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Im Jahr 2383 schuftet der junge Häftling Dal R'El in der Bergwerkskolonie Tars Lamora tief im Delta-Quadranten. Weil den Gefangenen die Universalübersetzer vorenthalten werden, kann niemand miteinander sprechen. Als der gesuchte Fugitive Zero eine Maschine sabotiert, fällt Dals Fußfessel ab – doch sein Fluchtversuch scheitert, weil der geheimnisvolle Aufseher, der Diviner, die Energie kappt.
Der Diviner beauftragt seine sprachbegabte Tochter Gwyn, aus Dal herauszuholen, was er über Zero weiß, andernfalls übernimmt der Roboter-Vollstrecker Drednok mit härteren Mitteln. Auf der Suche nach Zero in der Nordwest-Spalte wird Dal mit einer riesenhaften Brikar zusammengetan. Nach einem Zwischenfall entdecken die beiden unter einer Kristallhöhle ein verborgenes Föderationsschiff.
Als die Brikar an Bord einen Kommunikator drückt, erwacht das Schiff – und mit ihm der Universalübersetzer: Zum ersten Mal verstehen sich Dal und die Brikar, die sich als achtjähriges Mädchen namens Rok-Tahk entpuppt. Zero, ein energiebasiertes medusanisches Wesen in einem Schutzanzug, tritt hinzu und offenbart, dass genau nach diesem Schiff der Diviner die ganze Zeit graben ließ.
Um die U.S.S. Protostar flugbereit zu machen, gewinnt die Gruppe den streitlustigen tellaritischen Ingenieur Jankom Pog und nimmt das gallertartige Wesen Murf auf. Doch Drednok und Gwyn spüren sie auf und umstellen das Schiff. In einem waghalsigen Manöver hebt die improvisierte Crew ab, nimmt Gwyn als Geisel und jagt durch die engen Stollen der Mine, während Dal draußen die Schilde repariert.
Als Drednok den Ausgang einstürzen lässt, rettet ausgerechnet Murf die Lage: Er löst versehentlich die Phaser aus, die den Weg freischießen, und die Protostar entkommt in den Weltraum. Zum ersten Mal sehen alle die Sterne. Da meldet sich ein Hologramm von Sternenflotten-Captain Kathryn Janeway als ihre Ausbildungsberaterin – während der Diviner auf Tars Lamora aus seiner Kammer ausbricht und wütend sein Schiff zurückfordert.
Unmittelbar nach der Flucht stellt sich das unbekannte Hologramm der Crew der USS Protostar als Kathryn Janeway vor, eine Trainingsberaterin nach dem Vorbild einer hochdekorierten Sternenflotten-Kapitänin, die die Gruppe zurück in den Föderationsraum begleiten soll. Weil die jungen Ausbrecher weder die Föderation noch die Sternenflotte kennen, hält Janeway sie für Kadetten und erklärt ihnen die Ideale einer interstellaren Union, was die Crew tief beeindruckt.
Dal misstraut dem Angebot; für ihn klingt die Föderation zu schön, um wahr zu sein. Statt Janeways Kurs zu folgen, lässt er einen Gegenkurs setzen und behandelt sie als „Holo-Kindermädchen“. Gwyn wird in die Arrestzelle gesperrt, während die Crew das Schiff erkundet: Sie entdeckt Replikatoren, Quartiere und in der Maschine zwei Warpkerne sowie ein rätselhaftes, glühendes Gerät.
Auf Tars Lamora lässt der Diviner die Aufstände der „Unerwünschten“ niederschlagen und sein eigenes Schiff, die Rev-12, startklar machen, um seine Tochter Gwyn und die Protostar zurückzuholen.
Dals Gegenkurs führt das Schiff in ein Doppelsternsystem, in dem ein Weißer Zwerg seinen roten Riesen zerreißt. Trotz Janeways Warnungen weigert sich Dal, um Hilfe zu bitten; er wirft die Rettungskapseln und weiteren Ballast ab und leitet alle Energie auf die Impulstriebwerke, wodurch die Schilde und damit auch Gwyns Zellenfeld ausfallen.
Gwyn nutzt einen Fahrzeug-Replikator, um sich ein Shuttle zu bauen, und schaltet im Kampf mit Rok-Tahk die künstliche Schwerkraft ab. Als auf der Brücke alles außer Kontrolle gerät, überwindet sich Dal schließlich und bittet Janeway um Hilfe.
Mit Janeways Anleitung stabilisiert die Crew die Trägheitsdämpfer und die Schilde; statt gegen die Schwerkraft anzukämpfen, reitet die Protostar die Schockwelle und entkommt knapp einer Sonneneruption ins offene All. Gwyn landet wieder im Arrest, und Dal bittet Janeway, ihnen mehr über das Schiff beizubringen. Zum Schluss hebt die getarnte Rev-12 von Tars Lamora ab: Der Diviner macht sich an die Verfolgung.
Auf der Flucht vor dem Diviner bringt Hologramm-Janeway der jungen Crew der USS Protostar die Grundlagen des Fliegens bei. Als die Sensoren einen unerforschten Klasse-M-Planeten im Hirogen-System melden, drängt Janeway auf einen Außeneinsatz. Dal zögert aus Angst, dem Diviner Zeit zum Aufholen zu geben, gibt aber nach, als Janeway droht, sein Verhalten dem Sternenflotten-Kommando zu melden.
