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Jason Todd spürt den Joker in einem verlassenen Vergnügungspark auf und setzt sich über Bruce Waynes ausdrückliche Warnung hinweg. Nachdem er an einem mysteriösen Inhalator gezogen hat, geht er allein in den Park, findet dort einen von Jokers Lachgas entstellten Polizisten und wird schließlich vom Joker überrascht und mit einer Brechstange erschlagen – dessen Gesicht bleibt dabei unsichtbar.
Parallel stoppen die Titans – Dick Grayson als Nightwing, Gar Logan, Superboy, Krypto und Starfire – in San Francisco den Schurken Gizmo, der in den Dayton Labs einen biotechnisch veränderten Ebola-Stamm stiehlt. Während die anderen Interviews geben, bleibt Nightwing wie einst Batman im Hintergrund. Starfire trifft den Therapeuten Justin Cole wieder und verabredet sich mit ihm. In Gotham wird derweil der junge Tim Drake eingeführt, der als Lieferfahrer arbeitet und dessen Familie in ein Nudelrestaurant und zwielichtige Geschäfte verwickelt ist. Eine Nachricht meldet: Robin ist tot, der Joker sitzt in Arkham.
Dick kehrt ins Wayne Manor zurück und findet Bruce in der Bathöhle, wie er das Blut von Jasons Kostüm wischt. Jason ist bereits neben Alfred beigesetzt; dass Bruce ihn von der Beerdigung ausgeschlossen und den Tod so beiläufig abgetan hat, erschüttert Dick. Im Titans Tower zürnt Starfire, Jason habe nie dazugelernt, und mahnt die Jüngeren, zu wachsen; kurz darauf hat sie eine Vision von Ärzten, die jemanden auf einer Trage fortschieben. Gar vermisst die auf Themyscira weilende Rachel, die Donna Troy wiederzubeleben versucht.
Dick sucht Barbara Gordon auf, die inzwischen im Rollstuhl sitzt und als Polizeikommissarin von Gotham amtiert; an einem Tatort untersuchen sie die in Folie gewickelten Opfer eines Serienmörders. Bei einem Wiedersehen im Wayne Manor gerät Barbara mit Bruce aneinander: Sie wirft ihm vor, seinen 'Krieg' über Menschenleben zu stellen, Dick und Jason instrumentalisiert zu haben, und fordert, dass es keinen weiteren Robin geben dürfe – er sei so verrückt wie der Joker.
Dick durchsucht Jasons Verstecke, findet Geld und ein Loft mit einem Chemielabor und stellt fest, dass Jason vor dem Kampf eine unbekannte Droge nahm. Im Batcomputer entdeckt er, dass Bruce bereits neue Robin-Kandidaten ins Auge fasst, und stellt seinen Mentor zur Rede; Bruce bietet ihm an, wieder Robin zu werden, doch Dick fordert ihn zum Rückzug auf.
In der Nacht weckt Bruce den schlafenden Dick, wirft eine Brechstange zu Boden und gesteht, den Joker in Arkham erschlagen zu haben – der habe dabei gelacht. Bruce erklärt sein Spiel für beendet, überträgt Dick die Aufgabe, Gotham zu retten und ein besserer Batman zu sein, und verlässt ihn.
In Gotham streiten sich Kriminelle darüber, ob Batman den Joker wirklich getötet hat, als der maskierte Red Hood auftaucht. Er wirft ihnen eine Tasche mit den abgetrennten Köpfen ihrer Stellvertreter auf den Tisch, schaltet einige der Anwesenden aus und verlangt fortan Schutzgeld – wer sich widersetzt, wird erschossen. In Washington, D.C. wird unterdessen Hank Hall (Hawk) wieder eingeführt, dessen Werben um Dawn Granger (Dove) abgewiesen wird.
