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Nach Jahren auf der Flucht erhält der 21-jährige Caleb Mir die Chance seines Lebens: die Zulassung zum ersten neuen Jahrgang der Sternenflottenakademie in San Francisco seit über 100 Jahren - unter den wachsamen Augen der neuen Kanzlerin Nahla Ake.
Caleb fragt sich, ob er an die Sternenflottenakademie gehört - doch als die Delegation eines ehemaligen Verbündeten der Föderation eintrifft und er die Tochter ihres Anführers über den Campus führen soll, sieht er die Akademie mit neuen Augen.
Während die Kadetten um die Aufnahme in ein Elite-Team der Akademie konkurrieren, entbrennt zwischen ihnen und dem Kriegscollege ein Kampf mit immer heftigeren Streichen. Die Spannungen bedrohen neue Freundschaften und eine aufkeimende Romanze.
Als eine existenzielle Krise eine geliebte, aber berüchtigte Spezies aus Star Trek zu vernichten droht, muss sich ein Kadett seiner Vergangenheit und seiner angespannten Beziehung zu seiner Familie stellen. Während er einen unerwarteten Weg sucht, um mit der Situation fertig zu werden, kämpft Nahla gegen die Zeit, um diese Spezies vor dem Aussterben zu bewahren.
Sam will ein uraltes Geheimnis der Sternenflotte lüften, begibt sie sich auf eine Selbstfindungsreise und lernt, wie wertvoll es ist, den eigenen Weg zu gehen. Unterdessen willigt Nahla ein, einem Kollegen bei einem außerirdischen Ritual zu helfen.
Während der ersten Trainingsmission der Kadetten auf einem verlassenen Schiff treffen sie auf einen gefährlichen neuen Feind und müssen um ihr Überleben kämpfen, während Nahla Hilfe von unerwarteter Seite sucht.
Während der Schulferien kehren die Kadetten nach Hause zurück und müssen sich zwischen den Erwartungen ihrer Familie und ihren eigenen Träumen entscheiden.
Ein Gastdozent kommt an die Akademie und nutzt eine unorthodoxe Methode, um den Kadetten dabei zu helfen, die Emotionen zu verarbeiten, die es braucht, um ein Offizier der Sternenflotte zu werden.
Am Ende des Jahres muss Caleb sich zwischen dem Leben, das er sich gewünscht hat, und dem Leben, das er sich an der Sternenflottenakademie aufgebaut hat, entscheiden. Unterdessen bricht Nahla gegen das Protokoll, um ihr Versprechen zu halten.
Im Staffelfinale zwingt die Rückkehr eines alten Feindes Nahla dazu, sich ihren eigenen Fehlern zu stellen, während die Kadetten und Ausbilder eine scheinbar unmögliche Mission zur Rettung der Föderation unternehmen und gleichzeitig die Zukunft der Sternenflotte definieren.