Der Planet wirkt paradiesisch grün, obwohl der Boden keine Nährstoffe enthält. Während die Crew ausschwärmt, verliert sich jeder in einer eigenen Verlockung: Dal düst mit dem Runaway umher und trifft auf Abbilder seiner Eltern, Rok-Tahk schmiegt sich an niedliche Kreaturen, Jankom folgt dem Geruch eines Eintopfs zu einer Hütte, und Zero wird von einem Heckenlabyrinth angezogen, in dem der Antrieb der Protostar nachgebildet ist. In Wahrheit sind all das Ranken, die sich langsam um sie legen.
An Bord befreit sich Gwyn ein zweites Mal aus dem Arrest, indem sie ihr telepathisch gesteuertes Erbstück verflüssigt. Sie übernimmt die Systeme der Protostar, verschafft sich vollen Kommando-Zugriff und meldet Drednok, dass sie das Schiff kontrolliert.
Dal erkennt, dass die Janeway-Gestalt vor ihm nur eine Ranke ist, und zerstäubt sie mit dem Phaser. Zero begreift, dass der gesamte Planet ein Superorganismus ist, der seine Beute mit vorgegaukelten Wünschen anlockt und verdaut. Dal sammelt nacheinander Zero, Rok-Tahk und Jankom ein. Auch Gwyn durchschaut die Illusion ihres Vaters, als dieser sich mehr um ihre Sicherheit als um das Schiff sorgt.
Gwyn hebt mit der Protostar ab, doch die Ranken des Superorganismus haben sich um die Gondeln geschlungen. Von Janeway zum Verlassen des Schiffs gezwungen, rettet Gwyn den verängstigten Murf und flüchtet in dem unfertigen Shuttle, während die Protostar außer Kontrolle gerät und abstürzt. Dal und die anderen erreichen das Wrack – gestrandet auf einer feindseligen Welt, während der Diviner bereits ihre Position kennt.
Nach Gwyns gescheitertem Kaperversuch wurde die USS Protostar mehrere Kilometer weit fortgeschleudert, und die junge Crew strandet auf dem „Killerplaneten“. Gwyn und Murf stürzen in einer halbfertigen Rettungsfähre ab; dabei zieht sich Gwyn einen offenen Beinbruch zu. Dal R’El gibt ihr die Schuld an der Notlage, denn der Planet hat bereits die Runaway verschlungen. Weil die Nacht hereinbricht und der räuberische Superorganismus des Planeten die Gruppe fressen will, müssen Crew und Gwyn zu Fuß zur vermuteten Position der Protostar aufbrechen – den Koordinaten von Hologramm-Janeway folgend.
Gwyn lehnt jede Hilfe ab und formt aus ihrem Erbstück, ihrer telepathischen Waffe, eine Beinschiene. Der Planet ordnet sich immer wieder neu und führt die Gruppe im Kreis. In einem Feuergefecht mit einem Wächter des Planeten rettet ausgerechnet Gwyn die Crew. Ein Säureregen – laut Zero Teil des Verdauungssystems des Planeten – treibt sie in das Wrack eines klingonischen Bird-of-Prey, wo sie an einem Feuer rasten und merken, dass sie alle nach Zugehörigkeit suchen.
Als die Crew begreift, dass sie sich an den Sternen orientieren kann, taucht Drednok auf, der Handlanger von Gwyns Vater. Gwyn will ihre neuen Freunde schützen und weigert sich, beiseitezutreten; Drednok zerschießt ihre selbstgebaute Schiene, sodass sie nicht mehr gehen kann. Gwyn befiehlt der Crew zu fliehen und bleibt zurück.
Der Diviner steht kurz davor, seinen Traum zu verwirklichen und die Protostar zu übernehmen. Gwyn ruft nach ihrem Vater; er muss zwischen dem Schiff und seiner Tochter wählen – und entscheidet sich für das Schiff. Doch die Protostar, die er sieht, ist nur eine Illusion des Planeten, und er wird von den Ranken gefangen. Dal, Rok-Tahk, Zero, Jankom Pog und Murf erreichen die echte Protostar zuerst, kehren aber für Gwyn um und retten sie vor dem Verschlungenwerden.
An Bord findet Zero die Ursache für den rätselhaften Energieverbrauch: Die Gravimetrische Protostern-Eindämmung birgt einen jungen Stern als Energiequelle. Die Protostar verfügt damit über einen „Protowarp“-Antrieb. Mit ihm springt die Crew davon und entkommt dem Diviner – der jedoch ihre Warp-Signatur aufnimmt und die Verfolgung startet. Die Episode bildet das Mid-Season-Finale der ersten Staffel.
Nach dem Protosprung ist die Protostar rund 4.000 Lichtjahre entfernt im Gamma-Quadranten gestrandet, der Protoantrieb ist ausgefallen. Während die Crew zur Föderation aufbrechen will, entdeckt Dal das neu gefundene Holodeck – und darin das berühmte Kobayashi-Maru-Szenario.
Fest entschlossen, seine Führungsstärke zu beweisen, tritt Dal immer wieder gegen den ausweglosen Test an, unterstützt von holografischen Legenden wie Spock, Uhura, Crusher, Odo und Scotty. Dutzende Fehlversuche später erklärt ihm Spock, dass die Bedürfnisse der Vielen schwerer wiegen als die des Einzelnen – ein guter Captain müsse seiner Crew zuhören, statt nur Befehle zu geben.
Parallel ringt Gwyn mit ihrem Platz an Bord. Mit Zeros Hilfe entdeckt sie, dass die Missionsdaten der Protostar in Solum verschlüsselt sind, der Sprache ihrer Heimatwelt. Sie knackt den Code und legt eine Fülle geheimer Daten frei. Eine Rückblende zeigt zudem, wie der Diviner vor 17 Jahren Gwyn als seinen Klon erschaffen ließ.
