- Franchise
Am 19. Oktober 1899 ist das Auswandererschiff Kerberos von England nach New York unterwegs. Vier Monate zuvor war das Schwesterschiff Prometheus auf derselben Route spurlos verschwunden. Die Neurologin Maura Franklin, eine Reisende der Ersten Klasse, folgt dem Dritte-Klasse-Passagier Krester ins Zwischendeck und hilft dort der hochschwangeren Tove aus einer geburtshilflichen Notlage. Zugleich empfängt Kapitän Eyk Larsen eine Nachricht mit bloßen Koordinaten, die er der Prometheus zuschreibt.
Gegen den Widerstand vieler Passagiere ändert Eyk den Kurs und lässt die Kerberos die Koordinaten ansteuern. Tatsächlich sichtet die Mannschaft die scheinbar verlassene Prometheus. Eyk geht mit Maura, Ramiro, Olek und Jérôme an Bord, während sich ein fremder Mann heimlich zur Kerberos hinüberschwimmt und die Kabine neben Maura bezieht.
Auf der Prometheus findet Eyk ein Haarband und einen zerstörten Telegrafen. Maura folgt einem Skarabäus-Käfer zu einem Schrank, öffnet ihn und entdeckt darin einen stummen Jungen, der ihr einen rätselhaften schwarzen Tetraeder in die Hand drückt.
Eyk erhält von der Reederei eine Nachricht aus nur zwei Worten: das Schiff zu versenken. Maura beherbergt den auf der Prometheus gefundenen Jungen in ihrer Kabine, entdeckt bei ihm einen Ring und hinter seinem Ohr das Zeichen eines nach unten gerichteten Dreiecks mit Querstrich. Der fremde Mann stellt sich ihr als Daniel vor.
An Bord verdichten sich die Spannungen: Ángel schenkt Krester eine Zigarettendose, Jérôme legt im Zimmer von Lucien und Clémence einen Orden ab, und Eyk halluziniert seine bei einem Brand gestorbene Frau und seine Töchter, von denen eine dasselbe Haarband trägt wie das auf der Prometheus gefundene. Unter Eyks Bett tut sich ein verschachtelter Schacht auf.
Jérôme wird als blinder Passagier enttarnt und überwältigt. Eyk entscheidet, die Prometheus nach Europa zurückzuschleppen, was Passagiere wie Mannschaft zunehmend gegen ihn aufbringt. Dann wird die junge Dänin Ada tot aufgefunden. Am Ende zeigt sich, dass die Passagiere von unbekannter Stelle auf Bildschirmen überwacht werden.
Adas Todesursache lässt sich nicht bestimmen. Als die Kerberos in dichten Nebel gerät, lässt Eyk das Schiff stoppen. Er zeigt Maura das Haarband und den Schacht und kehrt mit ihr zur Prometheus zurück, um das Logbuch zu finden. Der Erste Offizier Sebastian gibt an einer verborgenen Konsole eine Folge aus Dreieckssymbolen ein.
Rückblenden enthüllen Ling Yis Vergangenheit: Sie übernahm die Identität einer anderen Frau, die durch ihr Verschulden starb, um an Bord zu gelangen. Olek tröstet sie. Gegen Eyks Befehl lässt Franz zu, dass Tove Adas Leichnam holt. Auf der Prometheus finden Eyk und Maura einen weiteren Schacht mit dem Dreieckszeichen, das zugleich das Logo der Reederei ist; auf der Kerberos werden weitere Tote entdeckt.
Während Ling Yi Lucien unterhält, erleidet dieser einen Anfall. Erzürnt über Eyks Kurs und die Vertuschung von Adas Tod bewaffnet Franz die Dritte Klasse und zettelt eine Meuterei an. Olek und Ramiro werden eingesperrt, Eyk und Ramiro von den Meuterern unter Tove festgesetzt. Daniel benutzt ein schiebepuzzleartiges Gerät und versetzt die Kerberos schlagartig an einen anderen Ort.
Die Meuterer steuern die Kerberos nach Westen und zwingen Jérôme und Olek, die Leichen über Bord zu werfen. Sebastian überzeugt die gläubige Iben, der Junge sei für die Todesfälle verantwortlich; sie übernimmt die Führung der Meuterer und lässt nach ihm suchen. Der Junge versteckt sich in einem Schacht unter Mauras Bett und führt sie mit Hilfe eines Käfers über einen sicheren Weg durch das Schiff.
Eyk und Ramiro entkommen ihrer Gefangenschaft, Olek verschafft Jérôme durch ein Ablenkungsmanöver die Flucht. Eine kleine Gruppe versucht, ein Rettungsboot zu Wasser zu lassen, wird aber von den Meuterern gestellt. Der Junge stellt sich freiwillig; als Jérôme eingreift, wird er angeschossen. Rückblenden zeigen, dass Lucien einst in der Fremdenlegion Jérômes Uniform eines Toten stahl und ihn zurückließ.
Eyk und Jérôme sammeln die verbliebenen Loyalisten. Beide Lager treffen an Deck aufeinander; bevor Maura den Jungen erreichen kann, wirft Iben ihn über Bord. Eyk konfrontiert Maura mit einem Dokument, das sie als Passagierin der Prometheus führt. Zum Entsetzen der Loyalisten taucht der Junge kurz darauf wieder an Bord der Kerberos auf.
