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Während Captain Pike und Nummer Eins auf der Erde in Una Chin-Rileys Gerichtsverfahren gebunden sind, führt Spock kommissarisch das Kommando über die Enterprise im Spacedock. Als ihn ein Notruf von La'an Noonien-Singh erreicht, der vor einer Bedrohung für die Föderation warnt, setzt sich Spock über seine Befehle hinweg: Die Crew täuscht einen Warpkern-Notfall vor, um unbemerkt aus dem Dock zu entkommen.
Im umkämpften Grenzraum treffen sie auf La'an, die einem brisanten Komplott auf der Spur ist: Auf einem Planeten sammeln fremde Kräfte gezielt Föderationstechnik, um ein gefälschtes Sternenflottenschiff zu bauen. Mit einem Angriff unter falscher Flagge auf einen klingonischen Kreuzer soll der eben erst beendete Krieg zwischen Föderation und Klingonen neu entfacht werden.
M'Benga und Chapel, beide Veteranen dieses Krieges, schleusen sich in das Syndikatsschiff ein – wobei M'Benga auf seine gefährliche Kampfvergangenheit zurückgreifen muss. In letzter Sekunde können sich die beiden aus dem Schiff katapultieren, während Spock den Befehl gibt, den getarnten Kreuzer zu zerstören, bevor er die Klingonen angreifen kann.
Spock erklärt den Klingonen persönlich die Lage und besiegelt den Frieden bei einem Glas Blutwein. La'an kehrt an Bord der Enterprise zurück. Admiral April lässt Spock und die Crew für ihren Ungehorsam ungeschoren davonkommen – auch, weil sich mit den Gorn eine neue Bedrohung abzeichnet und die Sternenflotte bald jede Hilfe brauchen wird. Zum Abschluss widmet die Folge der verstorbenen Nichelle Nichols eine Hommage.
Die zweite Folge widmet sich ganz dem Kriegsgerichtsprozess gegen Commander Una Chin-Riley. Angeklagt ist sie, weil sie ihre illyrische Herkunft und die damit verbundenen genetischen Modifikationen vor der Sternenflotte verheimlicht hat – ein Verstoß gegen das strikte Verbot genetischer Verbesserungen in der Föderation. Una drohen mindestens zwei Jahre Haft; das Angebot, sich schuldig zu bekennen und im Gegenzug bei unehrenhafter Entlassung ohne Gefängnis davonzukommen, lehnt sie ab.
Auf Unas Wunsch übernimmt die zivile Anwältin Neera Ketoul ihre Verteidigung – eine bekannte Kämpferin für illyrische Rechte. Zwischen den beiden Frauen steht jedoch eine zerbrochene Jugendfreundschaft: Neera nimmt Una bis heute übel, dass diese sich einst hinter ihrer Tarnung als vermeintlich „normaler“ Föderationsbürgerin versteckte, statt zu ihrer Herkunft zu stehen.
Vor Gericht sagen mehrere Mitglieder der Enterprise-Crew zugunsten Unas aus, darunter Spock, La’an und Dr. M’Benga. Captain Pike setzt sich vehement für seine Erste Offizierin ein und riskiert dabei die eigene Karriere, als Vizeadmiral Pasalk den Prozess nutzt, um ihn anzugreifen. Schließlich schildert Una selbst, wie sie als junge Illyrianerin in einer Föderationskolonie im Vaultera-Nebel ihre Identität verbergen musste.
Den Wendepunkt bringt Neeras juristischer Schachzug: Sie argumentiert, dass Una nach ihrer Ankunft bei der Sternenflotte faktisch um Asyl ersucht habe – ein Recht, das die Föderation verankert hat. Mit einem eindringlichen Plädoyer überzeugt Neera die Richter.
Das Gericht spricht Una in allen Punkten frei, gewährt ihr Asyl und lässt sie auf die Enterprise zurückkehren. Für den Moment ist Unas Notlage beendet. Neera bewertet den Sieg als ersten Schritt, dem eines Tages weitere Illyrianer folgen könnten – ein leiser, aber bedeutsamer Fortschritt im Umgang der Föderation mit ihren eigenen Vorurteilen.