Dick trifft im Polizeipräsidium auf Barbara Gordon, die eine Fahndung nach Batman ausgerufen hat, und zieht ernsthaft in Erwägung, Bruces Auftrag zu erfüllen. Er bringt die Titans in die Bathöhle. Bald bittet eine Frau namens Ann Williams darum, mit Nightwing zu sprechen; ein Video zeigt sie, wie sie eine rote Kapuze aufsetzt und eine Rucksackbombe ablegt. Im Verhör kann sie nur beten und zeigt eine in ihren Arm geritzte Telefonnummer; als Dick sie wählt, bereitet ihr das solche Qualen, dass sie sich das Genick bricht.
Ann wurde von einer Droge zu ihrer Tat gezwungen, ihre Tochter von einem Mann mit roter Kapuze entführt. Auf Barbaras Rat sucht Dick den mit der Polizei kooperierenden Jonathan Crane (Scarecrow) in Arkham auf. Crane deutet an, der Täter kenne Nightwings wahre Identität und sei eifersüchtig, und verweist auf einen Schachzug namens „The Bird's Opening“ – erst der Eröffnungszug.
Im Wayne Manor findet Starfire einen Vertrag zwischen Dick und Batman und erleidet erneut eine Vision von zwei Männern, die eine gefesselte Person fortschieben. In Trance greift sie Gar und Superboy an, die sie rechtzeitig zurückholen; verstört ruft sie den Therapeuten Justin Cole an. Im Batcomputer führt „The Bird's Opening“ zum Hinweis „Robin“, und die Titans nehmen Gothams Straßennamen ins Visier. Hawk stößt wieder zum Team.
Als rote Kapuzen eine Bank überfallen, erkennt Nightwing, dass die Geiselnehmer selbst Erpresste sind, deren Kinder entführt wurden. Gar und Superboy finden zwar die Kinder, doch die eigentlichen Täter sind gewöhnliche Kriminelle: Eine Granate explodiert, die Räuber entkommen mit 25 Millionen Dollar, und Barbara ist außer sich über Dicks Fehler.
Ein Schach-Hinweis führt die Titans zur Hobbes Powder Group, einem einst von Batman und Dick geschlossenen Sprengstoffhändler, wo ein Vermummter eine Frau als Geisel nahm. Obwohl sie eine Falle wittern, rücken sie aus, schalten die früheren Bankräuber aus, und Dick stellt sich Red Hood. Im ebenbürtigen Kampf reißt er dessen Maske herunter und erkennt Jason – Red Hood entkommt.
Dick lässt Jasons Grab öffnen und findet einen leeren Sarg. Im Wayne Manor rätseln die Titans, wie Jason zurückkehren konnte – Ra's al Ghul und seine Lazarus-Grube scheiden aus, da er nicht in Gothams Nähe ist. Starfire bemerkt, wie negativ Jason sich verändert hat, was Dick mit der Droge in Verbindung bringt, während Hawk kurzerhand vorschlägt, Jason zu töten.
Jason ruft Hank an und beteuert, er wisse nicht, was mit ihm geschehe – es sei nicht seine Schuld. Aus Angst vor Dick nennt er keinen Ort, und Hawk verspricht, nichts zu verraten. Über mehrere Stationen lotst Jason ihn schließlich in ein stillgelegtes Fitnessstudio, lässt ihn sich entkleiden, um einen Draht auszuschließen, und überfällt ihn.
Während Gar heimlich eine Nachricht an Bruce absetzt, kehrt Hawk mit einer in seine Brust eingenähten Bombe zurück, die an seinen Herzschlag gekoppelt ist – ihm bleiben weniger als vier Stunden. Jason fordert 50 Millionen Dollar in Goldbarren; die Titans weigern sich, verlangsamen Hanks Herzschlag und suchen nach einem Ausweg. Dick erfährt von Scarecrow, dass die Bombe von Wayne Tech stammt, und beauftragt Superboy, einen Entschärfer zu bauen.
Starfire setzt Barbara Gordon unter Druck und erfährt, dass ein Mann namens Cyrus Beake Jasons Leichnam manipuliert hat. Im Wayne Manor nähern sich Hank und Dove wieder an und küssen sich, brechen aber ab, weil die Bombe an Hanks Herzfrequenz hängt. Gegen Dicks ausdrücklichen Willen überfällt Dove Wachleute, die Gold transportieren, und verlangt von Jason ein Treffen – allein.
