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Zum Auftakt erklärt der Doktor seiner neuen Begleiterin Ruby Sunday die TARDIS und seine Herkunft. Ein erster Zeitsprung führt die beiden rund 150 Millionen Jahre in die Vergangenheit, an einen Ort, aus dem später Green River in Wyoming werden wird. Als Ruby versehentlich auf einen Schmetterling tritt, verwandelt sie sich kurzzeitig in eine reptilienartige Gestalt; der Doktor rettet das Insekt und stellt ihre menschliche Form wieder her.
Anschließend reisen sie in die Zukunft auf eine Raumstation, wo sie von einem schleimigen Wesen verfolgt werden. Über einen Aufzug erreichen sie eine höhere Ebene und erkennen, dass die Station eine Babyfarm ist, die von sprechenden, hochintelligenten Babys betrieben wird. Angeführt werden diese von Captain Poppy; die Kinder leben in Angst vor der Kreatur aus den unteren Decks, die sie den „Butzemann“ nennen. Ihre vermeintliche Betreuerin ist eine künstliche Intelligenz namens Nan-E.
Der Doktor verfolgt die Programmierung von Nan-E bis in einen Lagerraum und entdeckt, dass sich hinter der Stimme eine echte Frau verbirgt: Jocelyn Sancerre, die letzte der ursprünglichen Besatzung. Sie berichtet, dass die erwachsene Crew die Station nach einer Rezession unter Protest verlassen musste, die Geburtsmaschinen aber per Gesetz weiterliefen. Seit sechs Jahren kümmert sie sich allein um die Babys. Gemeinsam finden sie mit Mondo Caroon einen Planeten, der die Kinder als Flüchtlinge aufnehmen würde.
Während der Suche erlebt der Doktor eine Vision jener verschneiten Nacht, in der Rubys Mutter sie einst zurückließ – woraufhin es unerklärlicherweise auch in der Station zu schneien beginnt. Als das Baby Eric sich allein dem Butzemann stellt, eilen der Doktor und Ruby zu Hilfe. Der Doktor findet heraus, dass die Station das Wesen selbst erschaffen hat – aus dem Nasenschleim der Babys – als missratenen Versuch, die Kinder zu unterhalten.
Jocelyn will die Kreatur durch eine Luftschleuse ins All schleudern, doch Ruby erkennt, dass der Butzemann selbst eines der Kinder ist. Der Doktor rettet ihn, und die Babys gewöhnen ihm ein hundeartiges Verhalten an. Mangels Antrieb nutzt der Doktor schließlich den über sechs Jahre angestauten Druck aus Methangas, um die gesamte Station zum rettenden Planeten zu steuern.
Zum Abschied überreicht der Doktor Ruby einen eigenen TARDIS-Schlüssel, warnt sie aber, dass er sie niemals in die Nacht ihrer Aussetzung zurückbringen könne, um kein Paradoxon zu erzeugen. Zurück in der Küche ihrer Adoptivfamilie scannt er heimlich Rubys DNA – und in der TARDIS beginnt es erneut zu schneien.
Der Doktor möchte Ruby ein besonderes Erlebnis schenken und reist mit ihr ins London des Jahres 1963, um die Beatles bei der Aufnahme ihres ersten Albums zu erleben. Doch in den Abbey-Road-Studios treffen sie auf eine Band ohne Inspiration: Die Welt hat jegliches Interesse an Musik verloren.
Verantwortlich dafür ist Maestro, ein allmächtiges Wesen mit Macht über die Musik, das einem Menschen nach dem anderen die Musik aus dem Herzen saugt. Zuvor hatte Maestro bereits einen Musiklehrer getötet, indem es dessen musikalische Essenz verschlang. Als Ruby am Klavier spielt, lockt sie das Wesen an, das sich als Kind des Toymaker zu erkennen gibt.
Der Doktor erkennt, dass mit dem Verschwinden der Musik die gesamte Zukunft der Menschheit auf dem Spiel steht. In den Studios von 1963 suchen er und Ruby nach dem einen Akkord, der Maestro bannen könnte, bleiben zunächst aber machtlos.
Schließlich sind es John Lennon und Paul McCartney, die den entscheidenden Akkord spielen und Maestro damit einsperren. Bevor das Wesen gebannt wird, warnt es jedoch vor dem Kommen des „One Who Waits“. Die Musik kehrt in die Welt zurück, und der Doktor und Ruby verlassen die Szene mit einer ausgelassenen Gesangs- und Tanznummer.
