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Der ehemalige S.H.I.E.L.D.-Agent Prescod glaubt, einer geheimen Invasion der Erde durch die formwandelnden Skrulls auf der Spur zu sein. Er sucht Kontakt zu Everett Ross – doch der ist in Wahrheit ein getarnter Skrull, der Prescod tötet. Maria Hill ruft daraufhin Nick Fury zurück auf die Erde, der nach Jahren auf einer Weltraumstation gezeichnet und desillusioniert eintrifft.
Von Talos, dem einst verbündeten Skrull-Anführer, erfährt Fury das Ausmaß der Bedrohung: Eine Rebellengruppe unter dem abtrünnigen Gravik hat genug davon, auf die von Fury und Captain Marvel versprochene neue Heimat zu warten. Statt weiter zu hoffen, wollen die Skrulls die Erde selbst übernehmen – getarnt als Menschen und unerkannt in Machtpositionen eingeschleust.
Für Talos ist der Konflikt auch privat: Seine Tochter G'iah gehört inzwischen zu Graviks Gefolgschaft. Gemeinsam kommen Fury, Hill und Talos einem konkreten Anschlagsplan auf die Spur, der während eines Feiertagsrummels in Moskau ausgeführt werden soll und gezielt einen Krieg zwischen den Großmächten provozieren könnte.
Beim Zugriff stellt sich heraus, dass die verdächtigen Taschen nur Attrappen sind – die echten Sprengsätze zündet Gravik andernorts und stürzt die Menge ins Chaos. In der Panik nimmt Gravik Furys Gestalt an und erschießt Maria Hill. Sie stirbt in Furys Armen, während Talos ihn vom Ort des Geschehens wegzieht. Der Auftakt macht unmissverständlich klar, wie tödlich die Bedrohung durch die abtrünnigen Skrulls ist.
Die zweite Folge öffnet mit Rückblenden: 1995 begegnet Nick Fury erstmals den Skrulls und gibt Talos das Versprechen, dem heimatlosen Volk einen neuen Planeten zu verschaffen. Ein Sprung ins Jahr 1997 zeigt, wie Fury in London sein Netz aus Skrull-Agenten aufbaut. Die Skrull Varra stellt ihm den jungen Gravik vor, dessen Eltern von den Kree getötet wurden. Im Gegenzug für ihre Spionagedienste verspricht Fury gemeinsam mit Carol Danvers, den Skrulls eine neue Heimat zu suchen – ein Versprechen, das er über die Jahre nie einlöst.
In der Gegenwart ist Fury für die Bombenanschläge in Moskau verantwortlich gemacht worden und auf der Flucht. Während einer Zugfahrt geraten er und Talos aneinander: Talos wirft Fury vor, sein Wort gebrochen zu haben, und macht ihn für die Radikalisierung der Skrulls mitverantwortlich.
In London wird Fury Zeuge der Trauerfeier für seine gefallene Vertraute Maria Hill. Er versucht, sich bei Hills Mutter zu entschuldigen, doch diese mahnt ihn eindringlich, dafür zu sorgen, dass ihre Tochter nicht umsonst gestorben ist. Zugleich liefert sich Fury ein Wortgefecht mit James „Rhodey“ Rhodes, dem Abgesandten des US-Präsidenten, der ihm unmissverständlich klarmacht, dass er auf sich allein gestellt ist.
Gravik führt unterdessen einen Rat der Skrulls an, in dem er seinen Kurs durchsetzt: Er will die Erde für die Skrulls einnehmen – notfalls mit Gewalt. Zwei der anwesenden Emissäre entpuppen sich als getarnte Skrulls. Gravik erklärt, dass Furys gebrochenes Versprechen die Skrulls dazu zwingt, ihr Schicksal selbst in die Hand zu nehmen.
Millionen von Skrulls leben inzwischen getarnt auf der Erde und haben Schlüsselpositionen in Regierungen, den Vereinten Nationen und der NATO unterwandert. Am Ende macht G’iah eine folgenschwere Entdeckung über Graviks wahre Pläne, die die Fronten zwischen Loyalität und Verrat weiter verschärft.