„Morgen und morgen und morgen" stellt Sicherheitschefin La'an Noonien-Singh in den Mittelpunkt. An Bord der Enterprise begegnet ihr ein angeschossener Mann in grauem Anzug: In der Vergangenheit habe es einen Anschlag gegeben, den sie verhindern müsse. Er drückt ihr ein Zeitreise-Gerät in die Hand und sagt, sie solle „zur Brücke" – dann verändert sich die Realität, der Mann stirbt und verschwindet. Auf der Brücke sitzt plötzlich James T. Kirk im Kommandosessel: In dieser veränderten Zeitlinie gab es nie Khan und die Eugenischen Kriege, die Erde liegt in Trümmern, die Föderation existiert nicht, und statt ihrer kämpft eine United Earth Fleet, während die Romulaner Vulkan bedrohen.
La'an aktiviert das Gerät und wird mit Kirk ins Toronto des 21. Jahrhunderts versetzt. Ohne Tricorder, Kommunikator oder Phaser müssen die beiden einen Zeit-Attentäter aufhalten. Sie improvisieren – Kirk verdient beim Straßenschach Geld –, geraten aber immer wieder in eine Grundsatzdebatte: Reparieren sie La'ans Zeitlinie, löschen sie Kirks aus. Kirk, geboren auf der USS Iowa und nie auf der Erde gewesen, erfährt von La'an beiläufig von seinem Bruder Sam, der in seiner Zeitlinie gestorben ist.
Eine Explosion an der Lake-Ontario-Brücke offenbart die Spur: Die Signatur einer Photonenbombe deutet auf Technik, die die Menschheit erst hundert Jahre später besitzen dürfte. Die beiden treffen die Fotografin Sera, die an eine außerirdische Verschwörung glaubt und ihnen hilft. In Vermont suchen sie die uralte Lanthanitin Pelia auf, die einen Antiquitätenladen führt, und bauen aus einer alten Taucheruhr einen Tritium-Detektor, um den Kaltfusionsreaktor aufzuspüren, den die Attentäterin ins Visier nimmt.
Zwischen La'an und Kirk wachsen Nähe und Zuneigung, bis Kirk sie küsst. Die glühende Uhr führt sie schließlich zum „Noonien-Singh Institute for Cultural Advancement", dessen Tür sich dank eines Markers in La'ans DNA öffnet. Dort entlarvt sich Sera als romulanische Attentäterin, die seit dreißig Jahren in dieser Zeit festsitzt – und erschießt Kirk, der mit letztem Atemzug bittet, seinen Bruder zu grüßen.
Seras eigentliches Ziel ist nicht der Reaktor, sondern das Genlabor: Sie will den Jungen Khan Noonien Singh töten, um die Entstehung der Föderation zu verhindern. La'an überwältigt und erschießt die Romulanerin, die sich per Implantat selbst auflöst. Obwohl sie damit ihrer eigenen düsteren Herkunft entkommen könnte, bringt La'an es nicht über sich, das Kind zu töten; stattdessen tröstet sie den verängstigten Khan und versichert ihm, dass er dort ist, wo er sein muss.
Zurück in ihrer wiederhergestellten Gegenwart wird La'an von Agentin Ymalay vom Department of Temporal Investigations empfangen, die ihr für die Mission dankt, sie zu striktem Schweigen verpflichtet und das Gerät an sich nimmt. Zum Schluss kontaktiert La'an unter einem Vorwand den Lieutenant James T. Kirk ihrer eigenen Zeitlinie – der ihr ahnungslos einen Drink anbietet –, während sie die Trauer um den anderen, gestorbenen Kirk kaum noch bändigen kann.
Während die USS Enterprise gemeinsam mit der USS Cayuga ein Doppelsternsystem kartiert, nutzen Captain Christopher Pike und Captain Marie Batel die Gelegenheit für einen privaten Abend. Der endet allerdings im Streit: Batels erhoffte Beförderung ist ausgeblieben, und Pike zieht sich – wie so oft, wenn ihm jemand zu nahekommt – emotional zurück. Kaum ist die Cayuga abgedockt, erhält die Enterprise von der Sternenflotte einen heiklen Auftrag rund um Rigel VII, jenen Planeten, auf dem Pike vor fünf Jahren bei einem Außeneinsatz drei Crewmitglieder verlor und Spock schwer verletzt wurde.