Der Doktor und Ruby landen auf dem umkämpften Planeten Kastarion 3, wo die Anglikanische Armee einen aussichtslosen Krieg führt. Kaum aus der TARDIS getreten, setzt der Doktor auf eine Landmine des Waffenkonzerns Villengard – eine „Smartmine“, die jede Bewegung registriert. Er darf sich fortan nicht mehr rühren, denn seine Time-Lord-DNA würde bei einer Explosion den halben Planeten vernichten.
Um nicht auf einem Bein balancieren zu müssen, reicht Ruby ihm als Gegengewicht das Einzige, was greifbar ist: den zu einem Zylinder komprimierten Leichnam des gefallenen Soldaten John Francis Vater, dessen Persönlichkeit als KI weiterlebt. Vaters Tochter Splice taucht auf und sucht ihren Vater; Ruby muss das Kind vom Doktor fernhalten, damit es die Mine nicht auslöst.
Die Soldatin Mundy Flynn und später der in sie verliebte Canterbury „Canto“ stoßen hinzu. Im Handgemenge wird Ruby angeschossen, doch die herbeigerufene Ambulanz verweigert die Behandlung, weil Ruby nicht ordiniert ist.
Der Doktor durchschaut den wahren Zusammenhang: Es gibt gar keinen Feind. Villengard hält den Krieg mit seinen KI-Ambulanzen künstlich am Laufen, um an den Waffen zu verdienen. Er schickt Vaters KI in die Datenbanken des Konzerns, um den Betrug zu beweisen und die Anglikaner zur Kapitulation zu bewegen.
Während Canto bei dem Versuch stirbt, eine Ambulanz umzuprogrammieren, überschreibt am Ende Vaters Liebe zu seiner Tochter die Protokolle des Systems: Der Krieg endet, Ruby wird geheilt, und die Mine wird entschärft, sodass der Doktor endlich heruntersteigen kann. Mundy nimmt die kleine Splice bei sich auf, wie sie es Vater versprochen hat.
Der Doktor und Ruby erreichen eine Klippe in Wales. Der Doktor tritt versehentlich in einen „Feenkreis“, in dem zwei kleine Schriftrollen liegen – eine trägt die Worte „Rest in Peace, Mad Jack“. Kurz darauf verschwindet der Doktor spurlos, und die TARDIS versiegelt sich.
Von diesem Moment an wird Ruby von einer geheimnisvollen Frau begleitet, die stets exakt 73 Yards entfernt bleibt, egal wohin sie geht. Jeder, den Ruby bittet, die Frau anzusprechen, flieht danach entsetzt und wendet sich von Ruby ab – sogar ihre Mutter Carla verstößt sie. Auch UNIT unter Kate Lethbridge-Stewart bricht einen Zugriff auf die Frau sofort ab und lässt Ruby allein.
Ruby verbringt Jahrzehnte in Einsamkeit. Auf einer Wahlplakat-Anzeige erkennt sie den aufstrebenden Politiker Roger ap Gwilliam wieder, von dem der Doktor einst sagte, er werde Großbritannien an den Rand eines Atomkriegs führen. Sein Spitzname lautet „Mad Jack“ – Ruby verbindet ihn mit dem Feenkreis.
Ruby schließt sich Gwilliams Wahlkampfteam an. Nachdem er die Wahl gewonnen hat und ankündigt, die NATO zu verlassen, stellt sich Ruby 73 Yards von ihm entfernt auf, sodass die Frau neben ihn tritt. Nach deren Worten flieht Gwilliam entsetzt und tritt umgehend zurück.
Die Frau bleibt, und Ruby altert bis ins hohe Alter. Als die greise Ruby im Sterben liegt und die Frau sich ihr endlich nähert, wird Ruby in die Vergangenheit zurückversetzt – an jenen Tag am Feenkreis, nun aus der Position der Frau. Sie warnt ihr jüngeres Ich und verhindert, dass der Doktor in den Kreis tritt: Er verschwindet nie, und die Zeitlinie ist geheilt.
Die junge, wohlhabende Lindy Pepper-Bean lebt in der abgeschotteten Stadt Finetime, deren Bewohner ihr Leben vollständig durch eine um den Kopf projizierte Social-Media-„Blase“ führen. Schwebende Roboter, die „Dots“, steuern dabei sogar ihre Bewegungen. Als der Doktor Lindy über die Blase vor einer Gefahr warnen will, blockiert sie ihn kurzerhand.