Jason lockt auch Dick an denselben Ort. Dort behauptet er, den Entschärfer in der Hand zu halten, der über einen Totmannschalter gesichert sei: Erschieße Dove ihn, überlebe Hank. Dick trifft ein, die beiden ringen um die Waffe, doch Dove erlangt sie zurück und schießt auf Jason.
Der Schuss lässt den Zähler jedoch auf null springen – Jason hatte Dove den Zünder statt des Entschärfers gegeben. Superboy kommt zu spät: Die Bombe in Hanks Brust explodiert, und Hawk stirbt. Zuvor hatte er Starfire noch gebeten, Dawn seine Liebe auszurichten.
Die Titans trauern um Hank, den Red Hood getötet hat. Conner gibt sich die Schuld und weist Gars Hilfe schroff zurück, während Dawn beschließt, zur Besinnung nach Paris zu gehen. Für Dick verstärkt der Verlust nur den Entschluss, Jason endgültig zu stoppen.
Barbara meldet, dass Jonathan Crane in Arkham von einem Handlanger Red Hoods niedergestochen wurde. Während Cranes Verlegung fängt Dick als Nightwing den Transport ab und entführt ihn – alles wird von Kameras aufgezeichnet, was Barbara unter Druck setzt, ihn bis Mitternacht aufzuspüren. Dick bringt Crane in eine abgelegene Hütte im Wald, in der einst Bruce die Robins ausbildete, überzeugt, dass Crane hinter allem steckt.
Crane versucht, Dick mit Spott über Hanks und Jerichos Tod aus der Fassung zu bringen, und offenbart schließlich, dass er es war, der Jason zum Red Hood formte – und dass er die Identitäten der gesamten Bat-Familie kennt. Dick lässt sich nicht brechen und hält dagegen, dass ihn ein Training in eben dieser Hütte gelehrt habe, seine Angst in eine Waffe zu verwandeln.
Zugleich verliert Kory die Kontrolle über ihre eskalierenden Visionen: Sie greift Gar mit Feuerbällen an, schlägt ihm im Schlaf ein blaues Auge, sperrt ihn in den Kofferraum und rast davon. Sie erwacht mitten im Nirgendwo; unter dem Wagen führt eine verborgene Luke in ein Regierungslabor, in dem ihre Schwester Blackfire gefangen gehalten wird – ihre Visionen waren ein telepathisches Band zwischen beiden. Weil die Zelle Superkräfte unterdrückt, tragen Kory und Blackfire ihren Streit mit den Fäusten aus; Blackfire gibt Kory die Schuld an ihrem Weg. Dennoch befreit Kory ihre Schwester, und die drei ziehen gemeinsam ab.
Zum Finale läuft Red Hood in Dicks Falle, und die beiden liefern sich einen Zweikampf. Doch Barbara autorisiert unter Zeitdruck einen Scharfschützen, dessen Schuss Dick in die Schulter trifft und sowohl Jason als auch Crane die Flucht ermöglicht. Dick bleibt verletzt und mit leeren Händen zurück.
Die Episode beginnt in der Gegenwart: Jason Todd arbeitet längst mit Dr. Jonathan Crane, dem Scarecrow, zusammen und weiht ihn in Teile seines Plans ein – Gotham soll in einen toxischen Zustand der Angst gestürzt werden. Zugleich wird deutlich, dass Jason von einem Serum abhängig ist, das mit Crane zusammenhängt. Danach springt die Handlung drei Monate zurück.
In der Rückblende wird Jason von Albträumen über seine Niederlage gegen Deathstroke geplagt. Ein besorgter Bruce Wayne stellt ihn vor die Wahl: eine Therapie bei Dr. Leslie Thompkins oder das Ende seiner Zeit als Robin. Parallel geht Jason einem Fall nach – seine Freundin Molly berichtet vom verschwundenen Jungen Diego Martinez. Bei dem Versuch, den Verdächtigen Pete Hawkins zu stellen, unterliegt der von seinem Trauma gezeichnete Jason.