Die dritte Folge der ersten Staffel von Secret Invasion, „Betrogen", führt den Konflikt zwischen Nick Fury und dem Skrull-Anführer Gravik zu und stellt beide vor die Frage, wem sie noch trauen können. Zum Auftakt bereiten die Rebellen Beto, Pagon und ein weiterer Skrull eine Mission vor: Getarnt als Menschen unterwandern sie die britische Royal Navy, um einen Anschlag auf ein Ziel der Vereinten Nationen auszuführen.
Vor dem Skrull-Rat enthüllt Gravik seine eigentliche Waffe. Eine von dem Wissenschaftler-Ehepaar Dalton gebaute Maschine soll es den Skrulls ermöglichen, künftig nicht nur Gesichter, sondern auch Superkräfte zu kopieren – die sogenannten Super-Skrulls. Zugleich beginnt Gravik, G'iah zu misstrauen, seit die Polizei ein Versteck der Rebellen ausgehoben hat.
In einer Rückblende ins New York des Jahres 1998 wird gezeigt, wie Fury und die Skrull Varra – die spätere Priscilla – sich näherkommen. In der Gegenwart ist Fury heimgekehrt und macht keinen Hehl aus seinem neuen Antrieb: Rache. Gegenüber Priscilla deutet er an, dass er sie verdächtigt, mit Gravik in Verbindung zu stehen.
In London kommt es zu einem Treffen zwischen Gravik und Talos, das rasch eskaliert – Talos verletzt Gravik mit einem Messer und verschafft sich so Respekt. Kurz darauf schleust G'iah, als alter Mann getarnt, Talos die Details des geplanten Anschlags zu: das britische Atom-U-Boot „Neptune". Fury und Talos, nach ihrem Streit wieder vereint, fahren nach Portsmouth zu U-Boot-Kommandant Robert „Bob" Fairbanks. Mit Hilfe von MI6-Agentin Sonya Falsworth spüren sie ihn auf. Fury durchschaut eine Falle, weil ihn ein als Bob getarnter Skrull „Nick" nennt – ein Name, den niemand benutzt.
Da Bob den Abbruchcode verweigert und dabei G'iah erwähnt, erschießt Talos ihn. In letzter Sekunde liest G'iah den Code – den Namen von Bobs Sohn – aus den Erinnerungen des echten Fairbanks, muss dafür aber ihre Tarnung opfern. Der Start wird abgebrochen, der Anschlag verhindert und Pagon gefasst. Fury bekommt endlich seinen dringend benötigten Erfolg.
Doch der Sieg hat einen bitteren Preis. Als G'iah aus dem Rebellenlager fliehen will, stellt Gravik sie: Der Anschlag war nur ein Köder, um die Verräterin in den eigenen Reihen zu enttarnen. Gravik erschießt G'iah, die in ihre wahre Skrull-Gestalt zurückfällt und zu sterben scheint – nach Maria Hill der zweite große Todesfall der Serie. Zum Schluss holt Priscilla/Varra eine Waffe aus einem Bankschließfach und erhält einen Anruf, der nahelegt, dass sie tatsächlich für Gravik arbeitet – genau wie Fury vermutet hat.
Zunächst löst die Folge den Cliffhanger der vorigen Episode auf: G'iah hat überlebt. Ihre Schusswunde verheilt, weil sie sich zuvor durch eine Gedankenverschmelzung mit der echten Dr. Rosa Dalton die Selbstheilungskräfte des Extremis-Virus angeeignet hat.
Präsident Ritsons Wagenkolonne wird von Graviks als Russen getarnter Skrull-Widerstandsbewegung überfallen, ein gezielter Versuch, einen Krieg zwischen den USA und Russland zu entfachen. Fury und Talos eilen herbei, um den Präsidenten aus seinem gepanzerten Fahrzeug in Sicherheit zu bringen.