Am Ende offenbaren die entschlüsselten Aufzeichnungen, dass die Protostar ursprünglich von Captain Chakotay befehligt wurde – und Hologramm-Janeway erkennt erschüttert, dass die jungen Helden nicht ihre erste Crew waren.
Während die Crew die Enthüllungen um den früheren Captain Chakotay verarbeitet und sich mit dem Transporter die Zeit vertreibt, empfängt die Protostar einen Notruf. Er entpuppt sich als Betrugsmasche der Ferengi DaiMon Nandi, die Dal aufgezogen hat. An Bord ihres Schiffes zeigt Dal seinen Freunden sein einstiges, kärgliches Quartier.
Nandi bietet der Crew eine klingonische Tarnvorrichtung an – die allerdings das an Bord der Protostar lagernde Chimerium benötigt –, im Tausch gegen einen Remalith-Kristall einer fremden Zivilisation. Da diese Spezies noch nie Kontakt zu Außerirdischen hatte, greift die Oberste Direktive; Hologramm-Janeway ist mit Dals Entscheidung entsprechend unzufrieden. Nandi behauptet, den Handel zur Tilgung einer hohen Spielschuld zu brauchen.
Auf dem sandigen Planeten registrieren die Sensoren unsichtbare Lebensformen; der Sand beginnt zu tanzen. Gwyn erkennt, dass die Wesen über Harmonien kommunizieren und Materie mit Klangwellen formen, gebündelt durch ihre Kristalle. In einer Kristallkammer wird deutlich, dass die Spezies jeden einzelnen Kristall braucht – es gibt keine überzähligen, wie Nandi behauptet hatte.
Als die Aliens statt eines Kristalls nur ein Lied schenken, stiehlt Nandi kurzerhand einen. Dal stellt sie, doch sie offenbart ihm die bittere Wahrheit: Nicht der Diviner ließ ihn entführen – Nandi selbst verkaufte ihn in die Minen, weil er ihr zu weich war. Zudem hat sie das Chimerium der Protostar gestohlen und damit ihre Tarnvorrichtung in Betrieb genommen.
Dal hat seinen Kommunikator jedoch absichtlich verloren und ihn im Kampf am Kristall befestigt, sodass die Protostar diesen zurückbeamen und der Spezies zurückgeben kann. Janeway kanzelt die Crew dennoch scharf ab: Der Verstoß gegen die Oberste Direktive hat der fremden Zivilisation dauerhaft geschadet. Zugleich enttarnt sie im letzten Bild der Chakotay-Aufzeichnung den Angreifer als Drednok – und Nandi erhält vom Diviner ein Kopfgeld auf die Protostar.
Nach dem gescheiterten Erstkontakt versucht Hologramm-Janeway, die zerstrittene Crew mit einer Teambuilding-Übung im Holodeck wieder zusammenzuschweißen. Dal platzt schließlich der Kragen, und er gesteht Janeway, dass die Crew keine Sternenflotten-Kadetten sind – sie haben die Protostar gestohlen. Zugleich hat DaiMon Nandi im Delta-Quadranten dem Diviner den Standort des Schiffs verraten.
Als ein Tachyonensturm die Protostar trifft, gerät die Schwerkraft und damit der Protoantrieb aus dem Gleichgewicht. Jankom Pog erkennt eine beginnende Kernschmelze und hat nur zehn Minuten – doch Sekunden später explodiert das Schiff. Janeway taucht wieder auf und findet Rok-Tahk in der Messe: Eine Zeitanomalie hat die Crew in getrennte Zeitphasen zersplittert, in denen die Zeit unterschiedlich schnell vergeht.
Dank ihrer Programmierung kann Janeway zwischen den Phasen wechseln. Rok will die Verantwortung nicht tragen und deaktiviert sie. In Zeros und Dals Phasen entsteht schrittweise ein Bauplan für eine Warp-Matrix, doch am Ende fehlt Dal ein Dilithium-Koppler und die Zeit läuft ihm davon.
In Gwyns Phase zeigt sich der Plan des Diviners: Über Chakotays Kommandocodes hat er Zugriff auf das Schiff und lässt mit dem Fahrzeug-Replikator Drednok bauen. Drednok löscht Hologramm-Janeway, findet den Koppler und will die Matrix einsetzen – doch Gwyn entlüftet den Maschinenraum, wird Drednok los und verliert dabei die Warp-Matrix.
In Rok-Tahks extrem langsamer Zeitphase ist sie ganz allein. Eine aufgezeichnete Botschaft Gwyns – samt Entschuldigung dafür, sie in die Sicherheitsrolle gedrängt zu haben – leitet sie an. Über eine schier endlose Zeitspanne baut Rok die gelöschte Janeway aus deren erhaltenem Speicher neu auf und stabilisiert mit ihrer Hilfe den Warpantrieb. Damit richten sich alle Zeitphasen wieder aus, die Crew ist vereint – doch von Drednok könnte man noch hören.
An Bord der USS Protostar rekapituliert die Crew ihren jüngsten Sieg, ehe eine aufgezeichnete Botschaft des Diviners alles überschattet: Bringt die Crew die Protostar binnen eines Tages zurück nach Tars Lamora, lässt er die dort gefangenen »Unwanted« frei – andernfalls sterben die Minenarbeiter. Gwyn, entsetzt über ihren Vater, stößt die Botschaft von sich.
