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Nach den Ereignissen um die künstliche Intelligenz Control hat sich ein bärtiger Captain Christopher Pike ins Exil nach Montana zurückgezogen und zweifelt an seiner Zukunft in der Sternenflotte. Admiral Robert April sucht ihn auf und teilt ihm mit, dass seine Erste Offizierin Una „Number One“ Chin-Riley bei einer Erstkontaktmission auf Kiley 279 verschollen ist. April beordert die Enterprise vorzeitig aus dem Raumdock, damit Pike sie und ihr Team retten kann. Pike wird dabei von der Vision seines künftigen, schweren Unfalls verfolgt, die er auf Boreth hatte.
Pike ruft Spock zurück, der auf Vulkan gerade seine Verlobung mit T'Pring gefeiert hat, und lernt an Bord seine Crew kennen: Sicherheitschefin und amtierende Erste Offizierin La'an Noonien-Singh, Kommunikationskadettin Nyota Uhura und Pilotin Erica Ortegas, dazu Dr. M'Benga und die zivile Schwester Christine Chapel. Bei Kiley 279 findet die Enterprise die verlassene USS Archer, doch von Raumfahrt fehlt jede Spur. Spock erkennt, dass die aufgefangene Warp-Signatur nicht von einem Antrieb, sondern von einer Warp-Bombe stammt.
Damit sich das Außenteam unbemerkt unter die Bevölkerung mischen kann, verändert Chapel die Gene von Pike, Spock und La'an, sodass sie wie Einheimische aussehen – bei Spock lässt die Wirkung jedoch schneller nach. Das Team dringt in eine Anlage ein und befreit Una und ihre Leute. Una offenbart, dass der Planet die Warp-Technologie durch Beobachtung der nahegelegenen Schlacht gegen Control zurückentwickelt hat: Die Sternenflotte hat die Gesellschaft unbeabsichtigt beeinflusst, woraufhin diese inmitten eines Bürgerkriegs eine Warp-Bombe baute.
Um zu verhindern, dass sich Kiley 279 selbst zerstört, trifft Pike eine mutige Entscheidung: Er offenbart den zerstrittenen Fraktionen offen die Existenz der Enterprise und der Sternenflotte. In einer Ansprache zeigt er anhand von Archivbildern die Geschichte der Erde – den zweiten Bürgerkrieg, die Eugenischen Kriege und den daraus folgenden Dritten Weltkrieg – und bewegt die Parteien dazu, Frieden zu schließen und den Blick zu den Sternen zu richten.
Bei der Nachbesprechung erklärt April, dass die Föderation den Verstoß gegen die Generalordnung Eins nicht ahnden kann, da sie nicht offenlegen darf, wie Kiley an die Technologie kam; stattdessen wird die Regel künftig „Oberste Direktive“ heißen. La'an offenbart Pike ihre Vergangenheit mit den Gorn, die einst von Una gerettet wurde, und erhält von Pike eine feste Stelle als Sicherheitschefin. Pike fühlt sich wieder heimisch auf der Enterprise; mit der komplettierten Crew – darunter Sam Kirk und Ingenieur Hemmer – bricht das Schiff zu neuen Missionen auf: „Wir erforschen. Wir suchen nach neuem Leben und neuen Zivilisationen.“
Die Enterprise wird ausgesandt, um den Kometen C/2260-Quentin im Persephone-System zu vermessen. An Bord wird Kadettin Uhura, die an ihrer Zukunft in der Sternenflotte zweifelt, von Lieutenant Ortegas mit einer Uniform-Finte aufgezogen und zum Dinner in Captain Pikes Quartier geladen.
Simulationen ergeben, dass der Komet auf Persephone III zurast und die dort lebende vorwarpzeitliche Zivilisation der Deleb auslöschen würde. Als die Enterprise den Kometen ablenken will, zeigt sich, dass ein uraltes Artefakt unter seiner Eisoberfläche jeden Eingriff blockiert. Eine „Shepherds“ genannte Spezies wacht über den Kometen, hält ihn für beseelt und bestimmt und fordert die Enterprise auf, sich fernzuhalten.