Der Einsatz gelingt, doch er fordert einen bitteren Preis: Der vermeintliche Soldat, der Talos zu Furys Wagen führt, ist in Wahrheit Gravik. Er rammt Talos ein Messer in die Brust und tötet ihn, ausgerechnet als die Rettung schon geglückt schien.
Ein weiterer Schlag folgt mit der Enthüllung, dass Colonel James Rhodes längst durch einen Skrull ersetzt wurde, der Graviks Attentat auf Ritson von innen unterstützt hat.
Die Folge endet, während Fury mit dem geretteten Präsidenten davonfährt und reuevoll auf Talos' zurückgelassenen Körper zurückblickt. Gravik zieht sich mit seinem obersten Gefolgsmann zurück.
Gravik legt offen, was der Harvest ist: die auf dem Schlachtfeld der Endschlacht gegen Thanos gesammelte DNA der Avengers. Nach dem Kampf hatte Fury von ihm rekrutierte Skrulls das Feld säubern lassen, weshalb Gravik überhaupt von den Proben weiß. Aus diesem Erbgut will er Super-Skrulls mit übermenschlichen Kräften erschaffen.
Gravik unterbreitet Fury einen Handel: Bringt Fury ihm den Harvest, ruft er den Angriff auf russischem Boden ab und wendet damit die Gefahr eines dritten Weltkriegs ab. Fury steht vor einer kaum lösbaren Entscheidung.
Bei Varra, Furys Skrull-Ehefrau, findet unterdessen die Bestattung des gefallenen Talos statt. G'iah legt den Ring ihrer Mutter als Opfergabe auf den Scheiterhaufen, während Priscilla ein Gebet in der Sprache der Skrulls spricht. Als Graviks Schergen eintreffen, um Varra zu töten, kämpfen sich die beiden Frauen in einer der stärksten Actionszenen der Staffel frei.
Ein weiterer Verrat tritt zutage: Gravik telefoniert mit James Rhodes, der sich als die Skrull Raava entpuppt. Er kündigt einen Planwechsel an, der nun vorsieht, den Präsidenten am Leben zu lassen.
Zum Schluss reist Fury nach Finnland. Mit einem photostatischen Schleier passiert er die Sicherheitskontrolle am Flughafen und macht sich auf, das Harvest-Fläschchen aus seinem eigenen, dort errichteten Grabmal zu bergen, bevor die Skrulls es in die Hände bekommen.
Das Staffelfinale löst die zentrale Täuschung der Serie auf: Als Gravik als vollwertiger Super-Skrull Nick Fury töten will, stellt sich heraus, dass G'iah und Fury zuvor die Plätze getauscht haben. G'iah hat sich heimlich dieselben geraubten Kräfte verschafft wie Gravik, während der echte Fury in London gemeinsam mit Sonya Falsworth an der Rettung des Präsidenten arbeitet.
Es kommt zum Kräftemessen zweier Super-Skrulls. G'iah verfügt nun über die gebündelten Fähigkeiten zahlloser mächtiger Wesen des Universums. Gravik bringt sie beinahe zur Strecke, doch mithilfe der Kräfte von Mantis kann sie ihn ausschalten. In einem an Anime erinnernden, wuchtigen Schlagabtausch prallen beide ein letztes Mal aufeinander – G'iah feuert schließlich einen gewaltigen Energiestoß durch Graviks Oberkörper und beendet den Kampf.
Parallel dazu scheitert der Anschlag auf den Präsidenten. Die als Rhodey getarnte Skrull-Agentin Raava will noch handeln, wird von Fury aber erschossen; im Tod fällt sie in ihre Skrull-Gestalt zurück, woraufhin der Präsident die Wahrheit erkennt und den geplanten Militärschlag abbläst. G'iah befreit die gefangenen Menschen, darunter den echten Rhodey und Everett Ross.
Der Sieg hat jedoch einen bitteren Beigeschmack: Der Präsident hält eine kompromisslose Rede gegen alle Außerirdischen, die eine neue, gefährliche Ära des Misstrauens einläutet. G'iah und Sonya schließen sich zusammen, um die Skrull-Sache fortzuführen, während Fury die Erde in Richtung All verlässt.