In der Therapie lenkt Jason das Gespräch auf Leslies eigene Begegnung mit Scarecrow und dessen Angstgas – und sein Interesse an dem Bösewicht ist geweckt. Er durchstöbert Bruces Trophäen, darunter Scarecrows Maske und ein Fläschchen Angstgas. Als Bruce ihn an den Ort führt, an dem seine Eltern getötet wurden, und ihm eröffnet, dass er ihn gar nicht mehr als Robin sehen will, deutet Jason dies als erneute Geringschätzung.
Jason sucht Scarecrow in Arkham Asylum auf und bittet ihn, das gestohlene Angstgas so umzubauen, dass es Furcht auslöscht. Im Gegenzug verrät er Crane alles über Batman und verspricht, ihn aus Arkham zu befreien. Nachdem Jason das Anti-Angst-Serum fertiggestellt und eingenommen hat, stellt er sich dem Joker – der ihn, wie bereits in der Auftaktfolge gezeigt, für tot zurücklässt.
Ein Wachmann bringt Jasons Leiche in eine unter Arkham verborgene Lazarus-Grube, ein Vermächtnis von Ra's al Ghul, und Crane erweckt ihn wieder zum Leben. Er gibt Jason die neue Identität des Red Hood. Als Red Hood befreit Jason den Jungen Diego, spürt Pete Hawkins auf und tötet ihn. Bei Molly, die ihn sofort erkennt, versichert er, ihr niemals etwas anzutun, und geht – der Wandel zum skrupellosen Red Hood ist vollzogen.
Die Folge beginnt mit der eiskalten Auftragskillerin Lady Vic, die am Rand von Gotham zwei Polizisten tötet und anschließend in die Stadt zieht. Rückblenden sechs Jahre vor der Gegenwart zeigen ein romantisch verbundenes Paar: Dick Grayson, noch unter dem Robin-Alias, und Barbara Gordon, die sich aus dem Schatten ihres Vaters Jim lösen und eigene Wege gehen will. Dick schlägt ihr vor, Batgirl zu werden – sie lacht darüber. Stattdessen ziehen die beiden gemeinsam durch eine Reihe von Einbrüchen und Raubzügen. Dabei geraten sie mit der Attentäterin Lady Vic aneinander und verursachen unbeabsichtigt den Tod ihres Partners.
In der Gegenwart arbeitet der wiederauferstandene Jason als Red Hood für Jonathan Crane und trägt eine Schusswunde aus dem Zwischenfall im Wald davon. Zurück in Wayne Manor versorgt Kory ihn, während Gar seinen Frust über den Zustand des Teams an Dick auslässt. Crane führt Jason in einen OP-Saal und präsentiert ihm „Exponat B“ – Lady Vic –, die den Raum voller Chirurgen in ein Blutbad verwandelt. Cranes Ziel: Lady Vic soll ein medizinisches Gerät stehlen, mit dem sich seine Angst-Droge rasch verbreiten lässt.
Unterdessen sorgt Blackfire in Wayne Manor für Spannungen mit Kory und hält Conner zunächst für ihren Diener. In einem Gespräch im Auto nähern sich Conner und Blackfire als Außenseiter an; Conner ermutigt sie, Teil der Familie zu werden. Als Kory bei einem Erkundungsgang im Labor ein weiteres Bombenopfer entdeckt, entschärft Conner den Sprengsatz gerade noch rechtzeitig – ein zweiter Fall wie bei Hank bleibt aus. Trotz der Reibereien hilft Blackfire dem Team, indem sie aufdeckt, dass Crane mit Gothams Mob-Bossen zusammenarbeitet.