Ein Außenteam aus Uhura, Spock, La'an und Sam Kirk beamt auf die von kosmischer Strahlung überflutete Oberfläche, wo Schwester Chapel ihnen nur zwei Stunden Schutz verschafft. Als das Schiff der Shepherds das Feuer eröffnet, verzichtet Pike auf Gegenwehr. Spock startet stattdessen mit einem Shuttle und schert mit einem gezielten Manöver ein Stück Eis vom Kometen ab, um dessen Kurs zu ändern.
Uhura entschlüsselt die vom Kometen ausgesandte Musik in eine Sternkarte, die den Weg des Kometen am Planeten vorbei zeichnet – er hätte Persephone III nie getroffen. Rätselhaft bleibt, dass die noch vor Spocks Einsatz gesendete Botschaft exakt jenes Eisstück abbildet, das später abbrach: Der Komet schien sein eigenes Schicksal zu „kennen“. Der Planet ist gerettet, und am Himmel sehen die Deleb den Kometen vorüberziehen.
Für Pike, dem seine eigene Zukunft bekannt ist, wird der Fall zur persönlichen Frage. Nummer Eins hält ihm vor, eine Botschaft über die Zukunft zu empfangen bedeute nicht, sie zu verstehen – vielleicht sei sein Schicksal das, was er daraus mache. Allein zieht Pike später die Akten jener Menschen auf, die heute noch Kinder sind und die er bei dem künftigen Unglück zu retten hofft.
Die Enterprise erreicht Hetemit IX, eine verlassene Kolonie der Illyrianer – einer wegen ihrer Gentechnik von der Föderation geächteten Spezies. Während ein Ionensturm aufzieht, beamt Nummer Eins (Una Chin-Riley) das Außenteam zurück, doch Captain Pike und Spock bleiben auf dem Planeten gefangen. Ein Ensign hat zuvor auf der Oberfläche seltsam leuchtende Objekte berührt.
An Bord wenden sich Crewmitglieder zwanghaft dem Licht zu und verletzen sich dabei. Dr. M'Benga stellt einen dramatischen Vitamin-D-Abfall fest; die Ansteckung verbreitet sich über Lichtwellen und reizt die Lustzentren des Gehirns, sodass die Betroffenen immer mehr Licht suchen. Una verhängt eine Ausgangssperre und lässt schließlich alle Lichter löschen.
Auf dem Planeten liest Spock in Illyrianer-Journalen, dass die Kolonisten ihre genetischen Veränderungen rückgängig machen wollten, um der Föderation beizutreten. Lichtwesen aus dem Ionensturm dringen ein – doch statt Pike und Spock zu töten, schirmen sie die beiden vor dem Sturm ab. Spock schließt, dass es sich um die einstigen Kolonisten handelt, die an einer Krankheit starben und mit den elektrischen Feldern des Sturms verschmolzen.
Um ein Heilmittel zu finden, offenbart Una gegenüber M'Benga und Schwester Chapel, dass sie selbst Illyrianerin ist und ihre Herkunft verheimlicht hat, um in der Sternenflotte dienen zu können. Als La'an unter dem Einfluss der Seuche eine Warpkernschmelze auslösen will, verhindert Una es; beide werden verstrahlt, doch Unas illyrianische Selbstheilung rettet sie und liefert die Antikörper für ein Heilmittel.
Una gesteht Pike ihre Herkunft und bietet ihren Rücktritt an, doch Pike lehnt ab und stellt sich schützend vor sie. Zuletzt deckt Una auf, warum die Biofilter versagten: M'Benga hat heimlich seine todkranke Tochter Rukiya im Muster-Puffer des Transporters bewahrt, damit ihre Krankheit nicht fortschreitet. Statt ihn zu melden, sichert Una ihm eine eigene Energiequelle zu, bis ein Heilmittel gefunden ist.
Die U.S.S. Enterprise soll einer Föderationskolonie einen atomgetriebenen Luftfilter liefern, findet vor Ort jedoch zahlreiche Kolonisten tot vor. Sicherheitschefin La'An Noonien-Singh hilft bei der Evakuierung der Überlebenden und erkennt die Situation als Falle der Gorn – als Kind hatte sie als Einzige einen Angriff dieser Reptilienwesen überlebt.