Die Crew wägt ab, ob sie allein eine Rettung wagt oder die Föderation um Hilfe bittet. Das Schiff hat nur Energie für einen einzigen Protowarp-Sprung, und der Prototyp könnte die Sternenflotte kaum rechtzeitig zurückführen. Dal, der die Minen fürchtet, begreift, dass dies sein Kobayashi Maru ist – ein Szenario ohne Ausweg. Gwyn erinnert ihn daran, dass sie als Team planen müssen. Entschlossen legen alle erstmals Sternenflotten-Uniformen an, auch Hologramm-Janeway, und springen nach Tars Lamora.
Auf dem Asteroiden weist Dal den Diviner darauf hin, dass die Gefangenen ohne Schiff verloren wären. Der Diviner ändert den Handel: Er will zusätzlich Gwyn. Sie willigt ein, sofern ihr Vater den Gefangenen sein eigenes Schiff, die Rev-12, überlässt. Kaum an Bord der Protostar, überschreibt der Diviner Janeways Programm und befiehlt, die Energiegeneratoren der Rev-12 zu zerstören – ein Verrat, der die Kolonie ohne Atmosphäre zurücklassen würde.
Während die Protostar den Planeten verlässt, gesteht der Diviner Gwyn, es sei ein Fehler gewesen, sie zurückzulassen. Als er ihr seinen wahren Plan telepathisch offenbart, erkennt er, dass Gwyn nur Zeit schindet. Dann meldet Drednok, dass der Protokern des Schiffs entfernt wurde: Die Crew hatte den Verrat vorausgesehen. Mit Schubpaketen ausgerüstet und dem Kern in Murf verborgen, bereiten sich die Kinder auf Tars Lamora darauf vor, die Gefangenen zu befreien – die Folge endet als Cliffhanger.
Der Plan der Crew gerät ins Wanken: Auf Tars Lamora sammeln Dal und Zero die Minenarbeiter, um sie an Bord der Rev-12 zu bringen. Dal verwandelt die Fußfesseln der Gefangenen mithilfe seines Sternenflotten-Kommunikators in Universalübersetzer, sodass sich die Unerwünschten erstmals seit Jahren verständigen können. Jankom und Rok reparieren derweil den beschädigten Antrieb – Rok hat die zündende Idee, den Proto-Core zum Starten der Triebwerke zu nutzen.
Die USS Protostar kehrt zurück, und Drednok beamt herunter, um den Proto-Core zu holen. Die Gefangenen überwältigen ihn, und das caitianische Kind Rok enthauptet ihn. Doch Drednok hat dem Diviner zuvor die Koordinaten übermittelt, der sich den Core zurück auf die Protostar beamt.
An Bord der Protostar stellt der Diviner Gwyn, die die Schilde deaktivieren will. Doch Holo-Janeway steht dank der von Gwyn installierten Sicherungen nicht länger unter seiner Kontrolle und schaltet ihn aus. Um Gwyn auf seine Seite zu ziehen, enthüllt der Diviner die Wahrheit: Er stammt aus der Zukunft, in der der Erstkontakt mit der Sternenflotte auf seiner Heimatwelt Solum einen verheerenden Bürgerkrieg auslöst. Die Protostar trägt eine Waffe, die die Sternenflotte vernichten soll. Gwyn weigert sich, eine Tragödie durch eine andere zu ersetzen.
Zero durchbricht die Schilde, sodass Dal an Bord beamen kann. Um den Diviner endgültig zu stoppen, offenbart Zero ihm seine wahre Gestalt, deren Anblick in den Wahnsinn treibt. Gwyn erhascht jedoch einen Reflex dieser Gestalt in Dals Kommunikator und wird ebenfalls handlungsunfähig.
Nach dem Sieg wird der wahnsinnig gewordene Diviner als einziger „Unerwünschter“ auf Tars Lamora zurückgelassen; die befreiten Minenarbeiter erhalten die Rev-12 und ziehen in ihre eigene Zukunft. Gwyn erwacht, hat aber alle Erinnerungen an den Vorfall – und damit an die Warnung vor der Waffe – verloren. Dal setzt Kurs auf die Sternenflotte, um die Protostar zurückzugeben. Unterdessen verfolgt Vizeadmiral Kathryn Janeway an Bord der USS Dauntless die Protowarp-Signaturen und schwört, Captain Chakotay und seine verschollene Crew zu finden.
Wochen nach dem Aufbruch von Tars Lamora sammelt die junge Crew der Protostar gute Taten, um bei der Sternenflotte einen guten Eindruck zu machen. Unter Wasser retten Gwyn, Dal und Jankom Pog eines der letzten Exemplare einer bedrohten Art, eines Aquathawn, vor Wilderern. Gwyn wird jedoch von Erinnerungsfetzen an ihren Vater abgelenkt – er nannte die Protostar eine Waffe –, kann diese Bruchstücke aber noch nicht deuten. Zero beamt die Gruppe zurück an Bord, und das gerettete Tier findet ein neues Zuhause.
Die Protostar erreicht die abgelegene Föderations-Kommunikationsrelaisstation CR-721, deren einziger Besatzer, Lieutenant Barniss Frex, sie empfängt. Die Crew bittet um Asyl und will zur Sternenflotte. Bei den biometrischen Scans bleibt Gwyns Spezies unbekannt, während Dals Spezies zwar erfasst, aber als geheim eingestuft ist – der Computer verweist ihn an das Sternenflottenkommando.