Aus den Spuren des Massakers rekonstruiert Dick Klinge und Profil der Killerin und erkennt Lady Vic. Barbara wird mit einer aufgezeichneten Nachricht, die Bruce Waynes Stimme vortäuscht, in eine dunkle Gasse gelockt, wo Lady Vic sie angreift. Nach einem kurzen Kampf überlebt Barbara, doch die Attentäterin kann entkommen – und kehrt mit einem Foto von Barbara zu Crane zurück. Jason wiederum umgeht Cranes Anweisungen, schnappt sich einen ganzen Vorrat des Anti-Angst-Serums und verteilt es an eine Gruppe Krimineller, was eine Welle der Gewalt auslöst.
Barbara Gordon erfährt von tödlichen Angriffen in Gotham, ausgelöst durch die von Red Hood verkaufte Angstgas-Droge des Scarecrow. Schon drei Inhalatoren führten zu mehreren Toten – bei 30.000 droht eine Katastrophe. Barbara und Dick beschließen, gemeinsam vorzugehen. Als Jason zu Crane zurückkehrt, gibt sich dieser gelassen, setzt Red Hood aber mit einer präparierten Dosis außer Gefecht. Vor den Verbrecherfamilien präsentiert sich Crane als neuer Anführer und kündigt an, dass der Krieg um Gotham noch am selben Abend beginnt.
Dick überredet die widerstrebende Barbara, das Orakel zu nutzen, einen Supercomputer, mit dem sie Cranes Standort orten wollen. Doch Crane hat sich – über ein Foto von Barbaras Auge – ins Orakel gehackt und lockt Dick in eine Falle: In einem bleiverkleideten Van sitzt ein an eine Bombe gefesselter Mann. Superboy rettet Dick, bevor Van und Opfer explodieren. Barbara zerstört daraufhin das Orakel, was jedoch genau Cranes Absicht war.
Starfire und Blackfire suchen die Mobsterin Ms. Knox auf, die im Tausch für Informationen ihren Sohn zurückverlangt. Als die Schwestern ihn bringen, erschießt Knox ihn – er habe mit dem FBI zusammengearbeitet. Voller Wut tötet Starfire daraufhin Knox. Blackfire offenbart, dass sie auf ihrem Heimatplaneten zum Sündenbock gemacht wurde und ihre Eltern tötete, die sie opfern wollten; sie kam zur Erde, um Kory zu einem Bündnis zu bewegen. Zur Versöhnung gibt Starfire ihr die Handschuhe zurück, aus denen sich Blackfires Rüstung formt.
Die Spur führt zur Snowy-Cones-Eiscremefabrik, wo Cranes Droge in Massen produziert wird. Die Titans stürmen den Ort und zerstören die Droge, doch Scarecrow und Jason können entkommen. Bei der anschließenden Feier im Wayne Manor kommen sich Dick und Barbara näher und küssen sich. Gar bricht auf, um Molly zu finden – die Einzige, die Jason womöglich zur Vernunft bringen kann. Der Titel bezieht sich auf einen Leitsatz von Blackfires Vater: Ist etwas zu 51 Prozent gut, lohnt es sich.
Gar überzeugt Molly, ihm bei der Suche nach Jason Todd zu helfen. Parallel taucht in der Wayne Manor der Jugendliche Tim Drake auf: Er hat durchschaut, dass Dick Grayson Nightwing und Bruce Wayne Batman ist, und will selbst der nächste Robin werden. Dick spürt über Barbaras Hinweise Jasons Aufenthaltsort auf, wird auf dem Weg dorthin jedoch von einem Fahrzeug angefahren. Bevor er das Bewusstsein verliert, sieht er Jason über sich stehen, der anonym den Notruf wählt und ihm so das Leben rettet.
Jason hat sich innerlich von Jonathan Crane abgewandt. Nachdem Crane ihn mit dem Verlust von Hank verhöhnt, schlägt Jason ihn nieder und sucht nach einem Weg zur Vergebung. Über Molly lässt er ein Treffen mit Dick in den Tunneln unter Gotham arrangieren. Crane wiederum eskaliert vollends: Er tötet seine eigene Mutter, eine Psychiaterin, die ihn zurückgewiesen und den stillen Alarm ausgelöst hat.