Ein Gorn-Schiff eröffnet das Feuer und fügt der Enterprise schweren Schaden zu. Als die medizinische Ausrüstung ausfällt, greifen Dr. M'Benga und Schwester Christine Chapel auf Methoden der Medizin des 21. Jahrhunderts zurück, um die zahlreichen Verwundeten zu versorgen.
Um sich zur Wehr zu setzen, lockt die Crew das Gorn-Schiff in die Atmosphäre eines Braunen Zwergs nahe einem Schwarzen Loch, wo die Sensoren und Schutzschilde beider Schiffe unbrauchbar werden. Spock findet einen Weg, den Gegner dennoch zu orten, und die Enterprise zerstört ihn – doch kurz darauf treffen drei weitere Gorn-Schiffe ein, von denen eines vom Druck der Atmosphäre zerquetscht wird.
Um die Kommunikation der Gorn zu verstehen, führt Spock eine Gedankenverschmelzung mit Noonien-Singh durch. Mit dem gewonnenen Wissen bringt die Crew ein Gorn-Schiff dazu, auf ein anderes zu feuern. Schließlich fliegt die Enterprise im Warp um das Schwarze Loch, verschwindet kurzzeitig von den Sensoren und stößt den instabilen Luftfilter ab. Dessen Explosion täuscht dem letzten Gorn-Schiff vor, die Enterprise sei vernichtet, sodass die Überlebenden entkommen können.
Nach der Begegnung mit den Gorn kehrt die Enterprise zur Sternenbasis 1 zurück, wo das Schiff repariert wird und die Crew Landurlaub nimmt. Spock plagt ein Albtraum, in dem seine menschliche und seine vulkanische Hälfte gegeneinander kämpfen. Als seine Verlobte T'Pring an Bord kommt, kriselt es zwischen beiden: Sie kritisiert seine Einrichtung und zweifelt an seinem Einsatz für ihre Beziehung. Zugleich hat T'Pring einen eigenen Auftrag – sie soll den flüchtigen, die Logik ablehnenden Vulkanier Barjan T'Or aufspüren und zur Vernunft zurückführen. Parallel unterrichtet Admiral April den Captain, Spock und Uhura über heikle Verhandlungen mit dem R'ongovianischen Protektorat, dessen Gebiet zwischen dem Klingonen- und dem Romulanischen Reich liegt.
Die R'ongovianer schätzen Captain Pike so sehr, dass sie sofort verhandeln wollen – und Spocks gemeinsames Abendessen mit T'Pring platzt. Um seine Beziehung zu retten, sucht Spock Rat bei Nurse Chapel, die ihm empfiehlt, sich T'Pring auf ihrer Ebene zu nähern. Bei einem vulkanischen Seelen-Ritual, das die beiden einander näherbringen soll, geht etwas schief: Spock und T'Pring tauschen die Körper. Kurz darauf erscheint Pike mit einer Hiobsbotschaft – die R'ongovianer wollen ausschließlich mit Spock weiterverhandeln. Die beiden gestehen Pike die Wahrheit; T'Pring übernimmt in Spocks Körper die Verhandlungen, während Spock in T'Prings Körper zurückbleibt, um das Ritual rückgängig zu machen.
Da meldet sich T'Prings Assistentin K'Tyll: Der Flüchtige Barjan T'Or ist aufgetaucht und will nur mit T'Pring sprechen. So muss Spock in T'Prings Gestalt deren Aufgabe übernehmen. Chapel rät ihm, einfach T'Prings Job zu machen. In den Verhandlungen gerät T'Pring – in Spocks Körper – ins Straucheln, als die R'ongovianer fragen, welchen Nutzen die Föderationsmitgliedschaft für die Vulkanier habe; sie antwortet aus ihrer eigenen, ablehnenden Haltung heraus. Pike springt ein und verteidigt Spock, indem er dessen Opfer für die Sternenflotte hervorhebt. Beim Treffen mit Barjan wird Spock in T'Prings Körper so sehr beleidigt, dass er den bigotten Kriminellen mit einem Schlag niederstreckt.
