletthand gräbt sich Campion aus seinem Verlies.
Beim Verlassen der Siedlung setzt Campion die Kirche in Brand — Marcus deutet das Feuer in seinem religiösen Rausch als Zeichen Sols. Vater nimmt, mit einer Axt bewaffnet und nicht mehr er selbst, die Verfolgung auf. Sue, Paul und die übrigen Kinder fliehen ebenfalls; nach einem gescheiterten Versuch, mit der Fluchtkapsel in die tropische Zone zu gelangen, setzen sie den Weg zu Fuß fort und treffen dabei auf Campion.
Mutter tötet eine einheimische Kreatur, um an weiteres Blut zu gelangen, und erleidet einen Anfall. Sie schließt daraus, dass das Wesen in ihrem Inneren eine kohlenstoffbasierte Lebensform sein könnte — dass sie also schwanger ist. In einem Simulationspod begegnet sie ihrem Schöpfer Campion Sturges, der ihr eröffnet, dass dieses lebende Wesen ihre eigentliche Bestimmung ist und die Aufzucht der bisherigen Kinder nur die Vorbereitung darauf war.
Von Sue und Pauls Flucht aufgebracht, wird Marcus zunehmend unberechenbar und begibt sich auf eine Art Pilgerreise, um Sols Gunst zurückzugewinnen; die Mithraisten zweifeln immer stärker an ihrem Anführer.
Mutter hindert Tempest daran, ihren Peiniger Otho zu töten, und nutzt ihn stattdessen als lebende Blutquelle für ihr ungeborenes Kind. Bei einer Wiederbegegnung richtet Sue zunächst die Waffe auf Mutter, doch die Kinder stellen sich schützend vor den Androiden. Sue behandelt die geschwächte Mutter, und die beiden Frauen finden über das Thema Mutterschaft zueinander.
Als sich der Blutfluss umkehrt und Mutter zu verbluten droht, tötet Tempest den erwachten Otho. Sue rettet Mutters Kind mit einer eigenen Blutspende. Vater und Hunter, der die echte Programmierung Vaters wiederhergestellt hat, stoßen wieder zur Gruppe. Zugleich enttarnt Lucius den falschen Marcus — als sie ihn niederschlagen, quillt weiße Androiden-Flüssigkeit aus seinem Mund.
Im Staffelfinale sucht die hochschwangere Mutter eine Höhle auf, um ihr Kind zur Welt zu bringen. Sues Messungen zeigen ein rasantes Zellwachstum, und Hunter erklärt das Kind für göttlich. Mutter offenbart Vater die Wahrheit über ihre Empfängnis und dass die menschlichen Kinder nur ein „Test“ gewesen seien.
Von der Stimme „Sol“ geleitet, erfährt Paul, dass Sue und Marcus die Gesichter seiner toten Eltern angenommen haben, und schießt auf Sue. Mutter und Vater entdecken zudem, dass die vermummten Kreaturen keine sich entwickelnden, sondern zu Kreaturen zurückentwickelte Menschen sind.
Mutter gebiert allein — aus ihrem Mund entweicht ein fliegendes, schlangenartiges Wesen, das sie säugt. Um das Geschöpf zu vernichten, stürzen Mutter und Vater mit dem Lander in den Planetenkern, fliegen jedoch geradewegs hindurch auf die andere Seite. Der Lander zerschellt, und die inzwischen riesige Schlange entkommt.
Fernab tötet Marcus eine Gruppe atheistischer Soldaten und erfährt, dass ein weiterer Ark auf Kepler-22b gelandet ist.