Bei dem Treffen bietet Jason an, sich zu stellen und Crane auszuliefern, wenn er zu den Titans zurückkehren darf; Dick nimmt an. Als neuer Treffpunkt wird die alte Wellington-Pumpstation um 21 Uhr vereinbart. Die übrigen Titans sind über Dicks Zusage uneins: Gar und Blackfire wollen Jason eine zweite Chance geben, Starfire und Superboy lehnen es ab, einem Mörder zu verzeihen.
Tim Drake folgt Jason zur Pumpstation, um seine Eignung als Robin zu beweisen, läuft dort aber Crane in die Arme und wird von diesem in den Rücken geschossen. Als die Titans eintreffen, wirkt es, als habe Jason auf Tim geschossen. In der Station entpuppt sich die ganze Situation als Falle: Kory Andersʼ Flammen entzünden Cranes Behälter, wodurch eine große Menge des Angstserums in Gothams Wasserversorgung gelangt.
Kory wird die gesamte Folge über von Visionen heimgesucht und findet sich in einer Trance wieder, in der sie ein Baby und eine rufende Frau sieht. Zwischen Superboy und Blackfire entwickelt sich unterdessen eine Beziehung. Am Ende breitet sich das Serum über Gotham aus, und das zuvor eingeführte Titans-Signal am Himmel färbt sich rot.
Die Episode verlässt den Haupthandlungsstrang und erzählt zwei parallele Geschichten rund um den Tod. Auf Themyscira versucht Rachel Roth alias Raven seit Monaten, ihre in Staffel 2 gestorbene Freundin Donna Troy mit einem alten Ritual der Amazonen zurückzuholen. Ungeduldig missachtet Rachel die Regeln, dringt zu Donnas Leichnam vor und setzt ihre dunklen Kräfte ein, wodurch sie das Ritual stört.
Als Prüfung soll Rachel eine zerfallene Steinskulptur wieder aufrichten — ein Sinnbild für die Seele. Die Steine stürzen immer wieder ein. Die Anführerin der Amazonen erzählt von ihrer eigenen, gescheiterten Wiederbelebung und fragt Rachel, ob sie Donna für sich selbst oder um Donnas willen zurückhaben wolle. Schließlich begreift Rachel, dass Donna fort ist, und packt gebrochen ihre Sachen.
Im Jenseits erwacht Tim Drake — nach dem Schuss durch Scarecrow — in einem schwarz-weißen Zug der Toten. Verängstigt springt er ab und trifft dort Donna Troy. Beide werden von seelenraubenden Ghulen angegriffen, die ihre Opfer in die Unterwelt Hades zerren wollen, und im letzten Moment von Hank Hall gerettet.
Hank berichtet von einer Brücke, die über einen umgekehrten Baum zurück ins Leben führen soll. Tim überzeugt die zögernde Donna, die eigentlich nicht zurückkehren will, es zu versuchen. Auf der Brücke greifen erneut Ghule an; als sie zusammenbricht, schleudert Donna Tim mit ihrem Lasso auf die rettende Seite, während Hank zurückbleibt, um die Ghule aufzuhalten.
Tim erwacht lebend im Krankenhaus, Donna auf ihrer Insel. Rachel spürt Donnas Rückkehr, eilt aber sofort zu Bruce Wayne, der sich das Leben nehmen wollte, und rettet ihn aus seinem brennenden Anwesen. Im Jenseits trifft Hank derweil seinen Bruder Don, Dove, wieder. Als Bruce fragt, ob er tot sei, verneint Rachel; er entgegnet „aber du bist es“ — worauf sie antwortet: „Nicht mehr.“
Gotham steht am Rand des Chaos: Jonathan Cranes (Scarecrow) Angst-Gift im Trinkwasser hat bereits fast die halbe Stadt befallen, die Infizierten randalieren. Weil die Nationalgarde die Stadt abriegelt, bleibt Commissioner Barbara Gordon nichts anderes übrig, als die Wasserversorgung zu kappen – was Gotham für rund fünf Tage in Panik stürzt.