Dr. M'Benga und Chapel gelingt es schließlich, das Paar mithilfe einer kortikalen Stimulation und einer Seeigel-Paste wieder in die eigenen Körper zurückzuversetzen. Danach klären Spock und T'Pring ihre Beziehung: Spock gesteht seine Furcht, ihr nicht vulkanisch genug zu sein, und beide bekräftigen, dass sie zusammen sein wollen. Im entscheidenden letzten Gespräch nennt Pike den R'ongovianern bewusst alle Gründe, die gegen einen Beitritt sprechen – einer Ahnung folgend, dass dieses Volk auf radikale Empathie setzt und jene bewundert, die ihren Standpunkt einnehmen. Die Rechnung geht auf: Die R'ongovianer treten der Föderation bei und hissen deren Flagge. In einem Nebenstrang decken Nummer Eins und La'an das heimliche Besatzungsspiel „Enterprise-Bingo“ auf, spielen es selbst durch und unterschreiben zum Abschluss auf dem ältesten Hüllenstück des Schiffs, dem „Scorch“.
Auf dem Weg zum Planeten Majalis empfängt die Enterprise den Notruf eines Shuttles, das von einem Kampfkreuzer angegriffen wird. Pike lässt den Angreifer ausschalten und die Passagiere an Bord beamen: einen Jungen, der nur „Erster Diener“ genannt wird, dessen Vater und Arzt Gamal sowie die Majalanerin Alora – eine frühere Liebe Pikes, die er zehn Jahre zuvor gerettet hatte.
Der Erste Diener soll binnen weniger Tage bei einer feierlichen Zeremonie den Thron besteigen. Eine im Wrack gefundene Eid-Münze deutet auf einen Verräter in Aloras Leibgarde hin; in der über der Oberfläche schwebenden Hauptstadt enttarnt sich der Wächter Kier, der den Jungen entführen wollte, und wird von Alora getötet. Pike und Alora kommen sich in dieser Zeit wieder näher.
Cadet Uhura entschlüsselt die Sprache der Angreifer und stellt fest, dass die vermeintlich fremde Kolonie Prospect VII in Wahrheit von Majalanern abstammt. Gamal versucht, seinen Sohn von Bord zu beamen und dessen Tod vorzutäuschen, um ihn vor der Rückkehr nach Majalis zu bewahren. Der Plan scheitert und der Kampfkreuzer explodiert, doch der Junge hat sich zuvor über ein selbstgebautes Subraumsignal zurück an Bord retten lassen.
Pike darf die Zeremonie miterleben und erkennt ihr wahres Wesen: Der Leichnam des vorherigen Ersten Dieners wird aus einer Maschine gelöst und der neue Junge an seiner Stelle angeschlossen. Alora erklärt, dass Majalis’ paradiesischer Wohlstand nur durch das Opfer eines an die Maschine gekoppelten Kindes bestehen kann. Pike ist entsetzt, kann aber nichts ausrichten, da Majalis nicht der Föderation angehört.
Gamal, der sich der rebellischen Kolonie angeschlossen hatte, um seinen Sohn zu retten, hilft anschließend Dr. M’Benga bei einem ersten Behandlungsansatz für dessen kranke Tochter Rukiya und verlässt die Enterprise, um künftige Erste Diener zu schützen. Pike bleibt verstört zurück.
Die Enterprise nimmt Dr. Aspen an Bord, einen ehemaligen Sternenflotten-Berater, der Kolonisten am Rand des Föderationsraums betreut. Drei Kolonieschiffe sollen seit Wochen ohne Energie gestrandet sein, und Captain Pike nimmt sich der humanitären Mission an. Aspen warnt vor Piraten der berüchtigten Serene Squall. Tatsächlich stößt die Enterprise nur auf Trümmer zweier Schiffe und gerät bei der Suche nach dem dritten kurzzeitig in ein tholianisch anmutendes Energienetz, dem sie knapp entkommt.
