Leonardo, Donatello, Michelangelo und Raphael (Stimmen im Original: Nicolas Cantu, Micah Abbey, Shamon Brown Jr., Brady Noon) haben jahrelang in Abgeschiedenheit von der menschlichen Welt in der Kanalisation von New York gelebt. Warum? Die vier sind mutierte Schildkröten, die von ihrem Meister Splinter (Jackie Chan) unterrichtet und großgezogen wurden. Aber eigentlich wollen sie nur als normale Teenager akzeptiert werden. Mit heldenhaften Taten wollen sie die Herzen der New Yorker nun für sich gewinnen. Ihre neue Freundin, die Journalistin April O´Neil (Ayo Edebiri), hilft ihnen bei der Bekämpfung eines mysteriösen Verbrechersyndikats, angeführt vom Oberschurken Superfly (Ice Cube). Doch die mutierte Heldentruppe hat nicht damit gerechnet, plötzlich einer Armee von Mutanten gegenüberzustehen.

Die Teenage Mutant Ninja Turtles treten aus dem dunklen Schatten der Kanalisation von New York heraus und befinden sich im offenen Kampf gegen Bösewicht Shredder (Brian Tee). Dieser bekommt diesmal Unterstützung von den Bösewichten Bebop und Rocksteady. Neben der sexy und bezaubernden Reporterin April O’Neil (Megan Fox) stehen unseren vier tapferen Helden außerdem der schlagfertige Rächer Casey Jones (Stephen Amell) zur Seite.

Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O’Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

Als eines Nachts die Purple Dragons wieder einen ihrer illegalen Geschäfte abziehen, werden sie von vier humanoiden Schildkrötengestalten angegriffen. Ein undeutliches Bild des Kampfes erscheint prompt in den Abendnachrichten und wird von Splinter gesehen, der natürlich seinen Söhnen - Leonardo, Donatello, Michelangelo und Raphael - Vorwürfe macht, dass sie bei ihrem Ausflug unvorsichtig gewesen seien. Das einzig Merkwürdige daran ist nur, dass die vier Turtles an diesem Abend gar nicht an der Oberfläche waren! Da die Purple Dragons ihr einziger Anhaltspunkt in dieser Sache sind, begeben sich die Turtles umgehend zum Hauptquartier der Gang.

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.

Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde. Umso mehr freuen sie sich, als ihre Freundin April zu Besuch kommt und ein antikes Zepter aus dem feudalen Japan mitbringt. Eigentlich als Geschenk gedacht, entpuppt sich das Utensil schnell als ein Zeitreiseapparat, der April zurück ins Japan des 17. Jahrhunderts befördert und an ihrer Stelle einen japanischen Feudalherren nach New York transportiert. Die vier Jungs zögern natürlich nicht lange und reisen ebenfalls durch die Zeit, um April zu retten. Auf die zum Tausch in New York gelandeten Japaner müssen derweil Splinter und ihr guter Freund Casey Jones aufpassen...

Die Turtles dachten, ihren Erzfeind Shredder ein für alle Mal vernichtet zu haben. Falsch gedacht: Der Schurke erfreut sich nämlich bester Gesundheit und ist drauf und dran, die „Foot Gang“ neu aufzubauen. Um Rache an seinen verhassten Widersachern zu nehmen, erschafft er außerdem mithilfe des geheimnisvollen Ooze, das auch einst die Turtles hervorbrachte, 2 andere Mutanten, gegen die das Schildkröten-Quartett praktisch chancenlos ist. Die einzige Hoffnung, dieser Übermacht noch bei zu kommen, liegt in dem Wissenschaftler Jordan Perry, der sich zur Zeit aber selber in Shredders Gewalt befindet...

In New York ist eine Bande krimineller Jugendlicher, angeführt von dem japanischen Ninja-Meister Shredder, durch ihre ständig wachsende Mitgliederzahl so einflussreich geworden, dass die Polizei kaum noch Macht über die Lage hat. Die einzigen, die dem Chaos Einhalt gebieten können, sind 4 mutierte Schildkröten, die dank der weisen Ratte Splinter, ebenfalls ein Mutationsprodukt, über hervorragende Ninjitsu-Kenntnisse verfügen. Bei ihren Kampfeinsätzen für das Gute machen die grünen Helden eines Tages sogar persönliche Bekanntschaft mit ihrem größten Schwarm, der Reporterin April O’Neil. Diese lang ersehnte Erfahrung bringt leider auch einen schweren Schlag mit sich: Ihre Gegenspieler haben ihr Versteck in der Kanalisation ausfindig gemacht und Splinter entführt...