Als Folge der dramatischen Ereignissen auf Doom Manor wurden die Mitglieder der Doom Patrol auf Miniaturgröße geschrumpft – außer Larry. Der baut für die Gruppe ein Modell von Doom Manor, indem die verkleinerten Superhelden ein neues Zuhause finden. Während sie dort ihrer bisherigen Beschäftigung nachgehen, sucht Larry nach einem Weg, um seine Mitstreiter wieder in ihre normale Größe zurück zu verwandeln. Doch nach ersten missglückten Experimenten nimmt er die Hilfe von Willoughby Kipling an. Im Gegenzug muss er seinen lebensverlängernden Talisman abgeben.
Die Gruppe muss erfahren, dass Niles sterben wird. Auf der Suche nach mehr Zeit zeigt er Rita ein Stück Kontinuinium, ein Mineral aus einem Meteor, das die Zeit beugen kann. Zudem erzählt er ihr von dessen Entdecker Dr. Tyme, der nach dem Kontakt mit Kontinuinium den Verstand verlosen hat und die verschiedensten Zeitalter besucht hat. Mithilfe seines Stücks des Minerals kann Niles die drei, Rita, Jane und Cliff, zu Dr. Tyme schicken – in eine Rollschuhdisco.
Cliff entschließt sich dazu, mit Jane zu seiner Tochter Clara zu fahren und sie über seine Vergangenheit aufzuklären. Unterdessen erhält Jane von Dr. Harrison ein Ultimatum gestellt, doch sie weigert sich. Niles erhält eine Einladung von dem Mörder Red Jack, der sich von Schmerz ernährt und sich mit Niles und Rita in einem extradimensionalen Palast trifft. Dorothy lässt sich auf ein gefährliches Spiel ein.
Die Nachbarn Dannyzens geben auf Manor eine Party, um Danny wiederzubeleben. Die Party nimmt erotische Ausmaße an, während Vic und Janes Persönlichkeit Scarlot Harlot erscheint, bittet Rita Flex um Hilfe mit ihren Kräften und lässt einen Sexdämon erscheinen. Einzig Hammerhead kann schlimmeres verhindern.
Während Cliff zuletzt Probleme mit seiner Hand hatte, entwickelt Niles eine Möglichkeit, wie Cliff Berührungen wieder fühlen kann, doch das braucht Zeit. Larry wird von seinem Sohn eingeladen, das Treffen entwickelt sich jedoch überraschend mit dramatischen Folgen. Unterdessen lernt Dorothy neue Freunde kennen, doch Baby Dolls Eifersucht bringt die gesamte Gruppe in Gefahr.
Doom Manor erhält Besuch von Caulders altem Forschungsteam, eine Gruppe zeitloser Astronauten die sich The Pioneers of the Uncharted nennen. Während sich Dorothy für den Tod von Baby Doll schuldig fühlt und Doom Manor verlässt, findet Cliff Janes bewusstlos vor und versucht Dorothy zurückzuholen. Unterdessen verliert Rita wegen einer Rolle in einem kleinen Theaterstück ihre Fassung und Larry macht die Bekanntschaft von Valentina „Moskau“ Wostok.
Cliff findet einen Weg zurück nach Manor, während Caulder ins nördliche Yukon-Territorium reist, um nach Dorothys Mutter Slava zu suchen. Vic bringt unterdessen Roni zu Doom Manor und trifft dort auf Larry, Rita und Miranda. Als in Manor ein mysteriöses Paket mit dem White Space-Gemälde eintrifft, werden die kleinen Kreaturen Scants freigesetzt, die Larry, Vic und Roni Gedanken negativ beeinflussen. Miranda versucht sie zu retten.
Als Kipling eine Warnung vor einem katastrophalen Ereignis von Bunberry erhält, kontaktiert er Caulder, der Dorothy sogleich aus der Stadt in Sicherheit bringt. Doch als sie eine Vision vom dem Kerzenmacher hat, verheimlicht sie es gegenüber ihrem Vater. Inzwischen beginnen sich die Kräfte des Kerzenmacher in der realen Welt zu manifestieren. Jane bringt Larry nach Arkansas, um ihr zu helfen, einen unschätzbaren Gegenstand zu finden.
Bevor die Doom Patrol die Welt vor dem Kerzenmacher retten kann, müssen sie sich zunächst einmal ihren längst vergessenen imaginären Freunden stellen. Das Team kommt in Doom Manor zusammen, um gegen ihre eigenen imaginären Freunde anzutreten, die vom Kerzenmacher erschaffen wurden. Doch der Kampf endet nicht so wie geplant und es liegt nun an den Doom Patrols, ihre Kräfte zu bündeln und sich gegen den Kerzenmacher zu stellen.