Parallel beschäftigt Spock seine Fernbeziehung zu T’Pring, die sich auf Vulkan der Rehabilitation von Straftätern widmet und sich mit menschlicher Sexualität auseinandersetzt, um Spocks menschliche Seite besser zu verstehen. Aspen wiederum fordert Spock in mehreren Gesprächen heraus und stellt dessen ständige Frage, ob er eher Vulkanier oder Mensch sei, grundsätzlich infrage.
Als die Enterprise das letzte Kolonieschiff findet, entpuppt es sich als die Serene Squall selbst: Während Pikes Außenteam hinüberbeamt, entern Piraten die Enterprise. Nummer Eins gelingt es, die Systeme zu sperren, doch die Crew wird bis auf Spock, Aspen und Schwester Chapel gefangen genommen. An Bord des Piratenschiffs stachelt Pike den Orion-Anführer Remy und dessen Mannschaft geschickt gegeneinander auf und legt den Keim für eine Meuterei.
In der Maschinensektion hebt Spock die Sperre auf – woraufhin sich Aspen als Captain Angel, die wahre Anführerin der Serene Squall, zu erkennen gibt. Angel hat die Notlage der Kolonisten frei erfunden, um Spock in die Hände zu bekommen: T’Pring soll im Austausch einen Gefangenen ihrer Rehabilitationseinrichtung freigeben, der zugleich Angels Geliebter ist. T’Pring trifft ein, um den Tausch vorzubereiten.
Spock durchkreuzt den Plan mit einer List: Er behauptet, eine Affäre mit Chapel zu haben, besiegelt mit einem Kuss, woraufhin T’Pring die Verlobungsbindung löst. Als Angel daraufhin T’Prings Schiff zerstören will, zeigt sich, dass Pikes Meuterei geglückt ist – er hat die Serene Squall übernommen und kann die Enterprise fernsteuern. Angel beamt sich allein auf ein Fluchtschiff, die Piratencrew ergibt sich. T’Pring versöhnt sich mit Spock; sie durchschaute die Täuschung von Anfang an. Zum Schluss vertraut Spock Chapel an, wer der von Angel gesuchte Gefangene ist: sein Halbbruder Sybok.
Nachdem die Enterprise die Kadetten Uhura und Chia für ihre abgeschlossene Ausbildungsrotation verabschiedet hat, erreicht ein zweiter Prioritäts-Eins-Auftrag das Schiff: Die USS Peregrine hat vier Tage zuvor auf dem Eisplaneten Valeo Beta V einen Notruf abgesetzt und ist seither verschollen. Da der Planet Kommunikation und Transporter blockiert, führt Captain Pike ein Außenteam mit Spock, La’An, M’Benga, Kirk, Chapel, Hemmer und den Kadetten per Shuttle zur Absturzstelle, während Nummer Eins die Enterprise weiter zur Raumstation K-7 steuert.
Am Wrack findet das Team Dutzende toter Besatzungsmitglieder und aus einem Logbuch die Wahrheit: Die Peregrine hatte drei Schiffbrüchige aufgenommen, von denen einer mit Gorn-Eiern infiziert war. La’An, deren Bruder einst von Gorn getötet wurde, ist alarmiert, als in der Krankenstation die überlebende Oriana und der geschwächte Begleiter „Buckley“ gefunden werden. Kurz darauf brechen mehrere Gorn-Jungtiere aus Buckleys Körper, töten Kadettin Chia und den frisch beförderten Lieutenant Duke.
La’An erklärt, dass die Jungtiere rasch heranwachsen und um die Vorherrschaft kämpfen, sich aber vor Kälte scheuen und den Schiffssensoren entgehen. Das Team entwickelt einen Plan, die verbliebenen Gorn mit gezielter Temperatursteuerung in eine Falle zu locken. Spock lässt sich von La’An zu offener Wut anstacheln, um eines der Tiere aus dem Lüftungssystem zu treiben; die beiden letzten Gorn gehen daraufhin aufeinander los, bis nur noch der stärkste Jäger übrig bleibt.