Auf der USS Dauntless durchlebt Vizeadmiral Kathryn Janeway im Holodeck ihren Abschied von Chakotay nach, um dessen Verschwinden aufzuklären. Commander Tysess meldet, dass Ensign Asencia die Warpsignatur der Protostar zu einem Planetoiden im Carina-Nebel verfolgt hat, woraufhin Janeway den Kurs setzen lässt.
Während Zero Gwyn in die Krankenstation bringt, um ihr Gedächtnis wiederherzustellen, verbindet Frex die Station mit der Protostar – und löst damit die geheime Waffe des Diviners aus. Die Systeme wenden sich gegen die Station, Gwyn wird auf dem Biobett festgehalten, das sich mit Wasser füllt; mit ihrem Erbstück befreit sie sich, während ihre Erinnerung zurückkehrt. Frex beschuldigt die Crew der Sabotage und flieht allein mit der einzigen Rettungskapsel.
In Raumanzügen wagt die Crew den Sprung von der zerberstenden Station zurück zum Schiff; die zunächst zweifelnde Wissenschaftsoffizierin Rok-Tahk berechnet den Absprung korrekt, und Holo-Janeway fängt die Springer mit dem Traktorstrahl auf. An Bord erkennt Gwyn die volle Wahrheit: Die Protostar selbst ist die Waffe. Zeitgleich erreicht die Dauntless Tars Lamora, wo Janeway den totgeglaubten Diviner lebend in einer Art Stasis vorfindet.
Nachdem Gwyns Erinnerungen zurückgekehrt sind, sieht sich die Crew der USS Protostar die Holodeck-Aufzeichnung an, in der der Diviner von seiner Mission und der wahren Natur des Schiffs erzählt. Dabei offenbart Gwyn, dass ihr Vater aus der Zukunft stammt. An Bord verbirgt sich eine Waffe, die Sternenflotten-Schiffe gegeneinander aufbringen soll — und Hologramm-Janeway muss erkennen, dass sie von dieser Bedrohung auf ihrem eigenen Schiff nichts wusste.
Die Crew durchsucht Deck für Deck, findet die Waffe aber erst, als Zero bemerkt, dass die Brücke noch fehlt. Ein von Gwyns Erbstück aktiviertes Symbol im Boden öffnet ein geheimes Unterdeck. Dort liegt der sogenannte Living Construct, doch er lässt sich weder abschalten noch zerstören und wehrt Jankom Pogs Phaserfeuer selbstständig ab. Kurz darauf führt ein Näherungsalarm die Crew zu einem reglosen Borg-Kubus, der durch einen neurolytischen Erreger lahmgelegt wurde — denselben, den Admiral Janeway einst im Kollektiv verbreitete.
Gegen den ausdrücklichen Rat von Hologramm-Janeway betritt die Crew den Kubus, in der Hoffnung, das gesammelte Wissen der Borg könnte helfen, die Waffe zu entschärfen. Um auf den Vinculum, den Nervenknoten der Drohnen, zuzugreifen, muss sich jemand ins Kollektiv einklinken. Zero meldet sich freiwillig, da es als Medusaner selbst Teil eines Schwarmbewusstseins war. Während Zero tiefer ins Kollektiv sinkt, erwachen die Drohnen; die Crew wird bis auf Gwyn überwältigt und zur Assimilation vorbereitet.
Auf Janeways Rat legt Gwyn ihre Waffe ab, sodass die Borg sie nicht mehr als Bedrohung wahrnehmen, und befreit die Gefangenen. Doch Zero taucht bereits als Borg-Drohne auf. Gwyn erreicht es mit dem Hinweis, dass sein Schutzversuch ein Akt der Liebe war, und erinnert es daran, dass die Protostar-Crew sein wahres Kollektiv ist — Widerstand sei nicht zwecklos. Zero bricht frei und schaltet mit einer Schockwelle die übrigen Drohnen aus.
Die Protostar entkommt, doch der Living Construct bleibt an Bord und lässt sich nicht entfernen. Weil die Crew damit vorerst nicht zur Sternenflotte zurückkehren kann, folgt sie stattdessen einem Notsignal, um Gutes zu tun — mit Dal als Captain. Unterdessen erreicht die USS Dauntless die zerstörte Relaisstation CR-721. Admiral Janeway erkennt, dass Chakotay nicht mehr das Kommando über die Protostar führt, und schwört, die Verantwortlichen zu stellen. In der Krankenstation erwacht der Diviner mit einem Ruck.
Nachdem der Living Construct jede Hoffnung auf einen baldigen Beitritt zur Foederation zunichtegemacht hat, will die Protostar-Crew wenigstens weiter helfen, wo sie kann. Ein Notruf fuehrt sie zu einer Vorwarp-Zivilisation, die ihre gesamte Kultur der Besatzung der originalen U.S.S. Enterprise aus Kirks Zeit nachempfunden hat. Die Bewohner, die sich Enderprizianer nennen, empfangen die Gaeste mit einer Theaturauffuehrung voller Sternenflotten-Anspielungen.
Vieles davon ist charmant danebengeraten: falsch ausgesprochene Redewendungen, ein Vulkaniergruss mit den falschen Fingern und uebertriebene Nachahmungen der beruehmten Brueckenoffiziere. Gepraegt wurden die Enderprizianer von einem gestrandeten Faehnrich namens Garrovick, der vor ueber einem Jahrhundert mit einem Shuttle auf dem Planeten abstuerzte und ihnen die Wege der Sternenflotte beibrachte.