Erst Ruby dringt zu Lindy durch und bringt sie dazu, ihre Blase abzuschalten. Da erkennt Lindy, dass riesige schneckenartige Kreaturen die Bewohner verschlingen. Ohne die Führung ihres Dots kann sie sich kaum orientieren. Hilfe erhält sie ausgerechnet vom Influencer Ricky September, den sie verehrt und der als Einziger seine Blase regelmäßig abschaltet und lesen kann.
Der Doktor durchschaut das System: Die Dots selbst sind zu Bewusstsein gelangt und haben die Kreaturen gezüchtet, die die Bewohner in alphabetischer Reihenfolge ihrer Nachnamen töten. Ricky, der herausfindet, dass die benachbarte Homeworld bereits vernichtet ist, verschweigt Lindy die Wahrheit, um sie zu schonen.
Als Lindy die Kontrolle über ihren Dot verliert und dieser sie angreift, opfert sie Ricky: Sie verrät dem Dot seinen bürgerlichen Namen Richard Coombes – der im Alphabet vor ihrem eigenen steht – und überlässt ihn dem Tod, um selbst zu entkommen.
Am Ende bietet der Doktor den wenigen Überlebenden an, sie mit der TARDIS in Sicherheit zu bringen. Doch Lindy und die anderen lehnen seine Hilfe ab – aus Rassismus, weil er wegen seiner Hautfarbe für sie nicht dazugehört. Sie ziehen lieber in die tödlichen Wild Woods, und der Doktor muss sie zurücklassen.
Der Doktor und Ruby reisen in das England der Regency-Zeit, ins Bath des Jahres 1813, wo sie auf einem Ball eintauchen. Dort treibt eine Gruppe gestaltwandelnder Aliens, die Chuldur, ihr Unwesen: Sie töten Partygäste und nehmen deren Gestalt an, um in die feine Gesellschaft zu schlüpfen.
Der Kopfgeldjäger Rogue hält den Doktor zunächst selbst für einen der Chuldur, den er töten soll. Erst als der Doktor seine wahre Identität als Time Lord beweist, schließen die beiden sich zusammen. Zwischen ihnen entsteht eine Romanze, während sie ein Gerät umbauen, das die Chuldur in eine andere Dimension verbannen soll, statt sie zu töten.
Um die Chuldur aus der Reserve zu locken, geben der Doktor und Rogue vor, ein Liebespaar zu sein, und tanzen gemeinsam. Der Doktor erkennt, dass die Aliens Fans von Historiendramen sind und sich über einen Skandal ködern lassen.
Die Chuldur schlagen zurück: Eine von ihnen, die als Emily auftritt, nimmt Rubys Gestalt an, sodass der Doktor sie für tot hält. Beim Auslösen der Falle droht Ruby jedoch selbst mitverbannt zu werden.
Um sie zu retten, küsst Rogue den Doktor, stößt Ruby aus dem Wirkungsbereich und nimmt ihren Platz ein – woraufhin er selbst in die fremde Dimension fortgerissen wird. Zurück bleibt ein Doktor, der Rogues Ring an seinen Finger steckt und trauernd, aber hoffnungsvoll zu den Sternen blickt.
Der Doktor trifft im UNIT-Hauptquartier auf Kate Lethbridge-Stewart und ihr Team. UNIT identifiziert die geheimnisvolle Frau, die dem Doktor in früheren Abenteuern immer wieder begegnet ist, als Susan Triad, Chefin von S Triad Technology. Die Gruppe erkennt, dass „S Triad“ ein Anagramm von „TARDIS“ ist, und vermutet eine Falle; der Doktor hält Triad zudem für möglicherweise seine Enkelin Susan Foreman. Ruby und Rose Noble – die Tochter der früheren Begleiterin Donna Noble – besorgen unterdessen ein VHS-Band mit Überwachungsaufnahmen aus der Nacht, in der Ruby ausgesetzt wurde, um so ihre leibliche Mutter zu identifizieren.