La’An fordert den letzten Gorn unbewaffnet heraus und lockt ihn in eine Frachtbucht, wo Hemmer die Umgebung mit eisiger Luft flutet und die Kreatur einfriert. La’An zerschlägt das gefrorene Tier – doch der Sieg ist bitter: Das Sekret, das Hemmer zuvor abbekommen hat, war Teil der Gorn-Fortpflanzung, und der blinde Aenar erkennt, dass er selbst mit Eiern infiziert ist.
Um seine Freunde zu schützen, sperrt Hemmer die Türsteuerung und tritt trotz aller Bitten aus dem Kraftfeld hinaus in die vertraute Kälte, ehe er sich in eine Schlucht stürzt. Später hält die Enterprise eine Trauerfeier für Hemmer, Chia und Duke. Spock kämpft sichtbar mit seinen freigesetzten Emotionen, La’An erbittet einen Urlaub, um Orianas Familie zu suchen, und eine entschlossene Uhura findet an der Kommunikationsstation endlich ihre Bestimmung.
Während einer Mission zur Aufrüstung von Außenposten 4 an der Neutralen Zone teilt Captain Pike eine Mahlzeit mit Captain Marie Batel. Seine gewonnene Gelassenheit gerät ins Wanken, als er erfährt, dass Maat Al-Salah, der Sohn des Außenposten-Kommandanten, einer der beiden Kadetten ist, die er sieben Jahre später bei einem Trainingsunfall nicht retten kann. Als Pike beginnt, dem Jungen eine Warnung über dessen düstere Zukunft zu diktieren, erscheint sein eigenes zukünftiges Ich: Admiral Christopher Pike, der mit einem Zeitkristall vom klingonischen Planeten Boreth zurückgereist ist, um den Captain davon abzuhalten, die Zeitlinie zu verändern.
Admiral Pike überreicht seinem jüngeren Selbst einen weiteren Zeitkristall, mit dem der Captain einen entscheidenden Moment der Geschichte durchlebt. Pike findet sich im Jahr 2266 wieder, wo er auf der Enterprise eine Hochzeit leitet, als das Schiff über einen Angriff auf Außenposten 4 alarmiert wird — der Beginn des Konflikts aus der klassischen Folge „Spock unter Verdacht“. Ein romulanisches Schiff zerstört den Außenposten, tarnt sich und nimmt Kurs auf Romulus. Anders als im Original schließt sich die USS Farragut unter dem Kommando von James T. Kirk der Verfolgung an.
Wo Kirk und Spock einen Angriff befürworten, ordnet Pike an, den Gegner nur kampfunfähig zu machen statt ihn zu zerstören. Die Romulaner gewinnen dennoch die Oberhand und vernichten die Farragut; Kirk und die Überlebenden flüchten auf die Enterprise. Kirk kritisiert Pikes kurzes Zögern, doch Pike setzt weiter auf Diplomatie und handelt mit dem romulanischen Commander einen zweistündigen Waffenstillstand aus.
Als der Waffenstillstand endet, warpt der romulanische Prätor mit einer gewaltigen Armada heran. Pikes Vertrauen auf Gnade und Diplomatie war als Schwäche gedeutet worden und hatte die Romulaner zur Kriegserklärung gegen die Föderation bewogen. Die Enterprise entkommt nur knapp dank eines Manövers von Kirk, doch Spock erleidet schwere, bleibende Verletzungen und erbt damit das Schicksal, das eigentlich Pike bestimmt war.
Zurück in seiner eigenen Zeitlinie im Jahr 2259 begreift Pike, dass sein Kommandostil zu einem katastrophalen Krieg mit Romulus und zum Verlust von Spocks späteren Beiträgen führen würde, sollte er sein Schicksal abwenden. Er entscheidet sich, den warnenden Brief an den Kadetten nicht zu schreiben. Spock erkennt, dass Pike seine Bürde auf einen anderen — ihn selbst — überträgt, und dankt ihm dafür. Kaum kehrt Normalität ein, beamt Captain Batel an Bord, um Number One wegen ihrer verborgenen illyrischen Genmodifikationen zu verhaften — ein Cliffhanger zum Abschluss der ersten Staffel.