Das eigentliche Problem ist eine Krankheit, die die Bewohner Die Gallows nennen. Rok, Jankom und Gwyn finden heraus, dass dahinter das abgestuerzte Shuttle Galileo steckt, das Warpplasma in eine Dilithium-Hoehle leckt und so eine Strahlungsquelle bildet. Zero synthetisiert ein Heilmittel, und die Crew laesst die Hoehle einstuerzen, damit niemand sie mehr betritt.
Im Hoehepunkt fehlen der Protostar zu viele Haende, um das Rettungsmanoever allein zu bewaeltigen. Holo-Janeway legt daher holografische Konsolen im Stil der Enterprise aus dem 23. Jahrhundert ueber die Bruecke, sodass die Enderprizianer mit ihrem angelernten Wissen mitsteuern koennen und die Rettung gelingt.
An Bord der Dauntless verhoert Admiral Janeway den erinnerungsgeloeschten Diviner, um das Verschwinden der Protostar aufzuklaeren. Sie entdeckt die zerstoerte Kommstation und eine leere Rettungskapsel, zieht aus den Luecken aber die falschen Schluesse ueber die Rolle des Diviners. In einem kurzen Nebenstrang ist Murf ohne erkennbaren Grund krank, bis sich am Ende zeigt, dass er sich in einen Kokon verpuppt.
Auf der USS Dauntless hilft Fähnrich Asencia dem geschwächten Diviner beim Gehen, der fürchtet, seine Erinnerungen nie zurückzuerlangen. Als Vizeadmiral Janeway erwähnt, dass sie den Überlebenden der zerstörten Relaisstation CR-721 sucht, fällt dem Diviner der Name seiner Tochter wieder ein: Gwyndala.
Die Crew der USS Protostar will ihr Schiff verstecken und sich anderweitig Richtung Föderation durchschlagen, um Starfleet zu warnen. Sie vergraben die Protostar unter einer Lawine und wandern zum nahen Denaxi-Depot, dem einzigen großen Umschlagplatz der Region. Dort bietet ihnen der Schmuggler Thadiun Okona einen Transport an – wird aber von einer Xindi-Sicherheitstruppe wegen Schmuggels verhaftet, woraufhin die Kinder sich davonstehlen.
Im Depot trennt sich die Gruppe: Jankom Pog gerät mit dem Tellariten Dr. Noum aneinander, und Gwyn wird von Asencia als Tochter des Diviners erkannt und flieht erschrocken. Dal läuft ausgerechnet Vizeadmiral Janeway über den Weg, die er als sein Vorbild verehrt. Als Barniss Frex kurz darauf die „Wilden“ beschreibt, die CR-721 zerstört haben, erkennt Janeway, dass sie mit einem der Protostar-Crew gesprochen hat, und lässt alle Ausgänge sperren.
Die Kinder entkommen auf einem Bodentransporter und werden von der Sicherheit verfolgt. Als blinder Passagier taucht Okona auf und liefert einen chemischen Zusatz, der ihrem Fahrzeug einen Geschwindigkeitsschub gibt; damit springen sie über eine Schlucht und erreichen die Protostar. An Bord schlüpft unterdessen Murf aus seinem Kokon als zweibeiniges Wesen.
Beim Start stellt sich ihnen die Dauntless in den Weg. Als der frisch geschlüpfte Murf versehentlich einen Torpedo abfeuert, erwidert Janeway das Feuer und trifft die Protostar aus dem Warp. Auf Okonas Rat flüchtet die Crew in die Romulanische Neutrale Zone, der die Dauntless nicht folgen kann, ohne einen Krieg zu riskieren. Als Janeway dennoch nachsetzen will, verweigert Commander Tysess den Befehl – und drei romulanische Warbirds erscheinen mit der Warnung, ein Eindringen in die Zone gelte als Kriegsakt.
Die USS Protostar versteckt sich für Reparaturen in der Neutralen Zone. Dal ist eifersüchtig, wie sehr die Crew ihren Gast Thadiun Okona ins Herz geschlossen hat. Okona schlägt vor, an der unabhängigen Raumstation Noble Isle anzulegen – einem Ort, an dem Wissenschaft keinerlei Regulierung unterliegt.
Auf der USS Dauntless bittet Vizeadmiral Janeway Admiral Jellico um die Erlaubnis, in die Neutrale Zone einzudringen und die Protostar zu bergen. Jellico lehnt ab, um die laufenden Verhandlungen mit den Romulanern nicht zu gefährden, und befiehlt sogar, die Protostar zu zerstören, sollten die Romulaner sie an sich bringen.
Auf Noble Isle bringt Okona Dal, Rok, Murf und Gwyn zur Genetikerin Dr. Jago. Diese erkennt, dass Dal ein menschliches Augment-Hybrid aus den rezessiven Genen von 26 Spezies ist – erschaffen von den Schützlingen des Wissenschaftlers Arik Soong. Erschüttert von der Vorstellung, ein „missglücktes Experiment“ ohne Familie zu sein, lässt Dal sich heimlich ein epigenetisches Hautimplantat einsetzen, das seine schlummernden Gene aktivieren soll.
Ein Tal-Shiar-Kommando entert die Protostar und schaltet Jankom, Zero und Holo-Janeway aus, kann die gesperrten Kommandofunktionen aber nicht knacken. Beim Hinterhalt auf der Oberfläche flieht Okona; Dals überdrehtes Implantat lässt ihn die Romulaner abwehren, doch er mutiert zunehmend unkontrolliert. Janeway lässt Torpedos auf die Protostar abfeuern. Im Raumaufzug befreit Rok den kleinen Murf, der die Romulaner überwältigt – die Übernahme scheitert, und Janeway lenkt die Torpedos im letzten Moment ab.