Crane nutzt die Angst und schaltet sich über alle Bildschirme der Stadt: Er erklärt Nightwing und die Titans zu Terroristen, macht die GCPD mitverantwortlich und ruft Red Hood (Jason Todd) zum neuen Retter Gothams aus. Auf Dick Grayson wird ein hohes Kopfgeld ausgesetzt. Als Gar, Conner und Kory auf den Straßen Infizierte bekämpfen, werden sie vom aufgebrachten Mob als Terroristen vertrieben.
Dick entwirft mit Barbara einen Plan: Die Titans stellen sich öffentlich der GCPD, um das Vertrauen der Stadt zurückzugewinnen – ohne wirklich hinter Gittern zu bleiben. Der Coup läuft jedoch schief, denn Teile der GCPD stehen in Red Hoods Diensten: Ein Officer feuert, Conner weicht aus, die abgelenkte Kugel trifft Blackfire in den Bauch.
Als Starfire ihre Schwester nach draußen bringt und mit ihren Kräften heilt, entzieht Blackfire ihr ungewollt die Kräfte – was die Schwestern erneut entzweit. Barbara erschießt den Anführer des Hinterhalts, um die Titans zu schützen, und wird daraufhin verhaftet. Gar wird von einem Betäubungspfeil getroffen und später von der aus Themyscira zurückgekehrten Raven gefunden.
In einem Nebenstrang beweist die wiederauferstandene Donna Troy der Amazone Lydia in einem Zweikampf, dass sie würdig ist, ins Reich der Menschen zurückzukehren; Lydia drängt sie, als Anführerin aufzustehen, und Donna schlägt sich zu den Toren Gothams durch. Am Ende ziehen Crane und Jason ins Wayne Manor ein: Crane überlässt Jason das Familienporträt der Waynes zum Zerfetzen, gießt sich einen Drink ein und begrüßt alle „im Crane Manor“.
Crane hat als Scarecrow Gotham unter seine Kontrolle gebracht und richtet seinen Blick nun auf Nightwing. Von Wayne Manor aus lässt er Jason Todd alias Red Hood ein Ultimatum an Nightwing verbreiten, das ein finales Duell fordert.
Dick Grayson schaltet Conner und Krypto aus und stellt sich Red Hood zum Kampf. Er ist auf der Gewinnerseite, bis ihn ein Zivilist in den Hals schießt und die versammelte Menge daraufhin Red Hood die Treue schwört. Jason flieht zurück ins Herrenhaus.
Donna Troy trifft in Gotham auf Tim Drake, der sich an sie erinnert; seine Eltern hatten ihn längst für tot gehalten. Donna will ihre Leute finden und wieder verschwinden, Tim hilft ihr mit seinem Versteck. Als Polizisten auftauchen, erkennen die beiden, dass die ganze Stadt unter Cranes Herrschaft steht, und beschließen, die Menschen zu retten und sich mit den anderen zu vereinen.
Crane kommt damit nicht zurecht, dass er ohne seine Scarecrow-Persona nicht mehr töten kann; nachdem er Bruce Waynes Einschätzung über sich gehört hat, entführt und tötet er einen Pizzaboten. Unterdessen folgen Gar und Rachel der Spur zu Red Hoods Wiedergeburt und suchen die Lazarus-Grube.
Kory folgt ihren Visionen und fragt eine Frau nach deren Kind; als sie angeschossen wird, erwachen neue Kräfte in ihr. Dabei erfährt sie, dass ihre Schwester Komand'r mit diesen Kräften geboren wurde und ihr Vater sie auf Kory übertragen ließ, um den Frieden zu wahren. Fassungslos weiß Kory nicht, wie sie mit dieser Wahrheit umgehen soll.
Nach Nightwings tödlichem Kampf mit Red Hood spürt Rachel mit ihrer Verbindung zu Dick dessen Leichnam auf, kommt aber zu spät. Ein verzweifelter Gar verwandelt sich erstmals in eine Fledermaus; gemeinsam mit einem Schwarm Fledermäuse trägt er Dicks Körper zur Lazarus-Grube und senkt ihn hinein.