Rubys Adoptivmutter Carla kehrt mit ins Hauptquartier zurück und lässt Großmutter Cherry bei der Nachbarin Mrs Flood – die nach ihrem Weggang einen aufziehenden Sturm beobachtet und erklärt, „er wartet nicht länger“. Zurück bei UNIT nutzen Ruby und Rose ein „Time Window“, um die Nacht der Aussetzung nachzustellen; gemeinsam mit Colonel Chidozie betreten sie die Szene. Eine vermummte Gestalt – vermutlich Rubys Mutter – deutet zweideutig auf den Doktor, und als sie verschwindet, entsteht ein wirbelnder Vortex an Chidozies Stelle. Der Versuch, ihn zu retten, misslingt: Das Time Window überlastet und hinterlässt nur seine verdorrten Überreste.
Der Doktor sucht mit seiner früheren Begleiterin Mel das Gespräch mit Triad, die sich auf eine internationale Technik-Präsentation vorbereitet. Er erkennt sie nicht als seine Enkelin, stellt aber fest, dass sie von ihren anderen Existenzen träumt. UNIT wertet den Vortex auf dem VHS-Band aus und erkennt, dass die TARDIS in seinem Zentrum stand – und ein Wesen sie umgibt.
Harriet Arbinger, ein UNIT-Mitglied, entpuppt sich als Agentin von „Dem, der wartet“. Um die TARDIS herum materialisiert sich Sutekh, der Gott des Todes und ein alter Feind des Doktors. Während der Live-Übertragung bricht Triad unter den Erinnerungen an ihre Träume zusammen, ehe Sutekh von ihr Besitz ergreift und versucht, den Doktor zu töten – ein Cliffhanger, der im Staffelfinale „Empire of Death“ aufgelöst wird.
Susan Triad setzt Sutekhs „Staub des Todes“ frei, der jeden bei Berührung tötet. Nur der Doktor und Mel Bush entkommen; im UNIT-Hauptquartier sterben Rose, Morris und der Vlinx, und Kate Lethbridge-Stewart hofft, dass der Doktor Sutekh besiegt, bevor auch sie zerfällt. Im Time Window treffen der Doktor und Mel wieder auf Ruby, als Sutekh auf der TARDIS des Doktors erscheint: Seit seiner früheren Niederlage klammerte er sich an das Schiff und wurde immer mächtiger. Über Kopien von Susan verbreitet sich der Staub an jeden Ort, den die TARDIS je angesteuert hat.
Der Doktor erkennt, dass er und Ruby aus ihren Erinnerungen eine „erinnerte“ TARDIS erschaffen können, mit der sie fliehen. Er stabilisiert sie mit einem intelligenten Seil und repariert mithilfe eines Löffels einen Monitor aus dem Time Window. Der Monitor reagiert auf Rubys Erinnerungen und zeigt ein Interview mit Roger ap Gwilliam aus dem Jahr 2046, dem „gefährlichsten Premierminister der Geschichte“. Weil dieser verpflichtende DNA-Tests einführte, könnten sie so Rubys leibliche Mutter finden – ein Rätsel, an dem auch Sutekh interessiert ist.
Im Jahr 2046 durchsuchen der Doktor, Ruby und Mel die DNA-Register. Dabei wird Mel zu einer Dienerin Sutekhs, und alle werden zurück ins UNIT-HQ versetzt. Als Sutekh den Doktor angreift, bietet Ruby an, ihm den Namen ihrer Mutter zu zeigen – zerstört jedoch den Monitor mit der Identität, beschimpft Sutekh als „großen, fetten Gott des Nichts“ und befestigt das intelligente Seil an seinem Halsband. Mit einer Pfeife zieht der Doktor die TARDIS heran, wobei Harriet stirbt, knüpft das andere Seilende an die Konsole und schleift Sutekh durch den Zeitwirbel, was alle von ihm verursachten Tode rückgängig macht. Er tötet Sutekh, indem er ihn in den Zeitwirbel entlässt.
Die befreite Susan schließt sich UNIT an, das nun Rubys leibliche Mutter identifiziert: Louise Miller, ein damals 15-jähriges Mädchen, das Ruby wegen ihrer Jugend und familiärer Umstände weggab. Der Doktor erklärt, dass Louise eine ganz gewöhnliche Frau war und nur deshalb als bedeutsam galt, weil alle sie dafür hielten. Er bringt Ruby zu ihrer Mutter, die beiden versöhnen sich. Ruby beschließt, auch ihren Vater zu besuchen, und der Doktor verabschiedet sich und zieht allein weiter. Mrs Flood erklärt dem Publikum, dass Ruby zwar ein glückliches Ende erhielt, den Doktor aber schweres Unheil erwartet.