Die Sternenflotte muss erneut auf den legendären Jean-Luc Picard zurückgreifen, nachdem Mitglieder seiner ehemaligen Crew - Cristóbal Rios, Seven of Nine, Raffi Musiker und Dr. Agnes Jurati - eine Anomalie im Weltraum entdecken, die die Galaxis bedroht.
Picard findet sich in einer alternativen Zeitlinie im Jahr 2400 wieder, wo sein langjähriger Erzfeind Q einen letzten "Prozess" inszeniert hat. Picard sucht nach seiner vertrauten Crew, während er versucht, die Ursache für diese dystopische Zukunft zu finden.
Picard und die Crew reisen zurück nach Los Angeles ins Jahr 2024, um den "Wächter" zu finden, der den Startpunkt der Abweichung der Zeit identifizieren kann. Seven, Raffi und Rios begeben sich in eine unbekannte Welt, die 400 Jahre zurück liegt.
Da die Zeit knapp wird, um die Zukunft zu retten, nimmt Picard die Sache selbst in die Hand und bittet einen alten Freund um Hilfe. Währenddessen gerät Rios mit dem Gesetz aneinander und Jurati schließt einen Pakt mit der Borg-Königin.
Picard entdeckt, dass eine wichtige Person aus seiner Vergangenheit ein wesentlicher Bestandteil der Abweichung in der Zeitlinie sein könnte. Q setzt seine Manipulation der Zeitlinie fort und interessiert sich für Dr. Adam Soong. Jurati sieht sich den Konsequenzen ihres Deals mit der Borg-Königin gegenüber.
Tallinn hilft Picard und der Crew, eine Gala am Vorabend einer gemeinsamen Weltraummission zu infiltrieren, um einen Astronauten zu beschützen, von dem sie glauben, dass er wesentlich für die Wiederherstellung der Zeitlinie ist – Renee Picard; Kore macht eine überraschende Entdeckung über die Arbeit ihres Vaters.
Tallinn begibt sich in Picards Unterbewusstsein, um ihm zu helfen, aus dem Koma zu erwachen und sich seinen tiefsten Ängsten zu stellen. Seven und Raffi suchen nach Jurati. Rios bemüht sich, die Wahrheit vor Teresa zu verbergen.
Da die Zeit bis zum Start der Europa-Mission knapp wird, müssen sich Picard und Guinan aus dem Gewahrsam des FBI befreien. Seven und Raffi finden Jurati und sind entsetzte, was aus ihr geworden ist.
Picard und seine Crew kämpfen um ihr Leben, als sie von einer neuen Inkarnation eines alten Feindes angegriffen werden. Doch um zu überleben, muss sich Picard zunächst den Geistern seiner Vergangenheit stellen. Seven und Raffi haben einen letzten Showdown mit Jurati.
Im Finale der zweiten Staffel befinden sich Picard und die Besatzung nur wenige Stunden vor dem Europa-Start in einem Wettlauf mit der Zeit, um die Zukunft zu retten.