Wieder an Bord entfernen Rok und Zero Dals Implantat, ehe die Veränderungen dauerhaft werden; Gwyn versichert ihm, er sei der bessere Captain als Okona, weil er geblieben sei. Zum Schluss stürmt Asencia auf der Dauntless in das Quartier des Diviners, aktiviert Drednok und offenbart per Knopfdruck ihre wahre Gestalt: Auch sie ist eine Vau N’Akat, die in die Vergangenheit gesandt wurde, um die Protostar zu finden.
Vizeadmiral Kathryn Janeway verfolgt an Bord der USS Dauntless die USS Protostar, die auf keinen Funkspruch reagiert und sich in die romulanische Neutrale Zone zurückgezogen hat. Commander Tysess übergibt ihr eine Kopfgeldliste mit Namen und Bildern der jungen Crew. An Bord der Protostar arbeitet die Gruppe unterdessen daran, den beschädigten Protoantrieb zu reparieren. Dal hadert weiter damit, ein genetisches Experiment zu sein, woraufhin Zero daran erinnert, dass jeder von ihnen eine Vergangenheit hat, die er lieber vergessen würde.
Nach und nach erzählen die Jugendlichen ihre Geschichten. Rok-Tahk trat einst als „Das Monster“ in einer Kampfshow auf, bis sie die Rollen umkehren wollte und daraufhin von ihrem Patron an die Kazon verkauft wurde. Zero, ein Medusaner, gehörte einer Gruppe an, die frei durch die Galaxie reiste, bis Zero von der Gemeinschaft getrennt und von den Kazon überwältigt wurde. Beide landeten so in der Sträflingskolonie Tars Lamora.
Auf der Dauntless frischt Asencia die Erinnerung des Diviners auf: Beide sind Vau N’Akat und überlebten den Bürgerkrieg, den der Erstkontakt mit der Föderation auf ihrer Heimatwelt Solum auslöste. Als ihre Welt in Trümmern lag, erschien die Protostar durch eine temporale Anomalie. Die Vau N’Akat nahmen Captain Chakotay und seine Crew gefangen und installierten den Lebenden Konstrukt an Bord, um das Schiff in die Vergangenheit zu schicken und die Sternenflotte noch vor dem Erstkontakt zu vernichten. Chakotay und seinen Leuten gelang jedoch die Flucht; sie sandten die Protostar unbemannt zurück durch die Anomalie. Auf der Suche nach dem Schiff entsandte der daraufhin gegründete Orden hundert Agenten durch die kollabierende Anomalie – darunter Asencia, die als Die Vindicator 2381 in den Föderationsraum gelangte, während der Diviner bereits 2363 ankam.
Zurück auf der Protostar berichtet Jankom Pog von seiner Herkunft: Als tellaritischer Waise wurde er auf einem Schläferschiff ins All geschickt, doch seine Stasiskammer versagte und weckte ihn vorzeitig. Obwohl nur Ingenieurslehrling, reparierte er allein das Schiff, bis ihm klar wurde, dass der Sauerstoff nicht für die gesamte Besatzung reichen würde. Er verließ das Schiff in einer Rettungskapsel, opferte sich so für die schlafende Crew und wurde von Kazon-Sklavenhändlern aufgegriffen.
Nachdem der Protoantrieb endlich repariert ist, erkennt Janeway auf der Dauntless, dass die Gesuchten keine Kriminellen sind, sondern versklavte Kinder. Sie geht der Frage nach, wer das Kopfgeld ausgesetzt hat, und stößt auf den Diviner. In Asencias Quartier trifft sie den Diviner und die in ihrer wahren Vau-N’Akat-Gestalt enttarnte Vindicator an – woraufhin der Diviner Janeway von hinten niederschlägt, um seine Mission zu schützen.
Im Holodeck sucht die Crew der Protostar nach einem Weg, die Neutrale Zone zu verlassen und Starfleet zu erreichen, ohne den Lebenden Konstrukt auszulösen. Doch jede Simulation endet damit, dass die USS Dauntless das Feuer eröffnet. Entmutigt zieht Gwyn sogar in Betracht, den Kontakt zur Föderation ganz aufzugeben. Nach einer Trostrunde in der Messe und dem Rat von Holo-Janeway legen sich alle schlafen.
Bald tauchen seltsame Kreaturen aus ihren Holoprogrammen auf, und Zero erkennt: Sie haben das Holodeck nie verlassen. Holo-Janeway bestätigt eine Fehlfunktion, bei der die Steuerung nicht reagiert. Das laufende Programm der Cellar Door Society verlangt, dass sie erst einen Kriminalfall lösen – „Der Fall des verlorenen Skelettschlüssels“ –, ehe der Ausgang erscheint.
Die Suche nach dem Schlüssel führt durch immer neue, ineinander verschmelzende Programme: Jankoms Straßenkampf-Simulation, in der die Sicherheitsprotokolle abgeschaltet sind, Murfs Schwarz-Weiß-Jazzclub „Key Club“, in dem Gwyn einen Barkeeper in Gestalt ihres Vaters, des Diviner, trifft, und schließlich Dals Piratenschiff, das ein von Rok-Tahk gezähmtes Seemonster attackiert.