In der Grube, einer Art Fegefeuer, wird Dick von Scarecrow gequält, der ihm einredet, er habe als Held, Sohn und Bruder versagt und als Joker sogar Jason getötet. Dick sieht Visionen seines Vaters, der ihm vergibt, und eines kleinen Mädchens, das ihn „Dad“ nennt. Daraus schöpft er Kraft, schlägt Scarecrow nieder und kehrt ins Leben zurück – wobei die Grube seinen Nightwing-Anzug verschluckt.
Dank Krypto findet Blackfire den bewusstlosen Conner, entfernt das Kryptonit und heilt ihn. Wütend auf Dick beschließen die beiden, die Titans zu verlassen. In der Anlage, in der Blackfire einst gefangen war, erfahren sie, dass ihr Schiff bis auf den Treibstoff intakt ist. Starfire stößt dazu und überzeugt ihre Schwester, nach Tamaran zurückzukehren und Königin zu werden.
Conner erzeugt aus Hitze und Druck neuen Treibstoff, sabotiert das Schiff jedoch heimlich: Es explodiert, sodass Blackfire auf der Erde festsitzt. Parallel überwältigt die inhaftierte Barbara Gordon nach der Nachricht von Nightwings Tod ihren Wärter und flieht in den Oracle-Raum. Donna schleust die Familie Drake in einem GCPD-Truck aus Gotham; Tim will jedoch als neuer Robin bleiben, und an der Sperre eskaliert die Lage.
Der wiederbelebte Dick sucht Jason auf, der ihn fassungslos lebend vorfindet. Dick bietet ihm einen Neuanfang an: Ein Titan werde er nie wieder sein, aber er könne helfen, Gotham zu retten, und gibt ihm den Red-Hood-Helm zurück. Gemeinsam durchschauen sie Scarecrows Plan, Gotham mit Hunderten Angstgas-Bomben zu überziehen. Doch als sie die Waffenkammer erreichen, hat Scarecrow das Angstgas bereits gestohlen – die Bühne für das Staffelfinale ist bereitet.
Im Staffelfinale bringt Jonathan Crane seinen Plan zur Zerstörung Gothams zum Höhepunkt: Er zündet eine erste Bombe, die zahlreiche Menschen tötet, und droht mit weiteren Sprengsätzen, sollten die Titans seine Rätsel nicht lösen.
Statt sich auf Cranes Spiel einzulassen, greift Dick Grayson Wayne Manor direkt an – gemeinsam mit Gar, Jason Todd und dem neu hinzugestoßenen Tim Drake. Sie entschärfen die Sprengsätze und nehmen Crane gefangen. Zugleich rettet ein von Vee angeführtes A.R.G.U.S.-Team Barbara; dabei zeigt sich, dass Vee als Agentin eingeschleust war, um den Lazarus-Pit und die Pläne von Ra's al Ghul zu überwachen, und nun den Titans hilft.
Die übrigen Titans verwandeln den Lazarus-Pit in einen Regen über Gotham – die titelgebende Purple Rain –, der die Opfer der ersten Explosion wieder zum Leben erweckt. Bruce Wayne kehrt in die Stadt zurück; Jason söhnt sich mit ihm aus, bevor er geht.
Es folgen mehrere Abschiede: Conner entwirft ein neues Schiff für Blackfire, die sich von ihm und Kory verabschiedet und nach Tamaran zurückkehrt. Donna schlägt ein Angebot von A.R.G.U.S. aus und verlässt das Team, um Dawn zu suchen. Tim bleibt bei den Titans und erhält von Dick ein Angebot.
Dick verabschiedet sich von Barbara und zieht mit dem Team zurück nach San Francisco. Als letzte Handlung lässt er Rachel die dunkle Magie des Lazarus-Pit auf Crane wirken – der Bösewicht muss fortan die Ängste und Albträume aller anderen durchleben.