Fernaufnahmen zeigen, dass die dort lebenden Kalar inzwischen das Emblem der Sternenflotte als eigenes Symbol führen – ein deutlicher Hinweis auf kulturelle Kontamination, die die Enterprise beseitigen soll. In Tarnkleidung steigen Pike, La’an Noonien-Singh und Dr. M’Benga zur Oberfläche ab, während Lt. Ortegas das Schiff wegen eines Trümmerfelds von Hand steuern muss. Schon auf dem Marsch bemerkt die Gruppe ein hohes Klingeln in den Ohren, verliert das Zeitgefühl und wird schließlich vor den Herrscher der Kalar gebracht: Pikes totgeglaubten Yeoman Zac Nguyen, der sich als „Hoher Lord Zacarias“ zum König aufgeschwungen hat und Pike vorwirft, ihn zurückgelassen zu haben.
Nguyen erklärt das Geheimnis des Planeten: Eine Strahlung löscht bei allen, die außerhalb der Palastmauern nächtigen, Nacht für Nacht die Erinnerung; nur die herrschende Kaste bleibt verschont. Auch die Landegruppe vergisst bald, wer sie ist. Ein Feld-Kalar namens Luq nimmt sich der Verwirrten an und zeigt ihnen, wie sich die Menschen mit Tätowierungen und „Totems“ selbst neu orientieren. Von seinen Gefühlen und einem Geschenk Batels geleitet, spürt Pike, dass er hierher nicht gehört – und stellt sich gegen die Aufseher.
Auch an Bord der Enterprise greift das Vergessen um sich: Uhura, Spock und schließlich Ortegas verlieren ihr Gedächtnis. Spock lässt das Schiff ins Trümmerfeld steuern, dessen Erz die Strahlung abschirmt, und Ortegas hält sich mit dem Satz „Ich fliege das Schiff“ an ihrer Identität fest, um die Enterprise durch die Asteroiden zu manövrieren.
Auf der Oberfläche dringt Pike in den Palast vor, überwältigt Nguyen und erfährt die Wahrheit: Ein vor Jahrtausenden eingeschlagener Asteroid ist die Strahlungsquelle, das Erz des Palasts schirmt die Herrscher ab. Beinahe erschlägt Pike seinen einstigen Gefährten, besinnt sich jedoch, als seine eigene Erinnerung zurückkehrt. M’Benga rettet unterdessen die schwer verletzte La’an, und auch Luq erlangt sein Gedächtnis zurück.
Spock entwickelt eine Schildfrequenz, die die Strahlung blockiert. Um die Kalar dauerhaft zu befreien, lässt Pike den Asteroiden von der Oberfläche entfernen und ins All schleudern – ein Eingriff, den er als Korrektur eines unnatürlichen Einflusses rechtfertigt. Nguyen nimmt er als Gefangenen mit, dessen Schicksal die Sternenflotte entscheiden soll. Zum Abschluss versöhnt sich Pike mit Batel, deren Geschenk ihn im Wortsinn nach Hause geführt hat.
Auf einer Routinemission verunglückt Spocks Shuttle nahe dem vulkanischen Mond Kerkhov. Die dort ansässigen interdimensionalen Wesen wollen den Zwischenfall wiedergutmachen und entfernen dabei Spocks vulkanische DNA, sodass er vollständig zum Menschen wird, und das ausgerechnet kurz vor einem entscheidenden zeremoniellen Essen mit T'Prings Familie.
Von seinen neuen, ungewohnten Emotionen überwältigt, versucht Spock beim wichtigen Verlobungsritual, seine Verwandlung vor T'Prings kritischen Eltern zu verbergen. Captain Pike gewinnt Zeit, indem er den Vulkaniern weismacht, das Gesellschaftsspiel Scharade sei ein heiliges menschliches Ritual, das unbedingt begangen werden müsse.
Die Rückkehr von Spocks Mutter Amanda Grayson verleiht der Folge eine zusätzliche emotionale Ebene, spiegelt sie doch die schwierigen Entscheidungen wider, die sie als Mensch in einer Kultur getroffen hat, die sie für ihre Liebe zu Sarek gering schätzt. Ohne seine vulkanische Beherrschung stellt sich Spock zugleich grundlegende Fragen über sich selbst und seine Beziehungen.
Christine Chapel wendet sich schließlich an die verantwortlichen Wesen und erreicht, dass sie Spocks vulkanische Physiologie wiederherstellen. Doch die Ereignisse hinterlassen Spuren: T'Pring schlägt eine Beziehungspause vor, tief verletzt, dass Spock für seine Täuschung auf Pike und seine Enterprise-Freunde setzte, sie selbst aber außen vor ließ. Am Ende stehen Spock und Chapel einander näher als je zuvor, während offen bleibt, wohin Spocks Weg führt.