Angewidert von Ibens und Kresters Vorgehen läuft Tove zu den Loyalisten über. Aus Angst sperren diese den Jungen in einen Schrank. Als Maura ihn befreien will, wird auf sie geschossen, doch die Zeit friert plötzlich ein und der Junge führt sie fort. Ein rätselhaftes Ticken versetzt fast alle Passagiere in eine Trance, in der sie über Bord springen; auch Yuk Je und Krester kommen so ums Leben.
Der Junge deutet an, dass man sie belausche, und dass Maura Antworten beim Schöpfer suchen müsse. Durch den Schacht führt er sie in eine verlassene Nervenheilanstalt. Daniel folgt ihnen. Die Kerberos empfängt einen zweiten Befehl, das Schiff zu versenken.
In der Anstalt begegnet Maura ihrem Vater Henry, fragt ihn nach ihrem verschollenen Bruder Ciaran und wird mit einer schwarzen Substanz injiziert, woraufhin sie wieder auf der Kerberos erwacht. Sie eröffnet Eyk, dass ihr Vater der Eigentümer der Reederei ist, und öffnet mit dem Käfer einen Durchgang in Eyks Schacht, der die beiden in Eyks ausgebranntes Haus führt. Daniel schaltet das Ticken ab, und die Überlebenden sammeln sich.
Die Überlebenden teilen sich auf: Maura und Eyk suchen den Jungen, andere versuchen, die Maschine wieder in Gang zu bringen, weitere halten nach Überlebenden Ausschau. Eine schwarze, metallische Substanz taucht auf und breitet sich über das Schiff aus. Tove wird von Erscheinungen Kresters und Adas heimgesucht und erinnert sich an ihre Vergewaltigung durch einen Gutsherrn, den sie tötete. Olek und Ling Yi kommen sich näher.
Maura und Eyk kehren in die Anstalt zurück und stellen fest, dass deren Wände dem Schiffsrumpf gleichen. Virginia berührt die Substanz, die sich über ihre Hand ausbreitet. Sebastian teleportiert vom Schiff und trifft Henry, der ihn nach dem Jungen schickt. Die Maschine springt wieder an.
Daniel stellt sich Eyk und teleportiert ihn mit dem Gerät fort. Maura eröffnet er, dass sie vor zwölf Jahren geheiratet hätten und nichts in dieser Welt real sei; Maura sperrt ihn ein und nimmt das Gerät an sich. Eyk erwacht unterdessen auf der Prometheus, umgeben von einem ganzen Meer ebenso verlassener Schiffe.
Ein heftiger Sturm droht die Kerberos zum Kentern zu bringen, und die Überlebenden trennen sich. Daniel bricht durch eine Wand und klettert durch eine Reihe von Portalen in verschiedene Landschaften. Maura steigt durch den Schacht in Daniels Kabine und findet sich in einem verlassenen Haus wieder, wo sie Fotografien von sich mit Daniel und dem Jungen entdeckt.
Daniel eröffnet Maura, dass der Junge ihr gemeinsamer Sohn Elliot ist und dass sie sich in einer Simulation befinden, deren Notabschaltung sie finden müsse. Maura zieht einen Schlüssel aus ihrem Medaillon. Währenddessen sterben mehrere Passagiere: Lucien erliegt einem Anfall, Olek wird beim Rettungsversuch für Ling Yi von einer Welle fortgerissen, Ángel wird von Trümmern erschlagen, Franz opfert sich für Tove, Iben und Anker ertrinken.
Sebastian bringt Elliot zu Henry, der Maura über eine Sprechanlage den Schlüssel im Tausch gegen ihren Sohn abverlangt. Als der Countdown abläuft, öffnet sich ein Strudel im Meer und verschlingt die Kerberos. Das Schiff taucht bei Eyk und der Prometheus inmitten des Schiffsfriedhofs wieder auf, wo sich die Überlebenden und Eyk gegenüberstehen.
Maura, Eyk und die übrigen Überlebenden erkennen, dass sie alle durch denselben Brief an Bord gelockt wurden. Maura erklärt, dass sie sich in einer von ihrem Vater gelenkten Simulation befinden, doch außer Eyk misstrauen ihr alle. Henry injiziert Elliot eine weiße Substanz und schaltet damit eine Erinnerung frei: Maura selbst hatte Elliot einst eine schwarze Substanz gespritzt, obwohl Daniel sie anflehte, ihn gehen zu lassen.
Daniel dringt in die Simulation ein, verändert den Code und löst zahlreiche Störungen aus. Maura und Eyk stoßen in der Anstalt auf Sebastian, der Eyk ausschaltet, Maura zu Henry bringt und diesem den Schlüssel übergibt. Henry eröffnet Maura, dass sie selbst die Schöpferin dieser Welt ist.
Henry versucht, Schlüssel und Tetraeder zu benutzen, doch Daniel hat beide unbrauchbar gemacht, und die Simulation endet. Maura wird mit Daniel vereint, der ihr eröffnet, dass ihr Bruder Ciaran das Programm übernommen hat, und ihr den Weg hinaus zeigt. Maura erwacht allein auf einem Raumschiff namens Prometheus, umgeben von den anderen Passagieren im Kälteschlaf. Ein Terminal zeigt den 19. Oktober 2099, und Ciaran begrüßt sie mit den Worten in der Realität.