Zero begreift, dass es keinen echten Skelettschlüssel gibt – das Holodeck hält die Crew absichtlich gefangen, und nur wer aufhört mitzuspielen, kann entkommen. Als das Programm endet, entlarvt Zero eine geheime Subroutine: Als die Crew aufgeben wollte, übernahm diese unbemerkt Holo-Janeways Programm, um den Kernauftrag – Kontakt zu Starfleet – zu erzwingen. Mit Dals Befehlscodes steuerte die korrumpierte Janeway das Schiff aus der Neutralen Zone. Ein Rotalarm zeigt: Die Protostar steht der Dauntless gegenüber, von den Kontrollen ausgesperrt, während Holo-Janeway nur sagt: „Es tut mir leid.“
Durch die Korruption in Hologramm-Janeways Programm kann die Crew der Protostar ihr Schiff nicht mehr stoppen: Es rast auf Föderationsraum zu, dicht verfolgt von der USS Dauntless. Damit sie nicht ungewollt sabotiert, deaktiviert sich Holo-Janeway selbst. An Bord der Dauntless haben der Diviner und Asencia die echte Vizeadmiralin Janeway betäubt und in einen Schrank gesperrt; als Trill getarnt schlägt Asencia Commander Tysess vor, die Warpfelder beider Schiffe zu verschmelzen.
Um Janeway trotz der Funkstille zu warnen, versucht Zero, sie telepathisch zu erreichen, und nutzt dafür Dals Organianer-Erbgut als Brücke. Als in genau diesem Moment ein Phaserschuss der Dauntless die Protostar trifft, vertauschen sich die Bewusstseine: Dal steckt fortan in Janeways Körper auf der Dauntless, Janeway in Dals Körper auf der Protostar. Auf der Dauntless sorgt der als Admiralin auftretende Dal für Verwirrung – er widerruft Feuerbefehle und spuckt entsetzt Janeways Kaffee aus –, während die echte Janeway im Körper des Jungen der Crew der Protostar ihre Hilfe zusagt.
Dal-in-Janeways-Körper stellt heimlich Holo-Janeways Originalprogramm wieder her und entfernt die Construct-Korruption; die Hologramm-Janeway erinnert sich wieder an die Crew. Rok-Tahk und Zero erkennen, dass der Phaserstrahl beim Telepathie-Versuch als Leiter wirkte – um den Tausch rückgängig zu machen, müssen beide in Raumanzügen ins All und einander berühren. Der Diviner lässt Dal-in-Janeway aus der Krankenstation frei, als Dank dafür, dass Janeway ihm einst das Leben rettete, und im Gegenzug für das Versprechen, sich um seine Tochter Gwyn zu kümmern.
Im verschmolzenen Warpfeld arbeiten sich beide aufeinander zu, wobei Murf sich als Bindeglied zwischen ihnen streckt. Als ein Traktorstrahl Janeways Körper zurückzieht, feuert Janeway-in-Dal einen schwachen Phaserstrahl auf ihr Gegenüber – und der Strahl leitet den Rücktausch ein. Beide kehren in ihre Körper und auf ihre Schiffe zurück. Dal ist wieder auf der Protostar, als das Schiff mitten in eine ganze Sternenflotten-Armada aus dem Warp fällt. Janeway hingegen erwacht auf der Dauntless – und findet sich in der Arrestzelle wieder.
Umzingelt von einer Föderations-Armada versucht die Crew der Protostar zu verhindern, dass ihr Schiff die gesamte Sternenflotte auslöscht: Jeder Funkkontakt aktiviert den Living Construct, die Waffe an Bord. Auf Rat der getarnten Asencia befiehlt Admiral Jellico dem Kommandanten Tysess, die Schilde der Protostar zu senken und das Schiff zu entern. Zero überbrückt die Steuerung notdürftig und weicht dem Beschuss der Armada aus. Dal erfährt schließlich von Gwyn, dass er als Augment niemals der Sternenflotte beitreten darf.
An Bord der Dauntless wird Vizeadmiralin Janeway von einer Wache befreit – einer brenarischen Flüchtlingsfrau, die Janeway einst mit der Voyager rettete – und eilt zur Brücke. Zeitgleich beamen Asencia, der Diviner und Drednok auf die Protostar. Drednok legt die Kinder mit einer Schwerkraftmine lahm und friert Murf ein, während Asencia die Hologramm-Janeway deaktiviert und den Diviner mit dem Living Construct einsperrt.
Auf der Brücke liefert sich Asencia ein Schwertduell mit Gwyn und gewinnt die Oberhand. Der Diviner entkommt, wird jedoch als Geisel benutzt; als er Gwyns Erbwaffe telekinetisch auf Asencia schleudert, fängt diese die Klinge und wirft sie ihm tödlich in den Leib. Gwyn hält ihren sterbenden Vater in den Armen, dessen Körper sich in Licht auflöst. Rok-Tahk taut mit ihrem Werkzeug den eingefrorenen Murf auf, der Zero und schließlich Dal befreit – zu spät: Asencia flieht mit Drednok als Rettungskapsel und sendet zuvor einen Hail aus, der den Living Construct auslöst.
Die Schiffe der Armada eröffnen das Feuer aufeinander, und der Universalübersetzer fällt aus. Die sprachbegabte Gwyn meldet sich bei der Admiralin als Übersetzerin für die Flotte. Auf Dals Vorschlag hin ruft sie Nicht-Sternenflotten-Verbündete um Hilfe und erreicht den Klingonen-Captain Trij; bald treffen weitere Schiffe ein, um Beschuss abzufangen und Personal von den außer Kontrolle geratenen Schiffen zu beamen. Doch weil Sternenflottenschiffe bei Angriffen automatisch Notrufe aussenden, treffen immer mehr Föderationsschiffe ein – und werden ihrerseits infiziert.