Die Enterprise unterstützt gemeinsam mit der USS Farragut den Bau einer Deuterium-Raffinerie am Rand eines Nebels. Während der Betankung nimmt Fähnrich Nyota Uhura über die Kommunikationskanäle ein merkwürdiges Geräusch wahr, das sonst niemand an Bord hören kann. Kurz darauf sucht sie eine beängstigende Halluzination heim.
Der Bordarzt führt Uhuras Wahrnehmungen zunächst auf eine leichte Deuterium-Vergiftung zurück, die sie sich bei Arbeiten an der Warpgondel zugezogen haben soll. Doch die Visionen häufen sich. In einem unbeobachteten Moment verwechselt Uhura den neu an Bord gekommenen Lieutenant James T. Kirk mit einer ihrer Erscheinungen und schlägt ihn nieder.
Immer mehr Crewmitglieder verhalten sich zunehmend erratisch, und schließlich sabotiert eines von ihnen die nahe Raffinerie. Damit wird klar, dass es sich nicht allein um Uhuras Problem handelt. Number One leitet mit Pelia und den Ingenieuren die Reparaturen ein und erkennt dabei, dass die Störungen an der Anlage auf gezielte Sabotage zurückgehen.
Uhura begreift, dass das Signal kein Krankheitssymptom, sondern eine Botschaft ist: Im Deuterium des Nebels existieren fremde Lebensformen, die durch dessen Förderung bedroht werden. Um sie zu retten, lassen Enterprise und Farragut das Deuterium aus ihren Gondeln ab, und die Enterprise zerstört die Raffinerie mit ihren Torpedos.
Im Kern ist die Folge Uhuras Geschichte: Sie muss sich der Trauer stellen, die sie seit dem Unfalltod ihrer Familie in sich verschließt, jenem Verlust, der sie einst zur Sternenflotte führte. Zugleich verarbeitet sie den Tod des Ingenieurs Hemmer, der sich in der ersten Staffel für die Crew opferte. In ihrer letzten Vision erscheint Hemmer gesund und lebendig, lächelt ihr zu und nickt.
Zum Abschluss finden Kirk und Uhura zueinander, was ihre spätere Zusammenarbeit auf der Enterprise vorzeichnet. In der Bar begegnen sich zudem Kirk und Lieutenant Spock zum allerersten Mal, woraufhin Spock sich den beiden auf einen Drink anschließt.
Die Enterprise erhält den Auftrag, den klingonischen Botschafter Rah zur Sternenbasis 12 zu geleiten. Rah war früher als General Dak'Rah bekannt – Sohn des berüchtigten „Schlächters von J'Gal“. Der offiziellen Version zufolge tötete er seine ranghöchsten Offiziere, um ein Massaker an Zivilisten zu verhindern, und lief anschließend zur Föderation über.
Seine Anwesenheit belastet vor allem Dr. Joseph M'Benga und Schwester Christine Chapel schwer. Rückblenden führen in den Klingonenkrieg zurück, auf ein Feldlazarett auf dem Mond J'Gal: Dort versorgen M'Benga und die neu zugeteilte Chapel unter extremem Druck verwundete Soldaten und kämpfen mit den Mitteln der Triage ums Überleben Einzelner.
Nach und nach wird enthüllt, dass M'Benga im Krieg als „der Geist“ gefürchtet war – ein Nahkämpfer, der klingonische Ziele lautlos ausschaltete. Die Folge legt offen, dass in Wahrheit er der eigentliche „Schlächter von J'Gal“ war, nicht der überlaufende General.
Die aufgestauten Spannungen entladen sich schließlich in einer Konfrontation zwischen M'Benga und Rah in dessen Quartier. Das Handgemenge endet tödlich für Rah – ob M'Benga aus Notwehr oder aus Rache handelte, lässt die Episode bewusst offen und stellt so unbequeme Fragen nach Schuld, Erinnerung und dem Preis des Krieges.
Mit „Subraum-Rhapsodie“ liefert Strange New Worlds die erste Musical-Folge der gesamten Star-Trek-Geschichte. Am Rand des Alpha-Quadranten stößt die Enterprise auf eine natürlich entstandene Subraum-Falte, von der Spock sich eine Verdreifachung der Kommunikationsgeschwindigkeit verspricht. Um sie zu erforschen, schickt die Crew ein musikalisches Signal hinein – und löst damit ein Feld aus, das die Realität verändert.
Die Folge: Alle an Bord können ihre innersten Gefühle nur noch singend ausdrücken und brechen unkontrolliert in Gesangsnummern aus. Was zunächst kurios wirkt, wird schnell gefährlich, denn das quantenmechanische Wahrscheinlichkeitsfeld dehnt sich aus und erfasst auch andere Schiffe – Verbündete wie Gegner. Sogar ein Klingonen-Schiff wird eingefangen, was der Episode unter anderem eine Klingonen-Hip-Hop-Nummer beschert.
Der Zwang zur Ehrlichkeit legt lange verdrängte Wahrheiten offen. Christine Chapel erfährt, dass sie für ein dreimonatiges Stipendium in archäologischer Medizin unter dem berühmten Dr. Roger Korby angenommen wurde. Als Spock fragt, warum sie ihm nichts gesagt hat, gesteht sie im Lied, dass sie das Stipendium über ihre Beziehung stellt. Es kommt zur Trennung – und Spock schwört daraufhin, sich wieder ganz seiner vulkanischen Seite zuzuwenden und menschliche Gefühle zurückzudrängen.
Die Rettung gelingt schließlich Fähnrich Nyota Uhura. Nach der Analyse der bisherigen Songs erkennt sie, dass ein schwungvolles, gemeinsames Finale genug Energie freisetzt, um das Feld zu schließen. Sie stimmt die gesamte Crew auf ein großes Ensemble-Stück ein, in dem alle die Erfüllung besingen, die sie in der Zusammenarbeit finden. Als der Gesang verklingt, löst sich das Wahrscheinlichkeitsfeld auf – und die Folge endet mit einem Anklang an das klassische Original-Serien-Thema.
Das Staffelfinale führt die Enterprise an den Rand des Föderationsraums, wo die Gorn nach ihrem ersten Auftauchen in Staffel 1 endgültig zur großen Bedrohung werden. Christine Chapel unterstützt Captain Marie Batel und die USS Cayuga bei Impfungen für die junge Kolonie Parnassus Beta – einen Vorposten knapp außerhalb des Föderationsgebiets. Mitten in die Routine schlägt ein Gorn-Angriff ein, der die Kolonie überrollt und den Kontakt abreißen lässt.
Als die Enterprise eintrifft, findet Captain Pike eine verwüstete Welt vor. Die Gorn melden sich bei Starfleet Command und beanspruchen das Gebiet als ihr Hoheitsgebiet; Starfleet weist Pike daraufhin an, sich unsichtbar zu halten und nicht einzugreifen. Erschwerend kommt hinzu, dass die Gorn ein Dämpfungsfeld errichtet haben, das jeden Transportervorgang von der Oberfläche blockiert – die Überlebenden lassen sich nicht einfach hochbeamen.
Pike setzt sich über den Befehl hinweg und schickt ein Außenteam auf den Planeten, um nach Überlebenden zu suchen. Unter den Vermissten ist auch Batel, die beim Angriff auf die Cayuga verschollen ist. Auf der Oberfläche stoßen La'an Noonien-Singh, Joseph M'Benga und Erica Ortegas auf einen jüngeren Ingenieur, der die Serie mit einer Ikone der Original-Serie verbindet: den frisch eingeführten Montgomery „Scotty“ Scott, der als findiger Techniker sofort zum Schlüssel gegen die Gorn-Technologie wird.
Parallel spitzt sich Batels Lage zu. Chapel bringt die schwer verletzte Captain in die Krankenstation und legt sie in ein Stasefeld, um die von den Gorn eingepflanzten Eier zu entfernen, bevor sie schlüpfen. Die Infektion breitet sich jedoch sichtbar über ihren Körper aus, und ein sicheres Gegenmittel ist nicht in Reichweite.
Zum Abschluss treffen Gorn-Verstärkungen ein und eröffnen das Feuer auf die Enterprise. Spock registriert, wie die Gorn die verbliebenen Kolonisten von der Oberfläche wegbeamen – zusammen mit La'an, M'Benga und Ortegas. Das Finale endet mit einem harten Cliffhanger: Ein Großteil der Kolonie und mehrere Schlüsselfiguren der Crew befinden sich in Gorn-Gewalt, während Pike vor einer scheinbar aussichtslosen Lage steht.